В 1146 году против Масуда восстали эмир Фарса Боз-Апа и эмир Рея Аббас. К ним примкнули племянники султана, Мухаммад и Малик-шах и его младший брат Сулайман-шах. Масуд бежал в Багдад, а бунтовщики заняли Хамадан. Эмир-хаджиб султана Тоган-йурек заключил с ними союз. В апреле 1147 года Масуд организовал убийство Тоган-йурека, а потом казнь Аббаса. В ответ Боз-Апа занял Исфахан и провозгласил султаном Мухаммада. В июле 1147 года близ Хамадана произошло большое сражение. Армия Боз-Апы потерпела поражение, и он сам погиб. Масуд ненадолго восстановил власть.
Тем временем Санджар опять ходил походом на Хорезм, прекративший выплату дани. После двухмесячной осады был взят Хазарасп и осажден Гургандж. Хорезмшах Атсыз снова запросил мира и возобновил выплату дани.
В 1148 году начался новый мятеж эмиров против Масуда. Они взяли Багдад, перерезали множество жителей и учинили погром. Масуд и ал-Муктафи II бежали из города. Только посредничество Санджара примирило эмиров с Масудом.
Султан Масуд умер в октябре 1152 года. На престол воссел его племянник Малик-шах III. Но в январе 1153 года его сверг вазир Хасс-бек, передавший трон другому сыну Махмуда II, Мухаммаду II. В мае 1153 года он казнил Хасс-бека и его сообщников.
В это же время против Санджара восстали племена огузов в Балхской провинции. Попытка эмира Балха Кумача провести карательную акцию закончилась его разгромом и убийством вместе с сыном. Тогда против повстанцев двинулась армия султана Санджара. Битва произошла в окрестностях Балха. Сельджукская армия попала в ловушку и была полностью разгромлена. Тысячи солдат погибли, а султан Санджар оказался в плену. В том же 1153 году огузы взяли Мерв, истребили многих горожан и вывезли все, что можно, в том числе казну султана. В 1154 году были разгромлены Тус и Нишапур. В следующем году под властью кочевников оказался уже почти весь Хорасан.
В 1156 году против Мухаммада II поднял мятеж его дядя Сулайман-шах, однако был разбит и заточен в Мосульскую крепость. В июле 1156 года скончался хорезмшах Атсыз. Его сменил на престоле сын Иль-Арслан. В том же году Санджару во время охоты удалось бежать. Он прибыл в Мерв и стал созывать вассалов. Но никто не откликнулся, да и казна была пуста. В апреле 1157 года Санджар умер.
В этом же году Мухаммад II потребовал у халифа, чтобы в Багдаде возглашалась хутба с его именем. Халиф отказал, и султан двинул армию на Багдад. А в это время восставший правитель Аррана Ильдегиз, совместно с Малик-шахом и Арслан-шахом захватили столицу. Мухаммад II снял осаду Багдада и направился к Хамадану. Он нанес войскам Ильдегиза поражения у Рея и Нахичевана. Ильдегиз выразил полную покорность и был прощен. Мухаммад II стал готовиться к новому походу на Багдад, но в декабре 1159 года скончался.
Большинство эмиров посадили на престол освобожденного из тюрьмы Сулайман-шаха. Но уже в октябре 1160 года он был свергнут, брошен в Хамаданскую тюрьму и там задушен тетивой в апреле 1161 года. В Багдаде в 1160 году халифа ал-Муктафи II сменил его сын ал-Мустанджид.
А в Хамадане эмиры провозгласили султаном сына Тогрыла II, Арслана. Фактически правил его атабек Ильдегиз. Он именовался «великим атабеком», его сын Джихан-Пахлаван стал эмиром-хаджибом, а второй сын Кызыл-Арслан – верховным главнокомандующим. Правители областей и все вассалы султана должны были приносить присягу в верности великому атабеку. Те, кто отказывался, принуждались силой.
