Сыну Георгию она написала: «Наконец-то я счастлива оттого, что всё это уже позади. Я благодарна Богу за то, что Он помог мне справиться с моими собственными чувствами, и за то, что Он помог мне выполнить этот страшный, но священный долг — присутствовать на короновании моего дорогого Ники и помолиться за него и рядом с ним в этот самый большой и важный момент, самый серьёзный в его жизни».
А через несколько дней, уже вернувшись в свою Гатчину, она написала сыну о страшной катастрофе, случившейся в Москве на Ходынском поле. Там собрались тысячи людей для получения царских подарков по случаю коронации, внезапно началась давка, и очень многие погибли.
«Я была очень расстроена, увидев всех этих несчастных раненых, наполовину раздавленных, в госпитале, и почти каждый из них потерял кого-нибудь из своих близких. Это было душераздирающе. Но в то же время они были такие значимые и возвышенные в своей простоте, что просто вызывали желание встать перед ними на колени».
Постепенно вдовствующая императрица стала изредка участвовать в светской жизни. Но новое большое горе опять выбило её из колеи. 28 июня 1899 года в Аббас-Тумане скончался её любимый сын Георгий. Двух лет не дожил он до своего тридцатилетия, болезнь одолела его, медицина оказалась бессильной.
Великая княгиня Ольга Александровна вспоминала: «После того как острота потери притупилась, мама снова окунулась в светскую жизнь, став при этом ещё более самоуверенной, чем прежде. Она любила веселиться; обожала красивые наряды, драгоценности, блеск огней, которые окружали её. Одним словом, она была создана для придворной жизни. Всё то, что раздражало и утомляло папу, для неё составляло смысл существования. Поскольку отца не было больше с нами, мама чувствовала себя полноправной хозяйкой. Она имела огромное влияние на Ники́ и принялась давать ему советы в делах управления государством. А между тем прежде они нисколько её не интересовали. Теперь же она считала своим долгом во всё вмешиваться».
Положением дел в стране после смерти своего мужа Мария Фёдоровна была недовольна. Она считала, что при Александре III бразды правления были в сильных руках, в годы царствования её сына как в государстве, так и в императорской семье Романовых стали возникать шатания и разброд. Одному близкому человеку она как-то сказала, что «как будто царствования её мужа никогда и не было — так велика разница между тем, что было тогда, и тем, что происходит теперь». Потрясением для вдовствующей императрицы явился подписанный Николаем II 17 октября 1905 года Манифест о введении демократических прав и о выборах в Думу. В то время она находилась в Дании у родителей и о событиях в России узнавала из газет. Прошло одиннадцать лет со дня смерти Александра III, и сын, клявшийся перед Богом сохранить в неприкосновенности оставленную ему в наследство власть, пошёл на её ограничение. А ведь отец оставил ему надёжную империю.
У самой Марии Фёдоровны открылось как бы второе дыхание. Если раньше её занимали лишь женское образование и больничное дело, то отныне, видя неопытность сына-правителя, она активно стала интересоваться вопросами политики и дипломатии, внимательно изучала международную обстановку, черпая немало полезных сведений из бесед с иностранными послами и царскими министрами, и нередко была способной дать полезный совет. Жажда деятельности обуревала её.
Как пишет великая княгиня Ольга: «От её внимания не ускользала ни одна из сторон образовательного дела в Российской империи. Она немилосердно эксплуатировала своих секретарей, но не щадила и себя. Даже скучая на заседании какого-нибудь комитета, она не выглядела скучающей. Всех покоряла ей манера общения и тактичность. Мама совершенно откровенно наслаждалась своим положением первой дамы в империи».
Главную роль вдовствующая императрица играла и в своей семье, уже не только как мать, но и как бабушка. Великая княгиня Ксения Александровна за первые семь лет супружеской жизни после дочери Ирины родила ещё пятерых сыновей. В 1907 году у неё родился ещё один мальчик. Он был последним ребёнком в семье старшей дочери. У старшего сына после четырёх дочерей наконец-то родился сын. Это было большой радостью царской семьи. О страшной болезни долгожданного наследника престола узнали не сразу.
Свою младшую дочь Ольгу Мария Фёдоровна выдала замуж, когда той исполнилось девятнадцать лет. Выбор матери пал на принца Петра Ольденбургского, который был значительно старше девушки. Бракосочетание состоялось в конце июля 1901 года. На торжество были приглашены лишь самые близкие родственники, но свадьба была не слишком весёлой, да и счастья этот брак не принёс великой княгине Ольге Александровне. Её супруг, известный в Петербурге кутила и страстный игрок, не проявлял к ней внимания, поговаривали, что он вообще не интересовался женщинами. «Мы прожили с ним под одной крышей почти пятнадцать лет, — откровенно выскажется позже Ольга Александровна, — но так и не стали мужем и женой». В 1916 году она разведётся с Петром Ольденбургским и выйдет замуж за капитана гвардейских кирасиров Николая Куликовского. С ним она создаст счастливую семью и станет матерью двоих сыновей.
