При всех недостатках и особенностях его политического пути Джонсон был сторонником сохранения и укрепления Союза в тот период, когда между севером и югом возникли глубокие противоречия, которые привели к расколу страны. Когда образовалась Конфедерация южных штатов и лидеры Теннесси примкнули к ней, Джонсон оказался единственным сенатором (из 22, представлявших юг), отказавшимся покинуть высший законодательный орган Союза и присоединиться к конфедератам. Его смелое поведение привлекло национальное внимание. Общественность севера одобряла поведение сенатора, тогда как на юге его проклинали.
Тем не менее весной 1862 г. Джонсон покинул Сенат, так как срок его полномочий истек, а выборы в конфедеративных штатах, уже ведших гражданскую войну с северными, не проводились. Эндрю Джонсон продолжил активную агитацию за сохранение единства США и в поддержку Линкольна. Он объявил себя «военным демократом» и «южным юнионистом», возглавив небольшую группу последователей, выступавших за союз с Республиканской партией. Его позиция привлекла внимание Линкольна, который несколько раз встречался с ним, а затем, уже в марте 1862 г., назначил военным губернатором Теннесси, часть которого была занята войсками федерации.
Джонсон некоторое время колебался, прежде чем принять президентское предложение. Это было связано с тем, что у большинства белого населения Теннесси сохранялось враждебное отношение к Линкольну и к армейским частям северян, которые, хозяйничая на занятых территориях, подчас скатывались до банальных карательных операций против местного населения. После непродолжительных раздумий он согласился и руководил штатом три года, до весны 1865 г. Он проводил сравнительно осторожную политику, стараясь не допустить мародерства и защищая интересы местного населения перед командирами воинских частей и центральным правительством.
К концу 50-х гг. амбициозный Джонсон стал подумывать о высшей государственной должности. Он вел переговоры о выдвижении на президентский пост в 1860 г., но отказался от своего намерения, поняв, что неизбежно проиграет авторитетному Линкольну и лишь испортит установившиеся с ним добрые отношения. Готовясь к выборам 1864 г., Линкольн решил подобрать в качестве кандидата в вице-президенты не представителя Республиканской партии, а такого деятеля, который продемонстрировал бы его стремление к созданию в руководстве США широкого политического союза. Обсуждались и другие кандидатуры из числа «военных демократов», но Линкольн остановился именно на Джонсоне, имея в виду его связь с югом и успешное военное руководство штатом Теннесси. Тот немедленно ответил согласием.
Четвертого марта 1865 г. на инаугурации Джонсон произнес не характерную для него, краткую и сбивчивую речь, которую позже объяснял своим болезненным состоянием и тем, что прибыл в Вашингтон перед самой церемонией, поскольку был занят наведением порядка в Теннесси. Очевидцы, однако, отмечали, что он вел себя странно и походил на пьяного. Как обстояло дело в действительности, так до конца не выяснено. Можно, видимо, поверить Джонсону, что у него было лихорадочное состояние, ибо он как амбициозный карьерист вряд ли мог себе позволить выпить лишнего перед столь ответственным и торжественным событием.
Через шесть недель произошло то самое трагическое событие, которое внезапно превратило Эндрю Джонсона в действующего президента. Заговорщики планировали убить кроме Линкольна и других высших официальных лиц, включая вице-президента. Однако тот, кому было поручено осуществить покушение, в последний момент струсил и отказался от своего плана. 15 апреля 1865 г. Эндрю Джонсон поклялся верно служить стране и народу в качестве 17-го президента США. Он продемонстрировал свое уважение памяти покойного Линкольна, отказавшись переехать в Белый дом в течение шести недель, которые понадобились вдове покойного президента, медленно и неохотно паковавшей свои вещи перед отъездом из резиденции.
Первая проблема, которая встала перед новым президентом, состояла в том, как проводить начатую Линкольном реконструкцию во вновь присоединенных штатах. В отличие от гибкого и склонного к компромиссам Линкольна Джонсон повел себя как жесткий догматик, следовавший установленным им самим нормам и не желавший приспосабливаться к обстоятельствам. На словах Джонсон вел себя как последователь Линкольна, но условия изменились: гражданская война завершилась, а он вел себя так, как будто она продолжалась. Он попытался провести в жизнь «10-процентный план», то есть возвращение южных штатов в Союз после того, как 10 % их избирателей принесут клятву верности США. Большинство же в Конгрессе настаивало на «50-процентном плане», что явно откладывало восстановление прав южных штатов. Помимо этого, недовольство законодателей вызвало стремление Джонсона игнорировать их волю, ссылаясь на пример Линкольна. Однако последний действовал в условиях войны, когда ситуация требовала чрезвычайных мер. Теперь же конгрессмены со все большим недовольством относились к тому, что президент пытался править страной при помощи своих распоряжений, игнорируя право законодательной инициативы.
