На Балканах активно работала австрийская агентура. Католические проповедники развернули миссионерскую деятельность. В 1688 году австрийская армия вступила в пределы Османской империи. Летом австрийцы подошли к Белграду, овладев им в сентябре. Вместе с австрийскими войсками против турок боролись и балканские славяне. Узнав о приближении австрийцев, жители горнорудного города Чипровец (ныне — Чипровцы) на северо-западе Болгарии подняли восстание. Горняки боролись против существующей власти и ухудшения экономического положения. В районе отмечалось истощение запасов местных руд. Организаторы Георгий Пеячевич и Богдан Маринов были католиками и поддерживали политику Австрии. Вместе с чипровскими болгарами против турецкого ига выступили гайдуцкие отряды из Южной Болгарии, предводительствуемые воеводой Страхилом. Против повстанцев османы направили крупные военные силы. С ними в подавлении восстания принимал участие венгерский феодал Имре Текели, боровшийся за свободу венгров против монархии Габсбургов. Австрийские войска, встретив сложности с добычей провианта и фуража, отступили в Трансильванию. Восставшие болгары оказались одни против вооруженных турок. Повстанцы были разбиты у села Кутловицы. Отдельные отряды сопротивлялись до 1689 года. Но силы оказались неравными. Чипровец турки разрушили до основания, его защитников перебили. Большая часть болгар бежали из Чипровца в Австрию и Валахию. В 1689 году австрийцы взяли Видин, Ниш, Чипровец. Однако местное население не смогло поддержать союзные войска. Земля опустела, турки выжгли все. Против угнетателей выступили крестьяне Македонии во главе с гайдуком Карпошем. Но и это восстание османы подавили в крови. Только головешки да пепел остались от селений. Выступления балканских христиан и австрийских дворян показали, что интересы, которые преследовали австрийские военачальники, не соответствовали требованиям руководителей гайдуцких отрядов. Славяне хотели свободы, а австрийцы стремились получить новые богатые земли.
В 1690 году 60–70 тысяч сербов Оттоманской Порты после отступления австрийских войск, спасаясь от насилий и зверств со стороны османов, переселились во главе с патриархом Арсение III Чарноевичем в государство Габсбургов. На новой родине сербское население надеялось получить гражданские и экономические свободы.
Неудачи постигли и Ростислава Срацимира. Еще до его возвращения из России план был выдан султану. Прибывший на Балканы Срацимир, как и другие вожди национально-освободительного болгарского движения, не знал о предательстве. Турецкая армия, направленная против Польши, поменяла маршрут и двинулась на Велико Тырново — древнюю столицу Второго Болгарского царства эпохи раннего Средневековья. Срацимир закрылся с группой защитников в тырновской цитадели. Раненого Ростислава друзья успели перевезти в Рильский монастырь. Захваченных руководителей повстанцев турки казнили, Тырново разгромили, а население подверглось уничтожению. Болгары бежали в Венгрию, Трансильванию, Валахию. Срацимир в 1689 году эмигрировал в Московию. Русское правительство подарило Срацимиру имение под Смоленском. В России Ростислав дал начало дворянскому роду Ростиславовичей-Дубровских.
Через два года после поездки Срацимира в Москву поступило новое обращение с Балкан от православных христиан. В 1688 году сюда прибыл архимандрит монастыря Святого Павла на Афоне (обитель тогда населяли сербы и болгары) Исайя, который привез царям грамоты от бывшего константинопольского патриарха Дионисия, сербского патриарха Арсение III Чарпоевича и господаря Валахии Константина Щербана. В них содержалась просьба, чтобы цари двинули русские войска против турок и освободили православные народы. Сверх того, Исайя заявил в Посольском приказе о готовности сербов и болгар, всех христиан, населявших земли за Дунаем, поддержать русские войска при переходе на турецкую землю. Исайя, выполняя политическую миссию, большое значение придавал России как центру православной культуры. Афонский архимандрит видел задачу Москвы не только в освобождении православных народов от власти турок, но и в предупреждении захвата их католиками. Исайя выразил пожелание, чтобы русские государи приняли южных славян в свое подданство.
Для переговоров с Щербаном, который выразил готовность привести Валахию под власть двуглавого орла, Москва, упорно искавшая союзников против Крымского ханства, направила в Бухарест уполномоченное лицо — грека Дементия Фомина, Он вез ответные царские грамоты Щербану и патриарху. В них подтверждалось, что цари имеют «…о всех православных христианах, живущих под игом поганским, попечение» и «о освобождении… неотменное намерение». Сообщение о походе на Крым в грамотах сопровождалось призывом поддержать русские войска. Цари выражали готовность принять христиан после их освобождения в свое подданство и защищать православное население от нападок иноверных.
По прибытии в Валахию Фомин вручил грамоты Дионисию и новому господарю Константину Брынковяну, сменившему на престоле умершего Щербана. Однако к этому времени обстоятельства изменились. Дионисий был поглощен устройством своего возвращения на константинопольскую кафедру, Брынковяну же уклонился от линии Щербана на союз с Россией. Миссия Исайи потеряла смысл, и в феврале 1689 года он покинул Москву, снабженный копиями грамот к патриархам и валашскому господарю. На обратном пути через Австрийскую империю он был арестован и брошен в венскую тюрьму. Царские грамоты были у него отобраны и стали известны австрийским властям.
