Вот такая цена «калибровки» Л. Животовским. Им была взята неверная величина, и по неверной «откалибровано».
Дерево 10-маркерных гаплотипов полинезийцев гаплогруппы С2. В выборке – 37 гаплотипов. Источник гаплотипов – статья (Zhivotovsky et al, 2004)
Болгарские цыгане
Гаплотипы цыган были определены у 179 человек из двенадцати болгарских таборов (Zhivotovsky et al, 2004). На удивление, у всех гаплотипы похожи, явно от общего предка. Напрашивается объяснение, что в Средние века в Болгарию пришел очень ограниченный контингент цыган, может, всего один табор. Остальные, видимо, не прошли «бутылочное горлышко» популяции, и всего один патриарх дал выжившее потомство. Или патриархами были близкие родственники.
Рассмотрим гаплотипы цыган как в 6-маркерном, так и в 8-маркерном вариантах, чтобы сделать пример еще более наглядным, и проверить воспроизводимость нашего подхода. В цитированной статье были приведены 8-маркерные гаплотипы, но с произвольными удалениями, как показано выше.
6-маркерные гаплотипы.
В наиболее многочисленном таборе «Рудари» 62 человека из тестированных 67 имели следующий гаплотип:
15-12-22-10-11-12.
Этот же гаплотип имели 12 из 13 человек табора «Кальдераш», 9 из 24 человек табора «Лом», все четверо тестированных из табора «Торговцы», 20 из 29 из табора «Калайджи», 12 из 19 из табора «Музыканты». В остальных гаплотипах мутаций тоже мало. Ясно, что гаплотипы «молодые», и им действительно всего несколько сотен лет.
Всего на 179 гаплотипов тестированных цыган пришлось 34 мутации, что дает 34/179/0,0088 = 22±4 поколений до общего предка, то есть 550±100 лет назад. Действительно, Средние века.
Сравним с расчетом по остаточным базовым гаплотипам. Их – 146 из всех 179. Это соответствует 23±3 поколению до общего предка (ln 179/146, деленное на 0,0088), или 575±75 лет назад. Практически, то же самое время.
Итак, и у цыган нормальная ДНК-генеалогия, при которой имеется весьма жесткое соответствие между числом убывающих базовых гаплотипов и накоплением мутаций в их производных. Не нужно было манипулировать с гаплотипами и удалять неугодные. Все гаплотипы там были на своих местах.
Из независимых источников, присутствие цыган в Болгарии было отмечено 700 лет назад (Zhivotovsky et al, 2004). Однако, эти сведения не обязательно точны, они могут относиться к другим цыганам, не обязательно гаплогруппы Н1, потомство у первых цыган могло не выжить, и так далее. Тем не менее, 550–575 лет назад – это вполне удовлетворительное совпадение.
8-маркерные гаплотипы
При переходе к 8-маркерным гаплотипам базовым гаплотипом стал следующий:
15-12-22-10-11-12 – 14–16,
где последние два – маркеры DYS389-1 и 389-2. Они добавили во всех 179 гаплотипах 25 мутаций, то есть стало 59 мутаций. Это дает 59/179/0,013=25±4 поколений до общего предка, то есть 625±100 лет назад. Практически, то же самое, что и для 6-маркерных гаплотипов (34/179/0,0088=22±4 поколений до общего предка, то есть 550±100 лет назад).
В 8-маркерной серии – на 20 базовых гаплотипов меньше, чем в 6-маркерной серии, то есть 126. Получаем [ln(179/126)]/0,013=27±4 поколений до общего предка. Практически та же самая величина, 675±100 лет до общего предка.
Остается только гадать, как Л. Животовский получил примерно такую же величину (700 лет) при величине средней скорости мутации 0,000454, которая после некоторых манипуляций превратилась в 0,000725, а потом и в 0,00069.
Вот такая цена его «калибровкам».
Осталось с интересом перечитать слова Хаммера и самого Животовского в их последней статье (октябрь 2009): «При изучении вариаций в гаплотипах…в популяциях с документированными непродолжительными хронологиями, они пришли к выводу об эволюционных эффективных скоростях мутации 0,00069 за 25 лет… (Zhivotovsky et al, 2004)… (то есть эти эффективные скорости были калиброваны за период времени примерно 1000 лет). С 2004 года этот подход был применен исследователями и критически рассмотрен в научной литературе» (например, Arredi et al. 2004; Di Giacomo et al. 2004: Gayden et al. 2007; Sengupta et al. 2006; Xue et al. 2005; Zhivotovsky and Underhill 2005).
Посмотрим, как, например, первый автор в этом списке «критически» рассматривал «метод Животовского». Они рассматривали популяции в Северной Африке, и решили рассчитать время до общего предка. Опять повторив мантру про «effective mutation rate calibrated by historical events (Zhivotovsky et al, 2004)» (мы сейчас знаем, что это была за «калибровка по историческим событиям»), они получили для гаплогруппы E3b2 величину 6900 лет до общего предка. Видимо, «критическое рассмотрение» состояло в том, что, не доверяя «методу Животовского», они пересчитали эти данные с помощью метода Кайзера для пар отец-сын, но, чтобы подтянуть данные к «методу Животовского», взяли для результатов «по Кайзеру» уже 30 лет на поколение. Получили 4200 лет до общего предка. Взяли бы 25 лет на поколение, как у Л. Животовского, получили бы 3500 лет для гаплогруппы E3b2, а не 6900 лет. В итоге авторы составили таблицу, в которой дали две колонки цифр – одну «по Животовскому», с поколением в 25 лет, другую «по Кайзеру», с поколением в 30 лет. «По-Животовскому» везде было в два раза выше. Так параллельно и обсуждали, не имея понятия, какие цифры им стоит обсуждать. К заключению о том, какие времена правильнее, так и не пришли. Видимо, это и есть «критическое рассмотрение».
