Правление досталось на деле Матвееву, а оно могло попасть в худшие руки. К несчастью, этот заместитель нового государя был также приемным отцом мачехи царя, и между детьми от обоих браков загорались скоро во дворце споры, невиданные до тех пор. Вскоре без всякой метафоры возродилась Византия в третьем Риме. Дочь покойного государя от первого брака, Софья Алексеевна, командует целым батальоном царевен, пятью сестрами и тремя тетками, которых уже не запирали в терем по старинной моде, так как на этот счет Наталия приучила обитателей Кремля к новому духу. Власть Софии опиралась на прочное положение, созданное Милославскими во время долголетнего брака Алексея с его первою женою. Наталия умеет стоять на своем, но политика не была ее делом, а сын ее был слишком мал. Автор очень любопытного сообщения о стрелецком бунте, один польский хронист, говорит, что Матвеев сначала скрывал смерть Алексея и хотел воцарить Петра с помощью этого мятежного войска. Между тем это не вменялось ему в вину среди главных обвинений, предъявленных потом против предполагаемого творца этого заговора.
Во всяком случае, преданный Феодору, Матвеев сохранил еще некоторое время свое высокое положение, но власть постепенно ускользала из его рук. Постоянно болея, новый царь тем более легко отдавал себя на попечение своим близким и, наперерыв заботясь о нем, тетки и сестры сумели отставить ненавистную мачеху скромную дочь стрелецкого капитана, который в Смоленске носил еще лапти. Сам выскочка, и благодаря этому еще более ревниво наблюдая за всяким счастливым соперником, управитель двора Богдан Хитрово, хотя и был когда-то интимным другом Матвеева, деятельно помогал их усилиям, пользуясь влиянием управительницы двора, той самой Анны Петровны Хитрово, которая благодаря своей репутации постницы пользовалась большой любовью в маленьком женском мирке, хотя и эмансипированном, но все еще очень набожном, который теперь царил в Кремле.
Матвеев потерял сначала управление аптекарским приказом, очень важным учреждением в то время, так как лекарства играли большую роль в жизни царствующего государя. Потом, грубый предлог, жалоба датского резидента на неоплаченную доставку рейнвейна, послужил поводом к смещению несчастного (в июле 1676 года) под рукоплескания черни, считавшей Матвеева колдуном. Сосланный вглубь Сибири, в плачевной памяти ужасный Пустозерск, он еще имел наивность забрасывать прошениями и оправдательными письмами царя и его приближенных, не забывая в них и бедную Наталию. Он не знал, что в это же время собственный брат второй жены Алексея, Иван Нарышкин, также подвергся пожизненному изгнанию после долгого пребывания в застенке.
В то же время патриарх Иоаким сводил свои личные счеты с духовником Алексея, Андреем Савиновым. Он лишил его священства и заключил в отдаленном монастыре. Но для старого злопамятного священнослужителя, нашедшего в этом свое удовлетворение, это было только началом других репрессий, предметом которых явились более крупные лица.
При известии о смерти «тишайшего» царя взволновался и другой изгнанник. В своей тюрьме Ферапонтовского монастыря Никон проливал слезы, но отказался прислать письменное свидетельство прощения, которое по обычаю просили у него для усопшего. Кроме того, обратившись с просьбою к новому государю по незначительному поводу, он даже подписал ее: Никон, патриарх. Правящий патриарх воспользовался этим, чтоб собрать новый реквизит против смелого соперника. Комиссар, назначенный для наблюдения за арестованным, князь Самуил Щайссунов, отдался этому делу с большим рвением. Излишества всякого рода, варварское обращение с различными членами общины, наложение наказания на одного служителя, повлекшего за собою его смерть: все эти преступления, в которых обвинялся неисправимый мятежник, сыпались, как из рога изобилия. После смерти Алексея Никон не переставал пить во время поста, позволяя себе в пьяном виде особенные выходки, соединенные с грубым развратом. Он напоил водкою одну молодую девушку двадцати лет до того, что она потеряла рассудок и даже жизнь. Его заточение сделалось иллюзорным. Так, например, он приказал выстроить себе дом в двадцать пять комнат и вел там жизнь, никоим образом не могущую быть терпимою. Очень редко отправляясь в церковь, по свидетельству прислуживавшего ему брата Ионы, он уже три года не говел, под предлогом советов врачей, водил к себе молодых женщин, запирался с ними с глазу на глаз и совершенно их раздевал. Он очень любил совершать свадьбы, водил молодых женщин после церемонии в свою келью, напаивал их и держал там у себя до полуночи. Один мирянин служил для него сводником, и многие из его почитателей приходили к нему ночью со своими женами и отдавали их ему.
Предполагаемое участие бывшего патриарха в бунте Стеньки Разина было поставлено на вид, и собор, созванный по этому поводу Иоакимом, кажется, признал очевидность всех фактов, отягчавших обвиняемого. Никон их энергично отрицал. Ухаживая за больными женщинами, он, как он утверждал, никогда не касался «срамных частей», а только предписывал употреблять для них подходящие мази. Исключая Ионы, все его приближенные его оправдывали. Но в мае 1676 года, по декрету Собора, он был тем не менее отправлен в монастырь Св. Кирилла, где тщательно выбранные два монаха должны были жить с ним в одной келье и внимательно наблюдать за ним.
