Через некоторое время Лепехин писал в рапорте, отосланном в Академию наук из Соликамска: «Между Верхотурьем и Соликамскою проходящий Урал осматривал и слаживал (взбирался) на самые высочайшие оного хребты». Наиболее трудным оказалось восхождение на Конжаковский камень высотой 1 590 метров, считающийся началом непрерывной цепи гор Северного Урала.
В «Дневных записках» Лепехин отметил: «С хребта Конжаковского камня во все стороны оказывалася дикая и ужасная пустыня, только к зверскому пристанищу удобная. Глубокие долы, пропасти представляющие, темными наполнены были лесами, окружающие верхи везде бесплодную и суровую изъявляли землю. Всякой горы северный бок покрыт был седыми снегами, а полуденный цветами украшенную представлял весну». Но именно там, за Верхотурьем, ему повстречались близ высоких гор самые лучшие и богатейшие месторождения медной руды. Так что с полным основанием он мог сообщить в Академию наук: «Сии высочайших каменных гор утесы научили меня познавать, что и вечным снегом покрытые горы металлами изобиловать могут».
Позади остался еще один участок трудного пути по необъятным просторам России. А впереди у И. И. Лепехина были не менее трудные маршруты по побережью северных морей и на острова Белого моря.
Иван Иванович Лепехин родился в 1740 году в Петербурге в семье солдата лейб-гвардии Семеновского полка. Отец был однодворцем, владел небольшим участком земли в Симбирском уезде. Дети солдат лейб-гвардии зачислялись в учебные заведения наравне с дворянскими детьми, и способный мальчик был определен в 1751 году в гимназию Академии наук.
В декабре 1759 — январе 1760 года Лепехин успешно сдал экзамены по латинскому языку, логике, арифметике, геометрии и тригонометрии, после чего был зачислен в Академический университет.
Указ академической канцелярии от 19 января 1760 года гласил: «Быть Ивану Лепехину студентом, дать ему шпагу и привести его к присяге». Новый студент получил установленной формы шляпу, зеленый кафтан и камзол.
Лепехин пробыл в университете два с половиной года. С января 1760 года по распоряжению президента Академии наук К. Г. Разумовского Академические гимназия и университет были поручены «единственно г-ну советнику Ломоносову». Именно М. В. Ломоносов распорядился в начале 1762 года, чтобы студенты старших курсов Академического университета избрали себе определенную специальность и совершенствовались в ней.
Лепехин заявил, что хотел бы специализироваться по натуральной истории, но за отсутствием в Академии наук «такого профессора, который бы мог обучать сей науке, не мог в оную вступить» и пока посещает лекции профессора Лемана по химии, а в дальнейшем просит отправить его в какой-либо иностранный университет. Комиссия академиков проэкзаменовала Лепехина и признала, что он «по его способностям, доброму нраву и основательно заложенному фундаменту в науках» вполне заслуживает этого.
Академическая канцелярия 26 августа 1762 года приняла решение послать Лепехина в Страсбургский университет, отпустив на его содержание 200 рублей в год. Уже 23 сентября юноша на корабле, направлявшемся в Любек, покинул Кронштадт. Он добрался до Гамбурга и оттуда морем отправился в Амстердам. По пути во время сильного шторма корабль пошел ко дну и пассажиры с трудом добрались до берега, потеряв часть багажа. Наконец 19 ноября 1762 года Лепехин добрался до Страсбурга и был зарегистрирован студентом здешнего университета, одного из лучших в Европе.
Уже в первом учебном году Лепехин прослушал курсы анатомии и химии и начал посещать лекции по физиологии, экспериментальной физике и ботанике, продолжал брать уроки рисования, французского и немецкого языков. В свободное время он собирал гербарий. На протяжении всей учебы в Страсбурге университетские профессора исключительно высоко оценивали его успехи в учебе и прилежание при выполнении практических работ. Во второй год обучения Лепехин слушал лекции по ботанике, физиологии и физике, патологии и фармакологии. Он упорно занимался практической анатомией, посещал госпитали, работал в ботаническом саду химика и ботаника профессора Шпильмана, продолжал собирать за городом и изучать местную флору.
Так же напряженно он занимался в третьем, 1764/1765 учебном году, а собранный им гербарий включал уже 629 видов растений. Он собрал более 100 видов насекомых, описал 120 видов птиц и 36 видов рыб, которые мог видеть в окрестностях Страсбурга.
Наблюдая его прилежность и успехи в учебе, профессор Шпильман обратился с письмом к русскому послу в Вене князю Д. П. Голицыну, в котором рекомендовал Лепехина на кафедру ботаники и естественной истории, остававшуюся свободной в Петербургской Академии наук в течение нескольких лет. Посол переслал письмо в Академию наук с благожелательными комментариями.
Проучившись еще один учебный год, Лепехин подготовил и успешно защитил на диспуте диссертацию по теме «Об образовании уксуса» на степень доктора медицины. В 1766/1767 учебном году Лепехин закончил повторное слушание лекций по естественной истории и медицине и попросил руководство Академии разрешить ему уехать из Страсбурга в какой-нибудь другой университет, где бы он смог более глубоко изучить минералогию.
