Лаборатория была задумана первоначально для обработки материалов «СП-1» по биологии и гидрологии. Её первыми сотрудниками стали ныне широко известные учёные В.Г. Богоров, В.И. Калиненко, В.Б. Штокман, П.И. Усачёв, А.А. Кирпичников, Л.О. Смирнова. Первые графики были вычерчены молоденькими дипломницами Н. Зубовой, С. Кан и Е. Саускан. В комнате, где они работали, стоял огромный стол, один на всех. Пётр Петрович нередко заходил в лабораторию, принося очередную наблюдательную книжку-пикетажку с детальными записями со льдины. Он просил девушек переносить эти первичные данные на огромные графики. Потом они вместе обсуждали полученные результаты.
Многие журналисты и полярники задавали Ширшову вопрос: будет ли создаваться новая дрейфующая станция и когда? Пётр Петрович старался много не говорить об этом, подобные вопросы тогда обсуждались в узком кругу. Между тем подготовка к такой станции уже шла. В разработке её планов активно участвовали Ширшов, Шевелёв и Либин. Уже была намечена кандидатура начальника будущей дрейфующей станции – А.И. Минеев, который в 1929–1934 годах возглавлял зимовку на о. Врангеля после Г.А.Ушакова. В 1936 году он был назначен директором Института народов Севера в Ленинграде, о нём хорошо отзывались В.Ю.Визе и Н.И.Евгенов.
Минеев с радостью принял предложение Ширшова и перешёл на работу в Главсевморпуть. Станцию намечено было высадить к северо-востоку от острова Врангеля в районе Полюса относительной недоступности, являющегося в то время «белым пятном» на карте Арктики. Предполагалось, что отсюда она сможет продрейфовать через весь Центральный полярный бассейн.
Однако когда инициаторы доложили своё предложение начальнику Главсевморпути, то не получили поддержки. Папанин считал, что поскольку идёт дрейф попавшего в ледовую ловушку «Седова», надо сосредоточить на нём все силы и внимание. А пока следует послать небольшую воздушную экспедицию для изучения района возможной высадки «СП-2». Ширшов, Шевелёв и Либин взялись за разработку проекта Второй высокоширотной воздушной экспедиции «Север». Для неё выбрали тяжёлый четырёхмоторный самолёт ТБ-3 «СССР Н-169», который участвовал в высадке на полюсе папанинской станции. По рекомендации Шевелёва командиром экипажа назначили молодого, но уже достаточно опытного лётчика И.И. Черевичного. Все остальные члены экипажа до этого участвовали в воздушной экспедиции 1937 года.
Для научной группы было выделено три места. На них отобрали геофизика М.Е. Острекина, метеоролога Н.Т. Черниговского и директора Арктического института Я.С. Либина. План полётов разработали И.И. Черевичный и штурман В.И. Аккуратов, а программу научных исследований – в Арктическом институте. Общий контроль за ходом подготовки осуществлял П.П.Ширшов. Он же выдвинул идею «прыгающего» отряда, последовательно перемещающегося с одной точки наблюдения на другую.
Экспедиция состоялась в апреле-мае 1941 года. Черевичный совершил три уверенных посадки в заданном районе. Научные работники с помощью экипажа самолёта выполнили большой объём наблюдений, проведя по нескольку дней в каждой точке. Всего проработали на дрейфующих льдах две недели. Ещё одно «белое пятно» было стёрто. Все эти дни Ширшов напряжённо следил за ходом экспедиции и оперативно докладывал о ней Папанину. По завершении операции он заявил:
«Теперь, когда разведка сделана и путь к Полюсу относительной недоступности проложен, будем готовить высадку в будущем году там дрейфующей станции, и я добьюсь, что буду в числе её участников». (Сузюмов, 1981).
По возвращении воздушной экспедиции Ширшов дал указание директору Арктического института срочно приступить к подготовке второй дрейфующей станции. Было решено послать весной 1942 года три тяжёлых самолёта с грузами и персоналом станции, а также «прыгающим отрядом» для кратковременных работ в нескольких точках. Однако начавшаяся война отодвинула эти планы на несколько лет. Идея «прыгунов» была осуществлена в высокоширотных воздушных экспедициях 1948–1950 годов. Они привели к открытию подводного хребта Ломоносова – одно из выдающихся событий XX века. Когда весной 1950 года готовилась высадка «СП-2» во главе с М.М. Сомовым, Ширшов был главным консультантом.
Но вернёмся в 1941 год. Из дневника П.П. Ширшова:
«22 июня 1941 года. После кутежа в «Арагви», в 5 часов утра, бросив машину во дворе, принял ванну и собрался ложиться спать. В половине девятого настойчиво требовательный звонок телефона: «Товарищ Ширшов! Говорит дежурный! Приезжайте немедленно в Управление… Папанин звонил из-за города. Едет в город. Велел немедленно разыскать Вас и других замов». Быстро одевшись, сунул голову под кран, чтобы не трещала с похмелья, выбежал во двор. И не попадая сразу ключом, завёл мотор машины. Так началась для меня война». (Ширшова, 2003).
Великая Отечественная война застала Ширшова в должности первого заместителя начальника Главсевморпути. 3 июля он получил мандат уполномоченного по эвакуации Мурманского судоремонтного завода. В те дни судьба ледоколов, которые здесь ремонтировались, вызвала большую тревогу в Главке. Если они не выйдут на трассу, то перевозки в западном районе Арктики будут сорваны, пароходам самим не пробиться через ледовые преграды.
