Толчком к новому обострению классовой борьбы послужил страшный голод 1601–1603 гг., которому сопутствовали эпидемия чумы и холеры. Народные бедствия достигли невиданных размеров. По свидетельству современника, тогда «вымерла треть царства Московского». С осени 1601 г. начались массовые голодные бунты с обычными для них захватами складов и обозов с зерном, убийствами хлебных спекулянтов, грабежами домов. богачей.
В 1601–1603 гг. волнения, вызвавшие карательные походы царских войск, охватили район Тулы, Владимир, Волоколамск, Вязьму, Ржев, Можайск, Медынь, Коломну. Все эти события в целом создали базу для крестьянской войны.
Начало ей положило движение вооруженных крестьян и холопов под руководством Хлопка осенью 1603 г, на Москву. Войско их было разбито, но в сече погиб воевода И. Ф. Басманов.
Новая волна крестьянской войны, поднявшейся в южных районах, вынесла в 1605 г. на московский престол Лжедмитрия I, ставленника польских магнатов и Ватикана. Народное восстание в июне 1605 г. открыло самозванцу ворота столицы; но в мае 1606 г. поднялось народное антипольское восстание и самозванец был убит боярскими заговорщиками во главе с князем В. И. Шуйским. Вступая на царский трон, Шуйский дал боярам и верхам московского посада «Крестоцелованную запись», обязуясь не казнить и не конфисковать имущество ни у кого из их среды без суда и следствия, решать все дела с согласия Боярской думы, чем обеспечил себе поддержку.
Своей кульминации первая крестьянская война достигла во время восстания Ивана Болотникова 1606–1607 гг. Оно началось лето. м 1606 г., охватило южные и западные районы, а затем центральные уезды и Поволжье. Восстали крестьяне, холопы, посадские и служилые люди «по прибору», вольные казаки. На начальном этапе к ним примкнули помещики южных уездов во главе с Истомой Пашковым и Прокопием Ляпуновым.
Летом 1606 г. с переменным успехом борьба велась повстанцами под Кромами и Ельцом, осажденными царскими войсками. Решительный перелом наступил с приходом в конце лета Ивана Болотникова, человека бывалого, в прошлом военного холопа князя А. А. Телятевского. В молодости он бежал к донским казакам, попал в плен к татарам, был продан в Турцию, где несколько лет был гребцом на галерах, затем из Венеции через Венгрию, Чехию и Польшу вернулся на родину. Возглавив восставших, Болотников под Кромами разгромил царское войско и пошел на Москву. Другим путем от Ельца двигались к столице дворянские отряды Истомы Пашкова и Прокопия Ляпунова. Осада Москвы, длившаяся с 28 октября по 2 декабря 1606 г., знаменовала собой наивысший подъем восстания. Войска повстанцев насчитывали несколько десятков тысяч человек, на их стороне было свыше 70 городов и уездов. Но у руководителей восстания не было единства. Крестьяне и холопы покушались на крепостнический порядок, тогда как южные дворяне хотели лишь свергнуть Шуйского. Антикрепостнические требования Болотникова испугали дворян. Они перешли на сторону царя и повернули оружие против своих вчерашних союзников. Их измене способствовали царское золото и обещание наград. Сходные явления наблюдались и в Западной Европе, где к крестьянам на время примыкала часть дворян.
Потерпев поражение под Москвой 2 декабря 1606 г., Болотников отступил к Калуге и продержался там до начала мая 1607 г., позднее перешел в Тулу; там восставшие были осаждены 100-тысячной царской армией. Ни затопление города, ни голод и болезни не сломили решимости обороняющихся сражаться до конца. Тогда царь вероломно пообещал сохранить жизнь восставшим и их вождям, а затем Болотников и его сотоварищи были казнены. За восстанием Болотникова следили в Англии, Швеции, Польше, Германии, Голландии и других европейских странах.
Крестьянская война не прекратилась, но пошла на спад, временами вновь достигая большой силы и остроты. Так было в конце 1607 — первой половине 1608 г. при походе на Москву Лжедмитрия II. Тогда многие тысячи помещиков бежали в столицу, бросив свои поместья. Так было и в момент казацко-крестьянского движения атамана Баловни в 1614–1616 гг.; в сражениях под Москвой и Малоярославцем повстанцы были перебиты. В 1618 г. с выступлениями казаков было покончено.
Подавление крестьянской войны начала XVII в., польско-шведская интервенция и хозяйственное разорение подорвали силы крестьянства. Некоторое время почти единственной формой борьбы крестьян были побеги. Наиболее крупное народное движение, связанное с именем крестьянина Балаша, возникло в ходе русско-польской войны за Смоленск 1632–1634 гг. Движение вовлекло казацкие отряды, многих крестьян, холопов, посадских людей, навербованных в наспех созданные полки. Такие отряды вели партизанскую борьбу против польско-литовских войск и одновременно жгли и грабили помещичьи усадьбы. К середине 1633 г. правительство подавило первую вспышку движения. Повстанческие отряды переместились в Брянский уезд. Сюда же из Москвы во главе вольных казаков, холопов и стрельцов вернулся атаман Анисим Чертопруд. Численность отрядов восставших к середине 1634 г. достигла 8 тыс. Движение приняло явно выраженный социальный характер.
