Ближайшим сотоварищем Гершуни по постановке дела террора являлась Брешко-Брешковская. Ее горячая пропаганда террора, в котором она видела не только устрашающее правительство средство борьбы, но и пример «великой революционно-гражданской доблести», действовала на молодежь заразительно. Молодежь жадно слушала «бабушку» и шла на ее призывы.
Первой задачей, поставленной перед группой Центральным комитетом, было убийство министра внутренних дел Сипягина и обер-прокурора Святейшего синода Победоносцева. Все дело готовил Гершуни, помогал ему во многом Мельников. Той же осенью в состав Боевой организации был принят Степан Балмашев, стоявший до того во главе организованного им в Киеве Киевского союза социалистов и выделявшийся своими резко определенными революционными взглядами. Балмашев – сын дворянина, родился в 1881 году. Будучи студентом Киевского университета, дважды участвовал в студенческих беспорядках и во второй раз был присужден к удалению из университета и зачислен в войска на 1 год. В 1901 году был привлечен Киевским губернским жандармским управлением к дознанию в качестве обвиняемого по ст. 252 Уложения.
Молодой, крайне впечатлительный, но распропагандированный с детских лет своим отцом-революционером, Балмашев вступил в Боевую организацию под влиянием бесед с Брешко-Брешковской и Гершуни. Попав в руки Гершуни, он уже через несколько месяцев соответствующей обработки был подготовлен на какое угодно политическое убийство. Одновременно шла подготовка к террору и еще нескольких молодых людей, и в том числе молодого поручика Григорьева. Гершуни мастерски организовал покушение. Он предусмотрел каждую мелочь и даже заставил Балмашева перед покушением написать автобиографию и изложить свой взгляд на борьбу с правительством. Последние дни пред выступлением Балмашев провел в Финляндии.
2 апреля 1902 года в час дня Балмашев, одетый в адъютантскую форму, приехал в Петербург, в Мариинский дворец, где должен был находиться в Комитете министров Сипягин, и, узнав, что министр еще не прибыл туда, заявил швейцару, что, имея поручение к министру, он приедет еще раз. Через несколько минут Балмашев вернулся, а почти вслед за ним вошел и министр. Балмашев подошел к последнему и со словами, что привез пакет с бумагами от великого князя Сергея Александровича, произвел в Сипягина два выстрела, коими причинил смертельные раны, от которых министр через час скончался (преступник был схвачен, предан Военно-окружному суду и присужден к смертной казни через повешение, каковой приговор и был затем приведен в исполнение).
Одновременно с покушением на министра Сипягина Боевая организация имела намерение напасть и на обер-прокурора Святейшего синода в здании последнего. В него должен был стрелять революционер, переодетый в форму генерал-адъютанта. Покушение, однако, не состоялось из-за недоразумения с телеграммой, благодаря чему исполнитель не мог своевременно прибыть на условленное место. Ввиду этой неудачи Гершуни, не желая упускать момента, решил осуществить покушение в ближайшие дни с помощью Григорьева. 3 апреля Гершуни, придя к Григорьеву, имел с ним и его приятельницей Юрковской беседу, в результате которой было решено следующее. 5-го числа, в день похорон убитого министра, Григорьев должен был пойти в похоронной процессии и произвести покушение на обер-прокурора Святейшего синода. В то же время Юрковская, переодевшись гимназистом, должна была улучить удобный момент и в поднявшейся суматохе произвести покушение на градоначальника генерала Клейгельса. Гершуни дал Григорьеву с Юрковской все необходимые указания, помог купить костюм гимназиста, дал денег на случай, если бы им удалось скрыться после покушения, заставил написать прощальные письма агитационного содержания и дальнейшими беседами старался поддерживать взвинченное настроение молодежи до момента покушения. 5-го числа ни Григорьев, ни Юрковская совершить покушение не решились и, вернувшись домой, приложили затем все усилия, чтобы отойти от Гершуни и его кружка, что им и удалось.
На другой же день после убийства министра Сипягина, 3 апреля, появилась прокламация, разъяснявшая причины убийства министра. Прокламация имела подпись: «Боевая организация партии социалистов-революционеров» – так назвал свою группу Гершуни после ее первого выступления. По поводу убийства была выпущена также прокламация «Ко всему русскому рабочему народу от партии социалистов-революционеров» от 2 апреля и партийная прокламация «Ко всем подданным русского царя» от 3 апреля, которая, впрочем, носила фракционный характер. Совершенное Балмашевым убийство послужило поводом к большой полемике между Боевой организацией и социал-демократами. «Искра» доказывала, что Балмашев не принадлежал ни к партии, ни к Боевой организации, а был социал-демократом.
