По жалобам александрийцев на префекта своего Артемия, за то, что низвергал кумиры в царствование Константина, Иулиан вызвал его в Антиохию и осудил на смерть вместе с некоторыми из своих воинов, роптавших на принуждение их к идолопоклонству. Чернь языческая Александрии, никем более не удерживаемая, воздвигла смятение против христиан, многих побила камнями, иных распяла в поругание кресту, и, исторгнув из церкви епископа Георгия, гонителя Афанасиева, умертвила на улицах; самый труп его был сожжен и пепел брошен в море. Сановники царские с трудом укротили мятеж.
Тогда Афанасий возвратился из пустыни после семилетнего удаления; торжественно и вместе смиренно было его вшествие в свою церковную область. Он ехал на осле посреди бесчисленной толпы, которая далеко устремилась ему навстречу. Казалось, весь Египет собрался около своего пастыря; на всякий холм восходил народ, чтобы только увидеть его хотя издали и услышать желанный голос, или освятиться тенью его, как некогда Апостольскою. Все различные племена великого города совокупились в едином торжестве, выражая радость многоязычными песнями; курили фимиам по улицам, возжигали факелы на целые ночи; одинаковое веселье царствовало и в домах и на торжище; ариане бежали опять, все их церкви перешли в руки православных; но Афанасий никого не гнал, облегчая участь угнетенных без различия исповеданий; он приказал только очистить святилище от недостойных клириков, правую же веру — от хульных догматов.
Пользуясь возвращением изгнанников, Евсевия Веркелинского и Луцифера Сардинского, он соединил малый собор в Александрии, из двадцати только епископов, которые все были исповедниками, для утверждения истинной веры и умирения Церкви Антиохийской. Буря арианская, волновавшая вселенную Римскую в долгое царствование Констанция, оставила по себе горькие следы; почти все епископы, подписав последний символ собора Риминийского, признали себя арианами, сами того не ведая, и когда постигли обман, свидетельствовали клятвенно, что в простоте сердца всегда чужды были злой ереси: однако же те немногие, которые не подписали символа, чуждались их общения, и такое состояние повсеместного разрыва было опасно, как сама ересь. Надлежало с большей осторожностью и снисхождением приступить к исцелению язв церковных, чтобы не ожесточить падших и не соблазнить малодушных; великий Афанасий, глубоко постигавший нужды своего времени, хотя сам никогда не колебался в вере, положил на соборе простить начальников ереси, если покаются, не принимая их, однако, в клир, и удержать в нем совращенных неволею, потому что только нечаянно вдались в обман. Символ Никейский опять предложен был всем Церквам в основание истинной веры, и на соборе ясно изложено учение о единстве Существа и трех ипостасях или лицах Св. Троицы, равночестных и нераздельных, и о великом таинстве воплощения Сына Божия для искупления человеческого рода.
Потом Афанасий и с ним прочие отцы, написали увещательную грамоту к Церкви Антиохийской о мире между православными последователями епископа Мелетия и пресвитера Павлина, верного памяти блаженного Евстафия, внушая им соединиться вкупе против нечестия Ариева. Но Луцифер Сардинский, предупредивший других посланных в Антиохии, после тщетных усилий о соглашении обеих сторон еще более возбудил несогласие, рукоположив пресвитера Павлина в епископа, вопреки правам Мелетия. Видя же против себя неудовольствие отцов собора Александрийского, он нарушил сам общение с ними и отверг их снисходительные решения относительно падших. Таким образом, три епископа управляли паствой Антиохийской: Мелетий и Павлин — православными, Евзой — арианами, и несогласие это продолжалось еще пятьдесят лет. Луцифер скончался в Сардинии вскоре после своего возвращения, но Евсевий и Иларий продолжали действовать в Италии и Галлии, приводя в исполнение правила собора Александрийского и соединяя между собою епископов, несогласных с исповеданием Риминийским. Усилиями их весь Запад опять обратился к Православию, несмотря на гонения язычников, ибо и там текла кровь мученическая, как на Востоке; и в Африке донатисты, пользуясь покровительством царским, нападали на православных, ругались над святынею и умертвили многих из числа клира.
Язычники Александрийские недолго оставили в покое святителя Афанасия; они обвинили его перед императором, как разорителя их святыни, и Иулиан осудил многократно уже сужденного прежними кесарями, на изгнание, несмотря на жалобы православных. Он написал даже своеручно к префекту Египта, что наложит пеню на всю область, если в известный срок не удалится Афанасий, и послал воинов сжечь главную церковь Александрийскую, с повелением умертвить его. Верные со слезами молили пастыря своего удалиться. «Это только облако, которое скоро рассеется», — сказал Афанасий и поплыл вверх по реке в Фиваиду. Мучители, узнав о бегстве его, послали за ним погоню, и друзья советовали ему выйти на берег, чтобы бежать в пустыню; но Афанасий, напротив того, велел обратить ладью и плыть в Александрию, уверенный, что Покровитель его крепче гонителя. Убийцы, встретясь с ладьею на реке, спросили плывущих: «Далеко ли Афанасий?» И спутники его отвечали: «Нагоните скоро, если поспешите». Так разошлись мучители со своею жертвою.