При императрице Марии Фёдоровне довольно длительное время оставался её младший сын Михаил. После кончины отца, которого великий князь буквально боготворил, началось его приобщение к военному делу. А когда умер брат Георгий, считавшийся официально наследником Николая II, он выполнял роль престолонаследника, пока в 1904 году императрица Александра Фёдоровна не родила мальчика. Для великого князя Михаила это было страшной обузой, так как государственные дела его совершенно не интересовали, а династически-представительские обязанности были в тягость. Он был безумно рад, когда в царской семье родился сын. В дневнике его кузена, великого князя Константина Константиновича, есть такая запись от 2 августа 1904 года: «В пять часов мы с женой поехали навестить вдовствующую императрицу и пили у неё чай. Был и отставной наследник Миша; он сияет от счастья, что больше не наследник».
Своей матери Михаил доставил немало огорчений, когда вопреки её воле он в 1912 году женился на уже дважды разведённой женщине, красавице Наталье, которая за два года до этого родила от него сына. Вследствие этого морганатического брака великий князь Михаил Александрович по высочайшему указу был уволен из армии и лишён всех воинских званий. Над его имуществом учреждалась опека, проживание в России ему было запрещено.
Летом 1914 года началась война с Германией. Марии Фёдоровны в это время в России не было. Ещё в мае она уехала в Англию, чтобы повидаться со своей любимой сестрой Александрой, теперь уже вдовой. Её супруг, король Эдуард VII, скончался четыре года назад. В Петербург Мария Фёдоровна возвращалась через Швецию, а затем поездом через Финляндию. Как рассказывают очевидцы, на многих станциях в Великом княжестве Финляндском Марию Фёдоровну встречали пением и радостными криками. Вдовствующая российская императрица пользовалась особой популярностью в Скандинавии, так как была родом из Дании. На одной из станций в присутствии русского генерал-губернатора Финляндии она попросила собравшихся студентов спеть патриотический Марш Бьёрнебергского полка, ставший впоследствии национальным гимном получившей самостоятельность Финляндии. Студенты охотно исполнили просьбу, и генерал-губернатор не мог перечить матери русского царя.
Ещё из Лондона Мария Фёдоровна написала своей дочери Ксении: «...Не верится, что всё это так скоро могло случиться. Я совершенно подавлена... Всё, что произошло, так ужасно и так страшно, что слов нет. Боже мой, что нас ещё ожидает и как это всё кончится?»
В России вдовствующую императрицу встретили торжественно. Первые дни после приезда она ежедневно виделась со своим Ники́, по-матерински подбадривала его, удивляла всех своей энергией и решимостью действовать на благо России. Она встречалась с военными командирами, посещала смотры войск, благословляла отправлявшихся на фронт. 10 августа на радость матери в Петербург возвратился её младший сын Михаил. Через несколько дней он получил назначение на фронт в качестве командира Кавказской конной дивизии, так называемой Дикой дивизии. Вскоре дошли слухи, что он проявил мужество в боях и приставлен к награде Георгиевским крестом.
В годы войны члены императорской фамилии достойно выполняли свой долг перед родиной. Мужчины отправлялись на фронт, женщины помогали в тылу. Дочь Марии Фёдоровны, великая княгиня Ольга Александровна, уехала в Киев, чтобы работать там в госпитале. Супруга и старшие дочери её сына-императора стали сёстрами милосердия. Она сама тоже старалась не быть в стороне. О своём возрасте и связанных с ним недомоганиях она порой просто забывала, регулярно посещала госпитали, одним своим присутствием подбадривая тех, кто пролил свою кровь на фронте. Как утверждают очевидцы, датская принцесса для своих почти семидесяти лет выглядела великолепно — стройная, подвижная, полная энергии.
Но, несмотря на усилия всех и каждого, война затягивалась. Для России наступили трудные времена. Поражения на фронте оживили противников самодержавия, всякого рода злопыхателей и недоброжелателей императора и его супруги. Неудачи в войне почему-то приписывали именно им. Сначала гнев обрушился на отдельных министров, часто сменявшихся на своём посту по указке пресловутого Распутина, прочно связавшего себя с царской семьёй, затем основными виновниками стали считать Николая II и Александру Фёдоровну, немецкую принцессу, обвиняя последнюю во всех смертных грехах.
При встречах с сыном Мария Фёдоровна просила его обращать серьёзное внимание на настроение в обществе, сообщала о «круговороте» в самой императорской семье, о встречах некоторых Романовых с иностранными дипломатами и даже с оппозиционными лидерами. Будучи приверженкой сильной единодержавной власти, она внушала Николаю II, что ему как старшему в роду должны все беспрекословно подчиняться. Но, к её большому сожалению, государь относился ко всему этому спокойно и не придавал сплетням и интригам большого значения. Он был твёрдо убеждён, что империя и власть дарованы ему Богом и никто и ничто не может отнять их у него. В своём дневнике в 1915 году Мария Фёдоровна пророчески записала: «Если это будет так продолжаться, то всё это ужасно кончится»