Настойчивость Японии продвигаться в северном направлении вызывала раздражение в России. Для урегулирования обстановки и обеспечения исполнения указов Екатерины II и Павла I о российской принадлежности всех Курильских островов и де-факто Сахалина сюда был направлен полномочный представитель Российского правительства камергер Н.П. Резанов, знаменитый путешественник, предприниматель и директор знаменитой Российско-американской компании, зять ее основателя и первопроходца Русской Америки Г. Шелихова.
Резанов и Крузенштерн в 1805 году посетили все Курильские острова и зашли в залив Анива (Южный Сахалин), на берегу которого подняли русский флаг. Здесь же состоялись переговоры с японскими чиновниками, до которых было доведено содержание императорских указов 1786 и 1799 годов о русском суверенитете на все острова к северу от Хоккайдо и южную часть острова Сахалин.
Самурайское правительство не вняло словам русского представителя. В 1806–1807 годах на Южном Сахалине, Кунашире и Итурупе произошли первые военные столкновения между русской морской пехотой и японскими солдатами.
Последовавшие бурные события в Европе приостановили энергичные действия русского правительства на Дальнем Востоке. Только с 1850 года, когда в удобной для стоянки океанских судов был заложен город Владивосток, интерес России к данному региону возрастает. Япония также не проявляет здесь активности, а предложения России от 1815, 1816, 1817 годов об установлении дипломатических и торговых отношений отвергает. Политика изоляции страны от внешнего мира все еще остается в силе. Вместе с тем до середины XIX века Япония прилагает громадные усилия, чтобы колонизовать Двадцать второй остров Курильской гряды Матсмай (Иессо, Эдзо), т. е. современный Хоккайдо. Когда Россия вновь обратила свое внимание в 1852 году на этот регион, было уже поздно: Хоккайдо безвозвратно стал японским.
В 1852 году на Южном Сахалине учреждаются русские военные посты в Дуэ и Аниве, а в Петербурге сформирован Особый комитет правительства по установлению миролюбивых в отношении Японии мер.
Правительство Америки пошло здесь иным путем. Оно послало в 1853 году в Токио (Эдо) военную эскадру из четырех кораблей под командованием командора М. Пирри, которому была поставлена задача демонстрацией угрозы применения силы, заставить Японию пойти на заключение торгового договора и открытия своих портов для американских товаров. Япония подписала требуемой от нее договор с САСШ и открыла для них два своих порта — Симода и Хакодате.
Российская эскадра из трех военных кораблей под командованием вице-адмирала Е.В. Путятина прибыла в Нагасаки 10 августа 1853 года. Переговоры начались с установления государственной границы между обеими империями. 26 января 1855 года русско-японский Симодский договор устанавливает границу между островами Итуруп и Уруп и оставляет Сахалин в совместном пользовании обоих государств. Япония также обязалась открыть для ввоза российских товаров три своих порта: Нагасаки и два других — открытых для американцев.
На условия заключения Симодского договора повлиял факт Восточной (Крымской) войны. Блокада англо-французским флотом Петропавловск-Камчатского вынуждала Путятина спешить с ходом переговоров. По этой причине все острова Курил, начиная с 19-го и по 22-й, были переданы Японии. Тогдашнее российское правительство посчитало для себя выгоднее установление с Токио дипломатических и торговых отношений, нежели установить будущую ценность передаваемых Японии этих островных земель.
По завершению Восточной войны влияние России в Западной Европе и на Балканах стало минимальным. Это вынудило Петербург вернуться к задачам освоения Российского Дальнего Востока.
В 1856 году был вновь поднят вопрос о принадлежности Сахалина. Японцы сразу выступили за проведение границы на Сахалине сначала по 50-й параллели, потом — по 48-й или соглашались на полную уступку острова в обмен на Курилы. Одновременно с этим вопросом до правительства Японии была доведена заинтересованность России иметь на островах Цусимы в Корейском проливе военно-морскую базу.
25 апреля и 10 августа 1875 года в Петербурге и Эдо был подписан т. н. Иеддский (Эдоский, т. е. Токийский) договор о передаче России Сахалина взамен еще оставшихся у нее Курильских островов (с Первого по Восемнадцатый).
Вхождение Японии в мировую систему государств и ее отказ от изоляции были связаны не столько с пограничными контактами с Россией, сколько с анализом действий западного империализма: Опиумные войны в Китае в 1839–1842 гг. и демонстрация силы САСШ против Японии в 1853–1854 гг. Столкновение с агрессией западного мира заставило сёгуна в 1842 году отменить решение на запрет заходов в японские порты иностранных судов в целях покупки воды и продовольствия. Демонстрация силы американцами в Токийском заливе в 1853 году показала военную и промышленную слабость Японии. Уступчивость России в отношении Японии в этот период правительство этого самурайского государства расценило как признак слабости, что привело к резкому увеличению усилий по выдавливанию русских колонистов с Сахалина и южных островов Курильской гряды. Правительство России просмотрело в своих взаимоотношениях с Японией этот аспект.
