не вступающая в контакт с клеткой A, экспрессирует ген A и становится клеткой типа A. При таких правилах можно ожидать, что сложится показанная на рисунке мозаика, напоминающая пчелиные соты, где каждую из клеток А (они темные) окружает кольцо из B-соседок (они светлые).
Такой способ построения паттернов вполне типичен. Так, например, вы слышите благодаря тысячам волосковых клеток в вашем внутреннем ухе; они обязаны своим названием пучкам нитей, торчащим из их мембран и напоминающим крошечные ирокезы. Каждая волосковая клетка окружена когортой вспомогательных клеток, расстановка которых определяется как раз по описанной схеме, называемой латеральным торможением12.
Латеральное (боковое) торможение определяет расположение клеток в фасеточных глазах насекомых, особенности гладкомышечных клеток в стенках артерий, формирование гормон-секретирующих клеток в поджелудочной железе и многое другое. Существование этого механизма предсказали еще в 1970-х, но наглядно продемонстрировали его работу в развивающемся животном лишь в следующем десятилетии. В середине 1980-х Кори Гудман и Крис Доу (теперь он работает вместе со мной в Орегонском университете) провели серию хитроумных экспериментов, в которых разрушали лазером особые клетки дрозофил, чтобы их соседки, не подавляемые более окружением, получили возможность экспрессировать гены, превращающие их в нейроны13.
Как клетка может управлять судьбой своих соседей? У множества разных клеточных пар во множестве разных организмов ключевой молекулой выступает белок Notch, пронизывающий поверхностную мембрану производящих его клеток. Его наружный сегмент может прикрепляться к мишеням вроде Delta, другого трансмембранного белка, выходящего из соседней клетки. Межклеточное рукопожатие этих двух белков подталкивает Notch изменить форму так, чтобы у него обнажился обычно скрытый участок, который распознают белки, разрезающие аминокислотные цепочки. (Наверное, страшно представить, что по клетке бродят вооруженные топорами белки, готовые разрубить своих товарищей надвое, стоит лишь их спровоцировать, но спровоцированное разрушение встречается в биологии сплошь и рядом.) Notch сначала разрезается над местом его выхода на поверхность, в результате чего высвобождается крупный внешний домен белка, который диффундирует и участвует в других событиях. Второй разрез внутри мембраны отделяет внутренний домен Notch от мембранного якоря. Этот фрагмент перемещается в ядро, где взаимодействует с другими белками, меняя характер их связывания с ДНК, – иными словами, он корректирует активность ряда факторов транскрипции и тем самым регулирует экспрессию генов. Внутриклеточный домен Notch в числе прочих эффектов подавляет экспрессию гена delta, чтобы клетка, контактирующая с белком Delta, не была клеткой, производящей его же, то есть экспрессирующей ген delta. Следовательно, в нашей A-B-схеме delta выступает в роли гена A.
Итак, Notch и Delta в паре координируют латеральное торможение. Notch, однако, может взаимодействовать и с другими белковыми партнерами, сидящими на других клетках, запуская другие сценарии разрезаний и генетической регуляции14. Некоторые из них могут подталкивать контактирующую клетку, наоборот, к выбору судьбы клетки A, тем самым распространяя этот тип по ткани. Помимо Notch и Delta в зонах межклеточных контактов встречается множество белков, участвующих в образовании тканевых паттернов, и их параметры связывания и функции отклика генов сильно разнятся. Подобно тому как в мозаике замысловатая картина постепенно складывается из маленьких соседних фрагментов, контактные сигналы могут организовывать сложные и устойчивые структуры по простым локальным правилам. И снова мы видим самосборку в действии, поскольку инструкции по более масштабной, межклеточной организации содержатся в самих клетках.
Группы клеток могут организовываться не только в пространстве, но и во времени. Более того, с помощью временны́х сигналов они могут создавать пространственные паттерны – рисовать трехмерные орнаменты, образно говоря. Рассмотрим пример, в котором хронометрирование обеспечивает повторяемость формы. Полоски на шкуре тигра, ноги многоножки и позвонки вашего позвоночника – все они демонстрируют регулярную повторяемость черт и следуют друг за другом, не идентичные, но сильно схожие. Возьмем позвоночник. Внешне его упорядоченная костная структура напоминает полосы в эмбрионе дрозофилы, поэтому можно ожидать, что развивается она тоже под действием перекрывающихся градиентов морфогенов. Однако на ранних стадиях формирования мушки размер животного не меняется, пока гены строят схемы взаимодействий. Позвоночник же развивается из сегментов, которые появляются в ходе вашего стремительного роста, и это характерно для всех позвоночных. Человеческий эмбрион начинает удлиняться примерно с третьей недели после зачатия. Развивающееся тело – это не гладкая трубка: оно содержит равновеликие образования, называемые сомитами, которые попарно повторяются вдоль его передне-задней оси.
