Багиров еще в 1921 году, когда являлся председателем Азербайджанской] ЧК, был полностью осведомлен о службе Берия в мусаватистской контрразведке, находившейся под контролем английской разведки, и до момента разоблачения Берия помогал ему укрываться от ответственности, похищая из архивов и передавая Берия документы о его преступном прошлом.
В свою очередь Берия, зная о преступном прошлом Багирова, служившего помощником уездного комиссара гор. Кубы при мусаватистском контрреволюционном правительстве и занимавшегося в годы Гражданской войны бандитизмом, также помогал Багирову скрывать его преступное прошлое.
Связанные между собой преступной круговой порукой, Берия и Багиров на всем протяжении их преступной деятельности вплоть до разоблачения Берия активно содействовали друг другу в продвижении на ответственные государственные посты.
Багиров, используя свой высокий пост в Азербайджанской] ССР с целью расправы с лицами, могущими разоблачить преступную деятельность его и Берия, а также расправы с неугодными им лицами, в качестве сообщников для выполнения этих преступных замыслов привлек преданных ему и готовых выполнить любое его преступное указание ответственных работников НКВД Азербайджанской] ССР Борщева, Маркаряна, Григоряна, Атакишиева и Емельянова.
Подсудимые Борщев, Маркарян, Григорян и Атакишиев, начиная с 1935 года, а Емельянов — с февраля 1939 года, в целях создания ложных обвинений в тяжких государственных преступлениях против честных советских граждан по указанию Багирова производили массовые необоснованные аресты граждан и широко применяли запрещенные советским законом методы ведения следствия.
Как установлено судебным следствием, аресты граждан ими производились при отсутствии каких-либо оснований к этому или по непроверенным показаниям других арестованных. С целью получения ложных показаний к арестованным поголовно применялись тяжкие избиения и пытки, в результате чего арестованные подписывали сфальсифицированные протоколы допросов, в которых вынуждены были клеветать на себя и других лиц.
Установлены случаи, когда арестованные, не желая подписывать протоколы с ложными показаниями, кончали жизнь самоубийством или умирали в тюрьме после избиений и пыток. В ряде случаев подсудимые с целью искусственного создания улик против арестованных использовали свидетелей-провокаторов. Действуя таким путем, подсудимые искусственно создавали на территории Азербайджанской] ССР большое количество мнимых контрреволюционных организаций, якобы ставивших своей целью свержение советской власти путем вредительства и диверсий в народном хозяйстве Азербайджанской] ССР, подготовку терактов против Берия, Багирова и Сумбатова-Топуридзе и открытого вооруженного восстания.
В результате этих вражеских действий подсудимых Багирова, Борщева, Маркаряна, Григоряна, Атакишиева и Емельянова только по проверенным в настоящее время делам тысячи лиц из числа советско-партийного актива, служащих, рабочих и колхозников Азербайджанской] ССР были необоснованно осуждены к расстрелу или к длительному сроку лишения свободы.
Этими преступными действиями подсудимых народному хозяйству Азербайджанской] ССР был нанесен большой вред, в особенности в нефтяной промышленности, транспорте и сельском хозяйстве. Кроме того, производимые подсудимыми необоснованные массовые аресты и произвол создали среди населения обстановку страха, подозрительности, тревоги и неуверенности за свою судьбу и судьбу своих близких.
Багиров, попирая принципы советской демократии, систематически преследуя всех, кто пытался в какой-либо мере подрывать искусственно им созданный ложный свой авторитет, и нарушая социалистическую законность, использовал эту созданную им обстановку произвола и беззакония для расправы с лицами, могущими разоблачить его и Берия преступную деятельность, а также с лицами, неугодными им.
Зная о том, что ряд старейших большевиков-подпольщиков, активных участников установления советской власти в Азербайджане, высказывал политическое недоверие врагу народа Берия в связи со службой его в мусаватистской разведке, Багиров дал указание об аресте Анашкина И. И., члена КПСС с 1902 года, Ульянова И. В., члена КПСС с 1903 года, Арустамова Д., члена КПСС с 1904 года, Довлатова И., члена КПСС с 1906 года, Плешакова М. Г., члена КПСС с 1904 года, Баба-Алиева, члена КПСС с 1904 года, Мирзабекяна Т. К., члена КПСС с 1907 года, Арзаяна М. Т., члена КПСС с 1905 года, Багдасарова А. С., члена КПСС с 1907 года, Манучарова Н. В., члена КПСС с 1906 года, Веселова Д. В., члена КПСС с 1903 года, Овчияна Б. Н., члена КПСС с 1906 года, Попова Г. И., члена КПСС с 1905 года, и других.
Сообщники Багирова подсудимые Борщев, Маркарян, Григорян, Атакишиев и Емельянов, выполняя вражеские указания Багирова, участвовали в фальсификации уголовных дел на указанных выше старейших членов партии, ложно обвиняя их в тяжких государственных преступлениях, в результате чего большинство из них были расстреляны, а остальные умерли в местах заключения.
