В 1520–1540-х годах институт папства находился в очень трудном положении, но католицизм устоял, вместе с ним устоял и Рим. Основанный Лойолой орден, будучи изначально небольшим сообществом единомышленников, вскоре приобрел огромное значение, став главным выразителем интересов папства. В интерпретации Лойолы папская власть, отбросив все светские притязания, должна была перестать идентифицировать себя с Папской областью и, отстранившись от всего мирского, овладеть миром. Идея Ватикана снова возобладала над идеей Рима, что в какой-то мере было попыткой обратить время вспять, возвращением к Средневековью.
Во второй половине XVI века деятельность пап определяет борьба с ересью внешней и ересью внутренней, поэтому они старались подавить всякое отклонение от установленного канона. Творение Микеланджело, предугадавшее Контрреформацию, стало одной из первых ее жертв. При папе Павле IV «Страшный суд» было приказано переписать и скрыть наготу фигур, заполняющих фреску. Пий V, ревностно выполнявший предписания Тридентского собора, заседавшего с 1545 по 1563 год и выработавшего идеологическую программу по борьбе с протестантизмом, был особенно старательным борцом с античным наследием. Пий V решил, что наличие языческих идолов в Ватикане позорит святое место, поэтому в 1560-х годах многие скульптуры были раздарены светским правителям. Он вообще хотел избавиться от собрания Antiquario delle Statue, передав его во дворец на Капитолии, так что, как и во времена Адриана VI, коллекция Ватикана снова оказалась в опасности. Только мольбы кардиналов, большинство из которых, наследники видных итальянских аристократических семейств, были блестяще образованны, заставили папу изменить решение. Статуи остались в Ватикане, но ниши во дворе Браманте закрыли деревянными ставнями.
История языческого Рима снова была отрезана от истории Рима христианского, и папам дела не было до Antiquario delle Statue и коллекций Ватикана. Искусство, однако, не отрицалось. Более того, Тридентский собор особо подчеркнул роль искусства, хотя и выработал множество ограничений, предписав художникам следовать строго установленной иконографии. Силу воздействия искусства ценили и иезуиты. В конце XVI века архитекторы Якопо Бароцци да Виньола и Джакомо делла Порта строят в Риме для иезуитов роскошную церковь Сантиссимо Номе дель Джезу, Святейшего Имени Иисуса. Церковь, часто именующаяся просто Иль Джезу (Иисус), стала главной церковью ордена и в дальнейшем, по мере усиления иезуитского могущества, послужила прообразом многочисленных иезуитских храмов, воздвигнутых не только по всей Европе, от Португалии до Белоруссии, но и по всему миру: в Мексике, Перу, Бразилии, Индии, на Филиппинах.
Около 1600 года период недвижного застоя Контрреформации сменился активной деятельностью. Школьная история обычно говорит об общем упадке Италии в XVII веке, как политическом, так и экономическом. Государства Апеннинского полуострова лишаются независимости, а торговые пути перемещаются с юга на север и попадают в руки голландцев и англичан. С этим связывается и утверждение, что итальянское искусство постепенно теряет первенство на художественной арене Европы, так как голландская, испанская, фламандская, а затем и французская школы становятся удачливыми его соперницами. Это в корне неверно. Да, в XVII веке папский Рим, а за ним и многие итальянские государства идут на соглашение с королями Испании, но это дает им определенную защиту от французов и немцев, пытавшихся подчинить Италию в предыдущем столетии. Испанцы ведут себя не как захватчики, они скорее мощные союзники итальянских правителей. Это не оккупация, а протекторат, так что, благодаря гарантированному испанцами равновесию, войн на полуострове становится гораздо меньше. В XVII веке Италия не то что не беднеет, но богатеет. Часть сокровищ, хлынувших в Испанию и Португалию благодаря открытию Нового Света, перепадает и Италии, и, несмотря на все перемены торговых путей, итальянские банкиры продолжают первенствовать на европейском денежном рынке. Общее затишье и растущие средства ведут к обогащению населения. Меценатов становится все больше, а что касается всевозможных художеств, то авторитет итальянцев по-прежнему непререкаем.
В новом итальянском равновесии, строго регулируемом Испанией, Риму отводится роль главного центра. Папская власть полностью отказывается от идеи политического доминирования на полуострове, к которому, как казалось, так близок был Юлий II, зато духовный престиж Ватикана не только восстановлен, но и усилен, несмотря на раскол Европы. На севере, где победил протестантизм, признанный официальной религией, Святой престол уже не имеет никакого влияния, зато, благодаря завоеваниям преданных Ватикану испанцев и португальцев, католицизм распространяется по всему свету. Иезуиты, следующие за завоевателями, разворачивают кипучую деятельность, утверждая духовную власть Ватикана на громадной территории от Японии до Калифорнии, и закладывают основу нового всемирного католического единства, ядром которого становятся Рим и Папская область.
