После прихода советских войск все три русские церкви в Судетах остались действующими. В Мариански Лазни 26 мая вернулся освобожденный из концлагеря священник Дионисий Ильин, замещавший же его архимандрит Гермоген (Кивачук) был арестован и несколько месяцев провел в чешской тюрьме (после освобождения он выехал в Западную Европу, был запрещен в служении Архиерейским Синодом РПЦЗ и в дальнейшем, находясь в юрисдикции Константинопольского Патриархата, служил в Риме, где и скончался 10 января 2002 г.). В декабре 1945 г. о. Дионисий перешел в юрисдикцию Московского Патриархата, в этом году община церкви св. кн. Владимира начала издавать приходской журнал «Голос православия».
Так же в декабре 1945 г. в юрисдикцию Московского Патриархата после беседы с Владыкой Фотием (Топиро) перешел оставшийся в Марианских Лазнях архиепископ Полесский и Брестский Иоанн (Лавриненко). В это время по благословению Патриарха Алексия он был назначен настоятелем церкви св. кн. Владимира, но вскоре постановлением Священного Синода от 12 января 1946 г. определен на Молотовскую (Пермскую) кафедру в СССР. В Чехословакию Владыка Иоанн уже не вернулся, в дальнейшем, до выхода на покой, служил на Алма-Атинской, Челябинской и Костромской кафедрах. После отъезда Владыки настоятелем храма в Марианских Лазнях до 1947 г. вновь служил священник Дионисий Ильин. Пожизненным старостой Князь-Владимирской церкви в это время являлся бывший бургомистр Ф. Надлер.[911]
После перехода в октябре 1945 г. в юрисдикцию Московского Патриархата общины храма в Карловых Варах его настоятелем по назначению архиепископа Фотия (Топиро) служил эвакуированный 26 апреля 1944 г. из Одессы в Белград, а затем в ноябре того же года — через Вену в Судеты архиепископ Херсонский и Николаевский Антоний (Марценко), принадлежавший в годы войны к автономной Украинской Православной Церкви. Вместе с Владыкой в Карловых Варах проживали и служили в русской церкви архимандриты Серафим (Смыков), Георгий (Рутчук) — из Краснодара, протоиерей Герман Жегалов — из Риги, священники Феодор Демьянович, Игорь Мягкий — с Волыни, протодиакон Иаков Костючек — из Варшавы.[912]
Патриарх Алексий в упоминавшемся письме Г. Г. Карпову от 26 декабря 1945 г. так охарактеризовал позицию Владыки Антония: «Архиепископ Антоний Марценко, находящийся в Карлсбаде с многочисленной группой духовенства, сумел создать в русском храме патриотическую советскую колонию, пользующуюся уважением со стороны советского командования. Он произносит прекрасные патриотические советские речи, заявляет о полной преданности Московской патриархии, человек он с волей и инициативой и мог бы быть полезным и в пределах Советского Союза».[913]
12 января 1946 г. Владыка Антоний был назначен архиепископом Орловским и Брянским и уехал в СССР, 19 июля 1946 г. его назначили на Тульскую и Белевскую кафедру, а 3 декабря 1951 г. арестовали. После отъезда Владыки настоятелем Петропавловской церкви стал протоиерей Алексий Витвицкий. Именно он был первым ректором открытой в 1948 г. в Карловых Варах православной Духовной семинарии, которая, правда, в следующем году была переведена в Прагу. Отец Алексий, как и другой русский протоиерей — Герман Жегалов прибыли в Западную Чехию, временно занятую в мае 1945 г. американскими войсками, вместе с беженцами из Восточной Словакии. Отец Герман летом 1945 г. в качестве настоятеля возобновил богослужения в Ольгинской церкви Франтишковых Лазней, но, когда в стране начались чистки, в 1949 г. был арестован и депортирован в СССР.
Накануне прихода советских войск в Прагу многие русские эмигранты, опасаясь репрессий, уехали на Запад. Верующие предлагали уехать и епископу Сергию (Королеву). Однако на все убеждения Владыка ответил: «Нет, я останусь здесь. Здесь моя паства». Вместе с епископом остались протоиерей Михаил Васнецов, а также секретарь и иподиакон Владыки Сергия Аркадий Петрович Струве (сын известного ученого и политического деятеля академика П. Б. Струве). Хотя архимандрит Исаакий (Виноградов) с 1939 г. был главным священником местного отделения РОВСа, членом которого как бывший белый офицер состоял с 1927 г., но и он отказался от предложения руководства союза уехать на Запад.[914] В годы войны митрополит Евлогий уже был болен и по некоторым сведениям «видел» на своем месте экзарха Владыку Сергия, а на кафедре епископа Пражского — архимандрита Исаакия. Однако судьба распорядилась иначе.
