(центра изучения ферментов) и Celera давали мне возможность начать осуществление своих планов. Я нанял на работу сотрудников Celera Хизер, Линн и Крис. Поначалу мы сидели в подвале моего дома в Потомаке. Мне не терпелось заняться сразу несколькими проектами, однако на первом месте стояли экологические исследования. В настоящее время имеются убедительные доказательства того, что ежегодно выбрасываемые нами в атмосферу 3,5 миллиарда тонн углекислого газа меняют привычный климат по всему миру – иными словами, современная жизнь на планете неустойчива. Можно попытаться сократить использование нефти и газа путем установки солнечных панелей, но мне казалось, что геномика тут способна предложить уникальные решения. Секвенирование геномов микроорганизмов, обитателей океанских глубин, методом дробовика могло дать нам представление о состоянии океанической жизни, помочь отслеживать его в будущем, а также идентифицировать микроорганизмы, отвечающие за создание значительной части земной атмосферы. Механизмы метаболизма океанских микроорганизмов могли бы также научить нас новым методам получения таких видов альтернативного топлива, как водород, метан или этанол. Вот почему я учредил Институт альтернативных биологических энергоносителей, назначив Хэма Смита его директором по науке. Исследования геномики окружающей среды требовали организации серьезной лаборатории по секвенированию ДНК. Мне пришлось убедить членов совета директоров моего фонда пойти на риск в размере 40 миллионов долларов и построить новую лабораторию, которая могла бы соперничать с той, что имелась в Celera. Мы создали еще одну некоммерческую организацию под названием JTC (Объединенный технологический центр), которая должна была заниматься секвенированием и для TIGR. Хизер и другие члены моей новой команды переехали во временное помещение в Роквилле, а тем временем я приступил к строительству нового научно-исследовательского центра площадью в более 10 тысяч м² на участке, который я приобрел за несколько лет до этого за счет частных пожертвований. Мы находили сотрудников очень быстро, чему способствовали массовые увольнения в Celera. На работу в новые научно-исследовательские организации поступили многие мои бывшие коллеги. Хотя основным научным направлением должны были стать исследования окружающей среды, оставалась еще кое-какая незавершенная работа по геному. В своей новой лаборатории геномики я хотел вести дальнейшие исследования по секвенированию генома человека с учетом этических последствий, а также разрабатывать методы медицинского приложения полученных результатов. Не менее важным вопросом, затрагивавшим мою личную репутацию, являлся окончательный разгром критиковавших меня ученых-генетиков, участвовавших в государственной программе. По мере возвращения к нормальной жизни после геномной гонки нападки на меня не утихли, а напротив, продолжились с новой силой. Цель их заключалась в том, чтобы отобрать у меня первенство в расшифровке генома. Самый, вероятно, скандальный пример относится к 2002 году, когда Journal of Molecular Biology опубликовал статью «Проект расшифровки генома человека: точка зрения участника»{209}. Автором ее был Мейнард Олсон из Вашингтонского университета, которого коллеги называли «совестью геномного проекта»{210}. В своей плохо замаскированной попытке доказать, что его коллегам принадлежит больше заслуг, чем мне, он вновь ставил под сомнение реальную новизну моего подхода. «Претензии Вентера на “изобретение” секвенирования полного генома основано на том, что он являлся руководителем проекта по расшифровке крошечного бактериального генома, в котором практически отсутствовали повторы». Затем автор обвинял меня во лжи: «Несмотря на заявление Вентера, сделанное под присягой в июне 1998 года, Celera держала свои данные под строгим секретом». Правда, Олсон признавал, что «инициатива Celera, несомненно, приблизила срок получения черновика последовательности генома человека примерно на два года». К тому времени мы написали опровержение на статью Ландера, Салстона и Уотерстоуна, опубликованную в PNAS{211}, где авторы требовали признания их полного приоритета в секвенировании генома человека, поскольку секвенирование полного генома моим методом дробовика оказалось неэффективным{212}. После нашего опровержения Ландер и его соавторы повторили свои претензии с использованием демагогических аргументов в псевдонаучной статье для массового читателя{213}. Особенно сердился на Ландера Грейнджер Саттон, инженер-компьютерщик, работавший над сборкой геномов в TIGR и Celera. Он говорил, что Салстону и Уотерстону позволительно заблуждаться по поводу достижений Celera (в конце концов, оба они биологи, а не математики или компьютерщики), но Ландер должен в них разбираться, ведь он имел отличное математическое образование, а его сотрудники разрабатывали собственную версию сборки полного генома методом дробовика под названием «Арахна» на основе нашего метода.