Джонсон стал проводить так называемую президентскую реконструкцию. Он издал серию распоряжений, определявших условия возвращения южных штатов в Союз. Они должны были ратифицировать 13-ю поправку к Конституции, запрещавшую рабство. Все жители юга, обладавшие собственностью в 20 тыс. долларов и более, должны были, помимо принесения клятвы верности Союзу, обратиться лично к президенту с ходатайством об амнистии и о восстановлении их собственности, которая считалась временно находившейся в распоряжении вооруженных сил. Требовалось также, чтобы на местах были погашены долги Конфедерации, а временные законодательные органы приняли постановления с осуждением прежних документов, связанных с выходом из США. Все эти требования были для юга унизительными и лишь усиливали взаимное отчуждение и ненависть.
Джонсона особенно интересовали личные ходатайства о прощении со стороны крупных землевладельцев юга. Он проводил целые дни, принимая таковых и выслушивая их унизительные просьбы о помиловании. Исследователи называют такое поведение президента просто садистским. В то же время Джонсон явно противоречил себе, торопясь принять южные штаты в Союз в то время, когда Конгресс находился на каникулах. Один за другим, начиная с Северной Каролины в конце мая, президентскими распоряжениями были восстановлены права всех штатов за исключением Техаса из расчета, чтобы все было закончено до того, как конгрессмены соберутся на очередную сессию. Джонсон делал все возможное, чтобы и в северных, и в южных штатах именно его признали творцом нового единства страны. Конгрессу предлагалось смириться со свершившимся фактом. Но законодатели не пожелали сдаваться без боя. Обе палаты приняли решения о неприятии в свой состав депутатов от южных штатов до одобрения высшим органом факта членства их штатов в федерации. Был образован Объединенный комитет обеих палат по реконструкции, которому было поручено рассмотреть дело каждого штата и определить, готов ли он к восстановлению в правах. Главным условием этого была объявлена проверка каждого штата и уведомление, что с бывшими рабами обращаются справедливо.
Проверки показали, что в южных штатах значительным, подчас решающим влиянием пользуются бывшие конфедераты. Джонсон столкнулся с тем, что его поспешные меры фактически привели чуть ли не к реставрации прежних рабовладельческих порядков. В южных штатах происходили безнаказанные убийства бывших рабов, в то время как большинство продолжало нести «временную службу» на плантациях. Как оказалось, в законодательных органах южных штатов на руководящих постах оказались 6 бывших членов правительства Д. Девиса, 58 депутатов законодательных органов штатов Конфедерации, 4 генерала и многочисленные офицеры конфедеративной армии. В нескольких штатах были приняты так называемые «черные кодексы», лишавшие бывших рабов гражданских прав. Когда Джонсону доложили эти данные, он был просто растерян.
Он, однако, продолжал вести себя крайне непоследовательно и противоречиво. Поддержав 13-ю поправку к Конституции, внесенную Линкольном, о ликвидации рабства, и придерживаясь намерения постепенно расширять гражданские права освобожденных негров, Джонсон резко высказался против 14-й поправки, которая была внесена в Конгресс еще в 1866 г. и утверждена только 9 июля 1868 г. Президент придирался к мелочам, но главным мотивом отрицательного отношения безусловно было то, что его опередили, что не он был инициатором конституционного дополнения. Поправка ввела предоставление гражданства США любому лицу, родившемуся на территории страны, и запрещала лишение этого права иначе чем по приговору суда. В основном, 1-м разделе поправки говорилось: «Все лица, родившиеся или натурализованные в Соединенных Штатах и подчиненные юрисдикции оных, являются гражданами Соединенных Штатов и штата, в котором они проживают». В то же время поправка запрещала занятие государственных должностей лицам, ранее принесшим присягу на верность Конституции Конфедерации и впоследствии участвовавшим в вооруженном мятеже против правительства США или оказавшим «помощь или поддержку» врагам США.
Джонсон заявил, что поправка нарушает права штатов, и призвал штаты не ратифицировать ее. Еще до ее утверждения он совершил тур по городам страны, выступая главным образом против поправки, в защиту суверенитета штатов, но также резко критикуя Конгресс в целом за принятие «несправедливых решений». Он проповедовал, что гражданские права не требуют специальной охраны со стороны федерации. Встречали его холодно, в некоторых местах присутствовавшие выкрикивали оскорбительные слова. Кроме того, когда тексты выступлений президента появились в печати, оказалось, что он, по существу дела, везде повторял одну и ту же речь, лишь слегка дополняя ее для создания «местного колорита». В результате пресса стала высмеивать президента.
Тем временем Конгресс, где после промежуточных выборов 1866 г. укрепилась Республиканская партия, руководители которой были теперь во враждебных отношениях с президентом, приступил к выработке законов, которые обычно называли реконструкцией по инициативе Конгресса. Четырьмя актами, принятыми в 1867–1868 гг., десять штатов, которые ранее входили в Конфедерацию, были разделены на пять военных округов во главе с генералами, становившимися военными губернаторами. В каждом округе размещались оккупационные войска. Правительства штатов, ранее признанные Джонсоном, были распущены. Под руководством военных губернаторов началась регистрация избирателей, причем право голоса безоговорочно получали бывшие рабы, а около 50 тыс. лиц, в разной степени связанных с в