31 августа 1946 г. Епархиальное собрание избрало архиепископа Елевферия правящим архиереем Чешской епархии. Экзарх проживал в Праге, но 10 июля 1947 г. был утвержден и временно управляющим Прешовско-Словенской епархией. 26 апреля 1946 г. архиепископа наградили правом ношения креста на клобуке. В это время на всей территории Чехословакии действовало немногим более 30 православных приходов: 12 чешских (15 священнослужителей), 20 словацко-русинских (10 священников) и 4 русских (16 священнослужителей).[180]
В сентябре 1946 г. Владыка Елевферий посетил находившегося в Карловых Варах на лечении Патриарха Сербского Гавриила (Дожича). После освобождения из немецкого плена тот поселился в Риме и долгое время не желал переезжать в Югославию, где после окончания Второй мировой войны к власти пришло коммунистическое правительство И.-Б. Тито ожидая возвращения в страну короля Петра. После переговоров, проведенных архиепископом по поручению священноначалия и с санкции советских властей, Патриарх Гавриил принял решение о возвращении в Югославию, что и сделал 14 ноября 1946 г.[181]
В докладе Г. Г. Карпова в ЦК ВКП(б) от 14 февраля 1947 г. отмечалось, что архиепископ Елевферий «по поручению патриарха Алексия, провел с Гавриилом ряд бесед и убедил его в необходимости вернуться в Югославию и сотрудничать с демократическим правительством Тито, оставив надежды на восстановление монархии».[182] В докладе помощника Карпова С. К. Белышева заместителю председателя Совета Министров СССР К. Е. Ворошилову о положении Православных Церквей в Западной Европе от 3 марта 1947 г. также говорится о том, что Патриарх Гавриил изменил свое отношение к правительству И.-Б. Тито и решил вернуться в Югославию под влиянием архиепископа Елевферия, после того как тот несколько раз разговаривал с Патриархом во время его лечения в Чехословакии.[183]
Однако лишь решением от 15 мая 1948 г. Священный Архиерейский Собор Сербской Церкви окончательно отпустил Чешскую епархию в юрисдикцию Московского Патриархата.[184] Официальная передача епархии была проведена лично Патриархом Гавриилом во время Совещания глав и представителей Поместных Православных Церквей в Москве в июле 1948 г.
Главным направлением деятельности архиепископа Елевферия в должности экзарха стало восстановление Православной Церкви в Чешских землях после ее фактического уничтожения в период немецкой оккупации. Общее впечатление, вынесенное Владыкой из ознакомления с местной церковной жизнью, первоначально было, по его словам, «безотрадным». В первом докладе, направленном в Москву 20 июня 1946 г., экзарх писал: «Чувствую себя совершенно одиноким. Не с кем посоветоваться, как правильно поступить в том или ином случае. Здесь иной народ, иные обычаи и законы. Нужно все изучить, но как изучить, когда не знаешь чешского и словацкого языка, а чтобы ими хорошо владеть, потребуется время не один год… Засилье католиков сказывается везде. По всей Чехословакии множество католических костелов, частое торжеств[енное] богослужение, масса католич[еского] духовенства, миссионеров, проповедников, монахов и монахинь, неограниченные средства, усиленная пропаганда среди всех слоев населения. И с католиками считаются; в отдельных местностях — ясная их поддержка…».[185]
Посетив большую часть чешских и русских приходов, архиепископ Елевферий был смущен отсутствием единства между ними. Главную причину он видел в том, что богослужебные обычаи православных чехов существенно отличались от русских литургических традиций. В своем докладе экзарх отметил скромность и краткость богослужения в чешских приходах: «Все как-то бледно, буднично, холодно. Русские, привыкшие к продолжительным, благолепным службам, красиво и торжественно обставленным, в чешские церкви поэтому почти и не ходят, тем более что в них служат по новому стилю». На попытки Владыки изменить положение (ввести ежедневные службы, придать им торжественность и красоту и пр.) местное духовенство отвечало, что это все здесь «не принято», что епископ Горазд, устанавливавший богослужебный чин, любил скромность и часто служил один, без священников и без диакона, и тут так привыкли, и если будем изменять что-либо, то чешские православные поймут это в смысле нарушения их церковных традиций и изменения форм их церковной жизни, а им обещано Московской Патриархией, что все эти формы будут им оставлены без изменения; а что касается церковной красоты и торжественности, то «все это нужно иметь в душе», и что короткими службами чехи очень даже довольны. «В богослужении чехов нет истовости, торжественности, привычной русским красоты и теплоты… Чешское духовенство не стремится своему богослужению придать все эти качества, считая все это „византизмом“ и крепко держится своих форм и обычаев…Русские избегают ходить в чешский храм, считая, что там не изжит дух католицизма, или, вернее, протестантизма, а чехи не ходят в русский храм потому, что, по их мнению, там много лишнего, совсем не нужного. Русские косо поглядывают на того, кто ходит в чешскую церковь, и наоборот». Когда иеромонах Андрей (Коломацкий), защищая принципы единения Православия, пытался служить и в русских, и в чешских храмах, то от русских он получил обвинения в «измене родине и православию», в то время как чехи в категорической форме потребовали «не вводить здесь русских обычаев».[186]