Вот так рождаются басни про «калибровку» и «критическое рассмотрение». Хороший пример манипуляций и подтасовок в академической науке. Хороший пример того, чего нужно сторониться.
В итоге в этой части «академической науки» создалась некая эшелонированная оборона, в которой действует «циклический аргумент» о том, что якобы метод проверен и «калиброван», критически рассмотрен в литературе и таким образом доказан. Поскольку в этой «академической науке» задействованы авторитеты, то мало что понимающие в расчетах, «популяционные генетики» бездумно цитируют дефектный подход, что в свою очередь подается авторитетами как «критическое рассмотрение» и дополнительное обоснование метода. На самом деле не было ни калибровки, ни обоснования, ни критического разбора. Точнее, критический разбор был, и не один (см., например, Klyosov, 2008b, Клёсов, 2009е, Dienekes, 2008). Последний был озаглавлен «How Y-STR variance accumulates: a comment on Zhivotovsky, Underhill and Feldman (2006)» (http://dienekes.blogspot.com/2008/07/how-y-str-variance-accumulates-comment.html).
Более того, этот подход уже давно служит предметом насмешек среди людей, понимающих в расчетах, например, на форуме RootsWeb, но «авторитеты» эти обсуждения игнорируют, продолжая говорить о «калибровке» и «критическом разборе». Мотив простой – эта критика не была опубликована в «академической печати».
Наконец, критика опубликована (Klyosov, 2009а). Ответ авторов «подхода» и тех, кто его применяет, последовал (Hammer et al, 2009b).
Что же в ответе? Восемь положений. Что же посчитали главным авторы ответа?
1. Оппонент (то есть я) выступил с критикой слишком быстро, что «не есть в интересах основательного научного процесса».
2. В свой критике я ссылаюсь на недоступные и неопубликованные работы (в печати в JoGG)
3. Использую нестандартную терминологию, как, например, «логарифмический» и «линейный» методы.
4. Я сделал неверный вывод, что гаплотипы образуют «генеалогию» и к ним могут применяться «генеалогические» подходы (то есть не «популяционные»).
5. Я не учитывал «генетический дрейф» или «никакие другие особенности мутаций в микросателлитах».
6. Авторы не знают, насколько мой метод применим к их системе.
7. Применяемый метод Животовского правильный, откалиброван и критически рассмотрен в научной печати.
8. Применяемые мной «деревья гаплотипов» являются интересными и могут быть в высшей степени полезными, но к ним нужно относиться с «большой осторожностью».
Положение (1), конечно, вызывает смех. Авторы, видимо, не в курсе, что «метод Животовского» уже давно вызывает насмешки, что я его давно и детально разобрал, и на это описание не нужно времени.
Положение (2) можно было бы принять, если бы не русскоязычные Л. Животовский и Т. Карафет в авторах. Один вопрос мне в частной переписке, если они не умеют пользоваться Интернетом, и я бы дал им ссылки на работы, на которые они легко могли бы взглянуть. Мог бы и выслать. Если бы они хотели. Но желания, явно, не было.
Положение (3) – авторы просто не владеют предметом. Логарифмический метод в химической кинетике существует уже десятки лет. Он подробно и в азбучном варианте изложен в учебнике И.В. Березина и А.А. Клёсова «Практический курс химической и ферментативной кинетики», который уже более 30 лет служит основным учебником по данному предмету для университетов. Опять – короткий вопрос со стороны ЛЖ или ТК, и они узнали бы для себя много нового. Но не захотели.
Положение (4) – авторы просто не поняли, о чем речь. А речь о том, что дерево гаплотипов можно разложить по ветвям, и к каждой ветви приложить «генеалогический подход» и «генеалогическую скорость мутаций». А вот обрабатывать все дерево чохом, как делают авторы, в общем случае неверно.
Положение (5) – авторы опять не поняли, что разложение дерева по ветвям – это и есть учет «генетического дрейфа».
Положение (6) – в моем «Комментарии» все описано. Авторы просто не захотели, или не смогли разобраться.
Положение (7) – неверно и подтасовочно. В настоящей статье я это еще более подробно описал.
Положение (8) – наконец-то разумные слова. Следует, правда отметить, что к «методу Животовского» слова про «осторожность», по мнению авторов, видимо, неприменимы. Там осторожность не нужна. Это только к другим авторам относится.
Воистину, двойной стандарт еще и забавен.
Хочу еще раз подчеркнуть, что вклад авторов в биологическую сторону вопроса сомнению не подлежит. Но когда авторы полагают, что они знают, как вести расчеты динамики мутаций в гаплотипах, что определенно НЕ их сильная сторона, когда занимаются подтасовками, искажениями и преувеличениями, то мое уважение к ним сильно падает. Хотя авторам есть оправдание – их фактически ввел в заблуждение метод Л. Животовского, которому они просто доверились. Вред, который последний нанес ДНК-генеалогии свои «методом», еще будет оценен, и будет определенно оценен как вред немалый.