Экономическая отсталость Японии вызвала необходимого изменения внутренней политики, без которой равноправное участие страны в мировых делах было не возможным.
В апреле 1863 года император, опираясь на могущественные кланы феодалов Тесу и Сацума, начинает борьбу за власть с Токугавским сёгуном. На фоне непрерывных крестьянских выступлений он вызывает сёгуна к себе во дворец, в город Киото, для объяснений. Среди прочего император указывает сёгуну, что международные договоры вступают в силу только после утверждения их микадо, т. е. им самим.
В январе 1867 года новый император Муцухито упраздняет своим указом власть сёгуна (сёгунат) и объявляет о своем вступлении в фактическое управление государством.
Восстановление власти микадо привело к междоусобной войне феодалов. В мае 1868 года сдается в плен последний токугавский сёгун Кейки в своей резиденции в замке Эдо (Токио). Его сторонники обороняются на Хоккайдо до конца 1869 года. Россия, проявляя добрососедские отношения, не вмешивается во внутренние распри, хотя имеет возможность вернуть под свою юрисдикцию остров Хоккайдо.
Самурайские мятежи продолжались до сентября 1877 года, когда вблизи Токио был разбит многотысячный отряд популярного военачальника Сайго Кичиноско. В том числе дворяне — самураи не были довольны курсом правительства микадо на проведение реформ в капиталистическом духе, т. н. «революцией (реставрацией) Мейдзи». Характерной чертой деятельности правительства микадо был курс на экономическую и военную конкуренцию со странами Запада. Для решения и достижений целей этого политического курса Япония целиком ориентировалась на опыт Британии, перенимая новейшую научную и технологическую культуру Запада и внедряя ее в промышленность и военную машину страны, а также устройство государственных и законодательных институтов и практику их воздействия на государство и общество. В частности, на этой основе происходили эффективная милитаризация страны, общественного сознания и был создан гигантский военно-промышленный комплекс Японии, который оптимально синтезировал государственные интересы и частнокапиталистическую экономическую силу в индустриально-финансовых корпорациях (дзайбацу).
Вхождение Японии в систему современных промышленных государств происходило на общей политической основе того времени. Перед правительством страны встали задачи нахождения земель для растущего избытка населения, новых рынков для японских товаров, новых успехов на внешнеполитической арене. Поэтому Япония решила выступить на Дальнем Востоке в самой активной роли империалистического государства и осуществить вековое стремление к переносу центра деятельности японского народа на Азиатский материк.
Трудности экономического освоения Хоккайдо вплоть до начала ХХ века показывают, что Япония не рассматривала «северный вопрос», т. е. северное направление своей экспансии в качестве приоритетного. Усиление активности европейских держав с 80-х годов XIX века на Дальнем Востоке также связывалось с огромным потребительским рынком Китая. В Китай поступали огромные финансовые кредиты из Франции, Англии, Германии и России. Все это приводило к переплетению государственных интересов держав мира, которое прямо вело к военным конфликтам между заинтересованными сторонами.
Превалирование в японской экономике крупных концернов «дзайбацу», этих прообразов ТНК, обусловило такую отличительную черту японского общества как ставка на силу. Её становление связано с именем маршала А. Ямагуты. Самурай по происхождению, духу и воспитанию он писал в 1893 году: «…рано или поздно следует ожидать великой войны на континенте». Страна Восходящего Солнца стремилась сделать Японское море своим внутренним море, подчинив сначала страну Спокойного Утра (Корею) и поставив под свой контроль Цусимский (Корейский) пролив.
Последнее обстоятельство самым серьезным образом затрагивало интересы России на Тихом океане, поскольку ограничивало доступ российского флота в Индийский океан. Для России Цусима на Дальнем Востоке была Босфором в Европе. Это обстоятельство определило будущие отношения и противоречия между Россией и Японией. Очевидно, что в этой проблеме не усматривается никакого «северного вопроса».
Первая проба сил Японии и её ВПК состоялась в японо-китайской войне 1894–1895 годов, вспыхнувшей из-за разногласий сторон по поводу японской экспансии в Корее. Китай потерпел полное вооруженное поражение и при посредничестве американских дипломатов подписал невыгодный для себя Симоносекский мирный договор, потеряв Корею, Тайвань, Пэнху, Ляодунский полуостров. Япония ввела на эти земли свои воинские контингенты.
Франция, обеспокоенная усилением Японии и возникшей с ее стороны угрозы собственным владениям в Индокитае, предприняла ряд мер по противодействию ее усиления. Россия сделала колоссальную политическую ошибку, присоединившись к франко-германскому протесту против Симоносекского договора. Так, Россия ничего не предприняла в направлении договориться с Японией на двусторонней основе относительно свободного прохода российских кораблей через Цусиму и Формозский пролив в Индийский океан и обратно во Владивосток.