В 1937 году последовали новый арест и ссылка в село Большая Мурта Красноярского края. Владыке уже исполнилось шестьдесят лет. Казалось бы, естественная усталость вкупе с перенесенными тяжелейшими испытаниями должны были смирить его, подчинить беспощадному гнету власти. Но святитель Лука оказался в высокой степени преисполнен внутренней свободы. Его глубокая вера, закаленная в немалых испытаниях и искушениях, позволила ему освободиться от всего мирского и в полной мере ощутить себя рабом Божиим, покориться воле Божией – и это дало ему, гонимому священнослужителю, трижды судимому и ссыльному, свободу и независимость. Он направляет наркому обороны СССР К. Е. Ворошилову письмо, в котором просит позволить ему продолжить работу по проблемам гнойной хирургии, крайне важной для военно-полевой хирургии в условиях надвигающейся войны. Видимо, вследствие положительного решения чекисты позволили епископу-профессору два месяца поработать в библиотеке Томского университета, благодаря чему он успел перечитать всю новейшую литературу по гнойной хирургии на немецком, французском и английском языках. По возвращении в Большую Мурту можно было закончить большой труд. В этом селе владыку Луку застала Великая Отечественная война.
В первые дни войны ссыльного Войно-Ясенецкого назначили главным хирургом эвакогоспиталя в Красноярске. Работа отнимала у него много времени, но результаты ее оказывались неизменно более успешными, чем в других госпиталях, особенно при операциях на больших суставах. «Раненые офицеры и солдаты очень любили меня, – рассказывал владыка Лука. – Когда я обходил палаты по утрам, меня радостно приветствовали раненые. Некоторые из них… неизменно салютовали мне высоко поднятыми прямыми ногами».
Будучи профессионалом высочайшего уровня, владыка Лука не терпел разгильдяйства и нерадивости, требовал полной самоотдачи и от врачей, медсестер, санитаров. И раненых, и медперсонал поражало то, что епископ Лука в своем кабинете повесил икону, перед операциями всегда совершал молитву, на врачебных совещаниях занимал место в президиуме в рясе, клобуке и с панагией на груди.
В 1942 году Священный Синод при Местоблюстителе Патриаршего престола митрополите Сергии назначил владыку Луку главой Красноярской епархии. От этого назначения святитель уже не отказался, хотя служение его проходило совсем не в архиерейских комфортных условиях, – в маленькой кладбищенской церкви на окраине города, ибо все остальные церкви в городе и области были закрыты или разрушены. «Ходить я доложен был по такой грязи, что однажды на полдороге завяз и упал в грязь и должен был вернуться домой», – вспоминал он. «Служить архиерейским чином было невозможно, так как при мне не было никого, кроме одного старика священника, и я ограничивался только усердной проповедью слова Божия». Но и это было немало в атеистическом государстве. Святитель воодушевлялся словами апостола Павла: Бодрствуйте, стойте в вере, будьте мужественны, тверды. Всё у вас да будет с любовью (1 Кор. 16, 13–14).
В своих проповедях владыка Лука затрагивал самые важные вопросы христианской жизни. «Вы знаете, что было и есть много вождей, которых избирает себе род человеческий, много учителей, указывающих различные пути жизни. Но Господь Иисус Христос велит нам, христианам, не за ними идти, а только за Ним, за Пастырем добрым, полагающим душу Свою за овцы Своя. Почему же это так?.. Все учения человеческие направлены к тому, чтобы усовершенствовать жизнь нашу общественную и политическую. Они говорят почти только о том, как нужно устроить жизнь с внешней стороны, какие государственные законы установить, как достигнуть наиболее совершенной формы государственного устройства. Много мудрого, много великого, много полезного известно нам из этих учений человеческих. Перед лучшими и достойнейшими, перед самыми справедливыми из них и мы преклоняемся… В чем же коренное отличие учения Христова от всех учений человеческих? В том, что Он учил нас о сердце нашем, наставлял в той глубокой, великой истине, которую слышите вы в словах Евангельских… В нашей жизни духовной, а следовательно, во всей нашей жизни внешней, которая находится в теснейшей связи с жизнью духовной, – над умом нашим, над волей и стремлениями нашими царит и властвует наше сердце… Каково сердце наше, такова и деятельность наша. Если сердце чисто, свято, если оно проникнуто горячей любовью к Господу Иисусу Христу, то все деяния наши, все помышления, все наши общественные и политические взгляды, вся философия наша будут проникнуты этим чувством, этими святыми велениями сердца… А если темное зло царит в сердце нашем, то тогда, как бы ни было совершенно общественное и государственное устройство, как бы ни были справедливы установленные законы, – все равно сердце наше будет творить зло. Никакие законы, никакое общественное устройство не могут обуздать сердце человеческое… Сделать это может только Господь Иисус Христос, ибо Он принес нам Свое Божественное учение о том, каково должно быть сердце наше, как должны мы исправлять его. И Своей Кровью и Телом Своим, которыми мы причащаемся, Он дает нам силы к борьбе со злом, к очищению сердец наших…»
Уже в этой проповеди святитель предлагает не только твердое исповедание православной веры, но и открытую полемику с коммунистическим учением, вознамерившимся создать «нового человека» по планам партии Ленина-Сталина. Значение его проповеди усиливалось тем, что произносил ее не простой священнослужитель, а ученый профессор. Едва ли это нравилось партийному начальству, но работа владыки Луки в госпитале была полезной настолько очевидно, что его проповедничеству не чинили препятствий. Стоит заметить, что он не просто числился главой епархии, а в труднейших условиях пытался навести порядок в епархии, снимал нерадивого пастыря и назначал взамен достойного без согласования с властями, препятствовал активизации деятельности «обновленцев», пересылал в Москву ходатайства из городов и сел об открытии закрытых церквей.
