Еще одной важной инициативой Буша на первом году правления являлось значительное сокращение налогов. Он предложил Конгрессу уменьшить их на 1,6 млрд долларов, законодатели уменьшили сумму на 1,3 млрд, но и это было, по мнению администрации, серьезным ее успехом.
Летом 2001 г. сенатор Джеймс Джеффордс (штат Вермонт) отказался поддержать сокращение налогов, вышел из республиканской фракции и фактически присоединился к демократам, в результате чего республиканцы утратили контроль над верхней палатой. В связи с этим администрация Буша наметила план издания ряда президентских распоряжений, которые не требовали одобрения Конгресса, но имели фактически силу законов. Первым стала группа мер, направленных на дальнейшее расширение использования персональных компьютеров, прежде всего в системе образования. Из президентского фонда выделялись средства на предоставление школьникам и родителям возможности пользоваться электронной почтой в общении с учителями. Намечены были, но пока не обнародовались меры по ограничению подростковой беременности, борьбе с наркоманией в школах, а также по улучшению содержания заключенных.
На протяжении первой половины 2001 г. рейтинг Буша непрерывно рос. Обстановка в стране была вполне спокойной. Все изменилось 11 сентября. Утром этого дня исламские террористы, члены «Аль-Каиды», которую возглавлял миллионер из Саудовской Аравии Усама бен Ладен, захватили несколько пассажирских самолетов и совершили серию самых крупных в истории терактов. Два самолета врезались в башни-небоскребы Всемирного торгового центра (ВТЦ) в южной части Манхэттена, один — в здание Пентагона в окрестностях Вашингтона, четвертый самолет был перехвачен командой и пассажирами, в результате схватки потерял управление и упал в округе Сомерсет в штате Пенсильвания. Башни ВТЦ рухнули, погребя под собой соседние здания. Самолет, врезавшийся в Пентагон, разрушил одно крыло огромного пятиугольника, а соседние помещения были охвачены пожаром, который удалось погасить с большим трудом. Жертвами терактов стали 2977 человек (без учета 19 террористов), в том числе 2606 человек в ВТЦ, 125 — в Пентагоне, 246 пассажиров и членов экипажей четырех самолетов.
ЦРУ к этому времени уже располагало данными об организаторах терактов. Правительству пришлось признать, что «Аль-Каида» была создана — вначале под другим названием — при поддержке США вскоре после ввода в Афганистан советских войск в конце 1979 г. Через некоторое время ее возглавил бен Ладен, объявивший себя руководителем радикальных исламистов и призвавший к уничтожению всех, кто препятствует распространению «истинной веры». Он стал выпускать фетвы — решения высшего должностного лица ислама, призывавшие «повсюду убивать американцев».
Президент Буш находился в то утро во Флориде, в городе Сарасота, где должен был встретиться с учителями и учениками начальной школы. Перед тем как он зашел в класс, ему доложили о том, что произошла «какая-то катастрофа» в ВТЦ, но что именно случилось, не было ясно. Буш начал разговор с детьми, когда в класс вошел его помощник и на ухо прошептал, что совершен теракт и обе башни рухнули. Позже школьники вспоминали, как изменилось лицо президента. Буш немедленно отправился в аэропорт и распорядился о вылете в Вашингтон. Охрана президента, как часто бывает в подобных случаях, проявила некомпетентность и растерянность: согласно инструкциям, его должны были немедленно в замаскированном виде отправить в ближайшее секретное убежище (на территории страны их было несколько), где он должен был находиться до тех пор, пока не будет уверенности в его безопасности. Только когда президент поднялся на борт своего самолета, растерявшаяся в первые минуты охрана спохватилась и настояла, чтобы Буш отправился не в столицу, а в район города Сент-Луиса, где находилось одно из убежищ. Самолет был поднят на максимальную высоту, его сопровождали срочно вызванные истребители. У кабины экипажа и рядом с президентом все время находились вооруженные охранники на случай, если в самолете вдруг окажется террорист.
В самолете Буш сделал первое после теракта заявление: «Мы в состоянии войны. Когда мы найдем тех, кто это сделал, они не будут в восторге от меня как президента. Кто-то должен за это поплатиться. Я должен как можно скорее выяснить, кто это сделал. Это займет какое-то время, но это наказание будет совсем не мягким». Вечером 11 сентября руководство спецслужб наконец пришло к выводу, что непосредственной опасности для жизни президента нет, и он смог вернуться в Вашингтон. Теперь уже из Белого дома Буш выступил с обращением к нации, в котором призвал американцев к сплочению: «Сегодня — день, когда все американцы, из всех слоев общества, объединяются в нашей решимости сохранить справедливость и мир. Америка подавляла своих врагов и раньше, и мы сделаем это теперь. Никто из нас никогда не забудет этот день». Действительно, нация, казалось, сплотилась в решимости не допустить более атак на страну, отомстить организаторам террора. Независимо от партийной принадлежности, политических и религиозных пристрастий, американцы, по крайней мере на словах, одобрили намерение президента предпринять глобальную войну против международного терроризма.
