В ряде статей Нечаев попытался обосновать намеченную организацией революционную тактику. Выбросив лозунг – «кто не с нами, тот против нас», Нечаев категорически отмежевался от какой бы то ни было половинчатости в революционной деятельности, отшвырнув возможность какого бы то ни было сотрудничества революционной молодежи с умеренным либерализмом других группировок. Для достижения намеченной цели и сохранения наличия революционно-боевых сил, прежде всего нужна была организация революционной партии, спаянной дисциплиной и единством коллективной мысли.
Далее, набрасывая «Главные основы будущего общественного строя», Нечаев вплотную подошел к обоснованию своей политической программы.
Для определения политических взглядов Нечаева эта статья представляет исключительный интерес. В ней Нечаев впервые подходит к вопросу о будущем коммунистическом строе. Ссылаясь на «Манифест Коммунистической партии» Маркса и Энгельса, в котором, по мнению Нечаева, уже дано подробное теоретическое развитие его главных положений», Нечаев пытается сосредоточить внимание молодежи на практических выводах, рисуя структуру будущего коммунистического общества. Ошибочно было бы думать, что в своей практической революционной деятельности Нечаев был последовательным учеником Бакунина. Прежде всего Нечаев был коммунистом. Коммунистические взгляды Нечаева сложились задолго до знакомства его с Бакуниным. Влияние идеи Гракха Бабефа определило политическое мировоззрение Нечаева далеко еще до момента вступления его на революционный путь и сохранено было им до самого конца его жизни. Анархический налет, допущенный им в некоторых теоретических настроениях, обусловливался исключительно обаянием личности самого Бакунина, дружба с которым не прошла бесследно для Нечаева.
Начиная с первых дней вторичного своего пребывания за границей, Нечаев быстро отходит от какого бы то ни было влияния Бакунина. Встретившись с ним, Нечаев обнаружил, насколько сам Бакунин был малопригоден в качестве практического деятеля русской революции. Двойственность личности Бакунина, его пристрастие к революционной фразе и неумение целиком подчинить себя основным требованиям революционера-борца вскрывали перед Нечаевым различие путей их политических устремлений. Несмотря на существующую еще близость с Бакуниным, Нечаев постепенно начинает отходить от него, а вместе с тем постепенно начинает гаснуть и та дружба, которая связывала их в течение последнего года. Особенно резко сказалось это расхождение в период, когда заглохший с 1867 года Герценовский «Колокол» перешел в редакционные руки Нечаева. Различие политических воззрений между Нечаевым и Бакуниным привело к тому, что последний добровольно отстранился от участия в редакции Нечаевского «Колокола» и только по временам, в ряде обращений «в редакцию», заявлял о своем расхождении с ним.
Таким образом, неизбежно назревал тот неминуемый конфликт, который, приводил к разрыву между Нечаевым и Бакуниным, закончившемуся личной ссорой между ними, после того как Нечаев отказал Бакунину в выплате ему ежемесячного содержания из средств так называемого «общего фонда» и не подчинился намеченным экпроприационным замыслам Бакунина. В Женеве Нечаев успел издать только шесть номеров Колокола». В июле 1870 года произошел формальный разрыв между Бакуниным и Нечаевым.
В августе Нечаев переезжает в Лондон и приступает здесь к изданию нового журнала, La Commune («Общинный»), теперь уже определенно коммунистического направления. В первом номере этого журнала Нечаев публикует свое письмо к Бакунину и Огареву, в котором вскрывает социальные корни их политических разногласий. Это письмо Нечаева заканчивает словами: «я глубоко уверен, что вы (т. е. Бакунин и Огарев) никогда не выступите более, как практические деятели русской революции. Порвав с Бакуниным, Нечаев пытается заложить основы нового революционного объединения.
С этой целью он заводит связи с рядом русских революционеров. Но тут ему пришлось натолкнуться на серьезные препятствия. За Нечаевым в Западной Европе к этому времени установлена была настоящая погоня. Разуверившись в возможности поймать его своими собственными силами, царское правительство попыталось прибегнуть к самой гнусной клевете, какую можно было обрушить на революционера. Русское правительство домогалось выдачи Нечаева. Но так как политического преступника ни одно западно-европейское государство не имело права выдать, то царское правительство начало усиленно распространять клевету, что Нечаев не политический, а уголовный преступник, убивший студента Иванова и занимающийся распространением фальшивых кредиток.
Установленная погоня не давала Нечаеву возможности долго оставаться на каком-нибудь определенном месте. Не желая попасть в лапы царскому правительству, Нечаев принужден был перекочевывать из города в город, из одного государства в другое, меняя каждый раз свою фамилию. Начиная с этого времени, трудно проследить за деятельностью Нечаева в Западной Европе. Он настолько часто менял свое местожительство, что даже друзья и те надолго теряли его из виду.
