А в то время когда Петра в Москве не было, до Софьи дошёл слух, что 16 июня 1697 года на берегу Двины посланные в поход стрельцы устроили круг, и тут один из них — Маслов, ходивший в Москву ходоком, взобрался на телегу и стал читать письмо от Софьи, которым она призывала стрельцов прийти к Москве, встать под Новодевичьим монастырём и призвать её на царство.
Стрельцы двинулись к Москве, но, встреченные «полками иноземного строя», которыми командовал шотландец на русской службе, старый генерал Патрик Гордон, были разбиты наголову. Мятеж, поддержанный московскими стрельцами, был подавлен менее чем через две недели после того, как начался, и пятьдесят семь главных «заводчиков» были немедленно казнены, а четыре тысячи рядовых участников сослали. Пётр тем не менее, узнав о произошедшем, примчался из Вены 25 августа и сразу же начал новое следствие, которое привело на плаху и виселицу больше тысячи человек. Сотни стрельцов были изувечены, брошены в тюрьмы, усланы в самые глухие медвежьи углы царства.
Царь, Лефорт и Меншиков взяли каждый по топору. Пётр приказал раздать топоры своим министрам и генералам. Когда же все были вооружены, всякий взялся за свою работу и отрубал головы. Меншиков приступил к делу так неловко, что царь надавал ему пощёчин и показал, «как должно отрубать головы».
Александр Данилович, способный к любому делу, тут же, на глазах у царя немедленно исправился и к концу дня отрубил двадцать стрелецких голов да ещё и пристрелил одного из колесованных, чтобы прекратить его мучения. Последнее милосердное деяние произвёл он, впрочем, не по собственной инициативе, а по приказу Петра.
Под пытками многие стрельцы признались, что они хотели возвести на трон царевну Софью. Всплыл и эпизод, случившийся на Двине, когда стрелец Маслов читал «прелестное» письмо Софьи, допрошенные признали, что письмо это дал Маслову стрелец Василий Тума, а тот, в свою очередь, получил его от некоей нищенки.
Отыскали и нищенку, но та умерла под пытками, не оговорив Софью. Тогда стали пытать старуху-кормилицу царевны княгиню Вяземскую и четырёх ближайших служанок Софьи, но ничего нужного следствию они не сказали. Тогда Пётр сам допросил Софью, но и она начисто отрицала хоть какое-то своё участие в бунте, решительно заявив, что никаких писем стрельцам не посылала.
Однако существовала трудно опровержимая косвенная вина Софьи, вроде бы подтверждавшая её связь с мятежниками, которая, по мнению Петра и его сторонников, особенно усугубила подозрение насчёт участия Софьи в делах стрелецкого бунта: попытка мятежников освободить её из Новодевичьего монастыря, где находилась она под охраной подполковника Преображенского полка князя Ивана Юрьевича Трубецкого — одного из верных соратников Петра.
В 1698 году Трубецкому было тридцать восемь лет, он был одним из первых «потешных» и предан Петру душой и телом.
Когда начался бунт, стрельцы сделали подкоп под покои Софьи, находившиеся на первом этаже, возле которых стояли солдаты-преображенцы. Сам же Иван Юрьевич находился в комнате Софьи. Группа стрельцов, проломив пол, вылезла в коридор и бросилась на стражу. Перебив и разогнав солдат, стрельцы ворвались в комнату Софьи, но князь Трубецкой сумел пробиться в коридор и, пробежав несколько саженей, заскочил в одну из келий и запёрся там.
Стрельцы бросились за ним в погоню. Впереди всех бежал стрелец, который до того был холопом Ивана Юрьевича. Он служил у него брадобреем и отличался особой преданностью своему господину. Стрелец и был единственным, кто видел, в какую келью заскочил князь, но, желая спасти Ивана Юрьевича, бывший брадобрей пробежал мимо, увлекая за собой преследователей и уводя их по ложному пути.
Вскоре прибыла подмога, стрельцов переловили, Софью вновь заперли в монастырь, и через несколько дней всех попавших в плен бунтовщиков повели на казнь.
Пётр присутствовал при казни, а вместе с ним и его приближёнными был и князь Трубецкой. Увидев своего спасителя, Иван Юрьевич рассказал Петру о его роли в собственном избавлении от грозившей смерти, и Пётр тут же велел отпустить верного холопа на волю.
В семье Трубецких из поколения в поколение передавалось это предание с добавлением, что Иван Юрьевич поселил его в одной из своих деревень, не только сделав лично свободным, но и освободив всех его родственников и их потомков от оброка и от барщины.
И хотя прямых улик соучастия, а тем более руководящей роли Софьи в организации её освобождения не было, царевну перевели в башню на второй этаж, а между зубцами стены Новодевичьего монастыря повесили сто девяносто пять стрельцов. А перед тремя окнами кельи висели тела трёх стрельцов со вложенными в руки челобитными, где излагались их показания о письме царевны стрельцам. И все мёртвые, и на стене, и перед окнами, висели пять месяцев, отравляя воздух трупным запахом и наводя ужас на всех, кто это видел.
