По поручению Синода проект ответа составил митрополит Московский Филарет (Дроздов). В нем владыка пришел к выводу, что желание румынского правительства сделать свою Церковь автокефальной законно и естественно, но это желание было заявлено далеко не законным способом. С другой стороны, и Константинопольский Патриарх, выступивший с протестом против совершенного румынами, по мнению митрополита Филарета, повел дело нетактично: вместо слов мира и совета рассмотреть дело объявления автокефалии вместе с другими Поместными Церквами, он прибег в своем послании к резким выражениям, способным не успокоить, а еще более раздражить недовольных[483].
В официальном ответе Российского Синода Константинопольскому Патриарху было заявлено, что учреждение «Генерального» румынского Синода «превышает меру светской власти и требует рассуждения и утверждения высшего в Церкви Собора, и в особенности Патриарха, к области которого принадлежит Церковь, учреждающая новый Синод». Положение, что «в Синоде председательствует во имя господаря Румынский митрополит», признавалось антиканоническим и антиевангельским: «Митрополит и прочие члены Синода присутствуют в нем во имя Христа и апостолов». Назначение епископов одной светской властью, без избрания церковного, также признавалось анти-каноническим. В конце послания говорилось, что для прекращения возникших несогласий лучшим средством может послужить слово любви и мира, обращенное к румынам. Румынской Церкви же был указан законный путь к провозглашению церковной самостоятельности: просить благословения и согласия Константинопольского Патриарха и других Поместных Православных Церквей. Однако этот совет был воспринят далеко не сразу[484].
На волне борьбы с «фанариотским наследием» румынское правительство стало внедрять в церковную жизнь элементы западной культуры: началось распространение григорианского календаря, было разрешено употребление за богослужением органа и пение Символа веры с филиокве, широкую свободу предоставили протестантскому прозелитизму. Были изданы специальные правила, по которым в монахи могли постригаться только 60-летние мужчины и 40-летние женщины; некоторые правительственные чиновники даже предлагали полностью упразднить монашество, а министр-президент М. Когальничано в национальном собрании предложил принять католицизм в качестве официальной религии на том основании, что «православие служит единственным препятствием благоденствию румын»[485].
Подобное вмешательство светской власти в церковные дела вызвало протесты ряда видных румынских иерархов: Молдавского митрополита Софрония, епископов Филарета и Неофита (Скрибанов) и других. Воспитанник Нямецкой лавры, постриженник и ученик митрополита Вениамина (Костаки) митрополит Софроний был отправлен румынским правительством в ссылку, но своей борьбы не прекратил. Другой известный румынской святитель Филарет (Скрибан) окончил Киевскую духовную академию, принял монашество в Киево-Печерской лавре, и после возвращения на родину в течение 20 лет возглавлял Сокольскую Ясскую духовную семинарию, которую поднял на высокий уровень. За свою ученость и глубоко содержательные проповеди он получил в Румынии имя «профессора профессоров». Князь А. Куза предложил епископу Филарету пост митрополита Молдавского, а его брату епископу Неофиту – пост митрополита Валашского, желая таким образом привлечь их на свою сторону. Но оба архиерея решительно отказались принять назначение и вступили в борьбу с церковными реформами князя. Однажды во время заседания Синода в присутствии самого князя епископ Филарет обрушил на него церковное проклятие за закон о конфискации монастырского имущества. Владыка обращался и к Святейшему Синоду Российской Православной Церкви с просьбой оказать содействие в низложении тех епископов, которые были поставлены волей румынских светских властей. Епископ Неофит также на одном из заседаний Синода огласил свой протест правительству за его распоряжения по делам Церкви.
С борьбой против антиканонических мероприятий светских властей братья-архиереи сочетали ученую деятельность. Они написали и перевели (главным образом с русского) на румынский язык большое количество церковных трудов, составили учебники по многим школьным предметам. Перу епископа Неофита принадлежат: «Исторические очерки» (по всеобщей истории), «Краткая история молдавских митрополитов и доказательство автокефальности Молдавской митрополии» (сочинение было использовано для утверждения автокефалии Румынской Церкви) и др. Епископ Филарет написал: «Краткую румынскую церковную историю», «Пространную румынскую церковную историю» в шести томах, различные сочинения критического и полемического направления. За свое обличение политики князя Кузы владыки Филарет и Неофит также были отстранены от участия в церковных делах. Протесты Константинопольского Патриарха против этих насилий остались без ответа[486].