С началом мирных переговоров между Россией и Польшей казацко-крестьянские отряды отошли в глубь России, значительная часть их ушла на Дон. Движение Палаша, Чертопруда, Теслева явилось серьезным напоминанием о событиях начала века.
Народные движения возобновились в форме городских восстаний в 30-е и в особенности в 40-е годы XVII в. Их основной причиной было общее усиление феодального гнета, который распространялся и на города. Испытывая конкуренцию со стороны ремесленников привилегированных слобод и «осадных дворов» феодалов, посадское население Москвы и центральных уездов бежало из города, стремилось «заложиться» за бояр и монастыри. Однако правительство организовало сыск «закладчиков» и возвращало их в посады. Относительно слабая имущественная дифференциация среди посадских людей и внутренние противоречия не заслоняли главного — борьбы всей корпорации посадских людей против засилья феодалов на посаде, тяжелых налогов и произвола воевод на местах.
Начало первого волнения в Москве совпало с движением Палаша, оказав на него определенное воздействие. Временное затишье не устранило подспудной межсословной борьбы. Новая вспышка возмущения не заставила себя ждать. Поводом послужил крупный пожар, вспыхнувший в Московском Китай-городе в марте 1636 г. Холопы, посадские люди и отчасти стрельцы, что крайне обеспокоило правительство, громили лавки и делили имущество бояр и торговых людей, выпускали колодников из тюрем, снабжая их награбленными пожитками.
Наиболее крупным было московское восстание 1648 г. Попытки правительства боярина П. И. Морозова собрать с населения прямые налоги начиная с 1646 г. привели к политическому кризису. 1 июня стража разогнала челобитчиков, пытавшихся просить царя о смещении ненавистного народу главы Земского приказа Л. С. Плещеева. На другой день во время крестного хода толпа вновь предъявила свои требования царю, но, не получив немедленного ответа, стала громить боярские дворы Морозова, Плещеева, Траханиотова, убила дьяка. Ворвавшиеся в Кремль требовали у царя выдачи этих бояр. Царь клятвенно обещал выполнить требования. Морозов бежал, выданного Плещеева толпа моментально разорвала в клочья, а Траханиотова захватили на пути из Москвы и убили. На третий день вспыхнули пожары, охватившие преимущественно дворы бояр, дворян и крупных торговых людей. Характерно, что захваченные в ходе грабежей ценные вещи восставшие не присваивали, а ломали или уничтожали, крича: «То наша кровь». Уничтожали также кабальные и податные документы.
Ненавидимые народом бояре занимали видные должности в государственном аппарате. В силу этого восстание носило антиправительственный характер, что придавало ему особый политический смысл. Одновременно в действиях восставших проявился «наивный монархизм», получивший отражение в челобитных народа к царю и в вере в указы. Городские восстания 40-х годов имели и антицерковную направленность. В Уложении 1648 г. нашли отражение законы о прекращении роста монастырского землевладения, о конфискации городских слобод бояр и церковных феодалов и учреждении монастырского приказа. Все это отвечало требованиям не только рядового служилого дворянства, но и широких слоев городского посадского населения. Указанные особенности существенно отличают восстание 1648 г. от всех предшествовавших городских и крестьянских восстаний XV–XVII вв. Собравшиеся в то время в Москве замосковные дворяне, а также зажиточные торговые люди выступали посредниками. По достигнутому соглашению фаворит Б. И. Морозов был сослан. Пришедшие к власти Н. И. Романов и Я. К. Черкасский обязались выполнить требования посредников, в том числе главное — о выработке Уложения, которое установило бы единое судопроизводство во всем государстве. Этим закончился наиболее острый период восстания. Широкой оглаской подготовки «хороших законов» правительство стремилось успокоить народ и отвлечь его внимание.
Волнения в Москве в менее острой форме проходили и во второй половине 1648 г., они перекинулись на периферию, сопровождались убийствами помещиков.
Соборное уложение было утверждено в январе 1649 г. В нем удовлетворялись все основные требования дворян, в том числе окончательно утверждалось введение крепостного права.
В условиях непрерывных набегов татар русское правительство в первой половине XVII в. построило ряд засечных черт — Рязанскую, Белгородскую, Симбирскую и др.: возникли города, население которых в основном состояло из служилых людей, стрельцов и беглых крестьян. Они использовались для охраны границ. Не только мелкие дворяне, но и стрельцы и казаки получали за службу земельные участки. Здесь волнения были направлены против местных властей. Толчком к ним послужило известие о восстании в Москве.
Наиболее крупное выступление произошло в Курске в июне 1648 г. К крестьянам присоединились стрельцы и часть посадских людей. Воеводу лишили власти. В августе восстание было жестоко подавлено. Пять человек повесили на дорогах под Курском. В июне же вспыхнули восстания служилых людей «по прибору» в Козлове и в ряде других крепостей. Восстание было подавлено войском, присланным из Москвы.