В эти годы происходит сближение ректора с инспектором МДА архимандритом Сергием (Страгородским), ставшим его учеником и младшим другом, а спустя четверть века – противником в споре о путях развития Русской Церкви. Именно ректор побудил отца Сергия защитить в качестве магистерской диссертации сочинение «Православное учение о спасении», ставшее важным вкладом в развитие отечественного богословия.
Происходит знакомство отца Антония с Л. Н. Толстым, которого позднее владыка не раз пытался вернуть в лоно Церкви. Личные отношения нисколько не препятствовали молодому монаху не раз публично критиковать ложное учение великого писателя. Например, в одной из своих статей в 1895 году архимандрит Антоний с присущей ему резкостью осуждает и католиков («папистов»), и Л. Н. Толстого: «Итак, мы имеем две крайности, допущенные еретиками в понимании вожделенного Христу единства людей. Одни понимают это единство в смысле общей административной подчиненности папе, а другие в смысле исчезновения самостоятельных человеческих личностей в одной всеобщей сущности, в Нирване буддистов, или в Безсознательном Гартмана, или в безличном же Отце жизни Толстого. Легко понять, что ни идеал латинского номизма, так мало превосходящий идею всемирной империи у языческого Рима, ни надежды наших необуддистов на всеобщее исчезновение не могут вдохнуть человеку достаточно сильных побуждений к тому, чтобы бороться со страстями и насаждать добродетели в своем сердце» (12, с. 220).
Из-за конфликта с митрополитом Московским Сергием (Ляпидевским) отца Антония в 1895 году переводят в Казань ректором Духовной Академии. 7 сентября 1897 года состоялась его архиерейская хиротония во епископа Чебоксарского, викария Казанской епархии. На новом месте молодой архиерей оказался столь же деятельным, как и ранее. В академии он читает курс пастырского богословия; уделяет особое внимание миссионерской направленности в деятельности академии: по его инициативе в 1897 году в Казани был проведен 3-й Всероссийский миссионерский съезд. В 1900 году в Казани вышло собрание трудов владыки Антония в трех томах.
В эти годы молодой епископ пережил немалое горе: он потерял друга, епископа Михаила (Грибановского), скончавшегося 18 августа 1898 года. За несколько дней до того, во время откровенных прощальных бесед владыка Антоний сказал умирающему другу: «Чувствую, что если доживу до старости, то не миновать мне больших столкновений за церковную идею, за освобождение Церкви от порабощения государственностью. Прежде я мечтал об этом, как ребенок, но теперь жизненные невзгоды убили всякую мечтательность во мне, но это столкновение будет, хотя бы я сам не желал того, и вот я приехал отчасти именно за вашим благословением». Преосвященный Михаил стал креститься и говорить с чувством: «Желаю от души и молю Бога, чтобы Он помог вам устроить вновь Церковь на канонических началах, и призываю на вас и сотрудников Его благословение. Не привел меня Бог делом в этом участвовать, ибо вот я умираю, но от всей глубины духа моего участвую в сем деле. Однако вести его нужно постепенно, не поддаваясь горячности» (102, кн. первая, с. 265). Кто знает, скольких искушений смог бы избежать владыка Антоний, имей он возможность и дальше пользоваться советами и наставлениями друга…
В 1900 году начинается архиерейское служение владыки Антония на самостоятельных кафедрах: в июле 1900 года – на Уфимской и Мензелинской, в апреле 1902 года – на Волынской и
Житомирской (с 1906 года – в сане архиепископа; одновременно состоял экзархом Вселенского Патриарха для Галиции и Карпатской Руси), в мае 1914 года – на Харьковской и Ахтырской.
Архипастырское служение владыки Антония проходило в условиях бурной политической и экономической жизни России, в обстановке нарастающей смуты в общественной жизни и в умах людей. В такое непростое время владыка Антоний все свои силы, весь жар сердца и огромную энергию посвящал разным видам деятельности. «Яркий представитель ученого монашества, – писал о нем И. К. Смолич, – он стремился не столько к уединенным раздумьям в тихой монашеской келье, сколько к широкой церковно-политической активности монашества, которое призвано было повсеместно руководить Церковью… От Иосифа Волоцкого он перенял идею сотрудничества Церкви и государства, а от Никона – убеждение в главенстве духовной власти в этом союзе» (158, т. 1, с. 232). Два идеала существовали для него в жизни Церкви: идеал любви и идеал власти. Он нес людям любовь к Богу и в то же время оставался убежденным в необходимости восстановления сильной и независимой церковной власти, – а это плохо сочеталось. И как показало время, «идеал любви не выдержал испытания властью…» (38, с. 85).
Первым и главным для владыки оставалось архипастырское служение. Много внимания им уделялось налаживанию в епархиях уставного богослужения и проповедничества. Владыка Антоний решительно защищал священнослужителей от притеснений и поборов со стороны властей, заботился о материальном положении клириков, но также призывал духовенство к ревностному служению, к любви к своей пастве. В то же время он не мог не видеть падения авторитета Церкви и ее основы – приходских священников. «Бывали, правда, поразительные примеры святых людей, – вспоминал о том же времени митрополит Вениамин (Федченков). – Но большею частью мы становились “требоисполнителями”, а не горящими светильниками. Не помню, чтобы от нас загорелись души… дух в духовенстве начал угасать» (31, с. 112).
