Издания Н. с публикациями «Протоколов…» до революции распространения не получили. Построенные на ключевом для позднеромантич. лит-ры мотиве страха перед стремлением индивидуума или группы лиц к обретению власти над миром (ср., напр., произв. Ж. Верна, Г. Уэллса, В. И. Крыжановской), «Протоколы…» были близки поэтике массовой лит-ры и потенциально могли иметь успех у широкой аудитории (ср. мнение современника, что сочинения Н. о евреях близки по поэтике к приключенческому роману и «отмечены печатью мелодрамы» – Кугель А. Р., Листья с дерева, Л., 1926, с. 56). Но Н. включил их в контекст весьма сложного эсхатологич. мифа, чем существенно затруднил восприятие текста.
В Сов. России за хранение «Протоколов…» преследовали. Но во время Гражд. войны (в 1918 – в Москве, Ростове-на-Дону, Таганроге, Омске, Новочеркасске, Иркутске и др.) в белогвардейских частях было выпущено несколько отд. изданий (по тексту публ. Н., но без ссылок на него), к-рые, несмотря на недовольство командования, активно использовались для антисемит. и антибольшевист. пропаганды. В ситуации краха старого социального строя они оказались близки настроениям значит. части населения, проигравшей от рев. преобразований. Тогда же «Протоколы…» попали в Германию, где вышло большое число изданий на рус. и нем. яз., сыгравших важную роль в антисемит. пропаганде фашистов. В 1921 был установлен осн. источник текста «Протоколов…» – памфлет франц. публициста М. Жоли «Диалоги в аду» (1864). Впоследствии история создания и распространения «Протоколов…», а также роль Н. в их публикации нашли, в свою очередь, отражение на страницах лит. произведений – в романах Ю. В. Давыдова «Бестселлер» (2001), У. Эко «Маятник Фуко» (1988), новелле Д. Киша «Книга королей и шутов» из его сб. «Энциклопедия мертвых» (1983) и др.
В нач. 1905 Н. продал Золотарёво и вскоре поступил на службу в канцелярию по делам дворянства Мин-ва внутр. дел пом. делопроизводителя (в чине губ. секретаря; в 1906 – коллеж. секретарь). С кон. 1904 регулярно выступал в «Моск. вед.» с острыми полемич. статьями по актуальным полит. вопросам. Он доказывал, что во время войны с Японией следует усиленно защищать устои православия («Наше направление» – 1904, 23 окт.), объявлял революционеров «кучкой христопродавцев и отщепенцев всяческого сброда» («Крамольные мечты» – 1904, 22 нояб.), выступал против допущения свободы совести («Первые ласточки весны» – 1904, 23 нояб.; резкий отклик с упреками в клевете и доносительстве на освободительное движение: РСл, 1904, 27 нояб.), обвинял «земско-еврейскую партию» в предательстве интересов «истинно-русского народа» («“Верные” доказательства “преданности” России» – МВед, 1905, 15 июля; «В чем прав и в чем ошибается г. Стэд» – 1905, 18, 20 сент.), критиковал власти за мягкость в борьбе с революцией, требуя введения воен. положения и применения смертной казни («На беззаконный террор – необходим законный террор! На смерть – смерть!!») – «Пора прозреть!», МВед, 1905, 5 июля; см. также: «Что такое законный террор?», «Непонятная гуманность и ее “понятные” последствия» – 1905, 10, 14 июля (статьи эти были оценены в печати как призыв к властям уничтожить всех инакомыслящих – см.: РСл, 1905, 8, 14 июля), предлагал налагать большие штрафы на газеты за недостоверные сообщения («“Либеральная” газетная ложь» – МВед, 1905, 12 июля; иронич. отклики – «Русь», 1905, 14 июля; СО, 1905, 14 июля – А. А. Яблоновский).
Находясь на гос. службе, Н. в 1905 подписывал свои публикации псевдонимами. Один из них (Москвич) известен, поскольку был печатно раскрыт (РСл, 14, 23 июля), однако нек-рые характерные черты газетных выступлений Н. (броские заголовки, агрессивность и авторитарность тона, радикальные выводы, ряд стилистич. особенностей, близкие его работам идеи и мотивы), обнаруживающиеся и в др. публикациях «Моск. вед.», дают основание предполагать, что Н. использовал также др. псевдонимы, нередко единожды: публикации на церковные темы (14, 15 апр., 25 мая. 7 июня, 19 авг. и др.; подпись: Православный), «О христианской радости (Открытое письмо В.В. Розанову)» – с советом не нападать на церковь, чтобы «не опутал… антихрист, как он успел опутать несчастного графа Толстого…» (23 апр.; подпись: Коренной москвич), «Свобода слова» (11 мая; подпись: Руслан), «Не голос Москвы» (30 мая; подпись: Русский москвич), «Все дальше и дальше» (29 июля; подпись: Православный москвич), «Что же нам делать наконец» (4 нояб.; подпись: Простой русский человек), «Поход на народное религиозное чувство» (12 нояб.; подпись: Н. Углов), «Свобода лжи» (14 нояб.; подпись: А. Вольская), «Кубок яда» (20 нояб.; подпись: В. Задонский), «Добрый урок русским людям с далекого Афона» (27 нояб.; подпись: Сын православной церкви), «Автономный бред» (2 дек.; подпись: Н. Чулков) и др.
