Кроме того, Государственное управление по церковным делам настаивало, чтобы Владыка Елевферий выдал упорствующим греко-католическим священникам декреты об утверждении их на приходах «с правом воссоединения их с Православной Церковью тогда, когда они найдут это для себя возможным».[312] Фактически это означало прием в Православную Церковь униатских священников, придерживавшихся католического вероучения и находившихся в административном подчинении Ватикану. Предстоятель отказался выполнить это антиканоническое требование властей. Его позиция была поддержана Патриархом Алексием и Советом по делам Русской православной церкви.
Все указанные обстоятельства привели к взаимному недоверию между митрополитом Елевферием и чехословацкими властями. В результате с августа 1953 г. Владыка стал искать возможности вернуться в СССР. Однако и руководство Московского Патриархата, и советские власти считали возможным отзыв митрополита на Родину лишь после подготовки ему полноценной замены из числа местного духовенства, а решение этой задачи затянулось.
В декабре 1954 г. в Чехословакию вновь приезжал митрополит Крутицкий и Коломенский Николай (Ярушевич). Его поездка была связана с присуждением Владыке звания доктора honoris causa Прешовского богословского факультета. Митрополит также помог Экзаршему совету рекомендациями по укреплению Православия в Восточной Словакии.[313]
В 1955 г., в день Рождества Христова, во время проповеди в кафедральном соборе в Праге митрополит Елевферий потерял сознание. Врачи констатировали инфаркт миокарда. До конца марта 1955 г. он находился в больнице в Праге, а затем 27 марта прибыл в Москву для продолжительного лечения и отдыха. В ноябре 1955 г. Владыка сложил с себя полномочия Предстоятеля Чехословацкой Православной Церкви по болезни. На посту Предстоятеля его с начала года временно замещал епископ Оломоуцко-Брненский Климент (Келли), но чехословацкие власти были недовольны им, и поднимали вопрос о возвращении митрополита Елевферия в Прагу, пока не получили окончательный отказ в декабре 1955 г. Позднее — 24 августа 1956 г. ему был вручен орден Чехословацкой республики за плодотворную деятельность по управлению Православной Церковью в этой стране.
22 ноября 1955 г. Владыка Елевферий был назначен митрополитом Ленинградским и Новгородским и включен в состав постоянных членов Священного Синода Русской Православной Церкви (до этого времени он несколько месяцев управлял Вильнюсской епархией). 22 октября 1956 г. по личной просьбе митрополита Елевферия освободили от управления Новгородской епархией, и 1 января 1957 г. его титул был изменен на «Ленинградский и Ладожский». Важнейшей заслугой митрополита стало возвращение верующим в 1956 г. Свято-Троицкого собора Александро-Невской Лавры и восстановление его в ходе обширных реставрационных работ в 1957–1958 гг., что потребовало очень много трудов и забот.[314]
27 марта 1959 г. митрополит Елевферий скончался в результате инфаркта в городе на Неве в своих покоях. 31 марта отпевание Владыки в Свято-Троицком соборе совершил Патриарх Алексий. В тот же день митрополит был погребен в склепе Крестовой митрополичьей церкви в Александро-Невской Лавре. 25 августа 1961 г., после того как здание Епархиального управление реквизировали у Церкви, прах Владыки был перенесен и перезахоронен в склеп под Свято-Троицким собором Александро-Невской Лавры, где он пребывает и в настоящее время. В православных храмах Чешских земель и Словакии и поныне неизменно поминают своего первого митрополита Елевферия, оставившего по себе добрую память.
После Владыки Елевферия новым Предстоятелем Чехословацкой Православной Церкви был избран русский эмигрант, бывший участник Белого движения на Юге России митрополит Иоанн (в миру Кухтин Михаил Иванович, 1901–1975), окончивший Призренскую Духовную семинарию и богословский факультет Белградского университета в Югославии. Он приехал в Чехословакию из Болгарии в 1951 г. и сначала занимал должность воспитателя студентов православного богословского факультета в г. Прешове, затем стал его доцентом. В 1952 г. о. Иоанн был возведен в сан архимандрита, а 24 октября 1954 г. хиротонисан во епископа Жатецкого и назначен главным викарием Пражской епархии.
