Выборы состоялись 3 ноября. Вопреки ожиданиям, победа Гранта не была столь сокрушительной, как на это надеялись республиканцы. Он получил чуть более 3 млн голосов против 2,7 млн проголосовавших за Сеймура. Значительная часть американцев все же предпочитала на посту президента профессионального политика, а не героя войны. Отрицательные для Гранта результаты в некоторых южных штатах были связаны с тем, что здесь начались активные выступления ку-клукс-клана, которому во многих случаях удавалось просто запугать негров, заставив их отказаться от голосования или даже проголосовав против Гранта. В то же время большинство новых избирателей высказались за республиканского кандидата как за своего освободителя, не вдаваясь в подробности платформы. В коллегии выборщиков победа Гранта оказалась значительно более определенной: он получил 214 голосов, тогда как его соперник — 80.
Бывший президент Джонсон отказался посетить инаугурацию Гранта 4 марта 1869 г., оставив Вашингтон, даже не поздравив нового президента.
Сразу после победы Грант допустил первую из ошибок, которыми изобиловало его восьмилетнее президентство. Он образовал правительство из своих друзей и сторонников, почти не проводя политических консультаций. Государственным секретарем был назначен Элияху Уошберн, член Палаты представителей, который на протяжении всех лет войны выступал политическим покровителем Гранта. Пробыл он на своем посту менее двух недель, после чего, поняв, что не в состоянии справиться со всем комплексом международных дел, попросился в отставку и был назначен послом в Париж. Он сыграл значительную роль в качестве посредника во время переговоров о перемирии во время Франко-прусской войны в 1870 г. Уошберн был заменен сенатором Гамильтоном Фишем, который оказался более подготовленным и сохранил пост на протяжении обоих сроков президентства Гранта.
Что же касается поста военного секретаря, который Грант считал особенно важным, то на него был назначен его старый друг Джон Роулинс, служивший в армии под его началом на протяжении всей Гражданской войны. Его деятельность вызвала постоянно нараставшее недовольстве конгрессменов, а через полгода, в сентябре 1865 г., он умер. Его место занял Уильям Белкнап из Айовы, старый знакомый и подчиненный президента. Ряд других назначений также был связан с прошлыми добрыми отношениями независимо от квалификации и других качеств новых министров. Большинство из них были бывшими военными. Отдельные назначения, сделанные Грантом, должны были засвидетельствовать его стремление к полному восстановлению единства нации. Таковым было назначение бывшего генерала армии конфедератов Джеймса Лонгстрита на пост руководителя таможни, что вначале было встречено с негодованием радикальными республиканцами. С другой стороны, среди белого населения юга вызвало крайнее недовольство назначение двух черных на дипломатическую службу, правда, на отнюдь не самые важные посты — в Либерию и на Гавайи.
Некоторые из министров правительства Гранта оказались охваченными жаждой обогащения. Непосредственно в денежные скандалы оказался вовлеченным позже Белкнап, которого обвиняли в злоупотреблениях при покупке земель у индейских племен. Министру угрожало расследование, а затем и увольнение. Чтобы не испытывать судьбу, он сам ушел в отставку. Другие же министры, сами не являвшиеся коррупционерами, поощряли все более нараставший по мере развития промышленной революции дикий капитализм и оказывались в той или иной степени связанными с набиравшим силу финансовым капиталом. В плену спекулятивных махинаций оказался со временем и сам президент.
В отличие от Джонсона Грант с первых недель своего правления проводил курс на реконструкцию в полном соответствии с решениями Конгресса. На протяжении первого года его президентства было почти завершено возвращение в США южных штатов, ратифицировавших 15-ю поправку к Конституции и предоставивших право голоса неграм. Оставалась Джорджия, правительственные органы которой все еще сопротивлялись утверждению требуемого законодательства. На них было оказано давление, оккупационные власти отказывались вводить в действие принимаемые местными властями решения, что вызывало недовольство населения своим неопределенным положением. В конце концов и этот штат подчинился воле федеральных властей, и в феврале 1871 г. сенаторы из Джорджии были приняты в Конгресс, что завершило восстановление единства страны.
На юге, однако, полного спокойствия не было. Здесь появилась масса выходцев из северных штатов, которые стремились подешевке скупить как крупную, так и среднюю собственность. Имея в виду, что обычно это были люди небогатые и в то же время настроенные авантюристично, их стали называть карпетбеггерами (саквояжниками), подразумевая под этим презрительным словом любителей легкой наживы. Постепенно термин стал употребляться в более широком смысле — в отношении занимавших ответственные должности в южных штатах политических назначенцев Гранта, которые, подобно частным авантюристам, воспринимались как захватчики и грабители.
