, что полимераза не блокируется lac-репрессором. Это очень хитроумная система, особенно для безмозглого существа размером в тысячную долю миллиметра.
Репрессоры и активаторы в совокупности называют факторами транскрипции, поскольку они управляют транскрипцией генетической информации. Факторы транскрипции представляют собой белки, а значит, сами кодируются генами. В нашем геноме таких генов очень много – точное число неизвестно, но считается, что их не меньше 16005. И это при том, что у нас всего около 20 тысяч белок-кодирующих генов. Иными словами, существенная часть наших генетических инструкций приходится на тормозящие и инициирующие механизмы считывания самих инструкций.
Факторы транскрипции и решения, которые они обеспечивают, характерны для всей живой природы и незаменимы при кодировании сложного поведения простыми генами. Регуляторным областям – посадочным площадкам для факторов транскрипции в геноме – даже не обязательно примыкать к подконтрольным генам. Поскольку геном изгибается и перекручивается, транскрипционный фактор, связанный с участком ДНК, может влиять на экспрессию гена, который пространственно приближен, хотя на распрямленной ДНК находился бы далеко (см. рисунок)6.
Такие взаимоотношения генетического и физического расстояний открывают дополнительные возможности для регуляции генов и активно исследуются в современной биофизике.
Все механизмы, которые мы рассматривали, относились к регуляции транскрипции, то есть первого шага в экспрессии гена, когда закодированная в ДНК информация переписывается языком РНК. Клетки также могут регулировать трансляцию, или синтез белка по матрице РНК. Способов такой регуляции множество, включая управление скоростью деградации матричной РНК, изоляцию мРНК в особых зонах клетки и даже синтез молекул РНК, комплементарных мРНК, чтобы образовавшийся дуплекс не смог транслироваться в белок. Мы могли бы посвятить еще множество страниц изучению разнообразия инструментов генетической регуляции, но лучше сделаем шаг назад и оценим универсальность этих механизмов и некоторых структур, созданных природой для объединения отдельных инструментов в машины.
Мы увидели, как lac-система применяет факторы транскрипции, чтобы включать или выключать гены в зависимости от стимулов окружающей среды, в частности от актуального выбора сахаров. E. coli и другие бактерии используют эту систему, чтобы привести свою биохимическую активность в соответствие с доступностью той или иной пищи. Ученый может без труда добавить лактозу в колбу с изголодавшимися по глюкозе бактериями, и это подтолкнет их к активации гена lacZ. Однако можно поступить похитрее, добавив в колбу реагент ИПТГ, который очень похож на аллолактозу, но при этом устойчив к расщеплению. Связавшись с ИПТГ, lac-репрессор не сможет удерживаться на операторе и подавлять транскрипцию, поэтому клетка начнет производить ферменты катаболизма лактозы, даже когда ее нет. Смысл этих странных манипуляций в том, чтобы создать управляемую систему для экспрессии нужных генов. Возможно, ученый заменил гены расщепления лактозы другими, сохранив те же регуляторные элементы, включая lac-промотор. Эти новые гены могут кодировать флуоресцентные белки, позволяющие наблюдать за бактерией, или какие-то полезные вещества вплоть до лекарств. Теперь ученый может контролировать экспрессию встроенных генов с помощью внешнего индуктора, ИПТГ.
Поразительный пример такого генетического контроля описан Хайди Скрабл и ее коллегами из Университета Вирджинии в статье 2001 года с бесхитростным названием «Система lac-оператор – lac-репрессор работает у мыши»7. Ученые использовали мышей-альбиносов с мутантным геном тирозиназы, необходимой для производства пигмента. Внедряя в мышиную ДНК рабочий ген тирозиназы и его промотор (см. рисунок), авторы получали животных с типичной для вида пигментацией – с коричневой шерстью и карими глазами. Одной из любопытнейших частей эксперимента была организация управления генами пигментации. Хотя у животных немало регуляторных систем, свойственной бактериям lac-системы они лишены. Тем не менее ученые создали мышь с сайтом связывания lac-репрессора между промотором и кодирующей частью гена тирозиназы. Поскольку у млекопитающих нет гена lac-репрессора, а значит, и белка, синтез тирозиназы не подавлялся, и пигментация у таких мышей оказывалась нормальной (второй ряд на рисунке).
Другой линии мышей, тоже несущей ген тирозиназы под контролем lac-оператора, внедрили и ген lac-репрессора с собственным промотором. Эти мыши производили белок-репрессор (темная фигура), подавлявший экспрессию гена тирозиназы и лишавший их пигментации (третий ряд). Когда таких мышей поили водой с примесью ИПТГ, у них появлялась коричневая окраска (четвертый ряд). Как и в случае с бактериями, ИПТГ не позволял lac-репрессору блокировать считывание зависимого гена.
