11 июня 1930 года арестован по делу организации «Всенародный союз борьбы за возрождение свободной России» («Дело академика Платонова»), 14 марта 1931 года освобожден из Дома предварительного заключения «за недоказанностью обвинения».
В марте 1935 года его выслали из Ленинграда в Саратов, где он недолго служил в церкви, но по большей части занимался литературными трудами. Овдовел, во время ленинградской блокады потерял троих детей. В декабре 1941 года Патриарший местоблюститель митрополит Сергий (Страгородский), находившийся в эвакуации в Ульяновске, предложил ему стать епископом.
13 октября 1942 года пострижен в монашество. С 14 октября 1942 года – епископ Саратовский. 15 октября 1942 года возведен в сан архиепископа. С 8 июля 1943 года – архиепископ Саратовский и Сталинградский. В 1942–1943 годы временно управлял Астраханской епархией, некоторое время окормлял приходы Тамбовской епархии. Участник Архиерейского Собора 1943 года и Поместного Собора 1945 года. С 26 мая 1944 года – архиепископ Псковский и Порховский, временно управляющий Ленинградской и Новгородской епархиями, с 28 июля 1944 года – также Олонецкой епархией. С 7 сентября 1945 года – митрополит Ленинградский и Новгородский; кроме того, временно управлял Псковской (1945–1949 гг. и вторично 1949–1954 гг.) и Олонецкой епархиями (1944–1947 гг. и вторично 1949–1954 гг.). С 1945 года также управлял русскими общинами и монастырями в Финляндии. В 1946 году управлял также Эстонской епархией.
В 1954 году освобожден от управления Псковской епархией и приходами и монастырями в Финляндии.
В 1943 году по поручению митрополита Сергия (Страгородского) свт. Григорий подготовил проект воссоздания духовного среднего и высшего образования. Был председателем Учебного комитета при Священном синоде с его возрождения в апреле 1946 года до кончины. Был инициатором и главной движущей силой восстановления деятельности Ленинградских духовных школ. Патриарх Алексий II (сам учившийся в этих школах в бытность митрополита Григория правящим архиереем) в 2005 году вспоминал о его деятельности: «В возрожденные духовные Академию и Семинарию в послевоенные годы он сумел привлечь кандидатов и магистров богословия дореволюционной духовной школы, которых знал и с которыми работал на ниве богословского образования и тем обеспечил преемство богословского образования в Русской Православной Церкви. Разработанная им система богословского образования выдержала испытание временем и позволила подготовить большое количество священно– и церковнослужителей».
Неоднократно возглавлял церковные делегации, посещавшие зарубежные страны. В апреле 1945 года он посетил Болгарию, где занимался вопросами возобновления общения с Болгарской Православной Церковью по снятии ранее в том же году схизмы.
В октябре того же года о. Григорий посетил Финляндию для переговоров с архиепископом Карельским Германом (Аавом) (Православная церковь Финляндии), пытаясь (в конечном итоге, безуспешно) вернуть ушедшие в Константинопольский патриархат финские православные приходы в юрисдикцию Московской Патриархии.
В августе 1946 года возглавил делегацию РПЦ, направленную в Париж в связи с кончиной 8 августа митрополита Евлогия (Георгиевского), за год до того присоединившегося к Московскому патриархату вопреки желанию большинства своей паствы и клира; возглавил его отпевание. Попытка закрепить Западноевропейский экзархат в юрисдикции МП закончилась полным провалом.
В конце 1946 года святитель возглавлял делегацию РПЦ, совершившую поездку на Ближний Восток, встречался с Александрийским, Антиохийским и Иерусалимским патриархами.
В 1947 году сопровождал патриарха Алексия I во время его визита в Румынию. С 18 июля до конца ноября 1947 года находился в США, как полномочный представитель патриарха для обсуждения с митрополитом Феофилом (Пашковским) «условий воссоединения возглавляемой им ориентации» (Северо-Американской митрополии) с РПЦ, но не сумел добиться личной с ним встречи и отверг предложенный ему митрополией Проект автономии Русской Православной Церкви в Северной Америке и Канаде.
Церковно-дипломатическая деятельность митрополита Григория была связана как с выстраиванием позитивных отношений РПЦ с православными церквами, так и с укреплением ее позиций на международной арене, что соответствовало и политическим интересам руководства СССР. По словам профессора О.Ю. Васильевой, «в 1945–1946 гг. он выполнял в некотором смысле роль чрезвычайного посла нашей страны на Ближнем Востоке. С его помощью решился ряд важных вопросов, хотя, по его признанию, эту деятельность он не очень любил». По ее же мнению, «то, что в 1946–1947 годах митрополит Григорий отправляется на Ближний Восток, было неслучайно. К этому времени США простирали свои влияние на Грецию и Турцию. И нам было небезразлично, что происходит в этом регионе».