Грейнджер, наивный, полагал, что к тому времени уже давно наступил прочный мир. В июне 2001 года, вскоре после праздника в Белом доме и задолго до появления статьи в PNAS, биологи-программисты из Celera и Международного консорциума по геному человека встретились по инициативе президента Клинтона на нейтральной территории (Медицинский институт имени Ховарда Хью в Чеви-Чейз, штат Мэриленд) для обсуждения стратегий секвенирования и сборки. Как отметила газета The New York Times, «встреча биологов-программистов, на которой отсутствовали руководители лабораторий, проходила в сердечной атмосфере»{214}. В своем выступлении Грейнджер рассказал о том, как сотрудникам Celera удалось осуществить сборку генома человека без какого бы то ни было использования общедоступных данных, причем с лучшими результатами. Неудивительно, что последовавшие за этим нападки привели его в такой гнев: выводы статьи в PNAS были уже опровергнуты за год до этого в Чеви-Чейз, где «мы представили ряд весьма убедительных данных о преимуществах сборки полного генома методом дробовика». К тому моменту на нашей стороне выступило уже немало заметных фигур из государственного консорциума. Одним из них был Джим Кент из Калифорнийского университета в Санта-Круз, бородатый здоровяк, считавшийся одним из наиболее выдающихся ученых. Еще будучи аспирантом, он сумел в одиночку написать программу для государственного проекта GigAssembler, с помощь которой 100 компьютеров на процессорах «Пентиум III» завершили сборку генома за четыре недели, то есть в срок для презентации в Белом доме{215}. Это достижение произвело на меня глубокое впечатление. Кент не согласился с выводами статьи PNAS, поскольку на основании расхождений между «государственными» и нашими данными понимал (еще до того, как мы завершили сборку генома мыши), «что реконструкция общедоступных данных, предположение о которой выдвигают Ландерс и др. в PNAS, не может быть полной правдой»{216}. Он заключал: «Думаю, Celera справилась со сборкой генома лучше, чем мы» и добавлял далее, что ландеровская программа сборки «Арахна» подозрительно близка к нашей, а это является «еще одним доказательством того, что методы Celera, несмотря на определенные ограничения, в основном весьма эффективны».
Вспомним, что перейдя от расшифровки генома человека к сборке генома мыши, мы вообще игнорировали данные государственной программы в GenBank, а пользовались только собственной информацией, полученной методом дробовика. С помощью усовершенствованной программы сборки мы получили более качественные результаты, чем в случае генома человека. Ари Патринос, входивший тогда в группу пяти компаний, перечитал статью Ландера в PNAS и констатировал, что «откровенно говоря, она производит грустное впечатление. Метод прекрасно работал, что и было доказано его применением для расшифровки мышиного генома». Даже мой старинный недруг Майкл Морган признал, что «плевать против ветра следует с большой осторожностью. Все эти статьи тем или иным образом навредили их авторам». После публикации нашего второго опровержения мне стало ясно, что единственный способ победить в научном споре – это использовать реальные данные{217}. Я связался с Майком Ханкапиллером из ABI. Также расстроенный выступлениями наших конкурпентов, он был готов к бою за истину. Помня о всех наших конфликтах с Applera и Тони Уайтом по вопросу о публикации данных, я добавил к нашему договору о покупке новых секвенаторов ДНК у ABI юридически обоснованное соглашение, предоставлявшее нам неограниченное право публиковать свои данные (полученные Celera), в том числе на общедоступных сайтах. (В 2005 году Celera прекратила продажу информации о геноме и стала размещать ее в открытом доступе.) Кроме того, по данному соглашению мой институт получал полный комплект данных о геноме человека для использования в научных целях. После подписания соглашения мы провели обширную совместную работу с учеными, оставшимися в Celera, с целью сравнить сборку полного генома этой компанией с другими версиями, включая «окончательный» результат государственной программы.
Это сотрудничество возглавил Сорин Истраил, один из ведущих сотрудников группы Джина Майерса, который к тому времени получил должность заведующего отделом биоинформатики в Celera. Проведение анализа заняло больше года и потребовало разработки множества новых вычислительных методов, которые позволили бы впервые сравнить полные геномы человека. Я поделился своими планами с одним из редакторов