В конце января 1918 года 17-й полк направляется на Урал для установления советской власти вдоль Сибирской железнодорожной магистрали. По прибытии в Челябинск Глинский поступает в распоряжение будущего героя Гражданской войны и видного советского полководца В.К. Блюхера. По постановлению краевого ревкома 17-й полк принимает активное участие в борьбе с казаками атамана Дутова.
Белоказачье движение на Урале в конце марта 1918 года было разгромлено. Однако в мае того же года вдоль всей Сибирской железнодорожной магистрали вспыхнул спровоцированный представителями Антанты вооруженный контрреволюционный мятеж находившегося в Советской России 45-тысячного Чехословацкого корпуса.
С началом мятежа отряд Станислава Глинского оказался отрезанным от центрального руководства. В районе Белорецка он влился в партизанское объединение под командованием Василия Блюхера. После выхода из окружения партизаны были преобразованы в 30-ю дивизию Красной Армии, а Глинский назначен начальником ее штаба.
В это же время отец Станислава Мартын Томашевич Глинский активно участвует в установлении советской власти в Усолье Сибирском, избирается председателем Совета депутатов трудящихся и вместе с секретарем Усольского райкома РСДРП П.П. Шефером и младшим сыном Романом создает Усольский красногвардейский отряд, который в конце июня 1918 года включается в активную борьбу с белочехами. 3 июля 1918 года М.Т. Глинский был убит белочехами в бою возле деревни Култук.
В ноябре 1918 года Станислав переводится на работу в Екатеринбургскую чрезвычайную комиссию, ще занимает должность уполномоченного по информации Особого отдела ЧК, а вскоре становится его начальником. Именно в Екатеринбурге Глинский делает первые шаги в разведке.
Особую опасность для советской власти представляли тайные контрреволюционные организации внутри страны и за рубежом, большая часть которых была связана с иностранными разведками, опиралась на их помощь и поддержку и тесно с ними сотрудничала. Именно взаимосвязь между внутренней и внешней угрозами вынудила советское руководство возложить на ВЧК кроме контрразведывательных и разведывательные функции. В целях совершенствования разведывательной работы в апреле 1920 года внутри Особого отдела ВЧК было создано специальное подразделение — Иностранный отдел. При особых отделах фронтов, армий и флотов, а также в некоторых губернских ЧК были сформированы иностранные отделения. Таким образом, советская внешняя разведка, созданная в недрах Особого отдела ВЧК, не имела в то время самостоятельного статуса и действовала внутри структур армейской контрразведки.
1920 год стал годом окончания Гражданской войны на европейской территории России. На Дальнем Востоке боевые действия продолжались еще два долгих года. Завершилась война полной победой советских войск.
Но в тех же временных рамках Гражданской войны проходили «локальные» войны против интервентов — стран Антанты и некоторых других государств. Среди них по масштабу военных действий и последствиям для Советского государства следует выделить советско-польскую войну 1920 года. Это была, во-первых, война упущенных для Советской России и ее вооруженных сил возможностей, во-вторых, единственная война, которую за всю свою историю Красная Армия проиграла.
Готовить армию панской Польши страны Антанты начали еще в конце 1919 года. Поляки тогда получили от одной лишь Франции почти полторы тысячи орудий, около трех тысяч пулеметов, свыше трехсот тысяч винтовок, полмиллиарда патронов, двести броневиков, триста самолетов и прочес военное снаряжение.
К весне 1920 года польская армия, полностью укомплектованная и обученная, насчитывала около 750 тысяч солдат. В Польшу из Франции была переброшена 70-тысячная армия генерала Галлера, сформированная из проживавших в этой стране поляков-эмигрантов. Противостоявшие им войска Красной Армии, входившие в состав Западного и Юго-Западного фронтов, насчитывали всего около 75 тысяч бойцов.
Воспользовавшись тем, что основные силы Красной Армии были заняты борьбой с Добровольческой армией, в частности, с закрепившимися в Крыму войсками барона Врангеля, правящие круги Польши, получившей независимость от советского правительства, нанесли молодой республике удар в спину. 25 апреля 1920 года войска панской Польши внезапно перешли в наступление. Боевые действия начались для поляков успешно. В первые же недели наступления они захватили Житомир, Коростень, в мае взяли Киев и вышли на левый берег Днепра.
ВЦИК, Совнарком и ЦК партии большевиков приняли экстренные и энергичные меры. Была объявлена срочная мобилизация в действующую армию коммунистов и комсомольцев.