В сентябре 1943 года по решению И. В. Сталина состоялся наконец Поместный Собор Русской Православной Церкви, на который многие участники были доставлены прямо из лагерей и ссылки. Митрополит Сергий (Страгородский) был избран Патриархом, а архиепископ Лука – членом Священного Синода. Между Патриархом и святителем Лукой завязывается переписка по самым разным вопросам, с мнением красноярского архиерея считаются в Синоде, но сам владыка просит об освобождении его от регулярных приездов в Москву из-за большой занятости в госпитале.
По окончании срока ссылки и после переезда госпиталя в Тамбов владыка в 1944 году получил назначение на Тамбовскую кафедру. В этом крае церковная жизнь также пострадала от богоборческой войны Советской власти: из 110 церквей действовали лишь две – в самом Тамбове и в Мичуринске. Обширное поле деятельности предстояло стареющему архиерею, который не мог отказаться и от своей медицинской практики.
В госпитале рабочий день архиепископа Луки продолжался более 8 часов, ежедневно он делал по 4–5 операций, консультировал молодых врачей, занялся исследованием новых вопросов в хирургии.
С первых дней управления епархией святитель стал добиваться от властей открытия новых церквей, в частности Спасо-Преображенского собора в Тамбове, разрешения на проведение епархиального собрания духовенства и мирян. Ему отказывали. Тем не менее власть отметила его самоотверженное служение в медицине: архиепископ Лука был награжден медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 годов», а в 1946 году за работу «Очерки гнойной хирургии» ему была присуждена Сталинская премия 1-й степени. Из 200 тысяч рублей премиальных владыка перечислил 130 тысяч в помощь детям, пострадавшим в войне. Жители Тамбова по сей день вспоминают добрым словом святителя-хирурга. Одна из больниц в городе была названа его именем, в 1994 году ему был установлен памятник.
Почему вдруг коммунистическая власть решилась отметить высокой наградой работу своего духовного противника? Очевидно, что в последнюю очередь имелись соображения научные, а в первую очередь – политические. Конец 1945 – начало 1946 годов были временем сохранявшегося сотрудничества союзников, победивших во Второй мировой войне. Сталин рассчитывал на помощь США в восстановлении разрушенного хозяйства СССР, надеялся договориться о сохранении раздела мира великими державами. Поэтому он должен был считаться с мнением не только американского правительства, но и американской общественности, которая возмущалась гонением на Церковь в СССР. В США стало известно о замечательном хирурге в рясе: в прессе появились статьи о нем, интервью, фотографии. Прагматичный вождь решил использовать это обстоятельство. Внутри страны такой демонстративный акт власти после многолетних преследований ею всего, связанного с христианством, должен был способствовать сплоченности общества.
Тем не менее Советская власть не могла изменить своей природы. Было перехвачено письмо архиепископа Луки к митрополиту Николаю (Ярушевичу) от 15 июля 1944 года, в котором святитель предлагал программу активизации деятельности РПЦ: «Не терпит душа, и не могу молчать, видя, что творится в Церкви Божией, – писал он. – О, какая страшная разруха, какой страшный голод духовный, какое множество некрещеных и лишенных христианского погребения, какая беспросветная религиозная тьма. Поскорее, поскорее надо нам, архипастырям, не покладая рук трудиться над восстановлением лежащей в развалинах, в пепле Церкви российской, и покарает нас Господь, если не будем спешить… Простой народ дичает в голоде духовном. Ему надо помочь экстренными мерами в деле восстановления богослужения… Не надо останавливаться перед трудностями, не надо лавировать и изобретать способы человеческие, чтобы обойти их… Вторая причина распространения безбожия и отказа от религии в наших образованных и полуобразованных кругах состоит в том, что скудомыслие и духовное убожество свойственно всякой толпе, все равно, образованной или темной, пожалуй, даже в гораздо большей степени полуобразованной толпе, чем простым, неученым людям, среди которых немало людей ясного ума и глубоких духовных запросов…» Но «люди интеллигентной толпы этого не понимают», и «такие убогие интеллигенты безнадежны для истины». Заместитель начальника Управления агитации и пропаганды ЦК ВКП(б) Г. Ф. Александров направил копию письма секретарю ЦК ВКП (б) Г. М. Маленкову, известному своей радикально враждебной позицией в отношении к Церкви и вере, с пояснением: «В своем письме Войно-Ясенецкий выдвигает широкую программу активизации деятельности духовенства и непримиримой борьбы церковников против материализма» (146, с. 117–119, 121–122, 321). Тогда святителя Луку власть «взяла на заметку».