Уже в феврале 1993 г. Клинтон заявил, что он полон решимости, чтобы именно США возглавили процесс урегулирования на Балканах. С этого времени предпринимались усилия по оказанию помощи Хорватии (в борьбе ее руководства против попытки создания на ее территории автономного образования Сербская Краина) и боснийским мусульманам (в их борьбе против местного сербского христианского населения). После того как в Сараево — главном городе Боснии и Герцеговины — 28 августа 1995 г. произошел взрыв бомбы на одном из рынков, американские власти, не ожидая результатов расследования, обвинили в инциденте сербов. По согласованию с другими странами НАТО была начата операция против боснийских сербов под названием «Обдуманная сила», которая резко изменила общую ситуацию в пользу боснийских мусульман. Вслед за этим Белый дом выступил инициатором мирных переговоров, которые начались в ноябре 1995 г. на военной базе в Дейтоне (штат Огайо). Дейтонские соглашения были подписаны в Париже 14 декабря 1995 г. главами Сербии, Хорватии и Боснии и Герцеговины. В Боснии и Герцеговины размещалось 50 тыс. солдат НАТО (в том числе 25 тыс. американцев), эта страна объявлялась единым государством, но фактически разделялась на две части — Федерацию Боснии и Герцеговины и Республику Сербскую. Соглашения были сырые и в дальнейшем породили череду конфликтных ситуаций.
Одновременно развивался Косовский кризис, в который также решил вмешаться Клинтон. В начале 1998 г. в крае стала действовать Армия освобождения Косово (АОК), укомплектованная радикалами, подготовленные в албанских военных лагерях. АОК захватывала населенные пункты, нападала на полицию и воинские части, брала в заложники мирных жителей. Ответные жесткие меры сербских властей способствовали быстрому обострению обстановки. Объявив виновными в этом исключительно сербские власти (хотя вина была обоюдной), администрация Клинтона активно поддержала косовских албанцев. Сербы были обвинены в этнических чистках, после чего с конца марта по начало июня 1999 г. авиация США и других стран НАТО вели бомбардировки Белграда и других югославских городов. Были разрушены мирные кварталы югославской столицы. Контроль над Косово перешел к силам НАТО, в основном американским военным, и албанской администрации, вслед за чем в ряде мест последовала резня сербского населения.
Еще в 1993 г. с санкции президента Клинтона в Гааге был образован Международный военный трибунал по бывшей Югославии, суду которого были преданы почти исключительно сербские деятели, хотя преступления против мирного населения совершались не только сербами, но также хорватами, косовскими албанцами и боснийцами-мусульманами. Главным обвиняемым позже оказался бывший президент Югославии Слободан Милошевич, который умер во время процесса. К заключению были приговорены несколько сербских генералов. Только в 2017 г. трибунал по Югославии, оказавшийся не столько юридическим, сколько политическим инструментом, средством мщения, был распущен.
Что же касается Клинтона, то он, не особо разбираясь в терминологии, утверждал, что сербские власти и их армия проводили в Косово геноцид. Даже в части демократической прессы США президента критиковали за преувеличение зверств сербов и смягчение аналогичных действий косовских албанцев.
В последние годы президентства Клинтона стала вырисовываться опасность еще одного вооруженного столкновения, на этот раз с Ираком, где продолжал править Саддам Хусейн. После победы международной коалиции над Ираком во время освобождения Кувейта при Буше-старшем единоличная власть Хусейна сохранилась. Правда, в Ирак были направлены группы международного контроля для предотвращения возможного производства оружия массового уничтожения. Однако в 1996 г. Клинтон отдал распоряжение о смягчении, а затем отмене контроля в соответствии с программой «Нефть в обмен на продовольствие». Страны Запада стали закупать иракскую нефть, что привело к некоторому понижению цен на энергоносители, а в Ирак начались поставки жизненно необходимых продуктов.
В то же время по каналам ЦРУ стали поступать данные, что в Ираке ведутся разработки химического, биологического и даже ядерного оружия. В ежегодном послании «О положении страны», с которым Клинтон выступил 27 января 1998 г., утверждалось, что Ирак не только разрабатывает, но уже обладает какими-то видами оружия массового уничтожения. По предложению президента Конгрессом был принят (и им подписан 31 октября 1998 г.) акт «Об освобождении Ирака», который намечал «карательные меры» с целью изменения режима в этой стране. В декабре того же года американская авиация в течение четырех дней бомбила военные объекты Ирака, причем серьезно пострадало мирное население. В 1999 г. бомбардировки Ирака продолжались. Судя по тому, что никакие новые сведения о наличии у Ирака оружия массового уничтожения или о ликвидации такового общественности не были представлены, было ясно, что получить необходимые данные ЦРУ оказалось не в состоянии.
