вающего морское дно и литорали в поисках жертвы. Не зная организм – источник ДНК, мы можем сказать, что геном морской звезды – это геном морского беспозвоночного, а геном человека – это геном примата, только если сравним их с другими известными геномами, а не смоделируем по базовым биологическим законам активность всех закодированных в нем белков и регуляторных сетей. Тем не менее о развитии мы можем сказать довольно много – особенно благодаря двум обстоятельствам.
Первое обстоятельство таково: гены у разных организмов весьма схожи, и потому, узнав функции какого-то гена в относительно простом для изучения организме – мыши или плодовой мушки, например, – мы сможем многое сказать об этом гене в другом организме, даже в человеческом.
Возьмем для примера ген sonic hedgehog (SHH). Он кодирует белок, необходимый для формирования конечностей и участвующий в разрастании раковых опухолей. В знаменитой статье, опубликованной в 1980 году, Христиана Нюслайн-Фольхард и Эрик Вишаус сообщили об открытии нескольких генов, определяющих план тела плодовой мушки, и назвали один из них hedgehog («ежик»), поскольку его мутации приводили к появлению маленьких шипиков на мушиной личинке3. Позже подобные гены были обнаружены во всем животном царстве. В геномах млекопитающих, включая человека, есть по три гена типа hedgehog. Два из них, desert hedgehog и Indian hedgehog, получили причудливые названия по аналогии с реально существующими видами ежей. Третий, sonic hedgehog, назвали еще причудливее в честь быстроногого героя видеоигры Sonic the Hedgehog: одного из исследователей этого гена вдохновил образ того самого ежа Соника.
Кодируемые этими генами белки удивительно похожи друг на друга. Я изобразил строение одного из участков белка Hedgehog плодовой мушки (слева) и белка Sonic hedgehog человека (справа)4. Оба организованы идентично как пара лежащих под углом спиралей и несколько коротких листов, связанных всевозможными петлями.
Отличить мушку от человека легко, а вот различить их белки семейства Hedgehog очень сложно. Сходство очевидно даже в последовательностях аминокислот. Просто посмотрите на фрагменты из 46 аминокислот – это примерно треть белкового участка с предыдущего рисунка. Я использую здесь устоявшиеся однобуквенные обозначения аминокислот и жирным выделю те, что идентичны у двух белков.
Плодовая мушка:
RCKEKLNVLAYSVMNEWPGIRLLVTESWDEDYHHGQESLHYEGRAV
Человек:
RCKDKLNALAISVMNQWPGVKLRVTEGWDEDGHHSEESLHYEGRAV
Сходство последовательностей столь же поразительно, как и сходство пространственной организации. В целом у мушиного Hedgehog и человеческого Sonic hedgehog около 70 % идентичных аминокислот, но даже различия в оставшихся 30 % не так сильны, как может показаться. В приведенных выше цепочках первое различие – это E (глутаминовая кислота) в белке дрозофилы и D (аспарагиновая кислота) в человеческом, обе они заряжены отрицательно. Далее не совпадают V и A (валин и аланин), но оба они гидрофобны. Пусть аминокислоты и различаются молекулярными компонентами, их физические характеристики во многих случаях схожи. Бережливость природы многократно усиливает эффективность изучения ее инструментов: мы можем вполне обоснованно утверждать, что белок Hedgehog у плодовых мушек ведет себя примерно так же, как Sonic hedgehog у людей и Desert hedgehog у эфиопских ежей.
Второе обстоятельство, позволяющее рисовать общую картину развития разных организмов, еще фундаментальнее: природа применяет отлаженные физические механизмы для коллективной организации клеток. Эти механизмы, как и задействованные в индивидуальном развитии (онтогенезе) гены и белки, универсальны. Посмотрим, как они работают.
Разные органы развиваются в разных местах. Крылья – в районе среднеспинки комара, а усики (антенны) – на голове. Ваши пальцы вырастают на дальнем конце ладони, а не у запястья. Можно предположить, что лишь специальные крыльеформирующие клетки мигрируют в зону формирования крыльев в средней части развивающегося насекомого и остаются в ней – иными словами, что судьба клеток определена еще до их миграции. А можно представить и другое: что клетки по всему телу способны к формированию крыльев, но лишь те, которые оказываются в нужном месте, получают сигнал к этому. Оказывается, природа применяет обе тактики. Вторая, в которой судьба клетки решается в зависимости от ее расположения в пространстве, распространена на удивление широко и обеспечивает эффективное кодирование инструкций для развивающегося организма.
О существовании пространственных сигналов известно больше века. В экспериментах вроде тех, что Дриш проводил с эмбрионами морских ежей и других животных, где клетки намеренно меняли местами или некоторые из них пересаживали в иную часть тела другой особи, развитие часто даже не нарушалось, словно перемещенные клетки знали свои новые эмбриональные адреса и вели себя сообразно им. Изучать эту едва ли не волшебную сенсорную способность, а также природу и значимость пространственных сигналов начали позже и продолжают до сих пор. Основа феномена, однако, проста и сочетает два уже знакомых нам биофизических механизма – диффузию и регуляторные сети.