Он однако нашел себе защитников даже в семье Феодора. Одна из сестер Алексея, Татьяна Михайловна, сохраняла с детства глубокую привязанность к старому другу своего брата. В 1678 году она побудила своего племянника посетить Воскресенский монастырь. На Феодора произвела сильное впечатление красота этого учреждения. Он много раз ездил туда и в конце концов предложил общине подать ему просьбу в пользу его основателя.
Но для дарования ему прав, необходим был новый Собор, и Иоакиму было нетрудно повлиять на его решение. Феодор ограничился посылкою Никону собственноручного письма с изъявлением ему своего сочувствия. Несколько позже архимандрит монастыря Св. Кирилла, Никита послал заявление о близкой смерти бывшего патриарха, на что Иоаким ответил приказанием похоронить его, как простого монаха.
Феодор был слишком слаб, чтобы обуздать главу своей церкви. Между тем в 1681 году он вздумал подражать своему отцу, сделав призыв к восточным патриархам и после кропотливых переговоров, добился отмены приговора, произнесенного над бывшим патриархом в 1666 году. В то же время архимандрит Воскресенского монастыря Герман передал царю письмо, в котором Никон прощался с монахами основанной им обители и, прочитав его, Феодор так взволновался, что Иоаким счел за благоразумное уступить.
С большой поспешностью дьяк из конюшенного приказа, Иван Чепелев, был послан в монастырь Св. Кирилла, чтоб взять оттуда арестованного и перевезти его в Воскресенский. Судя по легенде, за несколько дней до прибытия этого агента, о котором не было еще ничего известно, Никон приготовился к отъезду, так что думали, что он потерял рассудок. Он сел на барку на Шексне в состоянии крайней слабости. Вместо того чтобы подняться вверх по Волге, как его уговаривал Чепелев, он спустился по реке до Ярославля и среди огромного стечения населения, жившего по берегам Волги и изъявлявшего ему знаки своей симпатии, 16 августа 1681 г. он достиг монастыря Св. Девы, по соседству с городом. Чувствуя себя плохо, он приказал там высадиться и на следующий день умер. Ему было около семидесяти пяти лет. Отложенный, благодаря слабости Феодора, приказ о помиловании, под которым молодой царь хотел подписать свое имя, пришел слишком поздно. Печальный наследник Алексея и сам недолго жил после этого, и после Матвеева фактическая власть продолжала ускользать из его рук, разделенная между фаворитами, которые, впрочем с большим достоинством, разыграли прелюдию к будущей роли Меньшикова, Бирона и Шувалова.
Милославские теперь стушевались перед другими выскочками. Иван Максимович Языков, будучи, как и Адашев при Иване Грозном, первым камергером, достиг первого ранга вместе с Алексеем Тимофеевичем Лихачевым, старым наставником царевича Алексея, и своим братом, Михаилом. Эта троица устроила при дворе полный переворот, принудив Феодора к очень странному браку с молодой девушкой темного происхождения, Агафьей Грушецкой. Не обладая ни выдающеюся красотою, ни обаянием, которые могли бы ее рекомендовать выбору государя, очень плохо воспитанная своею теткою, женою простого думского дьяка Семена Заборовского, эта личность имела за собою лишь привилегию польского происхождения, как залог возможного желания оказывать свое влияние в пользу особого западничества, соблазнявшего временщиков.
Языков и Лихачев были полонофилами. Они думала приучить Москву к этой близкой цивилизации, уже привычной для этой страны. Она соблазняла их картинами культуры, открытой иностранным влияниям, но сохранявшей при том свою славянскую самобытность. Вокруг этого брака, в который они вовлекли свою предполагаемую сообщницу, оказавшуюся бесплодной благодаря умирающему мужу, разгоралась борьба между тенденциями, которые они надеялись сделать господствующими, и всесторонней европеизацией, исповедуемой многочисленными сторонниками более радикальной перемены национальной жизни. Ее должно было решить восшествие на престол Петра Великого.
Уступив Алексею Лихачеву место первого камергера и перейдя на положение окольничего, Языков, ставили одно время всемогущим, был вынужден посчитаться с крупным человеком ближайшей эпохи, Василием Васильевичем Голициным, мощный дух которого и властный темперамент стали уже проявляться.
Между тем правление Феодора, отданное в руки этих людей, встало лицом к лицу со страшными проблемами внешнего и внутреннего порядка страны. Извне то были последствия долгой войны против Польши за обладание Украйной. Завоевание части этой провинции поставило новых владельцев в необходимость бороться с непослушанием казаков, а мир, наконец подписанный с Польшею, открывал грозные перспективы со стороны Турции. Перед смертью Алексея московский резидент в Варшаве, Тяпкин, указал на возможность польско-турецкого соглашения, начатого при посредстве Франции, и Собесскому улыбалась перспектива идти по следам Батория. Король просил напротив помощи московской армии против общего врага христианства: он осуждал интриги «французской партии», но Москва оставалась глухою. Тогда он дошел до того, что пригрозил палкой резиденту, и в октябре 1676 года подписал с Портою Зуравновский трактат.