После похода Б.П. Шереметев попросил у царя разрешения уйти в монастырь, но Петр I решил женить его на молодой вдове (разница в возрасте составила 34 года) Анне Петровне Салтыковой-Нарышкиной, в браке с которой у Бориса Петровича родилось пятеро детей. С именем первого сына Петра Борисовича от второго брака связана история подмосковной усадьбы Кусково. Б.П. Шереметев был оставлен в Киеве, готовый по приказу царя вступить в Молдавию, если сорвутся мирные переговоры. Толстого освободили из подземелья Семибашенного замка, но на свободе русский посол находился недолго.
Связано это было с расхождением точек зрения на польский вопрос Петра I и Шафирова. Вице-канцлер, ссылаясь на то, что они с сыном фельдмаршала М.Б. Шереметевым «не так в министерском лице, как в атаманах здесь оставлены», указывал, что задержка войск в Речи Посполитой вызовет «нарекания» турок и «великое озлобление» поляков, ибо «не без тягостей им будет, и войско их ныне все в зборе, и опасен, чтоб не потянули за собою турок… а поляков ныне надлежало б приластить гораздо». Шафиров советовал фельдмаршалу Шереметеву разместиться у Киева, а не на Волыни, так как «все равно для под страху поляков было, как и в Полонном». Польская же оппозиция не сможет быстро мобилизовать силы на помощь Карлу XII. Уклонение от выполенния части статей Прутского договора было настолько явственным, что Г.И. Головкину пришлось успокаивать Б.П. Шереметева, опасавшегося за жизнь своего сына-заложника: «…не изволите какова противного мнения в том иметь и о сыне вашем печалится». Одновременно в ставке великого визиря Шафиров по мере сил старался поднять авторитет Августа II «яко немчина» и рекомендовал принять саксонского посла.
Узнав о том, что русские не вывели войска из Польши, осенью 1712 года П.П. Шафирова, П.А. Толстого и Шереметева-младшего по указу султана бросили в Семибашенный замок. Причина, повлиявшая на ухудшение русско-турецких отношений, заключалась в англо-французском сближении. В плену послы получали информацию о том, что происходило за стенами замка Вице-канцлер Шафиров получал письма от А.И. Дашкова из Берлина, Варшавы, Б.И. Куракина из Гааги, В.Л. Долгорукова из Гусума, А.А. Матвеева об осаде Тонинга. Письма из Европы приходили с месячной задержкой. Продолжали поступать сведения и от осведомителей — серба Саввы Лукича Владиславовича-Рагузинского, секретаря шведских послов в Стамбуле М. Нейгебауера, а затем Т. Функа, голландца Жана Батиста Савари, переводчика французского посла П. Дезальера Форнет, папского нунция Галаги (Галлания), архиепископа Анциры. Регулярно передавал сведения дубровчанин Лука Чириков Барка (Макарий), переводчик английского посольства.
В июле 1712 года черногорцы, не веря печальным вестям с Прута, разбили турок при Царевом Лазе. 20-тысячное войско под командованием Ахмеда-паши напало на Черногорию, разрушило Цетинский монастырь — главную резиденцию черногорских митрополитов. Российские эмиссары были вынуждены покинуть Черногорию. События на Пруте нашли отражение в народном эпосе. Черногорцы с болью пели, что русский царь заключил мир «с турком не по воле, но по неволе», а каждый православный, узнав, «заплакал и мал, и велик, всяк жалел царя православного».
Сербы и черногорцы продолжали воевать против турок. На Балканах пошли слухи о согласии России заключить мир с турками. Милорадович выехал осенью в Померанию, где в это время находился Петр I. Сербские и черногорские офицеры, состоящие на русской службе, капитаны Иван Албанез, Славуя Яковлев (Дьякович), прапорщик Сава Михайлов и Сава Бранов (Браев) отправились в Мекленбург, где находился царь. Петр I направил их в Москву. О Милорадовиче Головкин писал Сенату: «до указу быть на Москве, пока об нем его величество определение учинить изволит». На Покровке сербскому полковнику и его слугам рядом с домом Рагузинского был выделен дом для проживания.
В конце ноября 1712 года Турция в третий раз объявила войну России. Послов из тюрьмы не выпускали. Они все еще находились в плену. М.Б. Шереметев заболел. Он писал отцу: «Посадили нас в тюрьму Едикульскую, в ней одна башня и две избы в сажень и тут мы заперты со всеми людьми нашими, всего 250 человек. И держат нас в такой крепости, что от вони и духу в несколько дней принуждены будем помереть». Петр I написал указ Сенату из Гистроу: «Вчерашнего дня получили мы ведомость, что турки паки мир разорвали. Того ради не ослабевайте о приуготовлениях оборонително против оных».
Воспользовавшись поражением русских, крымские татары, выбрав северное направление, стремительно начали расширять свои владения между Доном и Днепром, а их восточные соседи — ногайские татары пошли из-за Кубани на Украину. В январе 1713 года крымские, кубанские (ногайские) татары и турки вторглись в пределы Южной России, сожгли села, угнали 90 тысяч голов скота. Крымские татары с запорожскими казаками взяли в плен около 8 тысяч человек под Полтавой и Белгородом. 5 тысяч кубанских татар вместе с некрасовскими казаками напали на городки по Донцу, под Харьковом. Татарские партии пленили жителей Правобережной Украины под Киевом, Васильковым, Трипольем. Всего было убито 1554 человека, 14 340 угнано в рабство.