Новое столетие – время небывалого расцвета Рима, его архитектуры, живописи, скульптуры. Все приходит в движение: перуанское и мексиканское золото, льющееся потоками, дает возможность финансирования проектов, немыслимых раньше. Католицизм, распространившийся на континенты, снова возвращает Риму титул Caput Mundi, «Голова Мира», которым он был награжден в древности. Число паломников резко возрастает, и деньги, приносимые ими, способствуют все большему обогащению города. Вид Рима, представлявшего в XVI веке живописное скопление средневековых построек, лепящихся к величественным развалинам с отдельными вкраплениями церквей и дворцов, уже не удовлетворял амбиции папской власти, теперь получившей возможность преобразить город. Со времени расцвета императорской власти в Риме никогда не было столь бурного строительства – размах барокко сопоставим со строительным бумом в послевоенной Италии. При папах Урбане VIII, Иннокентии X и Александре VII была реорганизована вся городская структура. По их заказам архитекторы, безжалостно снося средневековую застройку, прорубили в городе прямые улицы, образовали новые площади, а дворцов и церквей было воздвигнуто столько, сколько за это время не построили ни в одной другой столице мира. Повсюду появилось множество красивейших фонтанов, снабжавших римлян водой. Архитекторы Рима первыми начинают мыслить ансамблями, и как пример комплексного градостроительства в XVII веке Рим – самый передовой город в мире. В 1626 году, при папе Урбане VIII, был наконец освящен собор Святого Петра, строительство которого заняло более ста лет и оказалось связано с именами всех главных архитекторов Италии. Собор строили Браманте, Рафаэль, Джулиано и Антонио да Сангалло, Бальдассаре Перуцци, Микеланджело, Доменико Фонтана, Джакомо делла Порта, Виньола, Карло Мадерно и Джан Лоренцо Бернини. Собор Святого Петра стал самым грандиозным зданием на земле. Стройка не была полностью закончена, но размах поражал, свидетельствуя о величии папства. При Иннокентии X и Александре VII внутренняя отделка продолжалась, а также велись работы по созданию единого ансамбля площади Святого Петра, порученные Бернини. Когда в 1667 году работы были завершены, ее великолепие привело современников в восторг. Нигде, ни в одном городе мира не было ничего подобного. Рим оправдывал свое звание Caput Mundi, и стиль римского барокко, определенный в первую очередь гением двух архитекторов, сотворивших образ нового Рима, Джан Лоренцо Бернини и Франческо Борромини, распространился по Италии, а затем захватил весь мир. Барокко – первый стиль Нового времени, который может именоваться воистину всемирным стилем. Барочный Рим вызывал восхищение современников. Центр христианства, он всегда был центром паломничества, и приезжих в нем было много даже во времена раннего Средневековья. В XVI веке в Рим стали ездить не только для того, чтобы поклониться святыням, но и чтобы увидеть прекрасные произведения искусства. Главный интерес вызывала древность, античные развалины и статуи, в первую очередь Antiquario delle Statue, но теперь славу Рима составляли также и творения нового искусства, ибо имена Рафаэля и Микеланджело были известны всем знатокам искусства. Среди путешественников в XVI веке процент любителей изящного был невелик, но в следующем столетии количество тех, кто едет в Рим с целью приобщиться именно к его художественным сокровищам, резко возрастает. Город теперь привлекал не одними своими святынями и руинами, но и наполняющей его кипучей жизнью. В Рим съезжаются художники, скульпторы и архитекторы не только со всей Италии, но и со всей Европы, образуя целые художественные колонии, состоящие из голландцев, немцев, французов, среди которых есть и протестанты. В XVI веке посещение Рима для художника было желанным, теперь же оно становится обязательным. Ни один другой город тогда не имел столь насыщенной художественной жизни. Многочисленные живописцы выставляют свои работы прямо на улицах и площадях, идет бойкая торговля картинами и гравюрами, а также разнообразнейшими археологическими находками, от фрагментов мраморных скульптур до бронзовых монеток. В Риме складывается развитый художественный рынок, первый в Европе, торгующий как древностями, так и современным искусством, поэтому интернациональное сообщество художников, осевших в Риме, ориентируясь на него, уже перестало зависеть от прямого заказчика. Само собою, что в Риме появляется огромное количество частных коллекций, многие из которых потом становятся музеями, как, например, коллекции семейств Дориа Памфили и Барберини. Но историки Музеев Ватикана XVII век обычно выпускают из своих повествований. Почему это происходит?
Действительно, собрания Ватикана, несмотря на то что они продолжали пополняться за счет новых поступлений, от случая к случаю приобретаемых папами, совсем потеряли открытость, которую получили во время Высокого Ренессанса, при Юлии II и Льве X. Antiquario delle Statue был закрыт ставнями, и в XVII веке папы, следуя политике осторожного Сикста IV, не рассматривали свои коллекции как публичный музей, передавая новые находки на Капитолий. Все великие папы эпохи барокко были выдающимися меценатами, но их главной целью являлось строительство и украшение города, мыслившегося как Голова Мира. Коллекция Ватикана в идее Roma Caput Mundi уже не играла той роли, какую она играла в идее Roma Aeterna. Возвращение к ханжеству Павла IV и Пия V было немыслимо, но церковь не хотела никаких параллелей с языческой Римской империей. Святой престол стал мощнее, влиятельнее и богаче, но, отказавшись от всяких притязаний на политическое господство, папство не желало аналогий с мирскими правителями из какого-либо времени. В XVII веке в великой державе всемерного католицизма, центром которой являлся Рим, Antiquario delle Statue утратил то значение, что имел во времена Юлия II, и его прекрасные произведения воспринимались лишь как часть дворцового убранства. Они по-прежнему были закрыты деревянными ставнями, и для того чтобы их увидеть, требовалось специальное разрешение. Великая эпоха барокко оказалась паузой в истории Музеев Ватикана. Очередной шаг в их развитии был сделан только в век Просвещения.