Рассказ предка — страница 109 из 152

Сохранение благоприятных вариаций и отклонение вредных вариаций я назвал естественным отбором. Вариации бесполезные и безвредные не подвергаются действию естественного отбора; они сохраняются как колеблющийся элемент, как это наблюдается у некоторых видов, названных полиморфными.

В шестом и последнем издании во втором предложении было даже больше современно звучащих дополнений:

...как это наблюдается у некоторых полиморфных видов, либо же, в конце концов, становятся фиксированными...

«Фиксированный» – генетический специальный термин, и Дарвин, конечно, не мог иметь его в виду в полностью современном смысле, но он дает мне прекрасное вступление к следующему вопросу. Новая мутация, частота которой в популяции вначале близка к нулю по определению, как говорят, становится «фиксированной», когда она достигает 100 процентов в популяции. Скорость эволюции, которую мы стремимся измерить для молекулярных часов, является скоростью, с которой последовательность мутаций в одном и том же генетическом локусе фиксируется в популяции. Оказалось, что очевидный путь для фиксации – если естественный отбор одобряет новую мутацию относительно предыдущего аллеля «дикого типа», и поэтому ведет к его закреплению: он становится нормой, критерием ритма часов. Но новая мутация может также закрепиться, даже если она ровно настолько же хороша, как ее предшественница – истинная нейтральность. Отбор ничего не делает: все происходит абсолютно случайно. Вы можете моделировать процесс, бросая монету, и можете вычислить скорость, с которой это случится. Как только нейтральная мутация сдрейфует к 100 процентам, она станет нормой, так называемым «диким типом» в этом локусе, пока другой мутации не посчастливится сдрейфовать к фиксации.

Если есть сильный компонент нейтральности, у нас потенциально могли бы быть изумительные часы. Сам Кимура не был очень увлечен идеей молекулярных часов. Но он верил – теперь это кажется справедливым – что большинство мутаций в ДНК действительно являются нейтральными – «ни полезными, ни вредными». И, в замечательно ясном и простом алгебраическом примере, который я не буду здесь подробно выписывать, он вычислил, что, если это верно, то скорость, с которой подлинно нейтральные гены должны «в конечном счете, стать фиксированными», точно равна скорости, с которой вариации образуются изначально: скорости мутации.

Вы видите, насколько прекрасно это для каждого, кто хочет датировать пункты развилок («свидания»), используя молекулярные часы. Пока скорость мутации в нейтральном генетическом локусе остается постоянной в течение долгого времени, скорость фиксации также будет постоянной. Вы можете теперь сравнить один и тот же ген у двух различных животных, скажем, ящера и морской звезды, последним общим предком которых был Копредок 25. Теперь подсчитайте число букв, в которых ген морской звезды отличается от гена ящера. Предположим, что половина различий накопилась в линии, ведущей от копредка к морской звезде, а другая половина в линии, ведущей от копредка к ящеру. Это дает Вам количество тиканий часов, начиная со Свидания 25.

Но все не так просто, и осложнения интересны. Во-первых, если бы Вы слушали тиканье молекулярных часов, то оно не было бы регулярным, как у маятниковых или наручных пружинных часов; оно было бы похоже на счетчик Гейгера возле источника радиации. Совершенно беспорядочное! Каждое тиканье – фиксация еще одной мутации. Согласно нейтральной теории, интервал между следующими друг за другом тиканиями может быть длинным, или он может быть коротким, случайным «генетическим дрейфом». В счетчике Гейгера время следующего тиканья непредсказуемо. Но – и это действительно важно – средний интервал в большом количестве тиканий весьма предсказуем. Надежда на то, что молекулярные часы предсказуемы, так же как счетчик Гейгера, и как правило, это верно.

Во-вторых, скорость тиканья варьирует от гена к гену в геноме. Это было замечено давно, когда генетики могли видеть только белковые продукты ДНК, а не саму ДНК. Цитохром-С эволюционировал со своей собственной характерной скоростью, которая быстрее, чем у гистонов, но медленнее, чем у глобинов, у которых в свою очередь медленнее, чем у фибринопептидов. Таким же образом, когда счетчик Гейгера подвергается воздействию очень слабого источника радиации, такого как глыба гранита, в сравнении с очень сильным радиоактивным источником, таким как глыба радия, время следующего тиканья всегда непредсказуемо, но средняя скорость тиканья предсказуема и кардинально различна, если Вы двигаетесь от гранита к радию. Гистоны похожи на гранит, тикающий с очень медленной скоростью; фибринопептиды похожи на радий, жужжащий как случайная пчела. Другие белки, такие как цитохром-С (или, скорее, гены, которые их создают) являются промежуточными. Существует спектр генных часов, каждые идут со своей собственной скоростью, и каждые полезны для различных целей датирования и для перекрестного контроля друг друга.

