В монастырских тюрьмах было также много заключённых за выступления против феодально-крепостнической эксплуатации, против усиления крепостного гнёта. Дела о них рассматривались в Преображенском приказе и Тайной канцелярии, в монастырские тюрьмы они попадали по согласованию с Синодом. Участники крестьянской войны под предводительством Степана Разина, сотники Исачко Воронин и Сашко Васильев были брошены в Головленскую тюрьму Соловецкого монастыря. Во время соловецкого восстания они приняли в нём активное участие. Когда же восстание было разгромлено, Васильев и Воронин оказались в оковах в Корожной земляной тюрьме, их затем зарубил царский воевода Мещеринов18.
В 1670 г. в тюрьму Тихвинского женского монастыря попала активная участница разинского восстания Степанида, стоявшая во главе повстанческого отряда Слободской Украины. В 1721 г. в произнесении «непристойных слов» против царя Петра I был обвинён Федот Костромин. Его пытали в Преображенском приказе, наказали нещадно кнутом, а затем заключили в Соловецкую земляную тюрьму, где он и умер. В 1752 г. в «важной вине» против царской власти обвинили крестьянина Василия Щербакова. Он был наказан кнутом и сослан «навечно» в Соловецкую тюрьму.
В XVIII в. в связи с усилением феодально-крепостнического гнёта возникли массовые крестьянские выступления, прикрывавшиеся часто царистскими лозунгами. Руководители отдельных выступлений также попадали в монастырские тюрьмы. Так, в 1764 г. в курский Богородицкий Знаменский монастырь заключили крепостного крестьянина Даниила Тихонова, распространявшего слухи о появлении царя Петра III. В 1765 г. после жестокого наказания в тюрьму Тобольского монастыря заключили крестьянина Евдокимова, выдававшего себя за русского царя19. Ближайшие соратники Емельяна Пугачева Чика и Губанов после разгрома крестьянского восстания были посажены в застенок при Казанском соборе в Уфе под соборной колокольней, а крепостной крестьянин Василий Журавлев, поддерживавший во время восстания связь с уральскими казаками, был заточен в тюрьму Суздальского монастыря.
После подавления крестьянского восстания под водительством Пугачева появился новый самозванец Осип Журыгин, выдававший себя за сына Екатерины II. Самозванца бросили в Суздальскую тюрьму. В Соловецкой тюрьме закончил свою жизнь другой самозванец, Тимофей Курдинов, называвший себя принцем Иоанном и пытавшийся вызвать народное возмущение20.
И в XIX в. в монастырские тюрьмы попадали участники антиправительственных и революционных движений. В Соловецкую тюрьму из Красноярска был переведён декабрист Ф. П. Шаховской, после того как он заболел там психическим расстройством. Сюда же были посажены участники тайного общества, студенты московского университета Николай Попов и Михаил Критский, сочувствовавшие декабристам. В 1850 г. здесь оказался студент Георгий Андрузкий «за вредный образ мыслей и злонамеренные сочинения».
В монастырские тюрьмы попадали также крестьяне, боровшиеся против крепостного гнёта и пытавшиеся облегчить своё положение. Так, в 1837 г. в Рыльский монастырь заключили крепостного крестьянина Ефима Никитина за «сумасбродные вымыслы о преобразовании государственного управления». Несмотря на тяжкие условия заключения, он не пал духом, даже изобрёл какую-то машину. Его освободили только в 1850 г.21 В Соловецкой тюрьме в 1864 г. находился студент Казанской духовной академии Яхонтов. Он принимал участие в организации панихиды по крестьянине Антоне Павлове, казнённом после зверского подавления крестьянского восстания в местечке Бездна Пензенской губернии, когда было убито и умерло от ран более 90 человек.
6 декабря 1876 г. на Казанской площади в Петербурге состоялась антиправительственная демонстрация, организованная Г. В. Плехановым. В числе многочисленных ее участников, арестованных царской охранкой, были молодые рабочие Яков Потапов, Матвей Григорьев и Василий Тимофеев. Их осудили на пять лет монастырской тюрьмы «для исправления их нравственности и утверждения в правилах христианского долга». Потапова, развернувшего во время демонстрации красное революционное знамя, отправили в вологодский Спасо-Каменский монастырь, Григорьева — в чуркинскую Николаевскую пустынь Астраханской губернии, а Василия Тимофеева — в Крестный монастырь той же губернии. Потапова и Григорьева вскоре перевели в Соловецкую тюрьму. Сделано это было для того, чтобы пресечь антиправительственную агитацию, которую они вели в местах своего заключения22.
Среди узников монастырских тюрем было немало психически ненормальных. Царское правительство не нашло для них другого места! Но часто психически ненормальными объявляли совершенно здоровых людей. Ненормальность их заключалась в том, что они боролись за свободу совести, выступали против господствующей церкви. Например, в 1834 г. монаха Антиоха за его «нелепые слова» против православной церкви признали сумасшедшим и заключили в Суздальскую тюрьму. Узники этой тюрьмы из-за тяжёлых условий действительно сходили с ума. Это не освобождало их, однако, от монастырского заключения. Во время обследования тюрьмы Суздальского монастыря в 1835 г. среди заключённых оказалось одиннадцать «повреждённых в рассудке». Несчастных продолжали держать в тюрьме, так как их «заблуждения», т.е. выступления против церкви, все ещё считались вредными.