Летом 1905 Н. познакомился с Ел. Ал-др. Озеровой (1855—1938), фрейлиной императрицы, человеком, близким ему по взглядам и убеждениям, и 3 февр. 1906 они обвенчались. После свадьбы Н. намеревался принять сан и стать сел. священником на Волыни (существует версия, что его предполагали сделать духовником императора). Однако, по свидетельству биографа Н., в это время появилась статья в «Нов. времени» (не обнаружена), в к-рой «в отвратительной форме излагалась прошлая жизнь» Н., он был представлен «как самый распутный человек» (<Концевич Н. Ю. ?>, С. А. Нилус: Краткое жизнеописание автора. – В кн.: Неизвестный Нилус, т. 1, с. 11). После этого разразился скандал, подорвавший репутацию Н., и митрополит Евлогий отказался его рукополагать. Н. оставил службу и уехал с женой в Николо-Бабаевский мон. (близ Ярославля); с осени 1906 они жили в Валдае, а в окт. 1907 поселились в Оптиной пустыни, где Н. занимался разбором монастырского архива. В Оптиной Н. сблизился с религ. живописцем о. Даниилом Болотовым (внуком писателя А. Т. Болотова), к-рому передал на хранение «оригинал» «Протоколов…».
Публикуя в периодике и отд. брошюрами найденные в архиве автобиогр. записки «близких по времени православных христиан» (собраны в кн. «Сила Божия и немощь человеческая», Сергиев Посад, 1908), Н. осовременивал язык, делая его более простым и выразительным, а также подвергал тексты существ. смысловой правке, менял акценты, нередко и «вышивал» по авторской канве, превращая фрагментарные дневниковые записи в связный текст (см.: ПСС, т. 6, с. 402; Рошко, с. 34—37).
Н. покровительствовал архиепископ Вологодский Никон (Рождественский), редактировавший ж-л Троице-Сергиевой лавры «Троицкое слово» (см. его выступления в журнале в поддержку истинности «Протоколов…»: «Масонский заговор против церкви христовой» – 1917, № 358– 359; «Два слова о книге С.А. Нилуса» – 1917, № 374). В 1909 Н. стал сотрудником «Троицкого слова», где печатал цикл «Святыня под спудом: Тайна православного монашеского духа (Келейные записки оптинского иеромонаха Евфимия Трунова и отрывки из оптинского монастырского архива)» (1910, № 2 … 1911, № 69; отд. изд. – СПб., 1911), а затем своеобразный лирич. дневник за 1909—10 «На берегу Божьей реки. Записки православного» (1913, № 175 … 1917, № 387; отд. изд. – Сергиев Посад, 1916; ч. 2 – San Francisco, 1969), включающий рассказы о встречах и беседах в Оптиной пустыни, о видениях и снах, публиц. отклики на газетные выступления, публикации чужих писем и воспоминаний и т. д. Благоговейно описывая «источники веры живой, гремучим ключом бьющие из-под камня Оптинской старческой веры» (ПСС, т. 4, с. 128), Н. придерживается церк.-консерват. точки зрения. В частности, высоко оценивает В.И. Аскоченского, к-рый был «крепкий и бестрепетный стоятель за веру Православную, за Царя Самодержавного, за великий верою своею и смирением народ Русский» (там же, с. 240), а Л.Н. Толстой, к-рый вел «антихристианнейшую проповедь», для него только «жалкий старик» (там же, с. 43). Он нередко критикует «обнаглевших жидов» и мечтает о «силушке… Ильи Муромца» и его мече-кладенце, позволяющих «крушить врагов Церкви Божией и Царства Православного», чтобы «от жидовина… и праху не осталось» (там же, с. 504). Для книги характерны задушевность и интимность повествования, личная, исповедальная интонация. Написанная до «Уединенного» Розанова (1912), но опубликованная чуть позже, книга Н. близка «Уединенному» сопряжением лирики и публицистики, прозы быта и филос. обобщений.
В отличие от публицистики Н., во многом воспроизводившей (хотя и в заостренной форме) общие места консерват.-патриотич. мысли, несомненный лит. интерес представляют его лирич. очерки и жизнеописания церковнослужителей, а также юродивых, калек, блаженных, праведников, к-рых он находит «не на высотах человеческого разума, а в тайниках сокровенных еще нетронутого народного сердца» (ПСС, т. 2, с. 9), – «Отец Егор Чекряковский» (М., 1904), «Блаженной памяти игумении Серафимо-Дивеевского женского монастыря Марии» (МВед, 1904, 7 сент.) и др. Эти очерки демонстрируют очевидное влияние Н.С. Лескова (подобно к-рому он часто обрабатывал и пересказывал чужие записки), но лишены лесковской иронии и многомерности, одновременно более лиричны и серьезны. Как и Лесков, Н. пересказывает жития («Марко Фраческий»), истории из Димитрия Ростовского («Повесть о пяточисленных молитвах»; обе кн. – Сергиев Посад, 1908) и т. п.
Проза Н. близка традициям рус. духовной словесности (жития святых; описания паломничеств к святым местам Анд. Н. Муравьёва, Авр. С. Норова, А.П. Бочкова, духовно-учительная проза Е. Н. Поселянина и др.), что не исключает апелляций к светской литературе (в произв. Н. часты цитаты из М. Ю. Лермонтова, А. С. Хомякова, Ф. И. Тютчева и др.) и совр. рус. религ. философии (встречаются ссылки на Вл. Соловьёва).
Н. существенно модифицировал традиц. жанры духовной прозы (рассказ о паломничестве, житие и др.), используя лирич. интонации, соединяя дневниковые и мемуарные фрагменты с назидат. притчей, цитаты из газет и бытовые зарисовки – с преданиями и легендами. Построенные в форме доверит. беседы с читателем, его книги сочетают обыденную стилистику с архаизмами, что позволяет автору вывести повествование за пределы повседневности, пронизать его светом вечности, «божественного».