Со сменой власти в Крыму у России появились все основания для окончательного урегулирования пограничных вопросов на юге. За Карлом XII, который отказывался выезжать из Молдавии, был отправлен крымский хан Каплан-Гирей. Крымское ханство выступило за окончательное прекращение войны с Россией. 31 января янычары штурмовали шведский лагерь в деревне Варницы. При поддержке татар шведского короля взяли с боем. Ему разрубили руку по шву между большим и четырьмя пальцами. Он потерял часть уха и был брошен в Бендерскую тюрьму. 5 февраля короля, как простого пленника, вывезли из Бендер в обычной коляске. Изначально задумывалось, что короля отправят в Салоники французским кораблем, куда обычно ссылали неугодных ханов и визирей, но из-за множества ран, полученных королем, султан назначил местом пребывания Демиотеку во Фракии.
Петр I, направляя приехавших к нему в Померанию сербских офицеров, писал Сенату: «Удовольствовав жалованьем, також дав, что пристойно, к ведению им войны против турок, на воинские потребности, отправте их с Москвы без задержания. И прикажите им с приятным напоминанием, что понеже турки ныне против нас войну уже объявили, того ради дабы они против сих неприятелей всякие поиски и военной промысл чинили с усердным радением». 12 февраля 1713 года офицеры передали петровский указ сенаторам.
Разрыв турецко-шведских отношений привел к улучшению русско-турецких. Шафиров известил Б.П. Шереметева, что от султанского правительства велено «мне да сыну вашему ехать в Адрианополь для трактования и позволено нам людей взять только по 10 человек». Война шла к окончанию. В марте начались переговоры о перемирии. 22 марта из Едикульской тюрьмы на свободу выпустили П.П. Шафирова и М.Б. Шереметева, а также 20 человек слуг и служащих русского посольства. 24 марта послы выехали в Адрианополь и 30-го уже были на месте.
Английский посол и его переводчик Барка перестали содействовать русскому резиденту. Толстой писал Шафирову из Едикуле: «Господин Макарий весма меня чуждается… Я об нем: ныне в великом сумнении, и пишет ли он к вашему превосходительству, не знаю. Однакож я не явлюся ему смущально, и паки буду его принуждать со мною в корресподенцию, понеже ухищрение прехитрить есть безгрешно. Того ради сколко мощно ласати его не престану, дондеже познаю его намерение». Осведомители получали из русской казны ежегодное жалованье — примерно 1 тысячу рублей и некоторые суммы на непредвиденные расходы. Если сведения имели особо важную секретность, то агенты получали помимо ежегодных выплат премиальные. Макарий, хотя и перестал давать информацию, однако летом 1713 года попросил 1 тысячу рублей на этот год жалованья для себя и 1 тысячу рублей для своего товарища, а также 2 тысячи рублей на расходы, произведенные им. Плату за свои услуги Макарий получил от русских послов в последний раз. С.Л. Владиславович-Рагузинский предложил донести до Макария, что «жалованье отсечно для его непостоянства или оплошения в государеве деле, когда была болшая нужда».
13 (24) июня 1713 года в Адрианополе Россия и Турция подписали мирный договор на 25 лет, подтверждавший условия Прутского мирного договора (1711). Договор заключили российские послы П,П. Шафиров и М.Б. Шереметев и турецкий визирь Али-паша. 20 июля в Стамбул с ратификационной грамотой выехал чрезвычайный посол Д.А. Бестужев-Рюмин. Подтверждались условия Прутского договора о возврате Азова с прилегающими окрестностями и разрушении крепостей: «…отдача фортеции и Азова в сторону Блистательной Порты и разорение Таганрога… неисполнены были со стороны Царского Величества… царь… повелит вывесить свои войска из Польши во время двух месяцев… и да не останется в Польше никаких войск Его Величества… Казакам с их землями и городами, которые обретаются на той стороне реки Днепра, понеже суть во владении Царского Величества, да пребывают каки по-прежнему под Его владением, каки прежде и фортеция Киев, которыя обретается по Сю сторону той реки, купно с местечками и с принадлежащим старыми рубежами фортеции Киева… имеют быть под владением преждереченного Его Царского Величества Российского…» Россия теряла запорожские земли. В 1714 году новый кошевой атаман И. Милашевич склонял запорожцев к переходу на сторону России и возвращению на Украину, но русское правительство официально отказало запорожцам. Хотя разрешалось тайно принимать запорожцев с турецких земель. По Адрианопольскому мирному договору новая граница проходила между реками Самара и Орель, «…с того места, где впадают в Днепр… но самой середине меж тех рек, даже до вершины оных рек». В полосе между реками Орелью и Самарой, Азовом и Черкасском — центром донских казаков запрещалось возводить укрепления. Азовскую флотилию русские обязались ликвидировать.
Отдельно в статье 8 оговаривалась недопустимость взятия мирных жителей в плен: «Россияне, казаки и прочие подданные российские да не чинят обид и своевольств никаких подданными рубежей оттоманских… И от страны Блистательной Порты пошлются указы ханам крымским… и народам крымским, и комендантам, и судьям пограничным такоже де от них не ходили ни с малым, ни с великим числом войск, а подданных и в земли Его Царского Величества, и не чинили