А между тем отступник готовился к походу против Персов непрестанным приношением жертв идольских и тщетно искал разгадать успех войны в их дымящихся внутренностях. Жрецы Аполлоновы уверили его, что священные кости мученика Вавилы, в предместий Дафны, препятствуют гаданиям, и он велел нарушить их вековой отдых; граждане Антиохийские, с духовным торжеством, перенесли нетленные останки своего епископа в бывшую его кафедру, и через несколько дней молния сожгла капище Дафны. На христиан обрушилось мщение императора: церкви Антиохийские были закрыты, богатая утварь расхищена и поругана, священники бежали; остался один мужественный пресвитер, именем Феодор, и его казнили. Пали и другие мученики из клира и народа: Иулиан велел снять знамение креста со священной хоругви Константина; но воины царские, Воноз и Максимилиан, не захотели изменить своей хоругви, и, претерпев истязания, были сопровождены св. епископом Мелетием до места казни. Дядя императора, одноименный ему отступник, содействовал племяннику в гонениях и поражен был внезапной смертью, в которой верные видели предзнаменование близкой кончины самого мучителя.
Уже он сделался ненавистен и презрителен языческими суевериями народу Антиохийскому, и не раз подымался против него ропот в амфитеатре. Раздраженный насмешками черни, отмстил язвительною сатирою на все Христианство и пространным творением против веры им оставленной, которую силился опровергнуть доводами философскими. Он покусился и на самом деле доказать тщету пророчеств Христовых о конечном запустении храма Иерусалимского и созвал Иудеев к его сооружению, обещая им сокровища царские. Современный историк языческий, Аммиан Марцеллин, описал это происшествие в назидание будущим векам. Отовсюду стеклись Евреи, воспламененные ревностью к обновлению древнего святилища, и заблаговременно уже осыпали поруганиями христиан Иерусалимских; но св. епископ Кирилл, возвратившийся из заточения, укреплял своих твердой верой в исполнение пророчеств. Жены Еврейские не уступали в усердии мужьям: совлекая с себя все драгоценные украшения, жертвовали их на строение храма, и сами носили камни в полах богатой одежды, копая землю серебряными лопатами. Правитель области всеми средствами споспешествовал успеху работ; но когда разрыли древнее основание, пламенные клубы исторглись из-под земли, опалили строителей и, непрестанно возгораясь, принудили оставить начатый труд. Страшное землетрясение обрушило окрестные здания, где поместились Евреи, и разметало все собранные камни и сами орудия их разнесло вихрем или сожгло огнем. Многие из Иудеев и язычников, пораженные чудом, крестились.
Отступник, не внимая знамениям Божиим, двинулся в пустыни Заевфратские, и уверенный в победе, сжег за собою флот. Ночью, накануне последнего дня, бодрствующему в шатре явился темный дух, по его понятию, гений империи, уже однажды посещавший его в Париже, когда был избран на царство, и поразил ужасом. Утром окружили стан полчища персов и не дали времени вооружиться; вражья стрела пронзила насквозь Иулиана; чувствуя гибель, он брызнул горстью крови к небу с горьким воплем: «Ты победил, Галилеянин!» И испустил дух.
Некоторые святые мужи возвестили смерть отступника в самую минуту ее события. Отшельник Озроенский Иулиан Савас на расстоянии двадцати дней пути от стана кесарева открыл ученикам своим, что сильный вепрь, расхищавший вертоград Господень, лежит мертв; в Антиохии же учитель и друг императора, софист Ливаний, насмешливо спросил одного благочестивого ритора христианского: «Что делает сегодня сын плотника?» — разумея Христа, и услышал в ответ: «Гроб!» И Дидим-слепец, знаменитый учитель школы Александрийской, в ночном видении узрел скачущих всадников, взывающих к нему: «Встань и пошли сказать епископу Афанасию, что сегодня не стало Иулиана». Но Афанасий уже был предварен.
Находясь беспрестанно в опасности, он опять удалился в нижнюю Фиваиду и там совещался с двумя отшельниками, Памвою и Феодором освященным, учеником великого Пахомия, куда бы укрыться от ярости кесаревой. Они предложили ему одну из обителей Тавенских, и святитель вступил с ними в ладью, но противный ветер замедлил их шествие по реке; Афанасий скорбел духом и молился, Памва хотел ободрить его, но великий муж Церкви отвечал: «Не о себе скорблю; я спокоен как бы во дни мира, ибо терплю Христа ради, и по благодати Его сердце мое готово на все, что только пошлется мне от Господа». Говоря таким образом, Афанасий заметил, что авва Феодор улыбается авве Памве, и тот отвечает ему такой же улыбкой; он спросил их о внезапной причине веселья, и каждый предоставлял другому ответствовать; наконец, Феодор освященный сказал: «Тебе нет нужды укрываться в Фиваиду, кесарь Иулиан сейчас скончался в Персии, и над ним сбылись слова Писания: муж нечестивый не преполовит дней своих! Иди к преемнику его и с честью возвратишься в свою Церковь». Так рассказывал о том сам Афанасий и возвратился в Александрию, где, вместе с вестью о смерти гонителя, получил пригласительную грамоту от нового императора Иовиниана, который уже исповедал однажды Христа пред отступником, и в самый час избрания своего на престол объявил легионам, что он не может предводительствовать язычниками. Афанасий отвечал ему на вопрос о правом исповедании веры: «Символ Никейский есть единый истинный, которому следует весь Запад и Восток», и святитель поспешил сам предстать императору в Антиохии.