Уже в 1161 году войска Ильдегиза нанесли поражение эмиру Рея Инанджу и правителю Казвина Алп-Аргуну. В 1163 году Ильдегиз совершил поход в Грузию и нанес поражение царю Георгию III. В 1165 году войска хорезмшаха Иль-Арслана заняли Дихистан, а в 1167 году вторглись в Хорасан и сразились под Бистамом с армией Ильдегиза. Сражение не выявило победителя, но хорезмийцы овладели Бейхаком, Себзеваром и Нишапуром. В 1169 году Ильдегиз отразил попытку Иль-Арслана захватить Рей. Эмир Рея Инанджа был в сговоре с хорезмшахом. Но хорезмийцы были разгромлены, Инанджа убит, а Рей перешел к Ильдегизу.
Халиф ал-Мустанджид не поладил со своими вельможами и в 1170 году был задушен ими в бане. Халифат перешел к его сыну ал-Мустади.
Тем временем в государстве батинитов сын шейха Мухаммада Хасан в 1164 году объявил себя имамом из рода Низара. Тогда как его предшественники считали себя даи имама. 9 января 1166 года новоявленный имам был убит в крепости Ламасар братом своей жены Хасаном ибн Намаваром из рода Буидов. На престол взошел 19-летний сын Хасана Ала зикри-хи-с-саляма, Нур ад-дин Мухаммад. Он был уже наследственный имам и казнил не только Хасана ибн Намавара, но и всех Буидов – мужчин, женщин и детей.
В марте 1172 года умер хорезмшах Иль-Арслан. Его старший сын Текиш в это время был наместником в Дженде. Но Иль-Арслан объявил преемником не его, а младшего сына Султан-шаха. Мать последнего Теркен-хатун управляла делами государства. Текиш не признал брата хорезмшахом, бежал к правительнице каракитаев Чэн Тянь и попросил помощи против Султан-шаха. Чэн Тянь послала Текишу войско во главе со своим мужем Фумой. Султан-шах с матерью бежали из Гурганджа в Нишапур. В декабре 1172 года Текиш взошел на престол хорезмшахов.
Эмир Нишупура Муаййид Ай-Аба поддержал Султан-шаха и перешел в наступление на Хорезм. В июле 1174 года у городка Супурли близ Гурганджа состоялось сражение. Муаййид Ай-Аба потерпел поражение, был взят в плен и тут же казнен. Теркен-хатун и Султан-шах убежали в Дихистан. Следом за ними туда направился Текиш. В Дихистане войскам хорезмшаха удалось схватить и казнить Теркен-хатун. Султан-шах ускользнул и нашел убежище у султана Гура Гийас ад-дина Мухаммада.
Но здесь у Текиша возник конфликт с каракитаями. В обмен на помощь они попытались получить дань. В ответ на требование денег Текиш лично убил каракитайского посла и приказал своим вельможам, чтобы каждый из них тоже убил по каракитаю. Узнав об этом, Султан-шах отправился к каракитаям и просил помочь ему против Текиша. Опять в Хорезм вторглась армия во главе с Фумой. Текиш приказал открыть шлюзы и затопить подходы к Гурганджу. Осада стала невозможной.
В 1175 году скончался великий атабек Ильдегиз Шамс ад-дин. Ему наследовал старший сын Джихан-Пахлаван. Султан Арслан Муизз ад-дин тотчас восстал против узурпатора и направился с войском из Хамадана в Азербайджан. Но по пути в Зенджане Арслан поел отравленного щербета и умер. Приказ о ликвидации султана отдал Джихан-Пахлаван. В 1176 году на престол был посажен 7-летний сын Арслана Тогрыл III, а Джихан-Пахлаван стал его атабеком. Он переехал в Хамадан, а в Азербайджане в качестве наместника оставил править своего брата Кызыл-Арслана.
