Начавшийся процесс эллинизации затронул не только государство, но и Православную Церковь. Если прежде зависимость Молдавской и Валашской от Константинопольского Патриархата была номинальной, то теперь архиереями назначали этнических греков, богослужение в городах совершалось на греческом языке и т. п. Низшее духовенство продолжало оставаться национальным, но оно было бесправно, вместе с крестьянством священники должны были нести все государственные повинности, а также платить налоги в казну. Подрывала нормальное течение церковной жизни и развивавшаяся в стране симония. Некоторые епископы-греки, получив назначение на доходное место за деньги, старались возместить свои затраты, направляя на церковные должности всякого, кто мог внести в их казну значительную сумму денег. В результате появилось немало безместных священников, которые бродили по стране, предлагая свои услуги за пропитание и роняя еще ниже и без того невысокий авторитет духовного сана.
Тем не менее во второй половине XVIII в. Валашский митрополит был признан первым по чести среди иерархии Константинопольской Патриархии, а в 1776 г. ему был пожалован сохраняемый до настоящего времени почетный титул Наместника Кесарии Каппадокийской – исторической кафедры, которую возглавлял в IV в. святитель Василий Великий. На это же время приходится деятельность преподобного Паисия Нямецкого (Величковского; 1722–1794), украинца, который признан вторым основателем румынского монашества после святого Никодима Тисманского. В 1992 г. Румынская Церковь причислила преподобного Паисия к лику святых.
В конце XVIII века так называемая группа Объединенных ученых, в которую входили Сумуил Мичу, Георгэ Синчаи и Петру Майор, в своих работах стремилась доказать римское происхождение румынского народа и его языка. К этому времени прежде всего, под влиянием «Объединенных ученых» и их школы мысли, произошло завершение романизации литургической службы.
Этот момент имел особое значение в истории Румынской Церкви, так как церковнославянский язык и Православие являлись в течение семи с лишним веков важными составляющими этнической самобытности румын. В 1813 г. Петру Майор издал первую историю религии румын.
Облегчение положения страдающих от османского ига народов Балканского полуострова принесла Россия. В результате Русско-турецких войн второй половины XVIII в. Россия получила право покровительства православным румынам и молдаванам. Уже первая Русско-турецкая война во времена Екатерины II закончилась в 1774 г. благоприятным для них Кучук-Кайнарждийским договором: всем румынам, действовавшим во время войны против турок, объявлялась амнистия; предоставлялась свобода христианского вероисповедания в пределах Османской империи; конфискованные ранее земли возвращались; господарям Молдавии и Валахии разрешалось иметь в Константинополе своих поверенных православного исповедания. Кроме того, Россия оговорила право покровительствовать княжествам в случае их столкновений с турецкими властями. Последовавшая вскоре вторая война России с Турцией (1787–1791) закончилась Ясским трактатом, которым по отношению к дунайским княжествам подтверждались условия прежнего договора и, кроме того, румынам предоставлялась двухлетняя льгота относительно податей.
В 1789 г., во время Русско-турецкой войны, Святейший Синод Российской Православной Церкви учредил Молдо-Влахийскую экзархию, Местоблюстителем которой 22 декабря того же года был назначен бывший архиепископ Екатеринославский и Херсонеса Таврического Арсений (Серебренников). В 1792 г. митрополитом Молдо-Влахийским с титулом экзарха Молдавии, Валахии и Бессарабии стал румын по национальности владыка Гавриил (Банулеску-Бодони). Но уже в следующем, 1793 г., он был переведен на Екатеринославскую кафедру с формальным сохранением за ним титула экзарха[478].
Во время войны с Османской империей в 1806–1812 гг. русские войска в течение четырех лет (1808–1812) контролировали территорию Молдавского и Валашского княжеств. При этом многие румыны видели возможность избавления от турецкого и фанариотского ига в присоединении к России. Последовательным выразителем этих стремлений являлся Молдавский митрополит
Вениамин (Костаки). Когда русские войска вошли в Молдову, 27 июня 1807 г. императору Александру I был подан адрес, подписанный в Яссах самим митрополитом и 20 знатными боярами, в котором они просили о присоединении их страны к России: «Истреби несносное правление, дышащее угнетением бедному сему народу. Соедини правление земли сей с богохранимой державой твоей… Да будет одно стадо и один пастырь, и тогда да наименуем: “Сей есть златый век состояния нашего”. Сие есть от всея души общее народа сего моление». Владыка Вениамин энергично противодействовал и влиянию фанариотов на румынский народ. С этой целью он еще в 1804 г. учредил недалеко от г. Яссы, в монастыре Сокол, духовную семинарию, в которой преподавание велось на румынском языке. Кроме того, митрополит заботился об издании книг догматического и религиозно-нравственного содержания на родном языке. Целью своих трудов он ставил повышение умственного и нравственного уровня румын[479].