К маю 1945 г. православный собор свт. Николая Чудотворца на Староместской площади был сильно поврежден бомбардировками, и богослужения в нем не проводились. Поэтому Пасхальную службу 6 мая совершили в домовой церкви Николаевского подворья, в условиях боев на улицах Праги крестный ход пришлось совершить по комнатам подворья. Спустя три дня в восставшую столицу Чехии вступили советские войска. Епископ Сергий и архимандрит Исаакий встретили их с хлебом-солью и отслужили благодарственный молебен в связи с одержанной победой над Германией.[915]
В том же месяце о. Исаакий подал заявление о возвращении на Родину, но через два дня — 24 мая был арестован отделом контрразведки «Смерш» 4-го гвардейского кавалерийского корпуса и скрытно вывезен во Львов, где 24 июля 1945 г. Военный трибунал Львовского военного округа приговорил его к 10 годам исправительно-трудовых лагерей. На допросе архимандрит показал, что был главным священником Русского общевоинского союза, и «поэтому членов РОВСа венчал, крестил, хоронил умерших, посещал ослабевших и престарелых и служил по заказу молебны». В своем последнем слове на суде о. Исаакий подчеркнул: «В душе я дал обещание никогда не идти против Родины и своего русского народа, который находится под Покровом Пресвятой Богородицы… Я повторяю, что в полной мере хочу служить Богу и русскому народу и вместе с русским народом хочу разделить его участь».[916]
Архимандрита отправили отбывать срок в Казахстан, но уже 5 февраля 1946 г. приговор был изменен по ходатайству Патриарха Алексия I и наместника Московского Патриархата в Праге епископа Сергия. После освобождения (3 мая 1946 г.) о. Исаакий в Чехословакию уже не вернулся, служил настоятелем храмов в Алма-Ате и с 1958 г. — в г. Ельце Липецкой области, где и скончался в 1981 г.[917]
Протоиерей Михаил Васнецов также подвергся аресту, однако остался в Праге и после освобождения некоторое время служил в устроенном летом 1945 г. по благословению Владыки Сергия вместо временной часовни домовом храме свт. Николая Чудотворца в здании Русского профессорского дома на Рузвельтовой ул. (возведенного строительным кооперативом русских профессоров и учителей), куда перенесли фрагменты иконостаса, утварь и часть святынь из собора свт. Николая. Тогда переезд считали временным, но в Николаевский собор после ремонта по решению новых чехословацких властей русская община возвратиться не смогла, и храм находится в подвале профессорского дома до настоящего времени. Первые молебны в новом храме о. Михаил совершил за схваченных агентами СМЕРШа и НКВД русских людей, в том числе своего сына Виктора.[918] В. М. Васнецов был арестован в связи с тем, что он служил переводчиком у немцев в Минске, и отправлен в лагерь на территории СССР, откуда вышел на свободу только в середине 1950-х гг.
С 1945 г. о. Михаил являлся секретарем возобновившего свою работу Успенского братства, однако в 1951 г. чехословацкие органы безопасности закрыли братство, как и другие русские эмигрантские организации. Церковь Успения Пресвятой Богородицы на Ольшанском кладбище после закрытия Никольского собора стала приходской, к ее приходу была приписана и домовая церковь свт. Николая Чудотворца на Рузвельтовой ул. Следует упомянуть, что на Ольшанском кладбище были погребены советские воины (499 могил), погибшие в сражениях на территории Чехии в мае 1945 г., а также около 300 павших в боях с немцами на улицах Праги солдат 1-й дивизии РОА (Русской освободительной армии) и 189 расстрелянных органами НКВД «власовцев». В 1995 г. на фасаде церкви Успения Пресвятой Богородицы была установлена мемориальная доска в память об русских эмигрантах, репрессированных НКВД во время послевоенных «чисток».[919]
Протоиерей Михаил Васнецов служил в Успенском храме и домовой церкви свт. Николая Чудотворца вплоть до своей кончины в январе 1972 г. Любимый прихожанами, он причислялся коммунистическими властями Чехословакии к «враждебному белоэмигрантскому элементу». Жил пастырь стесненно, в двухкомнатной квартире профессорского дома с подселением. Но ему и в голову не приходило просить для себя лучших условий, чем те, в которых оказались семьи эмигрантов после прихода к власти коммунистов. Характерно, что когда отец Михаил однажды пришел домой к возглавлявшему Чехословацкую Православную Церковь митрополиту Елевферию (Воронцову) поздравить его с днем Ангела, то Владыка, смутившись, попросил протоиерея больше не приходить к нему домой.[920]
Протоиерей Георгий Флоровский и его жена Ксения Ивановна «чудом» избежали ареста. Позднее о. Георгий вспоминал: «В доме, где мы жили, все квартиры были подвергнуты обыску, за исключением одной — нашей… Многих в доме арестовали. Это был так называемый „русский профессорский дом“ — кооперативный… там постоянно бывали офицеры НКВД, они со мной здоровались. Я ходил в рясе. И все-таки со мной ничего не произошло. Это было так странно… Не могу объяснить, почему так вышло, — я вижу тут руку Божию». В декабре 1945 г. Флоровские с помощью президента Чехословакии Бенеша смогли получить выездную визу и на самолете дипломатической миссии союзных держав улетели в Париж.