Охарактеризовать словацкие приходы экзарх не имел возможности из-за нехватки времени для знакомства с ними. Однако он отметил активную католическую пропаганду на Прешовщине и отсутствие поддержки православных со стороны чехословацких властей, что, по его мнению, становилось неотложной задачей руководства экзархата. Церковную обстановку осложняло также нежелание разнонациональных приходов подчиняться единому Епархиальному совету. Чехи, русские и словаки требовали собственных органов управления. Проявила себя и та часть чешского духовенства, которая была недовольна сменой юрисдикции: «Глухо протестующая и теперь… эта группа стоит за сербскую юрисдикцию или автокефалию; она боится того, что российская церковь в дальнейшем совершенно подчинит себе чешскую церковь и аннулирует ее автономию», — писал Владыка.[187]
Негативно оценивал экзарх и материальное разделение духовенства по национальному признаку. Если так называемое конгруа — доплата к церковному содержанию, выплачивавшееся духовенству государством в зависимости от образовательного ценза и семейного положения, получало практически все чешское духовенство и часть словацкого, то русские священники существовали лишь на плату за требы и добровольные пожертвования прихожан, им конгруа, вопреки постановлению чехословацкого правительства от 17 февраля 1928 г. «О выплате заработной платы духовенству», не выплачивалось.[188]
Не взирая на различные сложности и проблемы, экзарх уже ко времени первого доклада успел сделать довольно много: выпустил архипастырское послание к пастве, провел учет всех приходов, нанес несколько визитов в государственные ведомства, познакомился почти со всем духовенством, совершил ряд богослужений в различных храмах, разослал по приходам издания Московской Патриархии, установил более частое богослужение в кафедральном храме Праги и т. д. В ближайшее время Владыка планировал: создать Экзарший совет, составить общий устав для приходов в Словакии, восстановить монастырь преп. Иова Почаевского в Ладомирово, учредить в Словакии типографии, а затем и церковный журнал, посетить все приходы, подобрать литературу для миссионерской работы и т. п.[189]
Несмотря на сомнения архиепископа Елевферия, в соответствии с «Определение об условиях приема Чешской Православной Церкви в состав Московской Патриархии» от 14 января 1945 г. в Чешской епархии должны были сохраняться формы церковной жизни, введенные здесь в 1920-е — 1930-е гг. епископом Гораздом. При этом Чешской Православной Церкви рекомендовалось отказаться от западной Пасхалии и перейти на восточную. Экзарх в точности исполнил определение, преодолев некоторое сопротивление чешской паствы. 25 мая 1948 г. он доложил Патриарху Алексию I, что в этом году во всех приходах экзархата Пасха Христова праздновалась по юлианскому календарю.[190]
Хотя принципиальная договоренность об организации экзархата была достигнута на уровне Министерства иностранных дел СССР и Чехословацкого правительства, решение кадровых вопросов оставалось за Московской Патриархией. Правда, как видно из архивных документов, в некоторых случаях Совет по делам Русской православной церкви изменял решение Патриарха Алексия I. Так, в резолюции на обращение Предстоятеля от 11 января 1947 г. о поездке архиепископа Елевферия (Воронцова) в Вену, рукой председателя Совета Г. Г. Карпова 13 января было написано: «…После переговоров с патриархом решили, что в Вену поедет не Елевферий, а Шишкин».[191] К этому времени секретарем экзарха был назначен будущий доцент Ленинградской Духовной Академии А. Ф. Шишкин, командировка которого в Чехословакию была санкционирована распоряжением Совета Министров СССР от 12 июня 1946 г.
10–24 июня 1946 г. Г. Г. Карпов по приглашению чехословацких властей совершил поездку в страну, во время которой встретился с руководством страны, архиепископами Елевферием (Воронцовым) и Сергием (Королевым), посетил Прагу, Братиславу, Карловы Вары, Мариански Лазни и выступил перед местной общественностью с тремя докладами: «О положении и состоянии Православной церкви в Советском Союзе», «О роли Совета по делам Русской православной церкви при Совете Министров СССР» и «О свободе совести и вероисповедания в СССР», тексты которых были согласованы с ЦК ВКП(б).