Гитлеровцы хорошо понимали это и заблокировали ледоколы в Кольском заливе, ведя за ними непрерывную воздушную разведку, чему способствовал полярный день. Попытки бомбёжки ледоколов были, иногда бомбы падали рядом с ними, но на первых порах немцы не особенно усердствовали в этом направлении, надеясь захватить Мурманск и флот. Ведь своих ледоколов у них не было, а планы в Арктике имелись обширные.
Слово П.П. Ширшову:
«Перед вылетом в Мурманск короткий разговор с Косыгиным: «Как быть, Алексей Николаевич, с доками, если Мурманск будут сдавать?» – «Вы разве не знаете выступления товарища Сталина? Договоритесь на месте с Военным советом, с обкомом, и решайте». Месяц в Мурманске. Красная армия отстояла подступы к городу и доки взрывать не пришлось». (Ширшова, 2003).
Пётр Петрович быстро организовал вооружение ледоколов пушками и пулемётами, вместе со штабом Северного флота разработал план их вывода в Карское море. Выждав благоприятную, то есть туманную и дождливую, погоду, корабли скрытно покинули Кольский залив и в сопровождении военного конвоя были выведены на трассу Севморпути.
Вспоминает Е.М. Сузюмов, который находился в то время на борту ледокола «Сталин» в составе штаба морских операций:
«В один августовский день, когда ледокол стоял у кромки льда в ожидании подхода судов с грузами, в широкое разводье опустился лёгкий гидросамолёт, подрулил к ледоколу и из самолёта поднялся к нам по трапу Пётр Петрович Ширшов… Вслед за ним лётчики подняли на палубу тушу оленя и отнесли на камбуз. В те военные дни снабжение кораблей продуктами питания резко сократилось и, чтобы пополнить судовые запасы, моряки стреляли белых медведей, которых ели не все». (Сузюмов, 1981).
Из дневника П.П. Ширшова:
«Потом Иван Дмитриевич (Папанин – Ю.Б.) вытащил меня в Москву и послал на Диксон спасать суда от подводных лодок, появившихся в Карском море. Я честно слетал на старушке «Дорнье-Валь», которую бортмеханики окрестили «ракодавом», – раков в реке давить, – слетал в пролив Вилькицкого, в море Лаптевых до островов Комсомольской Правды. Нашёл там Белоусова на «Сталине», которого Папанин загнал к тому времени в море Лаптевых, подальше от подводных лодок. Выпил с Белоусовым пол-литра водки на двоих и полетел обратно на Диксон в поисках подводных лодок.
Лодок я не нашёл. В Карском море они появились в следующем, 42-м году. И, не совершив никаких геройских подвигов, вернулся в Москву. Снова началась торговля с Папаниным, кому раньше уходить в армию». (Ширшова, 2003).
В октябре аппарат Главсевморпути с семьями эвакуировали в Красноярск, где его работу возглавил Э.Т. Кренкель. Поскольку И.Д. Папанин занимался перевозками в Мурманске и Архангельске по заданию Ставки, Ширшову поручили небольшой филиал Главка, оставшийся в Москве.
Из дневника П.П. Ширшова:
«В эти тяжёлые дни, когда враг был у самой Москвы и над Арбатом дрались истребители, а по Садовому кольцу уныло брели голодные стада эвакуированного скота, в эти дни я полюбил Женю». (Ширшова, 2003).
Киевская киноактриса Евгения Гаркуша ехала через Москву во фронтовую бригаду. Случайно она встретила Ширшова на Кремлёвской набережной. Пётр Петрович почувствовал в ней настоящего друга, смелого, жизнерадостного и преданного. Они полюбили друг друга.
21 октября Ширшов получает мандат уполномоченного ГКО на Горьковской железной дороге. В то время сложилось крайне тяжёлое положение на магистралях, ведущих из центра страны на Урал и в Сибирь. Эшелоны с эвакуированными заводами забили не только станции, но и перегоны. Ширшову были даны чрезвычайные полномочия: любой ценой ликвидировать пробки и восстановить движение.
К новому месту службы Пётр Петрович едет вместе с Евгенией Гаркушей. Уже от Петушков, в двух шагах от Москвы, дорога оказалась забитой десятками брошенных поездов. Пропускали только составы на запад, везущие воинскую технику и красноармейцев. Пётр Петрович решает, как это ни парадоксально, увеличить число брошенных, пересортировав все составы по значимости и отведя их с главного пути на второстепенную ветку к Котласу. В их число попали даже вагоны с ценностями Эрмитажа – такое было время. Несмотря на все просьбы и угрозы эвакуированных людей, измученных бесконечными стоянками, на восток пропускались только эшелоны, везущие московские военные заводы.
Из воспоминаний П.П. Ширшова:
«– Начальник, когда отправлять будешь? Пять дней стоим… – спросил простуженный голос из приоткрытой двери товарного вагона.
Закопчённое стекло «летучей мыши» едва пропускало тусклый свет. Вповалку, по всему полу вагона, среди мешков, узлов и всякой домашней рухляди, навалившись друг на друга, спали люди, измученные долгой дорогой. Только окликнувший нас, видимо дежурный по вагону, попыхивал цигаркой, присев на корточки у самой двери…