У человека формируется 42–44 пары сомитов (но некоторые из них исчезают в процессе дальнейшего развития), у рыбы данио-рерио – 30–32, у мыши – около 65, у некоторых змей – более 40015. Эмбрионы позвоночных достигают устойчивой регулярности в расположении десятков и сотен сомитов благодаря прекрасной способности к хронометрированию.
В главе 4 мы говорили, что клетки способны создавать осцилляторы и часы на основе генетических схем, поскольку гены экспрессируются ритмически. Эмбрионы часто пользуются такими часами. Первые несколько делений после оплодотворения, как правило, синхронизированы: обе клетки в двухклеточном эмбрионе делятся одновременно, и клеток становится четыре, затем они делятся все вместе, и клеток становится восемь – и так продолжается еще какое-то время, пока клеточное разнообразие не разваливает координацию.
У клеток удлиняющегося эмбриона, формирующих сомиты, тоже есть часы. В изолированных клетках происходят регулярные подъемы и спады экспрессии генов, и у клеток в составе ткани эти колебания синхронизированы. Как же эмбрион превращает такие временны́е ритмы в пространственные паттерны? В 1976 году Джонатан Кук и Эрик Кристофер Зиман описали изящную биофизическую стратегию16, и последующие эксперименты, особенно группы Оливье Пуркье из Института медицинских исследований Стоуэрса в Канзас-Сити, показали, что именно ее человек в числе прочих позвоночных использует для формирования сомитов: это привязывание генетических часов к градиенту морфогена.
Представьте группу клеток, где экспрессия генов колеблется синхронно. Допустим, уровень транскрипции гена в каждой клетке возрастает с 0 до 1, 2 и 3, затем снова падает до 0, и все повторяется. Выделив эти уровни на рисунке белым, светло-серым, темно-серым и черным соответственно, мы увидим синхронную коллективную осцилляцию.
Сначала все клетки белые:
Затем все светло-серые:
И так далее:
Теперь представим, что часы каждой клетки снабжены переключателем: отсчет времени ведется лишь тогда, когда локальная концентрация какой-то молекулы выше порогового уровня. Если же она падает ниже, часы останавливаются. Допустим, контролирующая молекула – это морфоген, вырабатываемый в хвостовой части животного, который распространяется путем диффузии и формирует градиент концентрации от хвоста к голове. Часы тогда будут работать у хвоста и останавливаться на некотором расстоянии от него. По мере роста эмбриона хвост все больше отдаляется от головы, и местоположение пороговой концентрации морфогена постоянно отодвигается назад. Клетки фиксируют уровни экспрессии генов, характерные для момента прохождения пороговой концентрации – иными словами, для момента остановки часов. Если в одной точке эмбриона уровень экспрессии какого-то гена равен 2, то далее он достигает 3, потом падает до 0, а затем уровни 1, 2 и 3 повторяются в периоде. Можно добавить на наш рисунок темную черту – границу, левее которой клеточные часы стоят, правее – идут, и хвост животного находится справа. Временной паттерн «замораживается» в виде пространственного паттерна экспрессии генов.
Если при высоких уровнях любой управляемой часами транскрипции будут создаваться границы сомитов, где клетки плотно прижаты друг к другу, а при низких – их выпуклые серединки, то осцилляция наших часов превратится в повторяющиеся структурные паттерны (сегменты), на базе которых можно конструировать регулярные элементы вроде позвонков. Более того, управляя скоростью хода часов, природа может регулировать периодичность паттернов и размер сомитов. У разных животных часы идут с разной скоростью. Например, быстрые клеточные часы позволяют змеям формировать множество позвонков.
Теперь нам многое известно о конкретных участниках создания часов и градиентов морфогенов17. В этих процессах, особенно в схеме осцилляции, задействовано сразу несколько генов, и часть из них кодирует белки, взаимодействующие с регулятором латерального торможения Notch. Активность Notch то возрастает, то снижается; к тому же этот белок помогает соседним клеткам поддерживать синхронность. Notch – ярчайший символ склонности природы к использованию удивительно узкого набора молекул в самых разных контекстах. (Шутка, известная уже не один десяток лет, утверждает, что существует два типа исследователей биологии развития: те, которые изучают сигнализацию Notch, и те, которые не знают, что изучают сигнализацию Notch18.)
Градиенты и пороги, контактные сигналы и останавливающиеся часы – далеко не единственные физические мотивы, лежащие в основе эмбрионального развития. Клетки мигрируют, растягиваются, удлиняются, складываются друг на друга, меняют способность к адгезии и делают еще много чего другого, без устали придавая форму живой глине растущего эмбриона. Открывая новые стратегии эмбриогенеза, мы все больше восхищаемся трансформациями, которые каждый из нас претерпевает на пути от одной клетки к сложному животному, но заодно и расширяем наши возможности влиять на трансформации, идущие не так и вызывающие врожденные дефекты и рак.