Большой вред церковной жизни причинили жестокие бомбардировки англо-американской авиации крупных болгарских городов, продолжавшиеся с 14 ноября 1943 по 17 апреля 1944 гг. (только в Софии за это время погибло 852 мирных жителя и было разрушено 12 тыс. зданий). В результате частичного разрушения 19 ноября здания Синода и связанного с этим временного прекращения выхода официального печатного органа «Церковного вестника» административная церковная деятельность оказалась сильно ослаблена. Резко сократилось производство свечей для храмов. Бомбардировка 10 января 1944 г. принесла новые значительные разрушения (серьезно пострадала Синодальная палата) и жертвы. По этому поводу Синод 27 января выступил с «Посланием к болгарскому народу» (опубликованным в «Церковном вестнике»), в котором призывал не падать духом, а молясь и уповая на Бога, проявить единомыслие, сплоченность, твердость и братскую солидарность[823].
Из-за бомбардировок в январе 1944 г. Софийская семинария была эвакуирована в Пётропавловский монастырь (округ Лясковец), богословский факультет Софийского университета и Пловдивская семинария – в Бачковский монастырь, Пловдивская митрополия – в г. Асеновград, синодальная типография – в г. Луковит, а сам Синод (канцелярия, часть ризницы, библиотеки и другие службы) 22 января вынужденно переехал в Черепишский Успенско-Богородицкий монастырь, – в здание местного Богословско-пастырского института, который в свою очередь эвакуировался в Рильскую обитель. Учебный год был приостановлен, прекратился выпуск почти всех синодальных и епархиальных периодических изданий, кроме «Церковного вестника», который выходил в ограниченном объеме и формате[824].
В Рильский монастырь по решению Синода от 11 марта эвакуировали и Центральный церковный историко-археологический музей, в том числе ценности, вывезенные с греческой и югославской территории (после окончания войны их вернули этим странам)[825]. В это время протопресвитер Стефан Цанков писал в редакцию газеты «Православная Русь», что его квартира также была повреждена при бомбардировке, и он оказался вынужден переехать в один из монастырей, где продолжил научную деятельность[826].
В марте 1944 г. в результате авиационных налетов был разрушен ряд софийских храмов (сильно пострадал и собор св. кн. Александра Невского), здание богословского факультета, сгорели все три столичных церковных магазина, склад книг и икон, а также 30 марта – синодальная часовня, Синодальная библиотека и помещение синодальной ризницы, где погибла остававшаяся там после эвакуации часть вещей и архивных документов. Из 19,3 тыс. хранившихся в библиотеке книг уцелели лишь эвакуированные ранее 514. Кроме эвакуированных в Рильский монастырь документов, полностью сгорел бесценный Синодальный архив, в том числе хранившиеся в огнезащитном сейфе оригиналы султанского фирмана об учреждении Болгарского экзархата 1870 г. и свидетельства о Крещении царя Бориса III. 31 мая 1944 г. от бомбардировки серьезно пострадало остававшееся в Софии Синодальное издательство, сгорело много хранившихся там книг[827]. Было разрушено и несколько храмов в других городах Болгарии: Пловдиве, Русе, Враце и т. д. Лишь 6 октября 1944 г. канцелярия Синода вернулась в Софию.
Вплоть до осени 1943 г. Германии с помощью болгарского правительства в основном удавалось удерживать Болгарскую Церковь в сфере своего влияния, хотя особых иллюзий на этот счет у нацистского руководства не было. Еще 31 марта 1942 г. в застольной беседе в своей штаб-квартире А. Гитлер заявил: «Болгарская Церковь тянется к Москве. Население Болгарии и сегодня, то есть уже при советской системе [в СССР], в идейном отношении настроено панславянски»[828].
Стремясь использовать Болгарскую Церковь в антисоветской пропаганде, германский МИД пригласил ее представителя участвовать в Катынском акте 1943 г. (вскрытие массовых захоронений в Катыни под Смоленском), который установил факт расстрела органами НКВД польских военнопленных 1939 г. В Катынь ездил ректор Софийской духовной семинарии архимандрит Николай. С этой же целью в июле 1943 г. правительство Третьего рейха включило в состав международной комиссии по изучению массового захоронения жертв террора НКВД под Винницей трех представителей Болгарской Православной Церкви: упоминавшегося ректора Софийской семинарии архимандрита Николая, протосингела Скопле-Велишской епархии архимандрита Стефана и служащего Синода архимандрита Иосифа. Они ездили через Германию в Винницу, участвовали в торжественном погребении 16 июля найденных останков жертв, однако использовать эту поездку в антисоветских целях нацистской пропаганде в Болгарии не удалось[829].