Возьмем тот же белок Sonic hedgehog: он не распределен по эмбриону равномерно, но и не сосредоточен в фиксированной концентрации в каких-то избранных областях. Sonic hedgehog скорее образует градиент концентрации: она постепенно снижается по мере удаления от места, где белок синтезируется. (Как и все белки, он со временем распадается, и потому его общее количество не растет постоянно.) Этот градиент – следствие обычной диффузии, случайного блуждания молекул из исходных точек, которое, как мы видели в главе 6, приводит к размыванию молекулярного облака. Sonic hedgehog производится во многих частях развивающихся организмов, потому возникает множество локальных градиентов. Одна из таких зон – зачаток конечности, который обретает форму на третьей неделе человеческого эмбриогенеза. В этом зачатке (их всего четыре) Sonic hedgehog сконцентрирован с одной стороны, а по мере продвижения к другой его содержание снижается.
Если вы повернете свою левую руку ладонью к себе и пальцами вверх, ваш большой палец окажется слева, а мизинец – справа. Хотя мы с вами не встречались, я могу уверенно сказать, что ваши пальцы расположены именно так, а не наоборот и не в случайном порядке. Их расстановка определяется градиентом Sonic hedgehog: там, где белка больше всего, формируется мизинец, а там, где меньше, – большой палец. У других животных процесс аналогичен. В зачатке крыла цыпленка градиент Sonic hedgehog определяет порядок трех костных пальцев, которые формируются по схеме 3-2-1 в соответствии с профилем концентрации диффундирующего белка (см. верхнюю часть рисунка: размытием темного пятна обозначен градиент Sonic hedgehog, а кости показаны так, как они формируются у четырехдневного эмбриона). Пересадка ткани из места синтеза белка в одном зачатке крыла в область низкой его концентрации в другом зачатке создает два зеркальных профиля концентрации, располагающих шесть пальцев в порядке 3-2-1-1-2-3 (нижняя часть рисунка)5. Клетки просто считывают локальную концентрацию Sonic hedgehog, не ведая о странных манипуляциях, которые ее создали. В эксперименте Шэрил Тикл и ее коллег из британского Университета Бата закономерности развития куриных крыльев использовали, чтобы отследить процессы, определяющие судьбу каждого пальца позвоночных животных, и заодно установить, от каких динозавров произошли птицы. Концентрацию Hedgehog зародышевые клетки оценивают испокон веков. Его градиенты определяют, например, последовательность пальцев на вашей руке и последовательность присосок на щупальце каракатицы6, хотя последний общий предок человека и каракатицы жил более полумиллиарда лет назад. (Напомню, каракатицы – это головоногие моллюски, состоящие в близком родстве с кальмарами и осьминогами.)
Градиенты Sonic hedgehog руководят организацией и других частей тела, не только конечностей: они играют важную роль в формировании нервной системы, легких, зубов, черт лица и многого другого. Кроме того, этот белок проявляет себя при раке: развитие злокачественных опухолей часто сопряжено с активацией эмбриональных генетических процессов, подстегивающих стремительный, но в этом случае нежелательный рост7.
Sonic hedgehog – один из многих морфогенов, веществ, которые управляют формообразованием посредством разницы их концентраций. Существование морфогенов в 1952 году, за несколько десятилетий до обнаружения реальных примеров, предсказал математик и пионер информатики Алан Тьюринг; он даже дал им название в своей провидческой статье о теоретической возможности существования таких систем8. В каждом развивающемся эмбрионе сосуществуют и взаимодействуют многочисленные морфогенные градиенты.
Что же делают морфогены? Чаще всего они либо напрямую, либо через посредников регулируют транскрипцию, включая и выключая разные гены, как описано в главе 4. Эффективность фактора транскрипции зависит от его концентрации. Это тоже вытекает из физики: связывание любой молекулы с любой другой происходит в постоянной суматохе прикреплений и откреплений, и вероятность того, что какой-то фактор транскрипции свяжется с ДНК-мишенью, тем выше, чем больше его копий плавает в среде. Функция отклика – вероятности того, что ген экспрессируется, или изменения уровня синтеза его белка – может быть гладкой, отражающей его зависимость от концентрации активатора или репрессора транскрипции, или с резким изломом, как при переключении тумблера – когда отклик может быть почти нулевым при низкой концентрации активатора и высоким («включенным») после превышения какого-то его порогового уровня.
Зависимость экспрессии генов от концентрации регуляторов может порождать удивительно замысловатые паттерны распределения их продуктов. Давайте рассмотрим упрощенный пример, а затем и реальность. Представьте эмбрион в форме удлиненной пилюли. Пока все соответствует действительности: на ранних стадиях развития почти все организмы представляют собой шары или эллипсоиды – поначалу все мы пузыревидны. Допустим, источник морфогенов находится в левой части эмбриона и сформирован из особых клеток или материалов, предоставленных матерью. Морфоген А распространяется путем диффузии и формирует градиент концентрации, которая постепенно снижается к другому полюсу эмбриона (левое изображение в верхнем ряду). Если отклик на морфоген А осуществляется переключением – ген включается, когда А много, и выключается, когда А мало, – профиль производства продукта этого гена будет ступенчатым (верхний ряд, справа).