Противоречивый характер носило посредничество президента США во взаимоотношениях между Израилем, палестинскими арабами и соседними арабскими странами. Возобновлявшиеся войны в этом регионе неизменно заканчивались победой Израиля. В то же время организации палестинских арабов, и прежде всего Организация освобождения Палестины во главе с Ясиром Арафатом, провозглашали своей целью уничтожение Государства Израиль. Клинтон внимательно следил за секретными переговорами, которые велись вначале в Мадриде, а затем в Осло между представителями Израиля и палестинских арабов. Хотя он действительно стремился если не положить конец конфликту, то хотя бы смягчить его, Клинтон рассчитывал извлечь из этого немалую политическую выгоду, поскольку основная часть политически активного населения США явно сочувствовала Израилю.
В начале сентября 1993 г. было достигнуто предварительное соглашение, вслед за чем по требованию Клинтона был разыгран спектакль. 13 сентября на лужайке Белого дома в присутствии президента США, премьер-министра Израиля Ицхака Рабина и председателя ООП Ясира Арафата была подписана декларация, содержавшая положения о палестинской арабской автономии в секторе Газа, а затем в Иудее и Самарии, о создании палестинского правительства и сотрудничестве его с Израилем. Объявленный «историческим соглашением», документ оказался, однако, невыполнимым, террористическая деятельность палестинских арабских организаций против Израиля продолжалась. Но для Клинтона было главным, что его действия получили позитивную оценку в США и в мире.
Как и в других случаях, торопясь и не полностью просчитывая возможные последствия (мнение Олбрайт о необходимости осторожности не было учтено), Клинтон решил организовать «дружескую» встречу руководителей Израиля и палестинских арабов со своим участием. Она прошла в летней президентской резиденции в Кэмп-Дэвиде (штат Мэриленд) 11–25 июля 2000 г., причем продолжалась рекордное время — две недели. Арафат встречался с новым премьером Израиля Эхудом Бараком, Клинтон проводил «разъяснительные беседы» с обоими. Позиции сторон оказались непримиримыми, несмотря на все усилия Клинтона, соглашение подписано не было. Стороны ограничились ничего не значащим заявлением о намерении продолжать переговоры. В сентябре 2000 г. палестинцы начали очередную интифаду… Клинтон тяжело переживал неудачу, которая стала ударом по его престижу всего за полгода до ухода в отставку. В ответ на льстивые слова Арафата о том, что он великий человек, Билл заявил: «Я — не великий человек, а неудачник, и им сделали меня вы».
Отношения США с Россией в период президентства Клинтона развивались на деловой основе, хотя не раз возникали противоречия, в частности в связи с американской бомбардировкой Белграда. Он неоднократно вел переговоры с Б. Н. Ельциным по телефону. Они были «на ты». В январе 1994 г. состоялся визит Клинтона в Москву, в ходе которого были подписаны несколько соглашений и заявлений, в том числе о воздушном сообщении, о сотрудничестве в области здравоохранения, о совместном изучении радиационных воздействий на здоровье человека и окружающую среду. Билл Клинтон всегда отличался тем, что пытался использовать панибратскую лексику независимо от действительных чувств к партнерам. Его обращение к президенту Российской Федерации, которого он называл «другом Борисом», производило на общественность негативное впечатление.
На президентских выборах 2000 г. уходивший в отставку Клинтон поддержал кандидата Демократической партии Альберта Гора, который был при нем вице-президентом. Единственной областью его активности с согласия Клинтона являлось содействие развитию новых информационных технологий, в частности Интернета. Гор проиграл республиканцу Дж. Бушу-младшему.
Покинув пост, Клинтон продолжал выступать в качестве одного из лидеров Демократической партии, особенно содействуя продвижению своей супруги Хиллари, которая сначала стала сенатором, затем госсекретарем, а в 2016 г. баллотировалась на пост президента (республиканский кандидат Дональд Трамп в ряде выступлений высмеивал некомпетентные, по его мнению, заявления Клинтона, хвалившего свою супругу как политика).
В 2004 г. в городе Литтл-Рок, столице Арканзаса, была открыта Библиотека Клинтона, которая, как и другие президентские библиотеки, является комплексным научнопросветительным учреждением, включающим архив и музей. В том же году были опубликованы воспоминания Клинтона «Моя жизнь». В 2007 г. появилась работа Клинтона «Жить отдавая: Как каждый из нас может изменить мир». Несмотря на столь пышное название, книга, по существу дела, является краткой автобиографией с популяризацией вклада, который автор внес в «совершенствование современного мира». Еще одну книгу, совершенно другого жанра, Клинтон выпустил в 2018 г. На этот раз он стал соавтором (вместе с писателем Джеймсом Паттерсоном) остросюжетного романа «Президент пропал», который почти сразу после выхода в США был издан и в России. Аналитики-словесники установили, что роман в основном (если не полностью) написан Паттерсоном.