А вскоре после казни пришла в келью к Софье мать-настоятельница с инокинями и повела её в церковь, там поставили Софью посреди храма. Ей что-то говорили, что-то читали и пели, остригли волосы и, как сквозь сон, слушала она, что отныне нарекается раба Божья София инокинею, сестрой Сусанной.
Потому отвели её обратно в келью, где сидела она, забившись в угол, и неотрывно смотрела за окно, перед которым качался на ветру повешенный стрелец с выклеванными вороньем глазами...
Через несколько дней Софье сообщили, что сёстры будут посещать её только два раза в год — на Пасху и в день храмового праздника монастыря — праздник Смоленской Божьей матери — «Одигитрии». 25 июля она узнала, что из всех её сестёр признали виновной в связях с бунтарями одну лишь Марфу — её любимицу и наперсницу. Её постригли в монахини в Успенском монастыре Александровой слободы.
Ещё до того как следствие и казни закончились, стрелецкие полки были расформированы, а на их месте появились новые полки — регулярной российской армии. Много времени проводил Пётр в застенках Преображенского приказа, участвуя при допросах и пытках, организовывая массовые казни, но между этими государственными делами не забывал и о своих личных заботах.
Побывав в первый же день у Анны Моне и заехав потом ещё в несколько других домов, он лишь через неделю встретился с Евдокией. Причём не в её кремлёвских покоях и не у себя, а в доме одного из своих ближайших сотрудников — Андрея Виниуса, сына уже упоминавшегося Андрея Денисовича Виниуса, входившего в кружок сподвижников Алексея Михайловича. Сын Андрея Виниуса-старшего сначала был переводчиком в Посольском приказе, потом выполнял дипломатические поручения во Франции, Испании и Англии, а в это время возглавлял Почтовое ведомство. В его-то доме и состоялась встреча Петра с опальной женой.
Долгие разговоры ни к чему не привели: Евдокия наотрез отказалась уходить в монастырь и в тот же день попросила о заступничестве патриарха Адриана.
Патриарх заступился за царицу, но Пётр накричал на семидесятилетнего князя церкви, гневно заявив, что это не его дело, и он, царь, никому не позволит вмешиваться в его решения и его семейные дела.
Через три недели Евдокию Фёдоровну посадили в закрытую карету, и два солдата-преображенца отвезли её в Суздаль. Есть свидетельство, что Пётр даже хотел казнить Евдокию, но за неё заступился Лефорт, и дело ограничилось заточением в монастырь.
Там с ней и вовсе перестали церемониться: силой постригли, переменив её родовое имя Евдокия на новое, монашеское — Елена, и, не обращая внимания на крики и слёзы, заперли в тесную келью Покровского девичьего монастыря.
И об этом сёстры-царевны тут же сообщили Софье. А потом она узнала, что Евдокии не дали ни копейки на содержание и она вынуждена была просить деньги у своих опальных и обнищавших родственников. В одном из писем им Евдокия — ныне инокиня Елена — писала: «Здесь ведь ничего нет: всё гнилое. Хоть я вам и прискушна, да что же делать, покамест жива, пожалуйста, поите, да кормите, да одевайте, нищую». И об этом со временем тоже довели до сведения Софьи, которая не могла не удивиться собственному завидному положению. Со временем дела Евдокии немного наладились — родственники сумели установить связь её духовника и местного архимандрита Досифея и стали более-менее регулярно пересылать ей деньги и вещи. Многие окружавшие её монахини прониклись искренним сочувствием к несчастной царице, к тому же разлучённой и с любимым сыном — наследником престола Алексеем Петровичем.
Так, в страданиях и обиде, без всякого просвета и почти без надежды, и прожила инокиня Елена первые десять лет своего монастырского заточения...
А пока Софья доживала свои дни в Новодевичьем монастыре, Пётр, как впоследствии выразился Пушкин, «на высоту, уздой железной Россию поднял на дыбы». Он, как и князь Голицын, тоже совершил два похода против Крыма и Турции, только результаты этих походов были диаметрально противоположными успехам «братца Васеньки» — была взята сильная турецкая крепость Азов, и русские корабли, построенные перед тем на верфях под Воронежем, вышли в Чёрное море.
В 1700 году Пётр начал войну со Швецией за вход в Балтийское море, одерживал в этой войне победы и терпел поражения, взял всё же у шведов несколько крепостей на Неве и побережье Финского залива.
В 1703 году, по весне, заложил он на берегу Невы новую крепость — Санкт-Петербург, затем ещё одну — Кронштадт.
До Софьи доходили о том обрывочные, но всё же довольно верные сведения. А меж тем она всё более впадала в досаду, в отчаяние и глубокую душевную скорбь. Болезни эти, сокрушая её дух, вместе с тем разрушали и её плоть. Из-за всего этого летом 1704 года Софья сильно разболелась, слегла и больше не встала.
Однако воля не покинула бывшую царевну и правительницу. И, пытаясь хотя бы в последний, смертный миг громко заявить о себе, инокиня Сусанна уже на смертном одре приняла большой постриг — схиму, вновь изменив имя на Софью, и умерла под этим именем 3 июля 1704 года, самым последним своим поступком утверждая своё царское прошлое и своё царское имя.