В 1827 г., во время войны за независимость Греции, в здание при турецком обстреле попали два ядра, так как повстанцы, осадившие Акрополь, использовали его как военное укрепление. В результате рухнул купол здания и его северо-восточная часть, в дальнейшем церковь около 20 лет стояла «в запустении и нечистоте»[1207]. По свидетельству очевидца, «четырехугольник стен, ровных и плоских, как четыре доски гроба, с едва выходящею из него шеею купола, наводил уныние на душу… Целой трети купола не существовало… Только восточная стена алтаря сохранялась во всей целостности»[1208]. На восточной стене уцелели большие фрагменты византийских фресок (образы Христа, святого Стефана, апостола Иоанна Богослова и др.), напоминавшие росписи киевского храма Святой Софии.
Восстановлением храма в основном занимался сменивший о. Поликарпа на посту настоятеля посольской церкви упоминавшийся известный церковный деятель и ученый-византинист архимандрит Антонин (в миру Андрей Иванович Капустин; 1817–1894), служивший в Афинах около 10 лет – с момента назначения 26 сентября 1850 г. до сентября 1860 г. Он являлся выпускником и профессором Киевской духовной академии и был назначен в Грецию благодаря ходатайству епископа Херсонского Иннокентия. Архимандрит Антонин получил у греческих властей разрешение на восстановление и перестройку церкви, в 1852 г. он выслал в Министерство иностранных дел планы возобновляемого храма[1209]. Научная реставрация здания храма была проведена по проекту известного петербургского архитектора Романа Ивановича Кузьмина (1811–1867), его помощником являлся И.В. Штром, специально приехавший из Санкт-Петербурга в Грецию для этой цели. Непосредственно восстановительными работами занимался афинский инженер – поручик Тилемах Влассопуло, финансировало их Министерство иностранных дел России[1210]. Работы начались в 1847 г., но в 1849 г. из-за Венгерского восстания были приостановлены, в следующем году по приказу императора Николая I возобновлены и продолжались до 1854 г.
В 1852–1855 гг. архимандрит Антонин провел в подвалах храма тщательные археологические раскопки. Следует упомянуть также, что на внутренней стене церкви оказались найдены граффити XI в. При восстановлении здания был сохранен его первоначальный план и устранены позднейшие пристройки, а также раскрыты заложенные проемы. Уцелевшие древние фрески были реставрированы и в 1847 г. дополнены работами мюнхенского художника романтического направления Генриха Тирша (Тьерха; 1825–1909), знатока византийского искусства[1211]. Свои работы художник выполнял под наблюдением греческого инженера, майора Телемахоса Влассопулоса, и о. Антонина (Капустина). Роспись сводов церкви, как и другие стилизованные орнаменты, исполнил итальянский художник Винченцо Ланца.
Византийский мраморный низкий иконостас был заменен тремя более высокими русскими иконостасами, которые, как и престол, выполнил из белого паросского и пентелийского мрамора французский мастер Флоримон Буланже, украсив их богатой рельефной резьбой и позолотой. Царские врата были вырезаны из красного дерева по эскизу Р.И. Кузьмина. 17 образов в главном иконостасе написал маслом на цинке Г. Тирш. Среди изображенных святых шесть были русскими: трое из северной и трое из южной России, остальные – греческими. В малых иконостасах поместили медальоны, где были представлены шесть небесных покровителей семьи императора Николая I. Несколько икон были написаны русским художником П.М. Шамшиным, учеником В. Васнецова.
После проведенной реставрации древний крестово-купольный храм, снабженный двумя внутренними рядами легких полукруглых арок и множеством окон, стал одним из красивейших в греческой столице, производя впечатление на посетителей гармоничным византийским интерьером и его богатым живописным убранством. Его архитектура в целом сооответствовала константинопольским постройкам эпохи императора Юстиниана, выделявшимся внушительными размерами и красивою кладкой (церковь Пресвятой Троицы и сейчас является самым большим средневековым зданием в Афинах)[1212]. Внутренний зал, с куполом на восьми колоннах и с верхней галереей (хорами), нередко сравнивали с собором Святой Софии в Константинополе. Отдельно стоящая трехъярусная колокольня была в 1850 г. возведена заново, по рисунку настоятеля о. Антонина, из желтого песчаника, красного кирпича и белого мрамора, в том же стиле, что и церковь. Своим видом она напоминала одну из византийских колоколен в Мистре (вблизи Спарты)[1213].
