Во время кампании Бьюкенен энергично отстаивал платформу демократов, включавшую поддержку акта о беглых рабах, осуждение аболиционистской агитации, полное овладение Мексиканским заливом. Правда, лично он не проводил агитационных поездок, ограничиваясь письмами к избирателям и выступлениями в печати.
Выборы 4 ноября 1856 г. принесли победу Бьюкенену во всех южных штатах, кроме Мэриленда, и в пяти свободных штатах, включая его родную Пенсильванию. За него было подано 1,8 млн голосов (45,3 %), тогда как за Фримонта — 1,3 млн (33,1 %), а за Филлмора — 823 тыс. (21,5 %). В коллегии выборщиков Бьюкенен получил 174 места, Фримонт — 114, а Филлмор — 8. Это были первые выборы, на которых третья партия завоевала ощутимое число голосов, хотя и осталась далеко позади первых двух. Победитель оказался первым в истории США президентом, не получившим абсолютного большинства голосов.
Хотя новый президент далеко не был политическим новичком, годы, проведенные вне прямых контактов с общественными элитами, привели к тому, что, по оценке многих наблюдателей и последующих историков, он оказался «близоруким» в том смысле, что явно недооценивал глубину оппозиции рабовладению, которая все более овладевала общественностью севера и оказывала влияние на поведение рабов на юге. Вместо того чтобы заняться поисками компромиссов, Бьюкенен четко продемонстрировал свою ориентацию, образовав правительство в основном из рабовладельцев или деятелей, относившихся к ним примирительно. Даже госсекретарь Л. Касс (ранее кандидат в президенты), получивший образование и политически оформившийся в свободном Иллинойсе, никогда не выступал против распространения рабства на западные территории. Кабинет был подобран на основе личностных связей, а не в соответствии с компетентностью его членов. Госсекретарь Касс, которому было уже 74 года, по свидетельству многих, был дряхл и особой активности не проявлял.
Так опытный в прошлом политик с самого начала своего президентства избрал опасный с точки зрения общенациональных интересов вариант сохранения единства страны. Опираясь на избирателей Юга, он фактически игнорировал позиции экономически растущего и промышленно доминирующего Севера. Здесь, укреплялась новая Республиканская партия, которая вначале выступала за запрещение рабства на новых территориях, но постепенно переходила к полному отвержению рабовладения.
Когда Бьюкенен приступил к исполнению президентских обязанностей, всю страну будоражило рассмотрение в Верховном суде дела негра Дреда Скотта, бывшего раба из Миссури, теперь проживавшего на территории Миннесоты в качестве свободного человека, который был здесь схвачен властями и отправлен в Миссури в качестве раба. Скотт смог добиться рассмотрения его дела в судах все более высокой инстанции. Делу было придано столь широкое звучание, что Бьюкенен специально остановился на нем в инаугурационной речи. По существу, его слова о том, что рассмотрение дела «Дред Скотт против Сэнфорда» (Джон Сэнфорд претендовал на то, что Скотт является его рабом) должно закрепить «федеральный рабовладельческий кодекс», комментировались как давление на Верховный суд. Действительно, через два дня после инаугурации Верховный суд вынес решение, которое в северных штатах было сочтено шагом к полному возвращению к рабству и потому стоявшему вне какой-либо законной процедуры, а в южных также подверглось осторожной критике, так как могло непосредственно развязать вооруженный внутренний конфликт. Решение гласило: «1. Негр не имеет прав гражданина. 2. Раб, взятый своим хозяином на свободной территории, не имеет права стать свободным. 3. Конгресс не имеет власти запретить рабство на каких-либо территориях, следовательно, Миссурийский компромисс является неконституционным». Иначе говоря, решение высшего судебного органа устанавливало, что рабство законно на всей территории США.
Республиканские лидеры обвинили президента в конспирации с целью полного восстановления рабовладельческой системы. Особенно энергично критиковал его позицию становившийся все более популярным Авраам Линкольн. Так с первых дней пребывания в Белом доме Джеймс Бьюкенен, вместо того чтобы стать символом умиротворения страны, оказался в роли прямого защитника старых порядков. Нельзя сказать, что Бьюкенен действительно был крайним реакционером, сторонником распространения рабовладения на всю страну, как его изображали Линкольн и другие республиканцы. Он ориентировался на джексоновский принцип преимущественного права штатов и был готов принять их решения, в том числе направленные на ограничение или даже отмену рабства.
Естественно, прежде всего он попытался умиротворить «кровоточащий Канзас». Он направил туда в качестве временного губернатора бывшего министра Роберта Уокера с поручением добиться внутреннего согласия, не предрешая вопроса о рабовладении. Хотя сам Уокер был в свое время рабовладельцем, он проявил себя трезвым администратором и уже вскоре после прибытия доложил президенту, что большинство избирателей территории (примерно 2/3) выступает за недопущение рабства. Против губернатора развернулась пропагандистская кампания. Его называли «хитрым предателем», объявляли, что губернатор — «самый ярый аболиционист».