В 1689 году султан под давлением Франции и с целью предотвращения ее присоединения к Священной Лиге изъял святые места в Иерусалиме из рук православных в лице патриарха Досифея в пользу католиков и отстранил православное духовенство от главенства в храме Гроба Господня. С этого времени Досифей навсегда покинул Иерусалим и стал активно добиваться защиты и покровительства у Москвы.
В марте 1688 году татары опять напали на Южную Русь. В татарский плен, по разным данным, попало до 60 тысяч человек. Для прикрытия границ от татар командовать войсками, располагавшимися в районе Белгорода и Севска, был назначен Борис Петрович Шереметев.
Русские предприняли Второй крымский поход (1689). Русская армия насчитывала 117 тысяч человек. В походе, возглавляемом В.В. Голицыным, приняли участие российские гусары, которые эффективно и действенно боролись с легко конными отрядами крымцев и ногайцев. Но неудачи преследовали русское войско. Причины поражения русской армии крылись в несовершенстве военной системы. Юный Петр Алексеевич возмущался: потрачены колоссальные средства на Крымские походы, оказавшиеся, по сути, бутафорией. Бояре разделились на две противоборствующие группировки.
В 1684 году Иван V Алексеевич женился на Прасковье Федоровне Салтыковой. Софья, фактически управлявшая царством, пребывала в уверенности, что покладистый Иван и дальше не будет ей мешать в вопросах управления. На забавы Петра Софья не обращала внимания. Юный царь ремонтировал потешные суда, с потешными полками обучался военному делу, ходил к немцам в слободу. В 1684 году Петр прошел обучение гранатной стрельбе у иностранца Зоммера. Впервые были отработаны на потешных войсках маневры, введенные в условиях боя в 1691–1694 годы. Особенность этих маневров заключалась в том, что одновременно участвовали пехота, кавалерия и артиллерия, применявшие отдельные элементы полевого боя, приемы осады и штурма крепостных укреплений. В 1689 году мать Петра Алексеевича Наталья Кирилловна, урожденная Нарышкина, выбрала сыну невесту Евдокию Лопухину. В литературе принято объяснять женитьбу царевича материнским желанием «образумить» неугомонное чадо. Однако в первую очередь причины носили политический характер. Клан Нарышкиных, узнав о беременности супруги Ивана, посчитал необходимым закрепить престол за Петром. Поэтому сторонники Петра уговорили его тоже жениться. После подавления восстания стрельцов Софью отправили в монастырь, а власть фактически перешла к совершеннолетнему Петру I. Из Троице-Сергиевой лавры Петр отправил старшему брату, страдающему слабоумием, послание, стремясь заручиться его поддержкой. В.В. Голицына Петр лишил боярства, имущества и сослал в Архангельский край, в Каргополь. По завещанию похоронили Голицына в Красногорском Богородецком монастыре недалеко от Пинеги.
В наследие от своих предшественников новому царю достались турецкий, крымский, польский, балтийский вопросы. Союзники России Австрия и Польша потребовали от Петра Алексеевича, чтобы русские продолжили начатые его предшественниками военные действия против вассала Османской империи — Крымского ханства. Союзники стремились оградить польские земли, прилегающие к границам западноевропейских стран, от нападений со стороны крымских и ногайских татар, поэтому так важно было «натравить» северного соседа против крымчан. Мазепа, используя связи и знания, в очередной раз оказался угоден новой власти. Он давал советы молодому царю по польским делам. В 1690 году Петро Иваненко (Петрик), женатый на племяннице Василия Кочубея, поднял казаков против власти Мазепы и московитов. Вместе с татарами он пошел на Украину, но Мазепа выставил заслон.
Во внешней политике Петр I решил остановиться на турецком вопросе и выдвинул на первый план борьбу за выход к Черному морю. Приобретение Северного Причерноморья все более вырастало в национальную проблему. В ноябре 1690 года в русскую столицу к новому царю прибыл посланник от молдавского господаря Константина Кантемира Иван Белевич. По сути, политика Кантемира в те годы — это баланс между двумя силами: Турцией и Польшей, тоже претендовавшей на молдавские земли. Желая найти поддержку у московитов, в письме к царям Ивану Алексеевичу и Петру Алексеевичу он предлагал «употребить свое старание по примирению с Портою».
Весной 1691 года австрийский император Леопольд I отправил курьера к русскому царю с напоминанием о долге. В своем письме к родственнику в Шотландию сподвижник царя П.И. Гордон писал: «Здесь находится императорский посланник, который должен нас заставить совершить десант против татар. Он, однако, не может решить назревшую проблему, так как мы по недостатку сил и средств должны только прикрыть наши границы». Украинский историк М.П. Драгоманов позже писал о национальных задачах: «Без северных берегов Черного моря Украина немыслима как культурный край… Эта задача не обойдется без России, а стало быть, без украинской крови».