Атмосфера беспокойства связана была и с деятельностью ку-клукс-клана. Эта тайная организация была образована бывшими солдатами-южанами и проповедовала превосходство белых, выступала с угрозами по отношению к негритянским активистам и их белым покровителям. Имели место случаи расправы после предупреждений, которые посылались в причудливой форме (то ли в виде ветки дуба, то ли горсти зерен апельсина). Случаев расправы (обычно сожжения на костре) было лишь несколько, но из-за слухов, которые распространялись и самими куклуксклановцами, и теми, кому они угрожали, люди ощущали опасность, преувеличенную в сотни раз.
Грант отдал распоряжение о беспощадной расправе с ку-клукс-кланом. По его предложению в апреле 1871 г. был принят закон о ку-клукс-клане, который предоставлял президенту право вводить военное положение в отдельных местностях, где проявлялась активность этой организации. Здесь временно отменялись гражданские права и подозреваемые в терроре предавались военным судам, действовавшим по ускоренной процедуре и выносившим, как правило, жестокие приговоры. Преданные военному суду куклуксклановцы обычно приговаривались к повешению. Наряду с действительными куклуксклановцами жертвами правительственной расправы, подчас приобретавшей террористический характер, становились южане, критически высказывавшиеся относительно уравнивания в правах белых и черных. К 1873 г. организации ку-клукс-клана перестали существовать; они возродились через несколько десятилетий, в новых условиях расового противостояния. Пока же на Юге страсти улеглись, что позволило Гранту в 1873 г. объявить амнистию всем бывшим деятелям Конфедерации.
Правительство Гранта обратило внимание на просветительную сторону реконструкции. На Юге, а попутно с этим и на Севере, начала создаваться система общественных (государственных) начальных школ, пока еще не узаконенная в национальном масштабе. Правда, в южных штатах с согласия местных и центральных властей она была основана на принципе сегрегации — черные обучались отдельно от белых. Почти в каждом крупном и среднем городе появились школы, где дети обучались бесплатно. Однако централизованного финансирования просвещения не существовало, штаты же выделяли незначительные средства. В результате в общественных школах не хватало учителей, а их квалификация была низкой. В сельской же местности возникала система «взаимного обучения», при которой дети разного возраста и уровня подготовки собирались в одном классе с единственным учителем, под руководством которого старшие обучали младших тому, что они уже знали сами. Понятно, насколько низким был уровень подготовки.
Для того чтобы подготовить хотя бы минимальное число учителей-негров, правительство выступило инициатором создания специальных колледжей, на которые были выделены средства из бюджета. Получил известность университет штата Миссисипи имени Алкорна. Он был основан еще в 1830 г. под названием колледж Оукленд, в котором обучались только белые. Но в ходе реконструкции правительство передало здания колледжа с прилегавшими землями для создания высшего педагогического учебного заведения, специально предназначенного для черных. Так в 1871 г. с санкции Гранта был образован университет, в котором и преподавателями, и студентами были исключительно негры. Назван он был в честь покровительствовавшего университету губернатора штата Джеймса Алкорна.
Грант считал необходимым развитие на Юге железнодорожной сети, считая, что это выведет его из изоляции, будет способствовать преодолению разрухи и обеспечит интеграцию с промышленно развитыми частями страны. С этой целью были выделены крупные государственные средства, а власти штатов стали инициаторами займов, субсидий и благотворительных взносов. Одновременно в южных штатах были введены специальные налоги. Однако строительство железных дорог стало наиболее коррупционной сферой деятельности. Один за другим вскрывались факты воровства, причем основная их часть так и не была раскрыта. Но и те, что привели к судебным процессам, показывали огромные масштабы взяточничества и незаконного обогащения. В Северной Каролине, например, был обнаружен некий делец, который потратил на взятки чиновникам свыше 200 тыс. долларов и получил из казны субсидию в несколько миллионов на прокладку железной дороги, а затем все деньги потратил на биржевые спекуляции и развлечения. Все же масштабы железнодорожного строительства были впечатляющими: за 20 лет (с 1870 г.) сеть железных дорог на Юге увеличилась почти в три раза (с 11 до 29 тыс. миль). Собственниками и управляющими железных дорог являлись обычно северяне.
Президент попытался ввести какое-то подобие порядка в политику властей по отношению к индейским племенам. Ко времени его вступления на высший пост существовало около 370 договоров с вождями племен, в которых числилось свыше 250 тыс. коренных жителей континента. Почти сразу после того, как он стал президентом, Грант назначил Эли Паркера из племени сенека, первого индейца, занявшего должность в администрации, комиссаром по индейским делам, а тот, в свою очередь, возглавил Совет индейских комиссионеров, который должен был, с одной стороны, следить за тем, чтобы покончить с коррупцией во взаимоотношениях с племенами (эта задача так и не была выполнена — коррупция процветала), а с другой — подготовить новую систему взаимоотношений между властями и племенами. В 1871 г. правительство внесло в Конгресс проект закона об аннулировании системы договоров с индейскими племенами. Принятый и подписанный президентом закон объявлял о ликвидации племен как таковых и соответственно договоров с ними, рассматривал индейцев в качестве «подопечных» федерального правительства, ставил целью внедрение в индейскую среду «американской культуры и знаний».