Питая ненависть к выдающемуся деятелю Советского государства и Коммунистической партии Советского Союза Серго Орджоникидзе, подсудимый Багиров совместно с Берия фабриковали клеветнический материал на него, для чего Багиров, лично участвуя в допросах арестованных Фарадж-Заде, Буниад-Заде, Рохлина и других, принуждал их вместе со своими сообщниками к даче ложных показаний, компрометирующих Серго Орджоникидзе.
В 1937 году по преступному указанию Багирова необоснованно были арестованы бывшие секретари ЦК Компартии Азербайджана Ахундов Р. А. и Караев А. Г., председатель ЦИК Азербайджанской] ССР Эфендиев, председатели СНК Азербайджанской] ССР Буниат-Заде, Сафаров и Рахманов У., нарком коммунального хозяйства Султанов Г., нарком земледелия Везиров Г. С. и ряд других руководящих партийно-советских работников Азербайджанской] ССР, в отношении которых подсудимыми были сфальсифицированы дела о принадлежности указанных лиц к мнимой контрреволюционной буржуазно-националистической организации, при этом Ахундов якобы являлся основным руководителем этой организации, Караев — руководителем членов организации, проживавших вне Азербайджана, а Рахманов — руководителем мнимого запасного центра.
В 1938 году также по указанию Багирова были арестованы заместитель] председателя СНК Азербайджанской] ССР Халилов М., нарком земледелия Мамедов А., нарком торговли Асадуллаев И., нарком легкой промышленности Алиев И., уполномоченный наркомата связи Родионов, ответственный работник СНК Азербайджанской] ССР Любарский-Новиков Б. Г., в отношении которых сообщники Багирова сфальсифицировали обвинение как на руководителей нового, так называемого «запасного правотроцкистского центра контрреволюционной националистической организации».
После применения к указанным лицам избиений и пыток сообщниками Багирова от них были получены вынужденные ложные показания на большое количество невиновных людей, в результате чего незаконно было арестовано и осуждено к расстрелу или к длительному сроку лишения свободы свыше трехсот руководящих партийных и советских работников, в том числе: 32 секретаря райкомов партии, 28 председателей райисполкомов, 15 наркомов и их заместителей, 66 инженеров, 88 командиров Советской армии и Военно-морского флота, 8 профессоров и другие руководящие работники.
По указанию Багирова в 1936–1937 гг. в ряде районов Азербайджанской] ССР были произведены массовые необоснованные аресты лиц из числа советско-партийного актива и колхозников, в отношении которых были сфальсифицированы дела по обвинению их в антисоветской деятельности.
Так, в Али-Байрамлинском районе было арестовано свыше 200 человек, в Шемахинском районе — до 400 человек, в ряде колхозов было арестовано поголовно всё взрослое мужское население.
Производя массовые аресты в сельских районах Азербайджанской] ССР, Багиров и его сообщники сфальсифицировали на арестованных обвинение их в подготовке вооруженного восстания против советской власти, якобы проводившейся под руководством Ахундова Р, Султанова Г. и Везирова.
Большинство арестованных в этих районах были расстреляны.
Осуществляя террористические расправы с честными советскими людьми, Багиров и его сообщники в 1937–1938 гг. и позднее сфальсифицировали много дел на руководящих хозяйственных и партийных работников нефтяной промышленности, Каспийского пароходства, электростанции и других промышленных предприятий и учреждений, причем в ряде предприятий и учреждений руководящие кадры в 1937–1938 гг. подвергались аресту и уничтожению неоднократно.
Так, в 1937–1940 гг. были необоснованно арестованы и осуждены: управляющий трестом заводов нефтяного машиностроения Юдович Б. А., управляющий трестом «Сталиннефть» Али Мурад Бейли Джамиль, главный геолог треста «Молотовнефть» Султанов, управляющий треста «Азгаз» Кутилов Л. С., его заместитель Бабаян И. С., главный инженер треста Маргулов И. X., главный механик Недопекин А. В., руководящие работники треста «Кагановичнефть» Сафаров Ю. и Столпиевский С. А., главный геолог треста «Азнефть» Машкович К. А., геологи: Оганов, Лаврентьев, Билибин, Михура и многие другие крупные специалисты, квалифицированные мастера и рабочие нефтяной промышленности.
В тот же период времени были необоснованно арестованы и осуждены: начальник Каспийского пароходства Меняйлов И. Ф., его заместитель Савиных С. Н., начальник политотдела пароходства Рахманов Г., начальник Бакинского порта Усейнов, директор судоремонтного завода Шнейдер, многие капитаны и механики пароходов и большое количество различных специалистов и рядовых работников пароходства.
В 1937 году по указанию Багирова необоснованно был арестован и осужден директор электростанции «Красная звезда» Трубач и 7 инженерно-технических работников, а в 1938 году вновь были арестованы руководители этой электростанции — директор Калинин, секретарь парткома КПСС Образцов М. С. и ряд других работников электростанции.
На протяжении 1937–1938 гг. по указанию Багирова были произведены необоснованные аресты большого количества руководящих партийных работников аппарата ЦК КП Азербайджана], Бакинского городского и районных партийных комитетов и секретарей парткомов крупных предприятий и учреждений.