14 ноября 1942 г. на братском кладбище павших воинов в Софии столичные священнослужители совершили панихиду, на которой, кроме болгарских властей, присутствовали представители германской армии. После окончания панихиды военный министр Михов и немецкий генерал Неймайер произнесли речи, в которых отметили болгарско-германское братство по оружию; затем на немецком кладбище было совершено поминовение похороненных там солдат[830].
С марта 1942 г. некоторые германские ведомства (МИД и Министерство церковных дел) пытались оказать содействие в открытии болгарского православного храма в Берлине. Однако решение этого вопроса, несмотря на неоднократные ходатайства болгарского посольства, затянулось. В апреле 1943 г. Министерство церковных дел предложило использовать здание закрытой французской реформаторской церкви, но для болгарской общины оно не подошло. В передаче более подходящего помещения ликвидированной в 1941 г. секты «Христианское знание» отказало Главное управление имперской безопасности, написавшее 15 июня 1943 г. в Министерство церковных дел, что «ему не известно здание, которое могло бы быть предоставлено для Болгарской Православной Церкви». Лишь к январю 1944 г. выяснилось, что болгарской общине может быть передано здание закрытой в 1941 г. Американской церкви, однако оно находилось под защитой швейцарского посольства и, вероятно, так и не было предоставлено в пользование болгарам[831].
Последовавшая 28 августа 1943 г. смерть правившего с 1918 г. царя Бориса III была с глубокой скорбью воспринята Болгарской Церковью. В кафедральном соборе св. кн. Александра Невского состоялось торжественное отпевание царя, которое совершили 11 митрополитов в сослужении с сотней представителей черного и белого духовенства, последние слова о заслугах и служении почившего монарха произнес председатель Синода митрополит Неофит. Проститься с телом царя пришли около 300 тыс. человек. Вплоть до его погребения – 6 сентября по решению Синода ежедневно совершались поминальные службы. Похоронили Бориса III согласно его желанию в Рильском монастыре (позднее при коммунистах захоронение было вскрыто, и тело тайно погребли во Враньском парке, лишь хранившееся в специальном сосуде сердце царя в 1993 г. было вновь положено в его гробницу в Рильском монастыре). На сороковой день после кончины – 6 октября в храмах Софии и Пловдива были совершены поминальные службы, как и через полгода после смерти царя. Кроме того, Синод провел траурное заседание и обратился к народу с особым утешительным посланием[832].
В октябре 1943 г. на собрании, посвященном памяти монарха, в актовом зале Софийского университета председатель философско-общественного отдела Болгарской академии наук протопресвитер Стефан Цанков выступил с докладом на тему «Царь Борис III как человек и как государь», в котором отметил, что почивший «все свое царствование чувствовал и заявлял себя и словом и делом преданным сыном родной Церкви». В январе 1944 г. газета Зарубежной Русской Церкви «Православная Русь» опубликовала статью о. Стефана «Покойный царь болгарский Борис как религиозно-нравственная личность». Сама же редакция газеты отмечала, что «царь Борис был сердечным другом русского народа, всегда подчеркивал он, чем обязана Болгария России, и за эту свою благодарную преданность России много претерпел он»[833]. Архиерейский Синод РПЦЗ выразил Болгарской Церкви свое сочувствие в связи с кончиной монарха и в ответ получил благодарственное письмо митрополита Неофита от 19 октября 1943 г.[834]
Новым царем Болгарии был провозглашен шестилетний сын Бориса III и царицы Иоанны князь Тырновский Симеон II, регентом стал брат покойного монарха князь Преславский Кирилл (расстрелянный коммунистами 3 февраля 1945 г.), а в число четырех опекунов малолетнего царя первоначально был выбран митрополит Ловечский Филарет (16 октября 1943 г. он отказался войти в опекунский совет)[835]. Еще 9 сентября Синод одобрил свое послание к болгарскому народу по случаю кончины Бориса III и восшествия на престол Симеона II, которое было зачитано 6 октября во всех храмах и напечатано 10-тысячным тиражом. 14 сентября правительство Богдана Филова было отправлено в отставку и вскоре сформировано новое во главе с Добри Божиловым. Следует отметить, что князь Кирилл в основном продолжал курс политики своего брата, и в частности, по настоянию Церкви, также отказался выдать болгарских евреев Германии.
Ведомства Третьего рейха попытались использовать смерть царя в пропагандистских целях. В состав германской делегации на похоронах входили: в качестве личного представителя фюрера адмирал Редер, генерал-фельдмаршал Кейтель, граф Шуленбург и другие высокопоставленные лица, а в тра