В Волынской епархии по инициативе владыки Антония в 1904 году началось восстановление древнего Овручского во имя святого Василия Великого монастыря, ив 1911 году в присутствии императора Николая II был освящен монастырский храм. Особое внимание владыка уделял Почаевской Лавре, в которой (также по его инициативе) к 1912 году был воздвигнут новый Троицкий храм. Среди тысяч паломников в монастыре широко расходились «Почаевские листки» с проповедью учения Христа, но также – с антисемитским содержанием, ругательствами в адрес либералов и масонов. По мнению С. Л. Фирсова, владыка Антоний «скорее попустительствовал исходившей из Почаевской Лавры… погромной агитации, чем направлял ее… Крайне правый настрой клириков Волынской епархии был связан не только и не столько с симпатиями архиепископа Антония, сколько с традициями польского антисемитизма, чего не стоит забывать» (190, с. 297). Показательно, что в яро монархическом петербургском кружке генеральши А. В. Богданович одобряли деятельность иеромонаха Илиодора (Труфанова) в Почаевской Лавре как антиреволюционного проповедника и осуждали его перемещение оттуда в 1907 году в Царицын: «…волынский Антоний его предал, выслал его из Почаевской Лавры» (24, с. 423).
Ревностный молитвенник, владыка в 1905 году обратил внимание Святейшего Синода на отсутствие в Минеях служб нескольким святым, которым положен полиелей, и Синодом ему было поручено редактирование дополнительной Минеи. Его усилиями был издан сборник молитв, ему же Синод поручал редактирование богослужебного последования прежде формального разрешения.
В эти годы он не оставляет своей давней мысли о возвращении Русской Церкви к каноническому – патриаршему управлению, что порождает открытый конфликт со всесильным обер-прокурором Святейшего Синода К. П. Победоносцевым. Они были и внешне и внутренне очень разные люди, по-разному смотрели на место Церкви в жизни России и на перспективы церковной жизни. Стоит лишь напомнить об опасливо-недоверчивом отношении обер-прокурора к инокам. «Ох уж эти монахи! Погубят они Церковь!» – говорил он, по словам протопресвитера Георгия Шавельского, и к ученому монашеству относился «в лучшем случае с недоверием, в худшем – с пренебрежением и даже с презрением» (203, т. 2, с. 162). Один – активный деятель, готовый к немедленным преобразованиям в церковной жизни (так, как он их понимал), другой – консервативный охранитель, сознававший назревшие угрозы для России и Церкви, видевшиеся ему неодолимыми. Но оба были сильными личностями и имели одни идеалы, одну веру, оба – хотя и по-своему – служили Иисусу Христу и Церкви Его. Обоих сближали стремление к жесткому централизованному управлению Церковью и общий «дух национального Православия», возникший во второй половине XIX века и чуждый, например, митрополиту Московскому Филарету (Дроздову).
После революционной смуты 1905 года, после вступления России на путь конституционного развития, а Русской Церкви – на путь внутреннего переустроения К. П. Победоносцев подал в отставку в атмосфере революционной эйфории и почти всеобщего осуждения. И как показательно, что одним из немногих, открыто сказавшим недавно всевластному обер-прокурору слово поддержки, оказался его оппонент, архиепископ Волынский, написавший в своем письме: «Промыслу Божию угодно было поставить меня в такие положения по отношению к людям, пользовавшимся Вашим доверием, что я часто навлекал на себя Ваше неудовольствие; кроме того, мои взгляды на Церковь, на монашество, на церковную школу и на патриаршество не могли встретить в Вас сочувствия и одобрения, однако при всем том я никогда не мог сказать по отношению к Вашей личности слов укорительных и враждебных – так непоколебимо было мое к Вам уважение. Я чтил в Вас христианина, чтил патриота, чтил ученого, чтил труженика. Я сознавал всегда, что просвещение народа в единении с Церковью, начатое в 1884 году исключительно благодаря Вам и Вами усиленно поддерживавшееся до последнего дня Вашей службы, есть дело великое, святое, вечное, тем более возвышающее Вашу заслугу Церкви, престолу и отечеству, что в этом деле Вы были нравственно почти одиноки» (102, кн. 1, с. 342).
В начале 1905 года Святейший Синод направил императору составленный владыкой Антонием доклад о созыве Поместного Собора и восстановлении патриаршества. В Кабинет министров владыка адресовал записку о «желательных преобразованиях» в Русской Церкви. Тем самым, наряду с митрополитом Санкт-Петербургским Антонием (Вадковским), С. Ю. Витте, Л. А. Тихомировым и группой петербургских священников, архиепископ Антоний открыл путь к переустройству церковной жизни в России.