2 ноября 1666 года прибыли в Москву долгожданные «вселенские» — патриархи Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский. Как выяснилось позже, оба они к тому времени были свержены со своих престолов и лишь впоследствии вновь заняли патриаршие престолы благодаря вмешательству русского правительства и с помощью турецких властей. «Двух… приехавших в Москву патриархов привели туда… не заботы о русской церкви, а просто желание получить от русского правительства соответствующую мзду за осуждение своего же собрата по сану, — пишет С.А. Зеньковский. — В этом отношении они не ошиблись, и за свою услугу государю каждый из них лично получил из русской казны мехов, золота и подарков на 200000 рублей по курсу 1900 года. Когда у них появлялись какие-либо сомнения или угрызения совести, то таковые легко устранялись соответствующим финансовым давлением. Каноническое право этих двух восточных патриархов на участие в русском соборе было крайне сомнительным. Возмущённый их поездкой на суд Никона, константинопольский патриарх Парфений и созванный им собор добились у турецкого правительства смещения этих обоих неколлегиальных владык под предлогом оставления ими паствы и церкви без разрешения властей. Вообще оба патриарха были постоянно в долгах и денежных перипетиях, а патриарх Паисий по возвращении из России на Восток попал в тюрьму по обвинению в присвоении колоссальной по тому времени суммы в 70000 золотых».
Свою ненависть к старому русскому обряду «вселенские» патриархи-авантюристы показали уже по пути в столицу, арестовав (на чужой канонической территории!) в Симбирске престарелого местного священника Никифора, служившего по дониконовским книгам. На обратном пути из России Макарий Антиохийский написал новому патриарху из Макарьевского Желтоводского монастыря очередной донос: «В здешней стране много раскольников и противников не только между невеждами, но и между священниками: вели их смирять и крепким наказанием наказывать». В результате против одного из знаменитейших монастырей в России были приняты самые строгие меры…
5 ноября восточные патриархи имели наедине с Алексеем Михайловичем достаточно продолжительную — около четырёх часов — беседу, а уже 7 ноября царь пригласил в свою Столовую палату восточных патриархов, русских иерархов, бояр, окольничих и думных людей. Царь обратился к восточным патриархам с торжественной речью и передал им все материалы по «делу Никона». На ознакомление с документами было дано 20 дней. В качестве консультанта по русским делам к восточным патриархам был приставлен Паисий Лигарид, который и играл «первую скрипку» на соборе. На личности этого человека следует остановиться отдельно, поскольку в заседаниях собора он сыграет роковую роль.
Паисий Лигарид (в миру Пантелеймон, или Панталеон) — личность крайне одиозная, бывший митрополит Газы (Палестина), тайный католик, агент иезуитов. С тринадцати лет воспитывался и обучался в иезуитской греческой коллегии святого Афанасия в Риме, а после её окончания получил степень доктора богословия и философии и был поставлен в священники униатским митрополитом Рафаилом Корсаком. В 1641 году покинул Рим и отправился в Константинополь для распространения католической веры. Позднее направился в Молдавию и Валахию, где был дидаскалом в ясской школе. В 1650 году принимал участие в споре о вере старца Арсения Суханова с греками. На следующий год постригся в монахи, а ещё через год был поставлен иерусалимским патриархом в митрополиты Газы Иерусалимской.
Хотя Лигарид и принял для видимости православие, он продолжал вести активную переписку с иезуитской конгрегацией «Пропаганда», у которой состоял на жалованье в качестве католического миссионера, и с варшавским нунцием Пиньятелли — впоследствии римским папой Иннокентием XII. Как ловкий дипломат, Лигарид впоследствии вёл в Москве пропаганду унии Русской Церкви с Римом. Польский король Ян-Казимир так обращался к Паисию: «Достопочтенный во Христе отец и свято нам любезный, в благочестивом нашем желании мы имеем ваше преосвященство единственным орудием в соседнем и дружественном нам великом княжестве Московском… Мы ещё и ещё просим ваше преосвященство сообщить всякое своё прилежание в составлении мира и единства латинской и греческой церкви» и обещал ему при этом «нашу королевскую милость».