Наряду с нашей почти непостижимой способностью менять цвет шерсти и глаз животного с помощью сахароподобной молекулы в питьевой воде, этот эксперимент подчеркнул универсальность механизмов жизни. Последний общий предок мышей и бактерий сгинул более 3 миллиардов лет назад. С тех пор эволюция его потомков шла разными путями, выдав нам два непохожих существа: одноклеточный микроорганизм и мохнатого зверька размером с ладонь. Тем не менее, если вставить регуляторный аппарат одного из них в геном другого, он работает без нареканий[27]. Как за полвека до этого прозорливо и емко отметил сам Моно, «что истинно для E. coli, истинно и для слонов»[28].
Помимо lac-системы существует множество других, позволяющих организмам – или ученым – регулировать экспрессию генов. Подобные конструкции в ходу и в моей лаборатории. Только мы не меняем цвет мышиной шерсти, а включаем и отключаем способность некоторых бактерий плавать: добавляя в воду простой реагент, мы побуждаем их собирать или разбирать свои микроскопические моторы. Этот инструмент дает нам возможность оценить, насколько плавание помогает бактериям преуспевать в их среде. Всего за несколько десятилетий такая работа перетекла из области научной фантастики в реальность и продолжает упрощаться дальше.
Если вы нажмете на выключатель, чтобы зажечь свет, вам не нужно будет удерживать палец на кнопке, чтобы лампа не погасла. Выключатель зафиксируется в новом стабильном положении и останется в нем, пока его не зафиксируют в другом, тоже стабильном. Природа и ученые тоже часто прибегают к подобным рубильникам: они направляют клетки на определенный путь при получении сигнала и не дают им свернуть с него, даже если сигнал пропал. У растений и животных это особенно важно для развития клеток разных типов. Так, и нейроны, и глия, которая помогает нейронам функционировать, берут начало от общей клетки-предшественницы. Специфические сигналы направляют ее на путь формирования нейрона, после чего она обречена экспрессировать соответствующий набор генов, создавать синапсы с другими клетками и выполнять все остальные задачи, возложенные на нейрон. Наверняка вам не хотелось бы постоянно уведомлять нейрон, что не стоит ему возвращаться к предковой форме, равно как и обращаться в глию либо нейронно-глиальную несуразицу. Чтобы тип клетки не менялся, генам нужны тумблеры. Иными словами, клеткам нужна память: они должны запоминать воспринятые когда-то стимулы, перекодируя их в схемы экспрессии генов, стабильные в настоящем и будущем.
Способов создать воспоминание много. Есть и такой, который основан на знакомом нам действии факторов транскрипции. Представьте два гена, A и B. Как и в случае с lac, у гена А есть репрессор. Теперь допустим, что ген этого репрессора находится сразу за геном B по ходу транскрипции, поэтому, если экспрессируется B, то экспрессируется и он. Представьте, что ниже A по ходу транскрипции, подобно гену репрессора А, находится ген репрессора B, и если экспрессируется А, экспрессируется и этот ген. Такая взаимная репрессия обеспечивает работу памяти. Допустим, A экспрессируется сильно. Клетка производит много репрессора гена B, поэтому B подавляется, в отличие от А (репрессор гена А не считывается из-за совместной с В репрессии), что соответствует сильной экспрессии А. Клетка продолжает существовать в состоянии А. С другой стороны, если сильно экспрессируется B, события развиваются противоположным образом и клетка продолжает существовать в состоянии B. У этой клетки два стабильных типа поведения. Мы можем переключиться между ними, например, наводнив клетку множеством сигналов активации или репрессии какого-то из этих генов. Если в регуляторном аппарате задействован lac-репрессор, то таким сигналом может быть ИПТГ. С этого момента клетка будет хранить воспоминание о произошедшем событии.
Здесь проиллюстрирован общий принцип, который заключается в том, что гены регулируют экспрессию генов. Иными словами, обратная связь между генами формирует те или иные паттерны активности. В нашем примере тумблером служили два варианта репрессии (отрицательная обратная связь). И это не гипотетическая история: такая схема часто работает в живой природе: например, заразившие бактерию вирусы вынуждены выбирать между состояниями активного размножения и «спячки». Но немало и других эффективных схем. Мы можем, например, совместно экспрессировать ген А и ген его активатора, усиливая результат стимуляции, изначально направившей клетку на путь А (положительная обратная связь).
Мы узнаем время по часам. В основе конструкции любых часов лежит какой-то периодический, ритмический феномен вроде колебаний маятника или частых вибраций кварцевого кристалла. Все живые организмы и даже отдельные клетки используют часы, чтобы контролировать активность, которая должна усиливаться и ослабевать с определенной периодичностью. Прекрасный пример – циркадные ритмы