После совершенного группой Гершуни убийства Центральный комитет партии признал Боевую организацию своим партийным органом и передал ее «диктатору» Гершуни заведование всей террористической работой. Вскоре затем в № 7 «Революционной России» появилась статья «Террористический элемент в нашей программе», высказавшая следующие руководящие взгляды на террор и его постановку:
«Мы – за применение в целом ряде случаев террористических средств. Но для нас террористические средства не есть какая-то самодовлеющая система борьбы, которая одною собственной внутренней силой неминуемо должна сломить сопротивление врага и привести его к капитуляции. Террористические действия вовсе не должны быть каким-то замкнутым внутри себя рядом актов, воплощающих собою всю непосредственную борьбу с врагом. Напротив – для нас террористические акты могут быть лишь частью этой борьбы, частью неразрывно связанной с другими частями; в этой-то живой органической связи они и черпают всю свою силу, все свое значение… И как всякая часть, они должны быть сообразованы с целым, должны быть переплетены в одну целостную систему со всеми прочими способами партизанского и массового, стихийного и целесообразного напора на правительство. Террор – лишь один из родов оружия, находящийся в руках одной из частей нашей революционной армии. В нашей борьбе мы стараемся привести в движение самые разнообразные общественные силы, и каждой из этих сил свойствен свой особый способ проявления. Это не мешает им действовать по единому плану. Так и террористическая борьба не будет чем-то витающим вне прочих видов революционной работы и господствующим над ними. Это – только один из технических приемов борьбы, который лишь во взаимодействии с другими приемами может проявить все то действие, на которое мы рассчитываем. Он усиливает влияние всех других параллельных форм борьбы, и его собственное влияние усиливается действием этих последних…
Таким образом, мы первые будем протестовать против всякого однобокого, исключительного терроризма. Отнюдь не заменить, а лишь дополнить и усилить хотим мы массовую борьбу смелыми ударами боевого авангарда, попадающими в самое сердце вражеского лагеря…
Террористические удары должны быть делом организованным. Они должны быть поддержаны партией, регулирующей их применение и берущей на себя нравственную ответственность за них. Это сообщит и самым героям-борцам то необходимое моральное спокойствие, которое невозможно при действиях на свой личный риск и страх, без уверенности в моральной санкции и поддержке партии. Партийный контроль и партийное регулирование предотвратят опасность – как бы террористическая борьба не оторвалась от всей остальной революционной борьбы, не превратилась бы во что-то самодовлеющее, не перестала считаться с ее меняющимися потребностями и интересами; как бы размеры сил террористической дружины не остались единственным решающим мотивом в вопросе о начале, продолжении, приостановке борьбы; как бы из средства эта борьба не превратилась в цель; как бы она не заняла несоответствующего (в ту или другую сторону) места в революционной программе и тактике; как бы, наконец, тактика террористов не разошлась с общей тактикой революционной армии и не вошла в конфликт с ней…»
Но если, как видно из изложенного, в тактическом отношении Центральный комитет во главе с Гершуни стоял за необходимость координирования борьбы террористическими средствами со всеми прочими формами революционной деятельности и борьбы, то в техническом отношении он стоял за строгое отделение ее от прочих функций партии. «Строгое идейное единство и не менее строгое организационное разделение – вот требование, которому вполне отвечает современная постановка этого дела в партии социалистов-революционеров, – говорилось в той же статье. – Согласно решению партии, из нее выделилась специальная Боевая организация, принимающая на себя – на началах строгой конспирации и разделения труда – исключительно деятельность дезорганизационную и террористическую. Эта Боевая организация получает от партии – через посредство ее Центра – общие директивы относительно выбора времени для начала и приостановки военных действий и относительно круга лиц, против которых эти действия направляются. Во всем остальном она наделена самыми широкими полномочиями и полной самостоятельностью. Она связана с партией только через посредство центра и совершенно отделена от местных комитетов. Она имеет вполне обособленную организацию, особый личный состав (по условиям самой работы, конечно, крайне немногочисленный), отдельную кассу, отдельные источники средств. Эта Боевая организация берет всецело на себя роль охранительного отряда… И поэтому местные комитеты более чем когда-либо получают полную возможность посвятить все свои силы, отдаться всецело творческой работе – пропаганде, агитации, подготовке и устройству демонстраций, организации рабочих масс в городе и деревне, вербовке той великой социалистической армии труда, непрерывный рост которой служит для нас вернейшим залогом победы…»
И действительно, в построении Боевой организации и в технике ее работы принципы обособленности и конспирации были проведены строго до крайности. Это придавало организации прочную спайку, окутывало непроницаемой тайной ее предприятия и тем самым не позволяло разыскным органам своевременно подойти к освещению ее деятельности. Взаимоотношения партии и Боевой организации были оформлены особым «партийным соглашением», автором которого являлся Гершуни.