Своеобразной заменой письмам стали многочисленные книги о. Иоанна, которые выходили в издательствах Псково-Печерского монастыря и московского Сретенского монастыря. На смену перепечатанным от руки и распространяемым подпольно проповедям пришли хорошо оформленные, удобные для чтения издания. Так, в 1993-м был впервые издан в России «Опыт построения исповеди», в 1995-м — «Проповеди Архимандрита Иоанна», в 1998-м была подготовлена к печати «Настольная книга для монашествующих и мирян», куда вошли очерки по истории монашества, заветы инокам и две работы особенно ценимого о. Иоанном духовного писателя, святителя Феофана Затворника — «Последние заветы» и «Старчество». В 1998-м вышли сборник Рождественских и Пасхальных поздравлений «Мир Вам и благоволение Божие» и переиздание «Опыта построения исповеди»; в 1999-м тиражом 7000 экземпляров вышла книга «Размышления о бессмертной душе», издан сборник Пасхальных и Рождественских проповедей «Мир вам и благоволение Божие», а «Опыт построения исповеди» переиздан в количестве 50 000 экземпляров. Такой гигантский тираж, сопоставимый с самыми громкими бестселлерами, свидетельствовал об одном — книги о. Иоанна Крестьянкина были необходимой духовной пищей для множества людей по всему миру. И неудивительно, что уже в начале следующего столетия переводы трудов старца начали выходить по всему миру, от Болгарии до Китая. А отклики благодарных читателей не переставали иссякать:
«Ваши письма дали ответы на многие мои вопросы и недоумения, но не только содержание этих писем, само чтение этой неожиданной книги что-то сделало с моей душой, но я не сумею это объяснить».
«Большое спасибо святой обители, издавшей письма отца Иоанна. Берегите, радуйте драгоценное сокровище вашего святого монастыря — отца Иоанна. Подвиг его молитвенного труда и письменного общения с людьми поразителен. Каждое его письмо — это спасательный круг, брошенный ко всем нам, почти уже совсем погибшим в море смут и бед».
«Дорогой батюшка, за книгу Ваших писем большое спасибо! Она всегда со мной. И каждый раз, когда мне надо разобраться в чём-то, кого-то понять, я ищу в ней ответ. Только почему-то без слёз читать не могу, съедает мою душу чувство горячего стыда за жизнь свою непутёвую».
В 2004 году тиражом 7000 экземпляров увидел свет биографический альбом «Видевше свет вечерний», содержавший множество уникальных фотоматериалов о жизни о. Иоанна. Самым близким батюшка посылал экземпляры с дарственными надписями. Например, Алексею и Марине Ветвицким, которых он венчал летом 1962-го, написал так: «Дорогие мои Алексей и Марина. К концу преклонился день моей жизни. И благодарю Господа за дар жизни и бесценный дар Веры, ибо ею только и переплыл я бурное житейское море, ею и стою сейчас при вратах Вечности, радуясь и утешаясь надеждой на Милость Божию и Его отеческую любовь. И Вам, моим родным и близким, завещаю жить Верой и ничего в жизни не бояться, кроме греха. А альбом сей дарю Вам на молитвенную память о нашем духовном общении и обо мне. 30/13 июля 2004 г.».
Если раньше голос батюшки могли слышать только те, кто общался с ним напрямую, то теперь он зазвучал и в отдалённых от Псково-Печерской обители местах. Стараниями духовных чад были собраны и изданы и ранние, тайно записанные на катушечные магнитофоны проповеди 1960—1970-х, и более поздние. В 1990-х они выпускались на магнитофонных кассетах, с 2000-х — на компакт-дисках, затем на DVD-дисках. Начиная с 2000-х было снято несколько документальных фильмов об о. Иоанне, и нет сомнения, что их количество со временем будет только возрастать.
...В последние годы о. Иоанн уже не мог полноценно участвовать в жизни монастыря. В 1999-м он в последний раз прошёл с о. Филаретом крестным ходом на праздник Успения Божией Матери, — отдельно, чтобы не сдерживать своей немощью общий крестный ход, — а последнюю самостоятельную службу отслужил на Пасху 15 апреля 2001 года в Благовещенском храме монастыря. По благословению наместника служба шла за закрытыми дверями, сослужил о. Филарет, певчими были двое братьев, присутствовали также несколько духовных чад. «Он посещал все пасхальные службы, — вспоминал тот год о. Григорий Секретарёв. — Конец Пасхальной седмицы, и все уже устали, а он и утром придёт, и вечером придёт. А шёл ему уже 92-й год. Вот в какой-то момент, полностью обессилев, батюшка скатился по лестнице, повредив ногу. И тогда сказал он слова апостола Иоанна Богослова: «Егда же состареешися, то ин тя пояшет и ведёт, аможе не хощеши». В таком напряжении всех сил и воли кончилось предстояние отца Иоанна у престола Божия».
Но молитвенная жизнь в келии продолжалась — по выражению о. Серафима (Романцова), батюшка погружался в молитву, как рыба в воду, в ней было для него и утешение, и лекарство, и сила. Причём дополнительно к обычному молитвенному правилу о. Иоанн установил ещё и собственное. По мере чтения духовной литературы он выписывал понравившиеся ему молитвы в особый блокнотик, который сам называл келейной книжицей. Таким образом за четверть века в нём накопилось 27 молитв, записанных на 82 страницах. В 2005 году старец подарил этот блокнотик Т. С. Смирновой, и два года спустя он был издан — сперва небольшим тиражом, а в 2009-м — уже широким. Причём издание точно воспроизводило все особенности оригинала, вплоть до чернильных клякс на страничках.
