Главное здание МГУ на протяжении всей своей истории хранит много тайн и легенд. Одной из любопытных историй, связанных со строительством ГЗ, является следующая: «Когда план ГЗ принесли Сталину на утверждение, он, не желая портить проект, но и не в силах отказаться от внесения личных корректив, указал на аллеи вокруг здания. „А какие дэрэвья ви собираетесь посадить здэсь?“ – спросил вождь. Пойманные врасплох архитекторы ответствовали уклончиво. „А пачэму бы нэ посадить здэсь яблони?“ – знаменитая сталинская трубка прогулялась по макету. Все моментально восхитились гениальностью великого учителя и посадили вдоль аллей яблони, с которых до сих пор иногда студенты сорвут яблочко-другое».
Наиболее таинственными легендами, связанными с ГЗ, пожалуй, являются версии о прохождении прямо под зданием ветки метрополитена, так называемого Экспресс-метро, от Кремля до Внуково, со станцией в Раменках, в специально созданном на случай эвакуации правительства подземном городе.
В одном из подвальных помещений любопытствующими поклонниками Главного здания была найдена карта, привинченная к стене, с изображенными на ней подземными автомобильными тоннелями, в том числе с одной из дорог, дублирующей Садовое кольцо. Выходы грандиозных автомагистралей были отмечены на Мичуринском проспекте, возле Белорусского вокзала и в ряде других мест. Кроме того, давно известно, что расположенные у Главного здания фонтаны являются воздухозаборниками для вентиляции зданий, по которым можно облазить вентиляционные шахты всех зданий, сделав остановки над аудиториями и столовой.
Пожалуй, и все.