Уже вскоре после прихода в Белый дом МакКинли предпринял усилия по проведению в жизнь требований своей партии касательно таможенных тарифов. В июле 1897 г. был принят закон об общем повышении пошлин и снижении их на взаимных началах в отношениях с другими государствами. Попробовав вначале по старой памяти ввести двойную — золотую и серебряную базу для всех валютных операций, президент вскоре отказался от подобных опытов и возвратился к традиционной политике республиканцев, активно поддержав закон о золотом стандарте, который в окончательном виде был принят в марте 1900 г. Закон объявлял золото единственным стандартным платежом, свободно обмениваемым на бумажные деньги и другие государственные или одобренные государством платежные обязательства, категорически запрещал биметаллизм, то есть использование серебра в качестве платежа.
В центре внимания МакКинли находились вопросы внешней политики. Первой проблемой стала судьба Гавайев, ставших фактически полуколонией США. В 1-й половине 90-х гг. на Гавайи началось массовое переселение из Японии. Американские власти опасались, что за этим может последовать любая неожиданность, в том числе прямое изменение ориентации вплоть до признания японского суверенитета над архипелагом. В начале 1897 г. с властями Гавайев было договорено о присоединении к США вначале на правах территории с перспективой в неопределенном будущем превращения в штат. В июле того же года проект договора был направлен в Сенат, где для утверждения такого рода документа требовалось большинство в 2/3.
МакКинли считал исключительно важным включение Гавайских островов в США с геополитической и стратегической точек зрения, особенно в свете назревавшей войны с Испанией. Однако в Сенате он встретил противодействие, главным образом со стороны тех, кто был связан с производителями сахара. Они опасались конкуренции гавайских сахарозаводчиков и падения цен. Была использована петиция неких гавайских деятелей (под ней стояли 38 тыс. собранных ими подписей), которые возражали против присоединения. Сторонникам МакКинли пришлось проводить «индивидуальную работу» с членами Палаты представителей и Сената, постепенно привлекая их на свою сторону. В результате был внесен второй проект резолюции депутата от штата Невада Френсиса Ньюлэнда, выдержанный в более осторожных тонах, согласно которому создавалась комиссия для выработки окончательного статуса и законов Гавайев в рамках США.
Фактически это означало аннексию островов. МакКинли подписал резолюцию 7 июля 1898 г. 12 августа состоялась передача власти над Гавайями американской администрации. Формально Гавайи становились не колонией, а территорией США. Более того, когда комиссия, назначенная Конгрессом, представила свой доклад, вновь возникли возражения против обладания архипелагом. Обосновывались они и доктриной Монро, и опасениями, что часть территории США окажется под властью цветного населения. Все же в 1900 г. Конгресс одобрил Органический закон Гавайев, определивший их статус как территории США с выборным управлением. Это была победа МакКинли.
Наиболее серьезной проблемой, с которой столкнулся новый президент, было положение на Кубе. Здесь с 1895 г. шли военные действия между местными повстанцами и испанской армией. Во главе восстания стоял журналист и поэт Хосе Марти, почитаемый на острове по сей день. Хотя Марти в том же году погиб в бою, восстание продолжилось. Главными средствами борьбы против него испанские власти сочли экономическое удушение населения и прямой террор. Была разработана специальная программа, согласно которой на Кубе создавался искусственный голод. Стороны были непримиримы, никакие компромиссные решения их не устраивали. Повстанцы добивались независимости острова, испанцы считали его составной частью своей монархии, а кубинцев испанцами, поднявшими бунт.
Тем временем в США по всей стране проходили митинги в поддержку повстанцев, выдвигались требования войны с Испанией за освобождение Кубы. Под влиянием этой шумихи МакКинли, который вначале занимал осторожную позицию, вынужден был оказывать все большее дипломатическое давление на испанские власти, требуя автономии Кубы. Такая позиция, однако, кубинских повстанцев не устраивала: они продолжали требовать полной независимости. 1898 год начался резким обострением обстановки на Кубе. Испания формально объявила автономию острова, но одновременно начала направлять карательные отряды в районы, где продолжалось сопротивление.
МакКинли решил действовать с позиции силы. К берегам Кубы был направлен броненосный крейсер «Мэн», само присутствие которого в порту Гаваны должно было продемонстрировать испанской монархии озабоченность правительства США ее политикой на острове. 15 февраля на крейсере произошел большой силы взрыв. Сразу погибли 253 человека и еще восемь вскоре скончались от ран. Моментально стали распространяться сведения, что корабль был поражен испанской миной. Позднейшие расследования доказали необоснованность этой версии, скорее всего, произошел несчастный случай, однако подавляющее большинство американских политиков, а затем и граждан США поверили, что имела место диверсия испанцев.