На вопрос, как именно молился о. Иоанн, Татьяна Сергеевна Смирнова отвечала так:
— Это один Господь и знает, как он молился, когда оставался один, больше никто. Могу только сказать, у него в келье не был заведён большой свет. Он молился в полумраке. На столике стояли два ночника, перед иконами горели лампады. Один он оставался только ночью. Всё остальное время с раннего утра до самого вечера занимали посетители и послушания. Но батюшка умел молиться и без особых условий, он молился постоянно, несмотря на суету вокруг, и молитва его была очень действенная. Сколько раз я на себе это проверяла! Бывало, прибежишь к нему с какой-то бедой, он прочитает один только тропарь перед Казанской иконой, и всё налаживается! А нас он учил: “Каждый день обязательно садись в креслице или на диванчик и посиди, и подумай — просто под Богом посиди”. Не спешить в углу, читать быстро, а думать о своём, а помолчать, подумать, “перед Богом побыть”». Но при этом батюшка говорил, что правило всё-таки всегда остаётся правилом и оставлять его нельзя: «Неужели ты лучше выдумаешь, чем Василий Великий или Иоанн Златоуст?», — говорил о. Иоанн.
Продолжало входить неземной радостью в земную жизнь старца Светлое Христово Воскресение (в 1999-м и 2004-м оно совпало с его днём рождения, 11 апреля). В Великий Четверг он сам читал двенадцать Евангелий, и только в 2005-м его сменил в роли чтеца игумен Филарет. К Пасхе келия о. Иоанна приобретала торжественный, праздничный вид, а сам он в полном облачении садился у окна, глядя на купола Успенского собора. Когда в полночь на его ступеньках виднелся фонарь, предвестник крестного хода, батюшка чуть слышно начинал петь стихиру «Воскресение Твоё, Христе Спасе, ангели поют на небесех...». Всю службу батюшка уже не мог отслужить — засыпал в изнеможении. Но непременно просыпался, когда у Михайловского собора звучал Пасхальный тропарь, и пел вместе с братией. Так же торжественно отмечались в его келии и другие великие праздники. На Троицу вся она зеленела берёзовыми ветками, на Рождество Христово устраивался вертеп из еловых ветвей.
Здоровье старца между тем медленно, но верно ухудшалось. После падения с лестницы вне келии он передвигался уже в инвалидном кресле — в нём о. Филарет вывозил его в сад Святой Г орки, где обычно делал три круга по дорожке, на монастырский двор, в Вярску (последняя поездка в Эстонию состоялась летом 2004-го). 1 февраля 2002 года с батюшкой случился инсульт, и на протяжении пяти часов он не мог произнести ни слова. Но когда в келию вошёл врач, о. Иоанн неожиданно для всех проговорил: «А что это у нас за переполох?» Лечение растянулось во времени, и батюшка иногда с еле различимой скорбной интонацией произносил: «Где ж моя былая удаль?» Да ещё начал часто вздыхать.
— Батюшка, вам тяжело? — беспокоилась келейница.
— Нет.
— А что ж тогда вздыхаете?
— Легче мне так...
А о. Филарет время от времени заводил с о. Иоанном шутливый диалог:
— Ну что, батюшка, будем умирать?
— Нет-нет, — также, с улыбкой реагировал батюшка.
Всё чаще и чаще он задумывался о смерти. Вернее, правильнее будет сказать, что о ней о. Иоанн никогда не забывал — и, конечно, не страшился её, как и положено христианину. По слову святого Иоанна Лествичника, «как хлеб нужнее всякой другой пищи, так размышление о смерти нужнее всех деланий <...> Невозможно настоящий день провести благочестиво, если не будем считать его последним днём нашей жизни. Уверимся, что памятование смерти, как и всякое благо, есть дар Божий». Ещё в 1978-м, вернувшись с каких-то похорон, батюшка неожиданно сказал Татьяне Сергеевне:
— А я сегодня себя отпевал.
— Не рано ли?
— Когда меня-то хоронить будут, заспешат все, — глядя куда-то вдаль, ответил батюшка. — А тут уже как хорошо-то. Неспешно, ничего не упуская, под благоговейное пение старушек. Тихо, скромно и очень молитвенно.
В дальнейшем о. Иоанн попросил записать себе на магнитофонную кассету канон на исход души и во время болезни просил присоединить его к вечерним молитвам. А потом в его келии появился гроб — как напоминание о бренности всего сущего. Однажды во время прогулки на Святой Горке о. Иоанн неожиданно попросил о. Филарета похоронить его в колоде — выдолбленном стволе дерева, как делали с монахами в старину. Но этот вариант он потом сам отверг. Гроб ему изготовил друг-столяр из Белоруссии, а освятил его сам батюшка. Всего таких подарков было три: первый получился великоватым, второй батюшка подарил келейнице, а третий, лично опробовав (улёгся в него в келии о. Филарета минут на пять), одобрил. Гроб этот стоял на шкафу и постоянно был в поле зрения батюшки. Но так вышло, что ещё до смерти о. Иоанна этому гробу было суждено сыграть важную роль в истории обители. 10 февраля 2003 года проходило освидетельствование мощей старца Симеона (Желнина) — того самого, который когда-то назвал о. Иоанна «земным ангелом и небесным человеком». По просьбе наместника батюшка согласился предоставить гроб для мощей, а после канонизаци