В отдельных случаях участников антицерковных выступлений, сектантов объявляли сумасшедшими и отправляли в психиатрические лечебницы. Например, в Казанскую психиатрическую лечебницу поместили основателя секты «малеванцев» Кондрата Малеванного и Степана Чекмарева. Их признали параноиками, а их влияние на последователей — «магическим». Это не помешало, впрочем, вызвать их на диспут — «религиозное собеседование», устроенное во время миссионерского съезда в Казани в 1897 г. «Параноики» горячо защищали свои взгляды от нападок воинствующих миссионеров-церковников и проявили себя вполне нормальными людьми. После диспута их вновь поместили в психиатрическую больницу, где они провели 15 лет23.
На какой же срок помещали узников в монастырские тюрьмы? Часто этот срок не уточнялся. В приговорах и указах встречается обычно выражение «безысходно, навсегда», т.е. узники приговаривались к пожизненному заключению. Фактическое заключение можно подсчитать по сохранившимся спискам узников. Например, за период с 1772 по 1835 г. в суздальском Спасо-Евфимиевом монастыре перебывало 102 человека. К моменту составления сведений (1835 г.) умерло 29 человек, до 5 лет просидело 46 человек, от 5 до 25 лет — 32 человека24. Крестьянин Калужской губернии Степан Сергеев находился в монастырской тюрьме 25 лет, а крестьянин Вятской губернии Семён Шубин — 43 года. Вина этих узников заключалась в том, что они отступили от православия и перешли в раскол и сектантство.
Освобождение узников зависело от отзыва монастырского начальства. Но отзывы эти редко были положительными. Обычно монастырские тюремщики давали такие характеристики об узниках: «не может быть освобождён без явной опасности для общественного порядка», «заключение полезно, доколе не придёт в чувство христианского самосознания в преступлениях»25. В Суздальской тюрьме в течение 35 лет содержался раскольник Семён Мошонов, мелкий чиновник из Павлова Нижегородской губернии. Когда решили, наконец, его освободить, то возражать стал архимандрит Пафнутий, считавший, что Мошонов представляет для церкви большую опасность. «В народе, не имеющем здравого смысла, — писал он в своём заключении, — этот человек может поселить совершенное отчаяние и уныние». И Мошонов остался в монастырской тюрьме26.
В монастыри попадали также люди по приговорам светского суда. Это был особый вид уголовного наказания, часто в дополнение к другому наказанию. Заключение на срок от 4 до 8 месяцев рассматривалось как тюремное заключение без ограничения прав. Насколько часто прибегали к этому виду уголовного наказания, можно судить по тому, что в 1857 г. в монастырях содержалось 648 человек — крестьян, мещан, ремесленников, осуждённых за различные проступки против господствующей церкви — за отступление от православия, за неисполнение «новообращёнными» церковных обрядов, за систематическое отклонение от исповеди и причастия. Осуждённые насильственно отторгались от своих семей и занятий, что нередко приводило их к разорению. Естественно, что монастырское заключение вызывало у них ожесточение и ненависть к церковникам.
Частыми узниками в монастырях были также священники и другие служители церкви, наказанные за разные проступки — пьянство, буйство, нарушения благочиния, за действия антиправительственного характера. По отчётным данным Синода, с 1855 по 1859 г. в монастырях перебывало 4480 церковников, из них только за пьянство - 3300 человек. Синод отмечал, что ежегодно за разные проступки ссылают в монастыри до 900 церковников27.
В 900-х годах среди небольшой части духовенства наблюдалось движение за ослабление власти Синода и епархиального начальства, за оживление приходской деятельности. Синод сурово расправлялся с участниками этого движения и рассылал недовольных по монастырским тюрьмам. Так, в 1901 г. в Суздальскую тюрьму был заключён священник Цветков. Его вина была в том, что он выступал за ослабление власти Синода, говорил о необходимости созвать церковный собор для упорядочения церковной жизни28.
Соловецкая тюрьма существовала до 1883 г., когда из неё были выведены последние узники, но караульные солдаты содержались в ней до 1886 г. После официального закрытия Соловецкий монастырь продолжал служить местом ссылки для провинившихся служителей церкви. Тюрьма при суздальском Спасо-Евфимиевом монастыре существовала до 1905 г., ещё в 1902 г. в ней насчитывалось 12 узников. В 1905 г. в ней томился крестьянин Пётр Леонтьев, заключённый в эту тюрьму в 1871 г. по обвинению в том, что он распространял среди крестьян «лжеучение», направленное против верховной власти и духовенства. Несчастный пробыл в монастырской тюрьме 34 года, и об этой трагической судьбе спокойно рассказывается в отчёте обер - прокурора Синода