В 1180 году халифа ал-Мустади сменил его сын ан-Насир. А Султан-шах захватил Мерв и сделал его своей столицей. В 80-е годы XII века он занял Тус, Серахс и другие города Хорасана. В 1186 году умер Джихан-Пахлаван и атабеком стал КызылАрслан. Сыновья Джихан-Пахлавана получили в управление: Абу Бакр – Азербайджан и Арран, Кутлуг – Инандж и Рей, Умар – Исфахан, Узбег – Хамадан.
Султан Тогрыл III при первой возможности бежал из Рея и стал собирать войска эмиров, недовольных Ильдегизидами. В 1187 году Тогрыл III повел наступление на Хамадан, и после нескольких сражений Кызыл-Арслан отступил. В мае 1188 года армия Тогрыла III разгромила войска халифа ан-Насира, пытавшиеся овладеть Хамаданом. В декабре халиф послал более мощную армию. Султан отступил от Хамадана к Исфахану, а затем вторгся в Азербайджан. Но в 1190 году Тогрыл III потерпел два поражения от Кызыл-Арслана, и под Хамаданом был захвачен в плен. Его заковали в кандалы и бросили в крепость Кахрам около Нахичевана. А пока в государстве сельджуков происходили эти разборки, хорезмшах Текиш захватил Нишапур в 1187 году.
Кызыл-Арслан провозгласил султаном себя. Видимо решив, что цель достигнута, он погрузился в пьяный разгул. Его авторитет быстро пал. Тогда его жена Инандж-хатун (вдова ДжиханПахлавана) организовала заговор. В ноябре 1191 года после очередной попойки Кызыл-Арслан был убит в собственной спальне. Весной 1192 года эмир Махмуд Анас-оглу освободил из заключения Тогрыла III. В июне того же года около Казвина войска Тогрыла III разбили 15-тысячную армию Кутлуг-Инанджа. Он вошел в Хамадан и снова занял престол.
А Кутлуг-Инандж сдал Рей хорезмшаху Текишу. В сентябре 1193 года умер Султан-шах, и в руки хорезмшаха перешел весь Хорасан. А весной того года Тогрыл III захватил Рей и истребил гарнизон хорезмийцев. Весной 1194 года армия хорезмшаха появилась в Иране. 4 марта Тогрыл III c 60 гулямами напал близ Рея на авангард хорезмийцев во главе с Кутлуг-Инанджем. Во время боя султан был ранен стрелой в глаз и упал с коня. К нему подъехал Кутлуг-Инандж, отрезал Тогрылу III голову и отвез ее хорезмшаху. Текиш отправил голову в Багдад, где ее выставили на воротах. Обезглавленное тело последнего сельджукского султана вздернули на виселицу на базаре в Рее. Текиш захватил Хамадан и другие города Ирана. Кутлуг-Инанджу он передал Исфахан и назначил его старшим эмиром.
В 1194 году войска Абу Бакра потерпели два поражения от армии грузинской царицы Тамары. Грузины передали Гянджу его брату Умару. Но после ухода грузинских войск Умар был убит, и город снова занял Абу Бакр. А Кутлуг-Инандж начал в 1195 году войну с эмиром Рея Майачуком. С помощью халифа ан-Насира ему удалось овладеть Реем и Хамаданом. В мае 1196 года Майачук предложил начать мирные переговоры. Кутлуг-Инандж приехал на них и был тут же убит.
Летом хорезмшах Текиш снова провел поход в Иран и подчинил его себе. Хамадан Текиш передал Узбегу. В июле 1200 года, готовясь к походу на Багдад, хорезмшах Текиш скончался. Престол занял его сын Мухаммад II. Воспользовавшись этим, Узбег с союзными эмирами изгнал хорезмийские гарнизоны из Ирана.
В Рее стал править эмир Гекче. В 1204 году он был убит эмиром Айтогмышем. В начале XIII века хорезмшах Мухаммад II был занят длительной войной с Гуридами, Караханидами и каракитаями. У Ирана была передышка, пока шла борьба за Центральную Азию, но ее никак не использовали. Абу Бакр пил, а в 1210 году умер. На престоле его сменил Узбег, такой же пьяница, как и его брат.