После захвата Судетской области Германией рейхсминистр церковных дел Ганс Керл 5 мая 1939 г. издал распоряжение о распространении на Судеты закона от 25 февраля 1938 г. В результате находившиеся ранее в составе экзархата митрополита Евлогия, но не имевшие собственных приходов, русские храмы в Карлсбаде, Мариенбаде и Франценсбаде со всем их движимым и недвижимым имуществом были переданы Берлинской и Германской епархии Русской Православной Церкви за границей.[846]
Записи о перемене собственника были внесены в поземельные книги соответствующих кадастровых общин. Храм в Мариенбаде был переписан на Берлинскую и Германскую епархию 29 июня 1939 г., церковь в Карлсбаде — 30 июня 1939 г., а храм во Франценсбаде — 26 октября 1939 г. В качестве епархиального архиерея епископ Серафим (Ляде) рукоположил 28 мая 1939 г. во священника Дионисия Ильина и 15 декабря того же года назначил его настоятелем Мариенбадской церкви св. кн. Владимира с поручением временно обслуживать также Карлсбадский и Франценсбадский храмы.[847]
С момента начала Второй мировой войны епископ Сергий практически лишился возможности вести переписку с Епархиальным управлением в Париже. 12 марта 1940 г. митрополит Евлогий писал Константинопольскому Патриарху Вениамину: «С начала войны, т. е. с сентября прошлого 1939 года, по политическим обстоятельствам прекратились все мои личные и служебные сношения с Преосвященным Сергием. Мои сведения о нем почерпаются из частных слухов и повременной печати». Из этих источников, которые сам митрополит признавал ненадежными, он узнал, что после начала войны епископ Сергий «был вызван Германским правительством в Берлин, и там на него оказывалось огромное давление, чтобы он признал церковную власть Карловацкого Синода и его ставленника Серафима Ляде».[848]
В результате сложных переговоров, через несколько месяцев после оккупации Чехии и образования на ее территории Протектората Богемии и Моравии между епископом Сергием (Королевым) и архиепископом Серафимом (Ляде) было заключено компромиссное соглашение от 3 ноября 1939 г. Согласно его тексту три еще сохранившиеся евлогианских общины в Германии и две в протекторате (в Праге и Брно) подчинялись викарному епископу митрополита Евлогия, и в то же время входили в епархию Русской Православной Церкви за границей: «…эти общины присоединяются к русской православной епархии епископа Берлинского и Германского, корпорации публичного права при соблюдении следующих целей: а) Их самостоятельность и их собственная церковная жизнь сохраняются; б) Их подчинение епископу Сергию продолжает существовать; в) Юрисдикциональная связь епископа Сергия и подчиняющегося ему духовенства и церковных общин с митрополитом Евлогием остается неприкосновенной».[849]
Архиепископ Берлинский получал право осуществлять надзор за пастырской деятельностью духовенства этих приходов, ведением метрических книг и деятельностью приходских советов. Отныне Владыка Серафим представлял перед правительством все православные приходы Германии и Протектората «в делах, имеющих официальный характер». Таким образом, он получил широкие права надзора за жизнью евлогианских приходов, которыми, впрочем, почти не пользовался.[850]
Смысл этого соглашения становится понятным, если вспомнить, что Министерство церковных дел рассматривало Берлинского архиепископа как лицо, ответственное перед государством за состояние дел во всех православных приходах на оккупированных территориях. Поэтому подчинение указанных приходов архиепископу Серафиму означало для него, прежде всего, возможность беспрепятственного доступа к их документации и право в случае необходимости применять к ним дисциплинарные санкции.[851]
Это соглашение в дальнейшем сыграло большую роль, фактически прекратив преследование евлогиан в Германии и на некоторых захваченных ею территориях. После создания в мае 1942 г. Средне-Европейского митрополичьего округа Русской Православной Церкви за границей количество евлогианских приходов в нем выросло с 5 до 13 (шесть в Бельгии, три в Германии, два в Чехии и два в Словакии), и все они вошли в округ на основе соглашения от 3 ноября 1939 г.[852]
Хотя соглашение говорило о сохранении в неприкосновенности юрисдикционных прав митрополита Евлогия, все же с канонической точки зрения указанные приходы фактически оказались в двойной юрисдикции. При этом митрополит Евлогий не имел реальной возможности осуществлять свою каноническую власть на территории Протектората.