МакКинли направил в Мадрид резкую ноту, требуя немедленного подписания перемирия с повстанцами и угрожая в противном случае прямым вмешательством. Испанцы отвергли вмешательство, хотя предложили провести переговоры, стремясь оттянуть конфликт. 11 апреля МакКинли обратился с посланием к Конгрессу, в котором фактически призвал законодателей одобрить любые действия президента, которых потребует складывавшееся положение. Это означало, что президент был готов начать против Испании войну за Кубу. 19 апреля была принята резолюция, предоставляющая президенту право прямого вмешательства в кубинские дела, если этого потребует развитие событий.
Явно не учитывая соотношения сил, Испания ответила разрывом дипломатических отношений с США, а затем и объявлением войны. 25 апреля по предложению президента Конгресс одобрил объявление войны Испанской монархии. Обе стороны твердили, что не преследуют агрессивных целей, а защищают жизненные интересы своих стран. В этом смысле МакКинли выступал не только в Конгрессе, но и перед журналистами. Страна была охвачена ура-патриотическим угаром.
С санкции президента дополнительно были предприняты новые пропагандистские усилия. В газете «Нью-Йоркский утренний журнал» (New York Morning Journal), принадлежавшей набиравшему силу газетному магнату Уильяму Херсту, появился репортаж с Кубы. Корреспондент сообщал, как сам при помощи веревочной лестницы героически освободил из тюрьмы на Кубе то ли юную участницу антииспанского восстания, то ли дочь такового участника, и эта информация перепечатывалась по всей стране. В честь «героини» (через некоторое время оказалось, что это была местная проститутка, отбывавшая срок за участие в мелком преступлении) и ее освободителя устраивались пышные демонстрации. Девицу привезли в Вашингтон, и МакКинли принял ее на самом высоком уровне.
Война продолжалась чуть более трех месяцев. Несмотря на то, что сухопутные силы США, высадившиеся на Кубе, не проявили высоких боевых качеств (ВМФ действовал успешнее), отсталая Испания оказалась еще менее подготовленной к войне. Уже 1 мая американская эскадра коммодора Джорджа Дьюи одержала победу в Манильской бухте (Филиппины). Хотя местные вожди стремились к независимости, МакКинли проводил курс на превращение Филиппин в американскую колонию и распорядился беспощадно подавить повстанцев.
Но основные военные действия разворачивались на Кубе. Президент с удовлетворением выполнял обязанности Верховного главнокомандующего. В Белом доме был создан командный пункт, оснащенный телеграфом, с детальными картами местности, постоянно проводимыми совещаниями министров. Придирчивая американская пресса признавала, что при всех ошибках и неорганизованности, проявлениях трусости со стороны отдельных генералов война была выиграна в значительной мере благодаря жесткому руководству со стороны президента. В этом было известное преувеличение, но то, что президент лично руководил операциями, сомнений не вызывает.
Испанский гарнизон Сантьяго-де-Куба капитулировал 17 июля. Вслед за этим сдались испанские войска на соседнем острове Пуэрто-Рико. Правительство Испании запросило переговоров о мире. Они начались в Вашингтоне 26 июля при посредничестве посольства Франции. МакКинли потребовал крупных уступок со стороны Испании. В середине августа ее правительство согласилось отказаться от Кубы и Пуэрто-Рико и передать судьбу Филиппин на рассмотрение мирной конференции. Конференция была созвана в Париже, и 10 декабря 1898 г. был подписан мирный договор, подтвердивший полную победу США. Испания признала независимость Кубы, передавала США Филиппины, острова Гуам и Пуэрто-Рико. США становились колониальным государством. В левой международной журналистике испано-американскую войну 1898 г. стали называть первой войной, носившей империалистический характер, то есть войной за передел уже поделенного колониального мира.
Как это ни удивительно, в Конгрессе нашлись депутаты, которых по различным причинам не устраивали условия Парижского мира, и его ратификация Сенатом находилась под вопросом. Одни считали, что США должны были потребовать крупную денежную контрибуцию от Испании, другие выражали уверенность, что заморская империя стране не нужна, что она только отяготит американскую казну. И теперь МакКинли проявил качества сильного лидера. Он отправился на юг, где произнес ряд речей, доказывавших, насколько благоприятны условия мира для индустриального развития южных штатов. В результате большинство демократической фракции Конгресса высказалось в пользу условий мирного договора. 6 февраля 1899 г. Сенат ратифицировал Парижский договор.
Умиротворение новых территорий давалось нелегко, особенно на Филиппинах, где весной 1899 г. было введено военное управление и проводилось жестокое подавление выступлений повстанцев. МакКинли удалось во 2-й половине 1899 г. перейти к гражданскому упра