В ответ на упомянутое послание по решению Святейшего Синода румынские епархии в марте 1808 г. были временно присоединены к Российской Православной Церкви, и ранее находившегося на покое Киевского митрополита Гавриила (Банулеску-Бодони) вновь назначили экзархом Молдавии, Валахии и Бессарабии. Прибыв туда, владыка констатировал, что «большинство архиереев-греков не посещало храмов, многие священники не знали последование литургии и были попросту малограмотны». За три-четыре года он проделал большую работу по наведению порядка в епархиях. Ориентируясь на Россию, владыка ввел в приходах метрические и приходо-расходные книги, ограничил число священнических поставлений необходимостью, ввел образовательный ценз для лиц, стремящихся к священству, преобразовал духовную семинарию в монастыре Сокол по образцу русских семинарий, с преподаванием в ней русского языка. Митрополит Гавриил также старался всеми средствами улучшить положение духовенства и поднять его авторитет, при нем в дунайских княжествах действовало 407 монастырей[480].
В 1812 г. по Бухарестскому договору в состав России вошла Бессарабия (земли между реками Прут и Днестр), а на остальной территории Молдовы и Валахии были восстановлены османское правление и церковная власть греков-фанариотов. Из православных приходов Бессарабии, оказавшихся на территории Российской империи, была образована Кишиневская епархия. 21 августа 1813 г. ее возглавил упоминавшийся владыка Гавриил (Банулеску-Бодони) с титулом митрополита Кишиневского и Хотинского. Молдо-Влахийская экзархия была окончательно упразднена 30 марта 1821 г.
Во время Морейского восстания греков 1821 г. румыны помогли туркам подавить восставших. В расчете на поддержку в дальнейшем, султан в 1822 г. удовлетворил просьбу молдавских и валашских бояр о восстановлении права избрания румынских господарей. С этого момента политическая зависимость Молдовы и Валахии от Османской империи стала постепенно ослабевать, были учреждены румынские народные школы, в 1836 г. открыты духовные семинарии в Бухаресте и Бузэу, а греческий язык устранен из богослужения. После Русско-турецкой войны 1828–1829 гг. Валахия получила автономию, гарантом которой выступала Россия, и до 1834 г. Валашское княжество фактически находилось под ее прямым управлением. В 1831 г. здесь был введен в действие Органический статут (регламент), составленный русским генералом Киселевым и фактически ставший первой румынской конституцией. В XIX в. много будущих румынских архиереев училось в российских духовных академиях.
Однако воспитанная в Западной Европе новая румынская интеллигенция стала проявлять враждебное отношение к Православной Церкви. Ненависть к фанариотам несправедливо была перенесена и на Православие, теперь оно получило название «фанариотской культуры», «мертвого учреждения», якобы губящего народ, исключающего возможность прогресса и обрекающего на постепенное умирание. Охладело и отношение румынской интеллигенции к России[481].
В результате поражения России в Крымской войне 1853–1856 гг. ее протекторат над Молдовой и Валахией был упразднен. В 1859 г. два независимых княжества Валахия и Молдова объединились в одно государство Румынию, при этом единым господарем и князем был избран поддержанный Францией полковник Александр Куза. Организационное слияние двух митрополий произошло путем присвоения митрополиту Бухарестскому титула митрополита-примаса всея Румынии. В 1862 г. в Бухаресте было созвано Национальное собрание и создано единое правительство, которое практически сразу же начало активно вмешиваться в церковные дела. Уже в 1863 г. была проведена секуляризация всего монастырского имущества, доходы от которого включены в государственный бюджет, около 30 обителей закрыты. Эта мера была продиктована стремлением правительства окончательно лишить греческих иерархов, имевших в Молдове и Валахии значительную собственность, возможности оказывать влияние на Румынскую Церковь, но на практике привела также к существенному ограничению роли монастырей в культурной и общественной жизни страны. Кроме того, государство постепенно взяло на себя такие, прежде церковные, функции, как образование, правосудие, социальная помощь, акты гражданского состояния[482].
В 1865 г. под давлением светской власти без предварительных переговоров с Константинополем была провозглашена автокефалия Румынской Церкви. Управление ею было вверено Генеральному Национальному Синоду, в состав которого входили все епископы, а также по три депутата от духовенства и мирян каждой епархии. Синод должен был собираться один раз в два года, и его решения получали силу только после утверждения светской властью. Высшее духовенство: митрополиты и управлявшие епархиями епископы теперь назначались князем по представлению министра исповеданий. Константинопольский Патриарх Софроний не признал акта провозглашения автокефалии и направил протесты в адрес князя Александра Кузы, митрополита Валашского и Местоблюстителя митрополии Молдовы. После их отклонения Патриарх Софроний созвал Архиерейский Собор, постановивший обратиться за советом к другим Православным Церквам, в том числе в Россию. Вскоре было направлено официальное послание к Российскому Святейшему Синоду с призывом оказать духовную помощь в этой ситуации.