Через три дня, 14 сентября, Буш вместе с мэром Нью-Йорка Руди Джулиани посетил «Нулевой Уровень» (Ground Zero) — участок в Манхэттене, где располагался уничтоженный террористами ВТЦ, и побеседовал с пожарными, полицейскими и добровольцами, участвовавшими в расчистке территории. Поднявшись на груду мусора, он заявил: «Я слышу вас. Вас слышит весь мир. И люди, которые разрушили эти здания, скоро нас услышат».
Конкретные меры начали применяться уже через несколько недель, но официально свой курс, получивший название доктрина Буша, президент сформулировал 1 июня 2002 г. в выступлении перед слушателями Военной академии в Вест-Пойнте. Теперь США объявляли своим правом вести превентивную войну на чужой территории для свержения диктаторских режимов, если от них исходила угроза их безопасности или безопасности их союзников. Особо отмечалась важность сохранения стабильности на Ближнем Востоке как составной части борьбы против терроризма. Основы доктрины Буша были одобрены Советом национальной безопасности США 20 сентября 2002 г. Но еще за год до этого по указанию президента началась военная операция в Афганистане. В конце сентября 2001 г. Буш направил контролировавшей Афганистан исламистской группировке Талибан ультиматум, потребовав выдачи бен Ладена и ликвидации под международным (фактически американским) контролем всех баз по подготовке террористов. Руководство талибов отклонило требование и заявило о намерении предать бен Ладена суду, на что Буш ответил объявлением войны: «Я отдал приказ ВВС США начать бомбардировки террористических лагерей “Аль-Каиды” и военных баз талибов».
Система ПВО талибов была выведена из строя практически сразу, а имевшаяся у них авиация была уничтожена на аэродромах. В конце ноября в Афганистан прибыли небольшие контингенты Армии США, принявшие на себя основную тяжесть военных действий против талибов. Вскоре лидеры Талибана (и вместе с ними бен Ладен) скрылись в неизвестном направлении (талибы обосновались в афганской провинции, а бен Ладен укрылся в Пакистане). Власть в Кабуле перешла к Северному альянсу — военно-религиозной исламской группировке, которая поддержала США. В Афганистане с новой силой разгорелась гражданская война, практически полностью опустошившая и без того бедную страну.
Еще одной опорой терроризма согласно доктрине Буша был объявлен Ирак. Эксперты из Пентагона и ЦРУ убеждали правительство США, что режим Саддама Хусейна располагает оружием массового уничтожения — химическим, биологическим и, возможно, ядерным. В Совете Безопасности ООН представители США доказывали международному сообществу, что это оружие может оказаться в руках террористов и будет использовано против стран, которые «не угодны Аллаху». 12 сентября 2002 г. Буш на заседании Совета Безопасности заявил, что правительство США располагает достоверными данными о наличии у Ирака страшных видов оружия. О каких-либо подробностях он упоминать не стал, но его уверенный тон не оставлял сомнений, что таковая информация имеется. Между тем речь шла о весьма отрывочных и малонадежных сведениях. Совет Безопасности призвал Ирак ликвидировать под контролем ООН оружие массового уничтожения и объявил, что в противном случае против него будут введены санкции. Заявления Хусейна, что в Ираке нет никакого химического, биологического или ядерного оружия, были восприняты как попытка обмана. Эта резолюция стала основанием для вторжения в Ирак.
Высадка американских войск началась 20 марта 2003 г., а уже через три недели была занята столица Ирака Багдад. Поскольку Ирак располагал многочисленными вооруженными силами, руководство Армии США полагало, что военные действия могут затянуться. Однако армия Ирака оказалась небоеспособной: при приближении американцев иракские солдаты и офицеры складывали оружие. 1 мая Буш объявил об окончании военных действий. Хусейн попытался скрыться, был обнаружен в каком-то подземном бункере и вскоре повешен по приговору иракского суда. Выяснилось, что за исключением небольших устаревших запасов отравляющих веществ никакого оружия массового уничтожения в Ираке нет, а данные американской разведки были недостоверными. В адрес США и лично Буша была высказана критика за обман Объединенных Наций, а Ирак погрузился в пучину глубокого экономического и политического кризиса, граничившего с хаосом.
Доктрина Буша привела к серьезной дестабилизации положения на Ближнем Востоке и в Афганистане, хотя все же способствовала снижению террористической угрозы для США. Был принят и ряд чрезвычайных мер во внутренней политике, главной из которых стал утвержденный в сентябре закон «О сплочении и укреплении Америки путем обеспечения ее надлежащими средствами, требуемыми для пресечения и воспрепятствования терроризму» (не только в обиходе, но и в официальных документах он именуется Патриотическим актом). Он предоставил ФБР право секретно без чьих-либо санкций прослушивать телефонные переговоры и следить за электронной перепиской лиц, подозреваемых в причастности к терроризму (ранее подобное было возможно только по решению суда). Библиотеки обязывались предоставлять сведения о том, какие книги читают подозреваемые, отслеживалось, какие сайты в Интернете они просматривают. Иностранцы, подозреваемые в причастности к терроризму, могли быть арестованы на неопределенное время без предъявления каких-либо обвинений.