Как бы то ни было, после этого происшествия в Птолемаиде прежние дружественные отношения сменились открытою враждою, Филометор вступил в союз с Деметрием II, дал ему в жены свою дочь, отняв ее у Александра-Баласа, вступил при общей радости антиохийцев в Антиохию, где присоединил к своей египетской и азиатскую царскую корону; при этом он, однако, из страха перед римлянами побудил антиохийцев признать королем не столько его, как его нового зятя – Деметрия II. Антиохийцы очень много претерпели от того самого Аммония, который угрожал жизни Филометора, и поэтому отнеслись к Птоломею как к своему естественному союзнику и избавителю от всемогущего фаворита Александра-Баласа. О Деметрии II они, напротив, в начале и слышать не хотели, так как сохранили весьма невыгодные воспоминания об его отце. Именно потому Птоломей надеялся, назначив Деметрия царем, всецело сохранить свое влияние на политику сирийского государства. Дело кончилось, однако, так, как часто оканчивается интрига. Александр-Балас был, правда, разбит Филометором и Деметрием II и обезглавлен у арабов, к которым бежал. Но сам Филометор был во время сражения сброшен с лошади, и его унесли, тяжело израненным врагами, с поля битвы. Последнею его радостью было известие о смерти Александра и вид отрубленной головы его бывшего зятя. Он умер в 146 г. до P. X. после 35-летнего правления; Александр-Балас, в общем, царствовал всего два года.
Ионафан счел этот момент благоприятным для завладения Иерусалимскою крепостью, все еще занятою сирийским гарнизоном. Деметрий II тотчас же узнал, конечно, об этом предприятии, решил предупредить его. Он приказал Ионафану снять осаду и явиться в Птолемаиду, куда поспешил и сам. Ионафан осады не снял, но, захватив с собою достаточное количество даров, отправился в Птолемаиду. Здесь все наветы врагов его внезапно потеряли всю свою силу; лестью и подарками Ионафан сумел добиться от короля всего, чего хотел. За ним был утвержден его сан первосвященника; Иудея была объявлена свободною от податей за выкуп в 300 талантов; наконец, лежащие между Иудеей и Самарией спорные области Эфраим, Лидда и Рамафаима – должны были с того времени окончательно отойти к Иудее. Немалая радость охватила Иерусалим, когда Ионафан вернулся домой с такого рода милостивою царскою грамотой. Правда, он должен был на время снять осаду с Иерусалимской крепости; но вскоре представился случай довольно настойчиво выказать свое желание об очищении этой крепости от неприятельских войск. Деметрию очень дорого обходилось содержание войска, он имел неосторожность распустить всех своих солдат, оставив только ограниченное число наемников. Недовольством отпущенных солдат воспользовался некто Трифон, чтобы вырвать несовершеннолетнего сына Александра-Баласа из рук его арабского воспитателя и провозгласить королем Антиохом VI. Но еще в то время, когда Трифон был на пути к исполнению своего плана, в Антиохии вспыхнуло восстание. Ионафан, между тем, не упустил удобного момента и еще раз попросил через послов об освобождении иудейских крепостей, Иерусалимской, прежде всего. Тут Деметрий II был согласен на все, лишь бы ему как можно скорее выслали вспомогательные войска. Ионафан послал 3000 человек, которые поспели как раз во время. Тотчас же вслед за их прибытием царь был осажден во дворце антиохийцами; напрасно он старался со своим отрядом и иудейскими вспомогательными войсками одолеть восставших, число которых достигало десятков тысяч. Он был разбит, и враги уже готовились захватить его самого. В этот момент евреи взобрались на крышу дворца и оттуда направили свои выстрелы на врагов; чтобы не подвергнуться, однако, нападению с крыш противолежащих домов, они стали бросать огонь в окружающие постройки. Огонь быстро распространился благодаря скученности домов, большею частью деревянных. Окружившая дворец толпа тотчас же разбежалась; каждый торопился спасти только свою семью и имущество. Тут царские солдаты бросились вслед, истребляя все на своем пути. Совершив такие геройские подвиги, 3000 иудейских воинов возвратились к себе на родину. Но царь, забыв о благодарности, стал грозить Ионафану войной, если ему не будут выплачены все подати, раньше уплачивавшиеся сирийским царям. Угроза эта смолкла, однако, как только появился Трифон с молодым королем, Антиохом VI. Тотчас же к нему примкнули все недовольные элементы, особенно отпущенные старые солдаты. Деметрию II пришлось бежать, а Трифон с Антиохом VI вступили в Антиохию.