В отличие от чехословацких властей Совет по делам Русской православной церкви довольно настороженно относился к Владыке Иоанну. Так в справке Совета от 2 апреля 1954 г. в МИД СССР говорилось: «По нашему мнению, посвящение Кухтина в сан епископа возможно, но назначение его заместителем Елевферия вряд ли полезно, так как в случае возвращения Елевферия в СССР или его болезни во главе Чехословацкой церкви может оказать Кухтин, сравнительно молодой и малоопытный в церковных делах человек, едва ли широко известный и пользующийся достаточным авторитетом среди духовенства. Это может повести к ослаблению позиции Православной церкви ЧСР и усилению униатского движения за отход от Православной Церкви. Кроме того, Кухтин стремится возвратиться в СССР и считает свое пребывание в ЧСР временным».[315]
Выдвижение епископа Иоанна на пост главы Православной Церкви было инициировано перед Московской Патриархией через посольство СССР в Праге Государственным управлением по церковным делам. 11 января 1956 г. заместитель министра иностранных дел СССР В. С. Семенов направил в посольство указание довести до сведения чехословацких властей, что митрополит Николай (Ярушевич) считает целесообразным избрание главой Церкви епископа Иоанна (Кухтина).[316]
2 марта Президиум Верховного Совета СССР разрешил епископу Иоанну принять чехословацкое гражданство с сохранением гражданства СССР. 17 мая 1956 г. Владыка был избран Предстоятелем Православной Чехословацкой Церкви, и занимал этот пост в сане митрополита до 1964 г. Он являлся доктором богословия honoris causa Прешовского богословского факультета. В 1965 г. митрополит Иоанн был уволен на покой, в дальнейшем проживал в Одессе, где и скончался 5 июня 1975 г.[317]
Последним архиереем Московского Патриархата, возглавившем в дальнейшем Чехословацкую Православную Церковь, служил митрополит Дорофей (в миру Дмитрий Георгиевич Филипп, 1913–1999), уроженец Закарпатья, в период его детства и юности, входившего в состав Чехословакии. Он окончил гимназию в г. Хусте, земледельческую школу и в 1938 г. поступил в Свято-Никольский монастырь с. Иза, где в 1939 г. принял монашеский постриг. 7 апреля 1940 г. о. Дорофей был рукоположен во диакона, в 1941 г. — во иерея и с 1942 г. служил на различных приходах Мукачевской епархии. В 1947 г. он был назначен благочинным Свято-Николаевского монастыря, в 1951–1955 гг. служил духовником Успенского женского монастыря в г. Мукачево, а с 1955 г. — благочинным монастырей Мукачевской и Ужгородской епархии. Отец Дорофей окончил Ленинградскую семинарию и Ленинградскую Духовную Академию со степенью кандидата богословия, и 12 июня 1955 г. был хиротонисан Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием I во епископа Кременецкого.[318]
Через два месяца по просьбе митрополита Пражского и всея Чехословакии Еливферия Владыка Дорофей начал служение в Чехословацкой Православной Церкви. Он перешел в нее из Русской Церкви в связи с необходимостью занятия поста правящего архиерея Прешовской кафедры вместо епископа Алексия (Дехтерева). Вопрос о необходимости замены последнего встала в начале 1955 г. в связи с участившимися случаями перехода бывших униатов в католицизм. Обеспокоенное усилением Католической Церкви Словакии Государственное управление по церковным делам обвинило епископа Алексия в бездеятельности и поставило перед Министерством иностранных дел СССР вопрос о необходимости прислать из Закарпатья говорящего на словацком языке священнослужителя, который мог бы заменить прежнего архиерея.[319]
19 августа Совет Прешовской епархии избрал Владыку Дорофея епископом. Покинувший Чехословакию епископ Алексий (Дехтерев) 22 ноября 1955 г. был назначен на Виленскую и Литовскую кафедру и 25 июля 1957 г. возведен в сан архиепископа. Он скончался 19 апреля 1959 г. в Вильнюсе, где и был похоронен.[320] Помимо епископа Дорофея в Чехословакию был направлен благочинный приходов Московского Патриархата в Венгрии протоиерей Иоанн Кополович, назначенный генеральным викарием Прешовской епархии, 80 % духовенства которой тогда еще составляли бывшие греко-католические священники.
В середине 1950-х гг. произошла смена и других епархиальных архиереев. В 1954 г. епископом Оломоуцко-Брненским вместо Владыки Честмира (Крачмара), чей сан мешал карьере сына — коммуниста, стал бывший словацкий греко-католический священник Климент (в миру Николай Келли). В 1959 г. власти Чехословакии вынудили его подать в отставку и в дальнейшем, в течение двух десятилетий, не позволяли избрать нового правящего архиерея Оломоуцко-Брненской епархии. Преемником епископа Михаловского Александра (Михалича) в 1954–1960 гг. служил бывший греко-католический священник Мефодий (Милли), а его сменили два архиерея, уроженцы Украины: в 1965–1979 гг. епископ Кирилл (Мучичка), а в 1980–1982 гг. епископ Никанор (Юхимюк), впоследствии — в 1983–1988 гг. епископ Оломоуцко-Брненский.[321]
В 1963 г. Владыка Дорофей (Филипп) был возведен в сан архиепископа и 23 октября 1964 г. на IV Поместном Соборе избран Предстоятелем Чехословацкой Православной Церкви, которую возглавлял более 35 лет.[322]