«Срочно. Лично. В собственные] руки тов. Емельянову С. Ф. Справка составлена по моему поручению. Али-Заде… разведчица… Прошу Вас позвонить мне… Начать расшифровку Али-Заде. Багиров».
После этого Емельянов завел дело на Али-Заде, и она была снята с работы и исключена из партии. Только при вмешательстве ЦК КПСС т. Али-Заде была реабилитирована.
В сентябре 1952 года после проведения Зангеланской районной партийной конференции по указанию Багирова были арестованы члена счетной комиссии тт. Гасанов, Талыбов, Бабаев, Исмаилов и Кулиев, которым предъявлялось обвинение в фальсификации выборов. В связи с отменой результатов голосования собралась повторная конференция, в день открытия которой арестованных под конвоем привели на заседание конференции, где всех их исключили из членов партии, а потом снова увели под конвоем в тюрьму. Впоследствии все члены счетной комиссии были осуждены к трем годам лишения свободы с поражением в правах на два года. Как показала проверка, арест и предание суду указанных товарищей являлись незаконным действием.
По указанию Багирова органы МГБ проводили сбор компрометирующих материалов на многих руководящих работников с целью дискредитации их. Так, в 1950 году быв[ший] министр государственной безопасности Емельянов собрал компрометирующие данные на большую группу ответственных партийных и советских работников и интеллигенции, в результате многим из них выражено было политическое недоверие, и они были сняты с работы.
Под флагом революционной бдительности Багиров искусственно создавал «дела» о существовании в Азербайджанской ССР антисоветских и антипартийных групп, в которые включал главным образом неугодных или провинившихся перед ним лиц, и посредством создания таких провокационных дел расправлялся с ними. В этом отношении характерным является дело о так называемой антипартийной и антиобщественной группе ответственных работников, членов партии Абрамовой-Сквирской (член партии с 1916 года), Ефимовой, Мельникова, Соболевой, Эфендиевой, Кричевской. Указанные члены партии обвинялись Багировым в том, что они часто собираются на квартирах и ведут подрывную, антисоветскую работу В результате они подверглись допросам в органах МГБ, снятию с работы, привлечению к партийной ответственности, а некоторые из них аресту Проверкой КПК была установлена необоснованность предъявленных этим товарищам политических обвинений, и они реабилитированы. В связи с этим делом также был привлечен к ответственности муж одной из участниц этой «группы» — директор завода им. лейтенанта Шмидта, член ЦК КП Азербайджана, лауреат Сталинской премии Эфендиев Г. Э., против которого было необоснованно возбуждено уголовное дело, и он был осужден к 10 годам заключения. В настоящее время т. Эфендиев из заключения освобожден.
В 1951 году Багировым и быв[шим] министром внутренних дел было создано «дело» о нахичеванской антипартийной местнической группировке во главе с председателем Президиума Верховного Совета Нахичеванской АССР т. Джафаровым, заведующим отделом Нахичеванского обкома т. Григоряном и министром торговли республики т. Аббасовым, которые необоснованно были сняты с занимаемых постов, привлечены к партийной ответственности и в административном порядке высланы из г. Нахичевань с лишением права проживать в пограничной полосе.
О необоснованном обвинении отдельных коммунистов в организации антисоветских группировок свидетельствует также «дело» корреспондента газеты «Гудок» т. Пинкуса. Багиров, узнав о том, что т. Пинкус в 1953 году написал в ЦК КПСС заявление о непорядках на Азербайджанской железной дороге, созвал бюро ЦК КП Азербайджана, на котором устроил ему разнос, обвинив его в том, что он политически сомнительный человек, ведет провокационную работу и создал в республике подпольную, антисоветскую, белогвардейскую группу, а затем добился его снятия с работы в газете «Гудок» и удаления его из республики.
В результате произвола и бездушного отношения к судьбам членов партии и беспартийных со стороны Багирова в Азербайджанской ССР проводилось массовое избиение руководящих работников и допускались многочисленные факты необоснованного ареста граждан. Только за период 1934–1938 гг. органами НКВД было арестовано и осуждено 27 458 чел[овек], в том числе 14 602 человека — за контрреволюционные преступления, 371 чел[овек] — за террористическую деятельность и 953 чел[овека] — за шпионаж. Правильность привлечения такого большого количества людей к ответственности вызывает явное сомнение.