Почему различные гены бегут с различными скоростями? Что отличает «гранитные» гены от «радиевых» генов? Вспомните, что нейтральные не означает бесполезные, это означает одинаково хорошие. Гранитные гены и гены радия – оба полезны. Просто радиевые гены могут изменяться во многих местах на своем протяжении и все еще быть полезными. Из-за способа работы гена, участки на его протяжении могут изменяться безнаказанно, не затрагивая его функций. Другие части того же гена очень чувствительны к мутации, и его функции нарушаются, если эти части поражены мутацией. Возможно, у всех генов есть гранитная часть, которая не должна сильно изменяться, если ген должен продолжать работать, и радиевые части, которые могут переключаться беспрепятственно, пока гранитная часть не затронута. Возможно, у гена цитохрома-С есть смесь гранитных и радиевых кусочков; у генов фибринопептида – более высокая доля радиевых кусочков, в то время как у генов гистона – более высокая доля гранитных кусочков. Есть некоторые проблемы, или, по крайней мере, затруднения с тем, как объяснить различия в скорости тиканья между генами. Но вся суть для нас в том, что скорости тиканья действительно варьируют от гена к гену, в то время как скорость для любого конкретного гена является довольно постоянной даже у очень отдаленных видов.

Однако не совсем постоянной, и это приносит нам следующую проблему, которая является серьезной. Скорости тиканья не просто неопределенны и нестабильны. Для любого конкретного гена они могут быть систематически больше у некоторых видов существ, чем у других, и это вносит реальную погрешность. У бактерий намного менее эффективная система репарации ДНК, чем сложное «исправление ошибок» нашей ДНК, таким образом, их гены видоизменяются с более высокой скоростью, и их молекулярные часы тикают быстрее. У грызунов также немного неряшливые репаративные ферменты, чем объясняется, почему молекулярная эволюция быстрее у грызунов, чем у других млекопитающих. Главные изменения в эволюции, как внесенные «сгоряча», имеют возможность изменять скорость мутации, что могло бы причинить вред нашими оценками дат ветвления. Сейчас развиваются сложные методы, которые могут учесть изменяющиеся скорости мутации в различных линиях, но они находятся в стадии становления.

Еще более тревожно, что время размножения, казалось бы, предполагает максимальную возможность для мутации. Таким образом, виды с короткими циклами жизни, такие как плодовые мушки, ускоряют мутации до более высокой нормы за миллион лет, чем, скажем, слоны с их длинными интервалами между поколениями. Это предполагало бы, что молекулярные часы могли бы быть рассчитанными в поколениях, а не в реальном времени. Фактически, однако, когда молекулярные биологи изучили скорости изменений в последовательностях, используя линии, у которых оказались хорошие летописи окаменелостей для калибровки, они этого не обнаружили. Казалось, действительно молекулярные часы измеряли время в годах, а не в поколениях. Это было мило, но как это объяснить?

Одно предположение заключалось в том, что, даже притом, что репродуктивное обновление у слонов медленнее по сравнению с плодовыми мушками, в течение всех лет между репродуктивными событиями гены слона подвергались той же бомбардировке космических лучей и другим событиям, которые могут вызвать мутацию, что и гены плодовой мушки. По общему признанию, гены плодовой мушки перескакивают в новую муху однажды за две недели, но почему космические лучи должны заботиться об этом? Что ж, гены, находящиеся в одном слоне в течение десяти лет, поражаются тем же числом космических лучей, что и гены, перескакивающие через ряд из 250 плодовых мушек за тот же период. В этой теории, может быть, что-то есть, но это, вероятно, недостаточное объяснение. Действительно верно, что большинство мутаций происходит тогда, когда создается новое поколение, таким образом, мы, кажется, нуждаемся в другом объяснении очевидной способности молекулярных часов указывать время в годах, а не в поколениях.

Здесь коллега Кимуры, Томоко Охта, сделала разумное дополнение: свою почти нейтральную теорию. Кимура, как я сказал, вычислила из своей полностью нейтральной теории, что скорость фиксации нейтральных генов должна равняться скорости мутации. Это замечательно простое заключение зависело от изящной части алгебраического «уравнивания». И количество, которое уравнивалось, было размером популяции. Размер популяции входит в уравнение, но он оказывается и в числителе, и в знаменателе, таким образом, он удобно исчезает в клубах математического дыма, и скорость фиксации выходит равной скорости мутации. Но только если рассматриваемые гены действительно полностью нейтральны. Охта повторила алгебру Кимуры, но она позволила своим мутациям быть почти нейтральными вместо полностью нейтральных. И это решило исход дела. Размер популяции больше не уравновешивался.

Причина в том, что – как долго вычислялось математическими генетиками – в большой популяции немного вредные гены, более вероятно, будут устранены естественным отбором прежде, чем у них будет шанс дрейфовать к фиксации. В маленькой популяции судьба, более вероятно, приведет немного вредный ген к фиксации до того, как его «заметит» естественный отбор. Доводя до крайности, вообразите популяцию, почти полностью уничтоженную некоторой катастрофой, в которой осталось лишь с полдюжины особей. Было бы не очень удивительно, если бы случайно у всех шестерых ока