В связи с проблемой Канзаса Бьюкенен допустил серьезную ошибку. Под давлением пропагандистской кампании и согласившись с советами своих министров и советников он не поддержал Уокера. Президент объявил законными выборы в Конвент Канзаса, хотя существовала масса доказательств, что они были проведены с использованием обманных методов и под давлением рабовладельцев. Попытку Уокера распустить Конвент Бьюкенен не допустил. В результате Конвент, собравшийся в городе Лекомптоне, проголосовал за Конституцию, которая узаконивала здесь рабовладельческие порядки. В знак протеста Уокер ушел в отставку, которая была принята президентом. Позже этот деятель полностью поддержал единство США во время Гражданской войны и работал финансовым агентом правительства Линкольна в Европе, собирая средства на помощь своей стране.
Позиция президента усилила размежевание в Демократической партии. В то время как южные штаты поддержали его, представители севера оказались в одном лагере с республиканцами, резко критикуя Бьюкенена за его позицию по канзасскому вопросу. Против Бьюкенена выступил такой авторитетный деятель партии, как С. Дуглас из Чикаго, выдвигавшийся ранее на президентский пост. Бурные прения развернулись в Палате представителей, которой предстояло утвердить или отвергнуть конституцию новой территории, прежде чем она станет штатом. Конституция была отвергнута 120 голосами против 112. Бьюкенен оказался в состоянии войны со значительной частью собственной партии.
Неудачи преследовали президента и по другим вопросам. Во время промежуточных выборов 1858 г. он пытался скомпрометировать своего однопартийца С. Дугласа, но это ему не удалось. Правда, Дуглас проиграл выборы республиканцу Линкольну, но оставался наиболее популярным деятелем Демократической партии в северных штатах. Конфликт с президентом не только не понизил его авторитет, но, наоборот, превратил в фигуру, весьма влиятельную в обеих партиях.
Трудности имели место и в области экономики. В августе 1857 г. разразилась очередная паника, которая была проявлением начавшегося экономического кризиса, охватившего вслед за США ведущие европейские страны. Многие банки штатов и тысячи бизнесов понесли финансовые потери. Бьюкенен обвинял в панике и падении производства биржевых спекулянтов. Ему с полным основанием отвечали, что покупка и перепродажа активов является естественным и необходимым элементом любого рыночного хозяйства. Кризис, правда, не был продолжительным. Нью-йоркские банки возобновили платежи уже в декабре 1857 года, а в целом банковская система начала полностью функционировать в мае 1858 г., процентные же ставки достигли докризисного уровня к ноябрю. Тот факт, что кризис 1857–1858 гг. стал первым международным экономическим спадом, отразился на негативном восприятии США и их президента за рубежом. Эти события также ослабили авторитет Бьюкенена на родине.
Внешняя политика президента не была активной. Она была направлена главным образом на расширение влияния США в Центральной Америке, проникновение в новые районы Мексики с целью их возможного отторжения и на продолжение переговоров с Испанией по поводу приобретения Кубы. Ни одно из этих направлений не получило развития.
Именно Джеймс Бьюкенен и его окружение вступили в переговоры с Россией о покупке Аляски, которая с 1799 г. находилась во владении Российской империи. Инициатива исходила от Петербурга. Вопрос о продаже Аляски США перед императором Александром II поставил губернатор Восточной Сибири граф Н. Н. Муравьев-Амурский, который полагал, что с развитием железных дорог влияние США неизбежно распространится на всю Северную Америку, а России следует сосредоточиться на закреплении своих позиций в Восточной Азии. В 1857 г. русский посол в США барон Э. А. Стекль вступил в переговоры с правительством Бьюкенена и получил положительный ответ на предложение об «уступке» этой огромной, хотя и крайне слабо заселенной территории. Начался, правда, торг о цене, который до конца правления президента так и не завершился. В следующие годы вопрос временно сошел с повестки дня в связи с Гражданской войной в США и вновь стал предметом переговоров во 2-й половине 60-х гг.
В 1860 г. предстояли очередные президентские выборы. Бьюкенен заранее объявил, что не будет выдвигать свою кандидатуру. В самой же Демократической партии разногласия вызвали раскол на южную и северную фракции, и президент оказался неспособным предотвратить катастрофическое для демократов развитие событий. Имея в виду преобладание северной фракции в численном отношении, во влиянии на массы населения на севере и западе страны, единственным кандидатом, который мог более или менее реально претендовать на избрание, был Стивен Дуглас, к 1859 г. ставший лидером не только партийной организации штата Иллинойс и города Чикаго, но и весьма популярным деятелем во всей индустриально развитой части страны. Бьюкенен прилагал все силы, чтобы скомпрометировать Дугласа и не допустить его выдвижения на высший пост. Более того, именно по наущению президента была предпринята попытка исключить Дугласа из партии, но преодолеть сопротивление местной организации не удалось.