Ближайшею задачей нового правителя было привлечь на свою сторону всех крупных вассалов. Таким образом и Ионафан получил от Антиоха VI вместе с различными подарками милостивую царскую грамоту, по которой за ним самим признавались его первосвященнический сан и владычество над 4-мя областями (Иудеей, Эфраимом, Лиддой и Рамафаимом), а брат его Симон был назначен царским наместником всей местности, лежащей между так называемой Лестницей к Тиру (гора к северу от Птолемаиды), и египетской границей. За что Симон удостоился такого особенного отличия, нам неизвестно, но после весьма долгого промежутка времени еврею впервые досталось официальное управление большею частью Палестины. Во всяком случае, главным поводом к проявлению такого расположения послужила верность евреев Александру-Баласу, отцу Антиоха VI. Но замечательно, что и в ближайшее время собственно еврейским полководцем остается Ионафан. Он отправляется в Перею, чтобы собрать там солдат; жители Аскалона делают ему блестящий прием. Затем он делает нападение на город Газу, ворота которого пред ним затворяются, осаждает его, предает огню и разграблению городские предместья, до тех пор, пока не получает возможность взять с собою в Иерусалим в качестве заложников детей лучших в городе семейств. После этого он проходит снова всю страну до Дамаска. Походы эти, как говорят, предприняты были Ионафаном с целью заручиться повсюду союзниками для Антиоха VI против Деметрия II. И, кроме того, Ионафан преследовал и весьма важную для него побочную цель – собрать снова еврейское государственное сокровище, так как со времени Антиоха Великого прежние сокровища совершенно иссякли. Тут военачальники Деметрия II появились в Кадесe (к северо-западу от так называемого Меромского озера), чтобы помешать Ионафану. Но последний двинулся от Генисаретского озера прямо на них и встретился с неприятельским войском на полях Гацора, к югу от Кадеса. Враги устроили в тылу у него засаду, и внезапное нападение, последовавшее затем с их стороны, привело войска Ионафана в немалое замешательство. Тогда первосвященник Ионафан разорвал свои одежды, что дозволяется ему только в случае великого народного несчастья, посыпал пеплом главу свою и стал молиться. Зрелище это произвело удивительное действие на испуганных евреев. Отчаяние святого мужа придало им новые силы. Они отважно вступили в битву, сам Ионафан шел впереди, и враг был разбит. Ионафан преследовал неприятелей до самого Кадеса, где он расположился лагерем. Затем он вернулся в Иерусалим. Между тем Симон после долгой осады взял Бет-Цур, изгнал находившихся там язычников, и сам оставил в этом городе гарнизон. Очевидно, что теперь оба брата могли чувствовать себя полными правителями Иудеи, мало заботясь о лишь номинально продолжавшем существовать верховном владычестве Сирии. Ионафан смело повторил тот решительный шаг, при помощи которого Иуда, незадолго до своей смерти, провозгласил, так сказать, пред лицом всего мира независимость Иудеи. Он возобновил союз с римским сенатом, принятый последним. Одновременно с этим он завязал новые отношения со спартанцами, царь которых Арей писал однажды первосвященнику Онию I о мифическом родстве между иудеями и спартанцами. Конечно, искать оснований для этого родства мы не должны в библейских родословных. Оно лежит скорее в греческом сказании о происхождении спартанцев от финикиян. Весьма понятно, каким образом евреи второго столетия, при давно уже известной нам страсти этого народа считать еврейство источником всякого развития, – каким образом ему могло придти в голову, на основании исторического сказания греков об исконной связи их с финикиянами, сочинить рассказ об общем происхождении спартанцев и евреев.
Между тем против Палестины опять двинулось войско Деметрия II. В области Гамафа, к югу от реки Элевтра, Ионафан вышел к нему навстречу. Но враги не решались вступить в открытый бой; обдуманный ими план ночного нападения был открыт лазутчиками Ионафана и, благодаря принятым мерам предосторожности, расстроен еще до выполнения; сирийцам удалось, однако, уйти (оставив ночью в своем лагере зажженные огни, они тайком перешли через реку Элевтра). Тогда Ионафан предпринял хищнические набеги против забадейских арабов, прибыл в Дамаск и прошел через всю страну. Симон также бродил по юго-западу, вплоть до Аскалона и расположенных там крепостей, и занял город Иоппе. Возвратившись домой, Ионафан приступил к сооружению больших укреплений. Решено было обнести новыми, крепкими стенами Иерусалим и все иудейские крепости. Существующие стены Иерусалима были сделаны значительно выше, между крепостью и городом было возведено обширное укрепление, чтобы окончательно отрезать от сношений с городом все еще не прогнанный из крепости сирийский гарнизон. В то же время Симон укрепил город Гадид, расположенный в Филистимлянской низменности. Таким независимым образом действий Ионафан навлек на себя, однако, подозрения Трифона, который в это время ничем не был стеснен, так как Деметрий II находился в восточных провинциях, где вступил в борьбу с парфянами. Трифон двинулся к Бефшеану (Скифополису), расположенному в Иорданской долине, к югу от Генисаретского озера. Туда же должен был придти и Ионафан, действительно явившийся под сильным прикрытием; его сопровождала вся его армия из 40 000 воинов. При таких обстоятельствах Трифон не отважился не открытое насилие. Он с почестями принял Ионафана, поднес ему щедрые дары и приказал своему войску исполнять приказания Ионафана также, как свои собственные. Затем он убедил Ионафана отпустить все войско, оставив себе только 3000 человек, и вместе с ним отправиться в Птолемаиду: он де желает передать ему этот город вместе со всеми остальными палестинскими крепостями и находящимися в них военными отрядами. По дороге в Птолемаиду Ионафан должен был отпустить еще 2000 из оставшихся у него солдат. Но как только он вступил в город, ворота были заперты, сам Ионафан взят в плен, а сопровождавшие его солдаты перебиты. Преследованию подверглись и те солдаты, которых Ионафан отпустил в Галилее незадолго до своего вступления в Птолемаиду. Но они оказали дружное сопротивление, отбили неприятеля и невредимые вернулись в Иудею со своею печальною вестью.