Указанное соглашение породило слухи о переходе епископа Сергия в юрисдикцию Русской Православной Церкви за границей. 22 февраля 1940 г. Константинопольский Патриарх Вениамин направил запрос митрополиту Евлогию. Здесь сообщалось о появившихся в печати сообщениях «о переходе в Германию проживающего в Праге… епископа Сергия и о признании им находящегося в Берлине Серафима Ляде». В ответном письме от 12 марта митрополит Евлогий сообщил в Константинополь, что преосвященный Сергий «никогда не переходил в Германию, а неизменно остается в Праге». Далее Владыка писал: «Епископ Сергий никогда не принимал юрисдикции Серафима Ляде, а всегда оставался неизменно в юрисдикции Вашего Святейшества и в моей, и всечестное имя Ваше и мое продолжают возноситься за богослужением в церквах, которые удалось отстоять епископу Сергию как в Германии, так и в Протекторате».[853]
Соглашение от 3 ноября 1939 г. митрополит Евлогий интерпретировал следующим образом: «Все, чего удалось достигнуть Германскому правительству в контакте с Серафимом Ляде — это установление государственного контроля над деятельностью преосвященного епископа Сергия, его духовенства и приходов. Как правительственному агенту, как германскому чиновнику Серафиму Ляде поручено наблюдение над закономерностью деятельности православных приходов на пространстве всего Рейха и, в соответствие с этим, предоставлено право представительства этих приходов пред Германским правительством… Избежать этого надзора было очевидно невозможно, ибо таково было категорическое требование правительства, нарушение которого угрожало бы не только карами для всего нашего духовенства во главе с преосвященным Сергием, но и совершенным закрытием наших приходов». Заключенное Владыкой Сергием соглашение митрополит Евлогий оценивал положительно: «Ценою этого согласия… достигнуто сохранение в нашей юрисдикции наших приходов, и я считаю это деяние епископа Сергия актом его церковной мудрости и мужества»[854].
Таким образом, Владыка Евлогий считал существовавший в тот момент статус его приходов на территории III рейха наиболее выгодным. 9 ноября 1940 г. он отправил письмо епископу Сергию, в котором сообщал об аресте архиепископа Брюссельского и Бельгийского Александра (Немоловского), и просил Владыку Сергия временно принять в свое управление приходы на территории Бельгии и Голландии. При этом митрополит отмечал: «Я не возражаю против того, чтобы на означенные приходы было временно распространено то соглашение, которое установлено между Вами и архиепископом Берлинским Серафимом 21 октября [3 ноября] 1939 года относительно церквей в Германии [и в Протекторате]». Митрополит признавал возможным и даже необходимым сотрудничество епископа Сергия с архиепископом Серафимом для исходатайствования у немецких властей разрешения «на такую форму управления бельгийскими приходами».[855]
27 апреля 1941 г. в Праге состоялось юбилейное чествование Владыки Сергия по поводу 20-летия его епископской деятельности, объединившее всю русскую колонию. Следует отметить, что Пасхальные богослужения Владыки в 1941 г. передавались по пражскому радио.[856] 14 июня 1942 г. епископ Бельский Сергий (он сохранял этот титул все довоенные и военные годы) участвовал в хиротонии в Воскресенском соборе Берлина епископа Потсдамского Филиппа (Гарднера). В этом же году он был почетным председателем Епархиального съезда Берлинской и Германской епархии РПЦЗ.
После нападения Германии на СССР 22 июня 1941 г. Владыка Сергий вместе с архимандритом Исаакием начал служить молебны и читать особые молитвы о даровании победы над фашизмом. Отец Исаакий присоединился к призыву проживавшего в США митрополита Вениамина (Федченкова) оказать поддержку русскому народу и призвал свою паству к участию в сборе пожертвований для русских. Он исповедовал двух скрывавшихся советских военнопленных (один из них написал об этом воспоминания). Как бывший кадровый офицер о. Исаакий публично с восхищением отмечал храбрость и мужество русских солдат, что было небезопасно в оккупированной Чехословакии. Кроме того, он неоднократно укрывал еврейские семьи и совершал таинство крещения детей в семьях, где мать или отец были евреями, принявшими Православие (некоторые его крестники-евреи военного времени были живы до недавнего времени).[857]
Проживавшие в Праге духовные дети архимандрита позднее свидетельствовали, что ему было видение во сне: святой князь-мученик Вячеслав Чешский предсказал, что Россия победит в войне с Германией. Сам о. Исаакий так рассказывал о своем сне в годы войны: «Будто я нахожусь в храме святого Вита, молюсь у статуи святого Вячеслава. Слышу шорох и вижу, что статуя ожила, одежда цветная и говорит мне на „Вы“: Скажите своим друзьям, русским, и моим друзьям — чехам, что я упросил Бога пощадить славян, и они выйдут победителями из этой войны. Это — за то, что Вы усердно молитесь Богу и почитаете меня».