Восстановительные работы продолжались около пяти лет. В письмах митрополиту Новгородскому и Санкт-Петербургскому Никандру от 1 января 1954 г. и 3 января 1955 г. архимандрит Антонин высказал свои предложения по проведению церемонии освящения и дальнейшему благоустройству храма, в частности, о необходимости освятить три престола, прислать две-три тысячи серебряных крестиков для раздачи верующим в день освящения, привезти из России ризницу для храма и колокол весом не менее 300 пудов[1214].
В отношении от 15 февраля 1855 г. митрополит Никандр попросил благословение Святейшего Синода на освящение храма, изложив все предложения о. Антонина. 18 февраля исполнявший должность обер-прокурора А.И. Карасевский написал об этом управляющему Министерства иностранных дел, отметив, что храм желательно освятить к дню Пасхи с приглашением членов Синода Элладской Церкви[1215].
4 марта управляющий министерства ответил, что он уже докладывал императору о предстоящем освящении, и Николай I разрешил российскому посланнику в Греции пригласить для совершения этой церемонии, за неимением русского архиерея, Афинского митрополита или кого-нибудь из членов Элладского Синода. 7 марта Министерство иностранных дел сообщило А.И. Карасевскому, что император соизволил разрешить освятить главный престол храма во имя Пресвятой Троицы, а два боковых придела – во имя св. прав. Никодима и свт. Николая Чудотворца. Ризница для новой церкви будет выслана не от Кабинета его императорского величества, а от Министерства иностранных дел, оно же выделит средства на колокола, Синод, в свою очередь, может послать Евангелие или икону[1216].
Митрополит Аттики и Эллады Неофит не смог, из-за своего преклонного возраста, освятить воссозданную церковь, и вместо него эту церемонию 6/18 декабря 1855 г. осуществил архиепископ Мантинейский и Кинурийский Феофан. Главный престол трехпридельного храма, как и планировалось, был посвящен Пресвятой Троице, левый – св. прав. Никодиму, правый – свт. Николаю Чудотворцу[1217]. 10–16 марта 1855 г. Святейший Синод принял определение об изготовлении для Свято-Троицкого храма напрестольного Евангелия в драгоценном окладе с украшениями, и ко времени освящения из Санкт-Петербурга в церковь привезли это Евангелие, новую богатую утварь и облачения[1218]. Колокола для храма были отлиты в итальянском г. Триесте на заводе Карла Миллера, самый большой из них – «Никодим» весил 280 пудов. Свято-Троицкий храм был окружен красивой чугунной решеткой, специально для него отлитой на заводе в Санкт-Петербурге.
В конце 1850-х гг. в крипте церкви появилась вода, которая, как установили проведенные о. Антонином раскопки, поступала из засыпанной древнеримской цистерны. После осушения крипты, облицованной плоским «римским» кирпичом, на глубине пяти метров был устроен небольшой подземный музей – аккуратно разложены для обозрения найденные там при работах обломки античных плит с надписями, капители от мраморных колонн и другие археологические находки. В подвале церкви также был обнаружен подземный ход – часть лабиринта, который, согласно легенде, пронизывал подземную часть центра Афин. Однако вход в катакомбы замуровали. В 1885 г. в храме начались протечки, и немецкий архитектор В. Шиллер понизил на полметра древний купол[1219]. Проведенные реставрационные и восстановительные работы были для того времени уникальными, так как многие другие византийские храмы города тогда находились в руинах, по причине большего внимания более древним памятникам или из-за неудобного городского устройства Афин.
Десятилетнее настоятельство в Афинах было важным этапом активной церковной и научной деятельности о. Антонина. Именно там он начал свою длительную и плодотворную ученую и миссионерскую деятельность на христианском Востоке. В Афинах о. Антонин, по представлению Министерства иностранных дел, получил сан архимандрита; само производство совершил 5 апреля 1853 г. председатель Священного Синода Элладской Церкви – митрополит Аттики Неофит. В 1859 г. исследователь предпринял первое путешествие на Афон, где много времени посвятил изучению древних рукописей и книг, а также составлению описаний нескольких монастырских книжных хранилищ[1220].
Уезжая в 1860 г. из Афин в Константинополь, архимандрит Антонин был удостоен «за христианские добродетели, ученость и филеллинские чувства» награждения Командорским Крестом греческого Ордена Спасителя. Собранные им материалы вошли в большую статью «Христианские древности Греции»[1221] и монографию «О древних христианских надписях в Афинах» (СПб., 1874) – первое систематизированное собрание византийских настенных церковных надписей, которое и сейчас используется специалистами. Кроме того, он выпустил список обширного собрания документов церкви Священной усыпальницы в Афинах. По выражению архимандрита Киприана (Керна), Афины стали для о. Антонина «бесплатной, долговременной и самой приятной школой изучения христианских древностей»