Целых два с половиной года длилась эта погоня. За это время царские шпионы наводнили почти все западно-европейские государства. Но недаром Нечаев был хорошим конспиратором, он все время благополучно увёртывался от царских шпионов. Чтобы поймать Нечаева, русскому правительству пришлось подкупить полицию различных стран и назначить награду за его обнаружение огромную сумму. Можно определенно сказать, что никого, даже самого опасного революционера не разыскивала так царская полиция, как разыскивала она Нечаева. Из шпионов никто не мог напасть на настоящий след Нечаева. Оставалось одно – нужно было подкупить не только иностранную полицию, но и кого-нибудь из лично знавших Нечаева в лицо, т. е. прибегнуть к форме предательства со стороны какого-нибудь эмигранта.
Таким предателем, находившимся уже давно на службе II Отделения, и был польский эмигрант Адольф Стемпковский, который должен был указать Нечаева русским агентам. За это Стемпковскому обещано было царским правительством помилование в связи с его участием в польском восстании 1863 года. Последние месяцы своей жизни за границей Нечаев жил в Швейцарии, в городе Цюрихе. Жил он в то время у одного польского революционера по фамилии Тюркский и вел довольно замкнутый образ жизни, так как собирался перед этим переехать во Францию. Здесь, на квартире у Турского с ним познакомился Стемпковский, который сам вызвался достать Нечаеву необходимый паспорт для поездки в Париж. Не подозревая ничего о предательских замыслах Стемпковского, Нечаев согласился на его предложение. 14 августа 1872 года Стемпковский назначил свидание Нечаеву в одном из отдаленных ресторанов города Цюриха. В это время в ресторане вместе со Стемпковским поджидали Нечаева двое переодетых русских шпионов и несколько швейцарских полицейских. Войдя в ресторан, Нечаев сейчас же приступил к своей беседе со Стемпковским.
Но не успел он обменяться и несколькими словами, как на него набросились переодетые полицейские и сейчас же заковали в ручные кандалы. Арестованного Нечаева немедленно отвезли в швейцарскую тюрьму, где и продержали два месяца, вплоть до его выдачи русскому правительству. Известие об аресте Нечаева русской полицией встревожило эмигрантскую колонию. Начались усиленные протесты, которые, впрочем, кроме платонического возмущения, не вылились в реальную форму. Так же неудачно закончилась и попытка отбить Нечаева из рук полиции во время перевоза его из тюрьмы на станцию железной дороги. В октябре месяце 1872 г. Нечаев был выдан русскому правительству. Закованного в ручные и ножные кандалы, его увезли в Россию и 19 октября 1872 г. заключили в одиночную камеру Петропавловской крепости.
Судьба Нечаева была заранее решена. Царское правительство охотно повесило бы Нечаева, если бы не было связано известными обязанностями перед Швейцарией судить его не как политического, а как уголовного преступника. Поэтому для проформы оно должно было проделать над ним всю процедуру уголовного суда. О революционной деятельности Нечаева на суде ни слова не было сказано.
Судили его, как обыкновенного убийцу студента Иванова. Но если правительство старалось скрыть от общественного мнения политический характер деятельности Нечаева, то сам Нечаев не мог примириться с этим и во всеуслышание гордо заявлял о своих революционных убеждениях. С момента своего ареста со всеми властями Нечаев держался гордо и независимо. Так же гордо и независимо, заложив в руки в карманы, вошел он и в зал Окружного суда. На обычный вопрос председателя об имени и фамилии подсудимого – Нечаев вместо ответа заявил: «Не признаю этого суда, я – эмигрант и, как эмигрант, не признаю русского императора и здешних законов».
Такое смелое заявление о своих политических убеждениях никогда еще не раздавалось в зале царского суда. После этих слов Нечаева сейчас же вывели и в коридоре жестоко избили. Но когда его снова ввели в залу суда, он с не меньшей силой крикнул на весь зал: «Да здравствуют римские законы», т. е. не законы царя, а законы народа. За время процесса Нечаева неоднократно выводили из зала суда, но всякий раз он заявлял свое презрение к судьям ко всему царскому порядку. Ненавидя царское правительство, Нечаев и в последнюю минуту не побоялся заявить об этом. Суд приговорил Нечаева к самой высшей мере наказания, какая могла быть применена к уголовному преступнику – к 20 годам каторжных работ в Сибири.
Но и этой меры наказания правительству было все же мало: в момент суда Нечаеву было всего лишь 25 лет, а через какие-нибудь 20 лет он получил бы право выйти на поселение или, вырвавшись из Сибири, снова бежал бы за границу. Правительству необходимо было замуровать его на всю жизнь в какой-нибудь тайной тюрьме. Из боязни, что Нечаев мог бежать из Сибири, Александр II самолично распорядился – под видом отправки его в Сибирь осторожно заключить навсегда в Алексеевский равелин Петропавловской крепости. Алексеевский равелин представлял тайную и самую страшную тюрьму, какая только была в царской России.