Изверженный из сана иерусалимским патриархом Нектарием, Лигарид прибыл в Москву в 1662 году по приглашению патриарха Никона для помощи и придания авторитетности его реформам. Однако после падения Никона сразу же от него отвернулся и на Соборе 1666–1667 годов активно помогал царю Алексею Михайловичу расправиться со своим бывшим благодетелем. Характерны взаимные отзывы друг о друге Никона и Паисия Лигарида. Никон утверждал, что Паисий «на развращение святей церкви новые законы вводит: ово от отреченных книг, ово от внешних баснословных блужений», «ложными шпынскими проклятыми книгами» руководствуется, обращается к нему: «новый раскольниче, а реку — еретиче», «новый Люторе, поругателю евангельский», «безумный раскольниче и преступниче святых отец установленных вечных предел», называет его «лицемером», «человекоугодником», «враждотворцем», «жидовским подражателем». Наконец, бросает в его адрес: «Ты же аще не имеешь, яко ворона, дому, от него взятися древу, но на разбойническом древе достойно тя есть повесити». В свою очередь, Лигарид в беседе с царём замечает о Никоне: «Поистине лучше было бы мне никогда не видать такого чудовища; лучше бы я хотел быть слепым и глухим, лишь бы не слышать его киклопских криков и громкой болтовни»…
Начитанный и обходительный Паисий сумел закрасться в доверие царю, угадав сокровенные его мысли: поведал о пророчестве, согласно которому греков от турок якобы должен освободить именно царь Алексей. Сохранилась его книга «пророческих сказаний» под названием «Хрисмос». Архидиакон Павел Алеппский сообщает об этой книге следующее: «Мы (патриарх Макарий Антиохийский и сам Павел. — К.К.) добыли ещё от митрополита Газского другую греческую книгу, которую он составил в разных странах и из многих книг и назвал “Хрисмос”, то есть книга предсказаний. Она единственная и не имеется другого списка её. Содержит в себе предсказания, (выбранные) из пророков, мудрецов и святых, касательно событий на Востоке: об агарянах, Константинополе и покорении ими этого города — известия весьма изумительные; также о будущих и имеющих ещё совершиться событиях. Я заставил того же писца снять с неё также два списка. С большим трудом митрополит дал её нам для переписки, но он, то есть митрополит Газский, не желал этого, пока я не добился его согласия при помощи подарков, и потому, что ему стало совестно перед нами, и он разрешил нам списать её. Кто прочтёт эту превосходную книгу, будет поражён изумлением перед её пророчествами, изречениями и прочим содержанием…» Если уж достаточно хорошо знавшие Лигарида восточные иерархи всерьёз восприняли эту состряпанную иезуитами сомнительную компиляцию, то что уж говорить о недалёком и падком на лесть Алексее Михайловиче!..
За время пребывания в Москве Лигарид постоянно выпрашивал у царя деньги якобы на содержание Газской епархии, к которой уже не имел никакого отношения. Также подделал грамоту патриарха Дионисия Константинопольского, выдавая себя за патриаршего экзарха. Зарабатывал тем, что нелегально торговал мехами, драгоценными каменьями, вином и запрещённым в России под страхом смертной казни табаком. «У Газского митрополита, — сообщает Аввакум, — выняли напоследок 60 пудов табаку, да домру, да иные тайные монастырские вещи, что поигравше творят». Для этого церковного авантюриста не существовало не только нравственных и конфессиональных границ, но также и сексуальных. Подобно многим заезжим грекам Лигарид не был чужд «содомскому греху».
«Митрополит Паисий Лигарид, — замечает историк С. Зеньковский, — в свою очередь был проклят и отлучён от церкви своим же владыкой, патриархом Нектарием Иерусалимским, а за свои нехристианские поступки и измену православию скорее заслуживал находиться на скамье подсудимых, чем среди судей». Патриарх Нектарий в письме к царю Алексею Михайловичу писал, что Паисий Лигарид «называется с православными православным», а «латыни свидетельствуют и называют его своим, и папа римский емлет от него всякий год по двести ефимков». Ему вторил константинопольский патриарх Дионисий: «Паисий Лигарид лоза не константинопольского престола, я его православным не называю».
Однако, получив от патриарха Нектария такие компрометирующие сведения, царь вовсе и не думал изгонять Лигарида как обманщика и «папежника». Он… решил купить ему разрешение и прощение у иерусалимского патриарха. Уж слишком он в нём нуждался. Новый патриарх оказался более покладистым и за большие деньги дал такое разрешение, хотя впоследствии и пожалел и даже вновь запретил Лигарида в служении как «латынщика».
28 ноября 1666 года в государевой Столовой палате открылся Большой Московский собор. На нём присутствовали 29 архиереев, из которых 12 были иностранцами. Присутствовали представители всех главных церквей Востока, так что действительно возникала иллюзия некоего нового «вселенского собора». Кроме двух «вселенских» патриархов Макария Антиохийского и Паисия Александрийского, для соборного суда над Никоном в Москву прибыли пять митрополитов Константинопольского патриархата — Григорий Никейский, Козьма Амасийский, Афанасий Иконийский (который, впрочем, за подделку полномочий вместо собора оказался в заключении в Симоновом монастыре), Филофей Трапезундский, Даниил Варнский и один архиепископ — Даниил Погонианский; из Иерусалимского патриархата и Палестины — уже упомянутый выше низверженный газский митрополит Паисий и самостоятельный архиепископ Синайской горы Анания, из Грузии митрополит Епифаний; из Сербии епископ Иоаким Дьякович; из Малороссии — епископ Черниговский Лазарь (Баранович) и епископ Мстиславский Мефодий (местоблюститель Киевской митрополии). Русских архиереев участвовало 15, а именно: митрополиты — Питирим Новгородский, Лаврентий Казанский, Иона Ростовский, Павел Крутицкий, архиепископы — Симон Вологодский, Филарет Смоленский, Стефан Суздальский, Иларион Рязанский, Иоасаф Тверской, Иосиф Астраханский, Арсений Псковский; епископ — Александр Вятский. Вскоре к ним присоединились вновь избранный московский патриарх Иоасаф II и архиереи двух новооткрытых епархий: Белгородской — митрополит Феодосий и Коломенской — епископ Мисаил. Также присутствовало множество русских и иноземных архимандритов, игуменов, иноков и священников.