В феврале 1767 года в академической канцелярии было принято решение о возвращении в Петербург русских студентов, обучавшихся за рубежом, в том числе и Лепехина. Он покинул Страсбург и возвратился в Петербург в октябре 1767 года, а через шесть месяцев был единогласно избран адъюнктом Академии наук.
Летом 1768 года молодой адъюнкт возглавил один из трех отрядов Оренбургской экспедиции, которая направлялась Академией наук для «собирания натуральных вещей и для изучения трех царств природы» в Поволжье, Оренбургской губернии и на Урале. Для всех академических экспедиций была составлена одна общая инструкция, о которой рассказано в очерке о П. С. Палласе. Отряд Лепехина составляли 18-летний студент Николай Озерецковский, воспитанник семинарии, «села Озерецкого священников сын», присланный в Академию наук в конце 1767 года вместе с несколькими другими семинаристами, гимназисты 16-летний Тимофей Мальгин и столь же юный Андрей Лебедев, рисовальщик Михаиле Шалауров и чучельник Филипп Федотьев.
Перед отправлением в экспедицию студентов и гимназистов ознакомили со специальным наставлением. В нем говорилось о том, что им предстоит «собирать и приготовлять натуральные вещи, сушить травы, копировать журналы, описания и другие ученые дела», учиться «натуральной истории вообще, а именно: зоологии, ботанике, минералогии, дабы… со временем могли себя показать в сей науке и при академии определены быть с пользою».
Обоз экспедиционного отряда Лепехина вышел из Петербурга 8 июня 1768 года и через девять дней прибыл в Москву, а затем проследовал в раскинувшийся на холмах высокого левого берега Клязьмы Владимир, поразивший путешественников обширными вишневыми садами предместий. С первых же дней путешествия начался сбор ботанической коллекции и образцов насекомых. В окрестностях Владимира удалось даже найти «козявку, еще никем не описанную». Лепехин отметил в дневнике: «Она принадлежит к роду божьих коровок».
Затем отряд через Муром, Арзамас прибыл в Симбирск, далее, перебравшись на левобережье Волги, путешественники достигли реки Черемшана. Там удалось побывать в мордовских, чувашских и татарских селениях, познакомиться с бытом, обычаями и трудовой деятельностью жителей.
В 100 верстах от Черемшанской крепости в селе Спасском состоялась встреча Лепехина с видным географом, автором «Оренбургской топографии» Петром Ивановичем Рычковым. Далее путь на Ставрополь (Ставропольна-Волге, ныне Тольятти) проходил по берегу реки Сок, где были найдены смоляные и серные ключи. Из Ставрополя Лепехин возвратился в Симбирск, где отряд зимовал. Из Симбирска Лепехин отправил в Академию наук коллекцию собранных насекомых, гербарий из 405 трав, чучела птиц, зверей и рыб, а также рисунки собранных экспонатов. С наступлением весны Лепехин занялся геологическими исследованиями в окрестностях Симбирска.
Весной 1769 года «для большего успеха, — писал Лепехин, — отправил я из Симбирска студента Николая Озерецковского, на которого перед другими больше полагал надежды, в город Саратов, для собирания там птиц и весенних трав, дав ему в помощники чучельщика и стрелка». Молодой студент самостоятельно успешно поработал около четырех месяцев в Саратове, Царицыне и присоединился к основному отряду уже около реки Дон.
Для самого Лепехина экспедиционный сезон в 1769 году начался 9 мая. Из Сызрани Лепехин, отправив вперед обоз, поплыл вниз по Волге, чтобы осмотреть берег с реки. На лодке с двумя гребцами Лепехина сопровождали два студента и два отставных солдата в качестве охраны. В Саратове Лепехин посетил местные фабрики, пристани, ознакомился в окрестностях с местной флорой и фауной.
Далее его путь шел по берегу Волги, а затем через степь к Лавлинским горам и в Дмитриевск. Оттуда он отправился на озеро Эльтон; описал все берега этого соленого озера, впадающие в него речки, потом проследовал в Царицын и Астрахань.
Отправив свой обоз морем в Гурьев, Лепехин со спутниками перебрался в Красный Яр, городок, расположенный недалеко от Астрахани. Оттуда начался самый трудный переход к поселению Яман-Кале на реке Яике (река Урал), а оттуда до Гурьева.
Путешественники ехали невдалеке от побережья Каспия. Вот строки из «Дневных записок» Лепехина:
«Глазам нашим представлялося неизмеримое поле и никем необитаемая пустыня. Сообщество наше состояло только из трех человек, а охранителями служили четыре вооруженных казака. Не имея на степи торной дороги… уподоблялися мореплавателям, которые по компасу управляют свой корабль, ибо и нам компас в туманное время служил вожатым. Тут мы научилися познавать истинную нужду в дороге. Очаг наш составляла выкопанная в земле яма, дрова наши были конский и коровий иссохший помет, который мы не с меньшим по степи собирали рачением, как всякую необходимо нужную вещь; притом малолюдство наше заставляло нас ночную держать стражу и всегда оседланных иметь лошадей».