Массовое привлечение к ответственности продолжалось и в дальнейшем. За три последних года в районах республики было снято с работы 170 секретарей райкомов партии и председателей райисполкомов. За эти годы в республике осуждено большое количество председателей колхозов и других сельских работников, в том числе 874 заведующих животноводческими фермами. Так, в Ждановском районе по делу председателя Эйвазаларского сельсовета Юсуфова, который обвинялся в том, что он имел в личной собственности более 1500 голов скота, было арестовано 20 человек, в том числе три Героя Социалистического Труда, и несмотря на то что следствием обвинения не подтвердились, так как скот являлся колхозным, все арестованные были осуждены к различным срокам наказания, а Юсуфов умер в тюрьме до суда. В передовом колхозе им. Ази Асланова Шомхорского района без достаточных оснований были арестованы и отданы под суд 27 человек, в том числе 11 бригадиров из 12. В течение 1951–1952 годов и первой половины 1953 года было необоснованно арестовано 2790 граждан. Быв[ший] министр госбезопасности Азербайджанской ССР Емельянов по этому вопросу сообщил в КПК, что Багиров «требовал много раз ареста людей, на которых органы ничем не располагали». Прикрываясь фальшивыми фразами о дружбе народов СССР, Багиров на деле искусственно сеял национальную рознь и своими действиями извращал национальную политику коммунистической партии. В 1942 году, когда после захвата немцами Ростова-на-Дону в г. Махачкале скопилось около 100 тыс. эвакуированных русских, украинцев и других граждан и создалось тяжелое положение с ними, Багиров, несмотря на просьбу Дагестанского обкома принять эвакуированных и отправить их через Бакинский порт в Красноводск, не только отказал в этом, но даже организовал «санитарный кордон», с тем чтобы не допустить эвакуированных в Баку, что значительно увеличило число жертв среди них.
Багиров непартийно относился к кадрам армянской национальности, выросшим в Азербайджане, и предпринимал неоднократные попытки сфабриковать «дела» против них. В 1951 г. по указанию Багирова органами МТБ незаконно и без всяких оснований была арестована Григорян, работавшая в Баку контролером Министерства госконтроля СССР, от которой в течение девяти месяцев добивались признания о существовании в республике армяно-националистической группы, в которую якобы входили некоторые руководящие работники-армяне. Не добившись никаких признаний, Григорян все же была обвинена в национализме и выслана из республики. В 1953 году при обсуждении на бюро ЦК КП Азербайджана работы Кировабадского сельскохозяйственного института Багиров, исходя только из того, что из 18 лаборантов института было 14 армян, заявил, что в институте действует армянская националистическая организация, и предложил органам МГБ в двухмесячный срок «раскрыть эту организацию».
В руководстве сельским хозяйством и колхозным строительством Багиров извращал политику коммунистической партии и советского правительства и своими антигосударственными действиями наносил большой вред колхозному строю и вызывал массовое недовольство населения.
В 1951 году, в связи с невыполнением плана развития общественного животноводства в колхозах, по указанию Багирова в массовом порядке проводилось насильственное изъятие скота, находящегося в личной собственности колхозников, рабочих и служащих, путем подворных обходов, обысков и задержания скота на дворах и пастбищах. Отобранный скот передавался колхозам и зачислялся в выполнение плана развития общественного животноводства. Так, в Джабраильском районе было отобрано у колхозников 1500 овец и 290 голов крупного рогатого скота. В колхозе им. Кагановича Ждановского района было захвачено 1159 голов скота, находившегося на пастбищах и принадлежавшего колхозникам. Было изъято более 300 коров у жителей города Баку. В результате таких мер поголовье скота, находившегося в личной собственности колхозников, рабочих и служащих, в последние годы резко сократилось. В настоящее время в Азербайджане 60 % колхозных дворов не имеет крупного рогатого скота.
В 1951 г. при заготовке шерсти Багиров дал противозаконное указание брать шерсть из матрацев и подушек, принадлежавших колхозникам, рабочим и служащим, в связи с чем имелись многочисленные факты насильственного изъятия шерсти.
Как видно из материалов проверки, Багиров по вопросам сельского хозяйства давал такие указания, последствия которых приносили большой вред. Так, не считаясь с возражениями членов бюро ЦК и специалистов сельского хозяйства, он настоял в 1951 г. на проведении сверхраннего сева хлопка. В результате урожай хлопка в республике снизился с 18,7 центнера до 12,7 центнера с гектара, а план сдачи государству был выполнен только на 69,3 %. Кроме того, в колхозах Азербайджанской ССР, в нарушение Устава сельскохозяйственной артели, многие колхозники не имеют приусадебных участков, что вызывает справедливое недовольство среди них.
Являясь первым секретарем ЦК Азербайджана, Багиров пытался оторвать Азербайджанскую партийную организацию от ЦК КПСС, разрешал вопросы через своего «шефа» Берия, не терпел вмешательства центральных органов в дела Азербайджана, старался опорочить работников, приезжавших в республику для ознакомления и проверки партийных, советских и хозяйственных организаций Азербайджанской ССР. В 1948 г. Багиров добился отзыва из Азербайджана бригады Министерства государственного контроля СССР, проверявшей финансово-хозяйственную деятельность Совета министров Азербайджанской ССР. После отзыва бригады он жестоко расправился с теми товарищами, которые привлекались на месте для участия в проверке. В 1953 г. Багиров не разрешил группе работников Министерства юстиции СССР, приехавшей в Азербайджан, проводить проверку о серьезных нарушениях советского законодательства в республике и добился их отзыва. Часто в оскорбительном тоне Багиров отзывался о руководящих работниках союзных организаций и министерств.