В 1950 году митрополит вновь посетил Сирию, где встречался с Антиохийским патриархом, а в 1953 году участвовал в интронизации первого патриарха Болгарской православной церкви Кирилла. В 1955 году, незадолго до смерти, вновь посетил Румынию.
Скончался 5 ноября 1955 года «от кровоизлияния в мозг» в Москве, в здании Патриархии, после поездки в Румынию, где он участвовал в торжествах по случаю канонизации святых Румынской Церкви. Тело было самолетом доставлено в Ленинград 8 ноября того же года. Погребение 11 ноября в Николо-Богоявленском соборе возглавил митрополит Минский и Белорусский Питирим (Свиридов).
Похоронен святитель был в домовой церкви Александра Невского Духовского корпуса Александро-Невской лавры; 25 августа 1961 года, по требованию властей, его прах был перенесен из закрытой домовой церкви в подклет Троицкого собора Лавры, одновременно были перенесены останки погребенного там же его преемника на кафедре митрополита Елевферия (Воронцова) († 1959).
В мае 1957 года на совещании в Совете по делам РПЦ отмечалось, что умерший полтора года назад митрополит Ленинградский Григорий «не терпел никаких советов уполномоченного и если узнавал про отдельные советы, рекомендованные уполномоченным, то, как правило, делал все наоборот. Преследовал духовенство, которое периодически посещало уполномоченного».
Митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир (Котляров) в 2005 году на заседании, посвященном 50-летию кончины митрополита Григория, высказался за его причисление к лику святых.
Историк и протоиерей Георгий Митрофанов тогда же говорил, в частности: «Возьмем эту его уже упоминавшуюся внешнеполитическую деятельность. Она ему удавалась, да. Но именно потому, что она ему удавалась, то оказывалась подчас нравственно невыносимой. Ведь что собой представляла эта внешнеполитическая деятельность? Это была дань, которую должна была платить наша церковная иерархия богоборческому режиму. И что мог чувствовать этот человек, выехав, например, в 1947 году на похороны митрополита Евлогия (Георгиевского) и многократно говоривший за границей о том, насколько хорошо положение Церкви в Советском Союзе. Он ведь прекрасно понимал, что выступает в качестве сирены, заманивавшей многих русских эмигрантов в ссылки и лагеря, что потом со многими и происходило. <.. > Он сознательно пошел на те компромиссы, которых долгое время старался избегать, шел на них безусловно из желания сохранить Церковь в тех условиях, в которых она оказалась благодаря богоборческой власти и политике митрополита Сергия, прошел этот путь, но для него существовало понятие предела».
Словарь
Алтарь (лат. – жертвенник) – восточная, главная часть храма, в которой находится престол. Отделена от остальной части храма иконостасом. Согласно церковному уставу, в алтарь могут входить только мужчины.
Амвон (греч. – восходить) – центральная часть солеи напротив Царских врат. Служит для произнесения проповедей, чтения Евангелия и других богослужебных целей.
Аналой (греч.) – высокая подставка с наклонным верхом, на которую возлагаются иконы или богослужебные книги.
Апостолы – ближайшие ученики Христа и апостол Павел, который был призван к апостольскому служению позже сошествия Святого Духа на апостолов.
Апсида (греч. – свод, арка) – полукруглый, прямоугольный или многогранный выступ в восточной части храма, где располагается алтарь.
Баптистерий – здание с небольшим бассейном, предназначенное для совершения таинства крещения.
Барабан – венчающая часть здания, обычно цилиндрической или многогранной формы, имеющая купольное перекрытие.
Блаженные и Христа ради юродивые – христиане разных званий, добровольно несшие в миру подвиг крайней нищеты.
Христа ради юродивые несли тяжкий подвиг, кажущегося слабоумия и ненормальности, на самом деле обладая даром духовной мудрости и прозорливости.
Вериги – тяжелые железные цепи, обручи и т. п., носимые на голом теле.
Власяница – грубая одежда из волоса, носимая отшельниками на голом теле в знак смирения.
Водружальный крест – деревянный крест, ставящийся при начале строительства новой церкви в том месте, где будет находиться престол.
Глава – наружная часть купольного перекрытия барабана в форме шлема, луковицы, конуса, обычно завершаемая крестом.
Голосники – небольшие камеры или вделанные в верхние части стен храма глиняные кувшины, открытые внутрь помещения и служащие резонаторами для улучшения звучания голосов.
Горнее место – место за престолом в алтаре, где установлены седалища, на которые садятся архиереи и священники во время чтения Апостола.
Гульбище – наружная терраса вдоль стен храма. С алтарной стороны гульбище не делают.
Диаконы (греч. – служители) составляют третий низший священнический чин. Диаконы служат епископу или священнику при Богослужении и совершении таинств, но сами совершать их не могут. Участие диакона в Богослужении не обязательно, а потому во многих церквях служба происходит без диакона. Некоторые диаконы удостаиваются звания протодиакона, т. е. перводиакона. Монах, получивший звание диакона, называется иеродиаконом, а старший иеродиакон – протодиаконом.