В 1866 г. в результате заговора Александр Куза был арестован и отстранен от власти, и румынским князем стал родственник прусского короля католик Кароль (Карл) I из династии Гогенцоллернов. В 1872 г. был издан «Закон об избрании митрополитов и епархиальных епископов, а также об устройстве Священного Синода Православной Румынской Церкви», который несколько ослабил зависимость Церкви от государства. По закону 1872 г., в основной части действовавшему до 1918 г., во главе управления Румынской Церкви находился состоявший исключительно из иерархов Священный Синод, в состав которого в конце XIX в. входили 16 архиереев: 8 епархиальных и 8 их викариев. Председательство в Синоде принадлежало Валашскому митрополиту Валахии, примасу Румынской Церкви; в случае его отсутствия председательствовал Молдавский митрополит, в случае отсутствия обоих – старший по хиротонии епископ. Светских чиновников в Синоде не полагалось, все должности исполнялись архиереями. Было отменено наименование Синода «Генеральным, национальным», заимствованное из протестантского церковного устройства, его сессии созывались два раза в год княжеским (затем королевским) указом. В совещаниях Синода может участвовать министр исповеданий с правом совещательного голоса, но обычно он присутствовал только при открытии и закрытии сессии. Министр исповеданий также являлся посредником в сношениях Синода с правительством и с другими Поместными Церквами[487]. Князь Кароль I, выступавший за законное получение автокефалии Румынской Церковью, начал переговоры о ее признании с Константинопольским Патриархатом, однако решение вопроса затянулось.
Вскоре после начала Русско-турецкой войны 1877–1878 гг., 9 мая 1877 г., парламент Румынии провозгласил полную независимость страны, которая была признана на Берлинском конгрессе 1878 г. После этого, в ответ на новую просьбу Румынского Синода, Константинопольский Патриарх Иоаким III в ноябре 1878 г. составил акт о даровании Румынской Церкви автокефалии, однако удержал за собой право освящения святого мира. Румынские церковные власти отказались предоставить Константинополю право мироварения и без благословения Патриарха 25 марта 1882 г. совершили чин освящения мира в Бухарестском кафедральном соборе. После этого Патриарх Иоаким III не отправил составленный акт в Бухарест и вновь прервал каноническое общение с Румынской Церковью. Румынский Синод увидел в протесте Константинопольского Патриарха его притязания на вселенское главенство в Церкви и в ответном послании указал, что Миропомазание есть таинство, а Церковь должна владеть всеми средствами к совершению таинства, и искание этого средства в других Церквах означало бы, что данная Церковь не владеет полнотой средств к освящению и спасению; следовательно, освящение мира есть неотъемлемый атрибут всякой автокефальной Церкви[488].
Только с восшествием на Константинопольский Патриарший престол нового Первосвятителя состоялось окончательное примирение двух Церквей. В связи с интронизацией Патриарха Иоакима IV в 1884 г. митрополит Валашский Каллиник (Миклеску) направил ему приветствие, а вслед за ним послание с просьбой благословить и «признать автокефальную Церковь Румынского Королевства своей во всем единомыслящей и единоверной сестрой». Этот поступок митрополита ускорил решение проблемы. 23 апреля 1885 г. Патриарх Иоаким IV издал Томос, признавший полную автокефалию Румынской Православной Церкви, который был торжественно зачитан в Бухаресте 13 мая. Предстоятель Церкви, как и раньше, именовался митрополитом-примасом, до своей кончины в 1886 г. им был владыка Каллиник (Миклеску). При этом, когда в 1881 г. Румыния стала королевством, осенью того же года на заседании Священного Синода был впервые поднят вопрос об установлении в Румынской Церкви Патриаршества, но из-за внутренних конфликтов среди румынского епископата данная инициатива не получила развития[489].
13 декабря 1885 г. был издан новый государственный закон о Церкви, стесняющий ее деятельность. Этот закон запрещал членам Священного Синода участвовать в каких-либо собраниях для обсуждения церковных дел, кроме заседаний Синода, а также выезжать за границу без специального разрешения правительства. Таким образом стремились ограничить деятельность румынских иерархов, чтобы не допустить их совместной с епископами других Православных Церквей борьбы за Православие.
В дальнейшем законы по делам Румынской Церкви принимались Сенатом и палатой депутатов, но предварительно рассматривались в Синоде, который был уполномочен издавать только частные правила деятельности административных и судебных церковных установлений. По закону 1893 г. из ведения Синода было изъято заведование духовными школами, предоставленное министру исповеданий; заведование церковными имуществами передали городским думам и сельским управлениям, под наблюдением того же министра. Синод не имел права цензуры над богословскими сочинениями; его одобрение требовалось только для церковно-богослужебных книг. Однако Синоду принадлежал в церковных делах суд над духовными лицами и он имел право кассации судебных определений Духовных консисторий.