Благодаря принятым мерам в войне наступил перелом: полки Красной Армии начали освобождать захваченные поляками территории Украины и Белоруссии. Однако это не устраивало страны Антанты и США, и они оказали сильнейшее давление на правительство РСФСР, требуя остановить наступление. Англия направила советскому правительству ноту, в которой предложила немедленно заключить перемирие с Польшей по так называемой «линии Керзона». 17 июля советское правительство отвергло «ультиматум Керзона», но заявило о готовности начать с Польшей переговоры о перемирии. Одновременно распоряжением Троцкого Западному фронту было приказано не позднее 12 августа овладеть Варшавой. Им же было утверждено предложение командующего Юго-Западным фронтом об освобождении Львова. Именно тогда Михаил Тухачевский отдал знаменитый приказ № 1423:
«Бойцы рабочей революции! Устремите свои взоры на Запад. На Западе решаются судьбы мировой революции. Через труп белой Польши лежит путь к мировому пожару. На штыках понесем счастье и мир трудящемуся человечеству! На Запад! На Вильну, Минск, Варшаву — марш!»
13 августа 1920 года Красная Армия оказалась в 12 километрах от Варшавы. К этому времени полякам удалось перехватить и расшифровать переписку Тухачевского с Буденным. Из нее стало ясно, что армия Тухачевского осталась без боеприпасов и амуниции. Французские советники в армии Пилсудского генерал Максим Вейган и маршал Фердинанд Фон организовали оборону Варшавы. После того как Советская Россия отвергла британский ультиматум, США, Англия и Франция оказали Польше существенную материальную и военную помощь, изменив соотношение сил в ее пользу. 16 августа польская армия перешла в контрнаступление...
Война обернулась тяжелым поражением Советскою государства. Красная Армия потеряла 150 тысяч убитыми, 66 тысяч ее бойцов попали в польский плен и в дальнейшем практически все погибли, 30 тысяч красноармейцев были интернированы в Восточной Пруссии.
12 октября 1920 года в Риге начались российско-польские переговоры о перемирии. В 1921 году был подписан весьма невыгодный для Советской России Рижский мирный договор, в результате которого она потеряла более 52 тысяч квадратных километров территории к востоку от «линии Керзона», а также признала независимость Литвы, Латвии и Эстонии, провозглашенную ими в условиях германской оккупации.
Война с Польшей, сложный комплекс взаимоотношений с Эстонией, Латвией, Литвой и Финляндией со всей остротой поставили вопрос о необходимости более полного и качественного обеспечения руководства страны разведывательной информацией.
В сентябре 1920 года Политбюро ЦК РКП (б) приняло решение о кардинальной реорганизации внешней разведки, в котором, в частности, говорилось:
«Слабейшим местом нашего военного аппарата является, безусловно, постановка агентурной работы, что особенно ясно обнаружилось во время польской кампании. Мы шли на Варшаву вслепую и потерпели катастрофу. Учитывая ту сложившуюся международную обстановку, в которой мы находимся, необходимо поставить вопрос о нашей разведке на надлежащую высоту. Только серьезная, правильно поставленная разведка спасет нас от случайных ходов вслепую».
В соответствии с этим решением председатель ВЧК Ф.Э. Дзержинский издал 20 декабря 1920 года приказ № 169 об организации Иностранного отдела ВЧК как самостоятельного разведывательного подразделения. Этот приказ явился административно-правовым актом, оформившим создание советской внешней разведки, правопреемницей которой в наши дни является Служба внешней разведки Российской Федерации.
В Екатеринбурге Глинский прослужил почти два года. В сентябре 1920 года он как польский коммунист был откомандирован в распоряжение Центра. Только что закончилась война с панской Польшей, и в тылу Красной Армии, а также вблизи российско-польской границы осталось множество польских агентов. Станислав получает новое назначение — он становится помощником начальника Особого отдела 16-й армии по агентурной работе.
Значительной частью белогвардейской вооруженной эмиграции являлись военнослужащие армий генералов Пермикина и Булак-Булаховича, находившиеся в Польше. После подписания Рижского договора польские власти ввиду отсутствия средств согласились взять на свое содержание только часть этих войск. Председатель Русского политического комитета в Польше Б. Савинков пытался найти у западных союзников деньги на содержание русских беженцев, но безуспешно.
3 ноября 1921 года в честь 4-й годовщины Октябрьской революции ВЦИК объявил амнистию отдельным категориям русских военнослужащих, находившихся за границей и желавших возвратиться на родину. Репатриация бывших русских солдат и офицеров стала принимать массовый характер. Но еще 22 февраля 1921 года в Новороссийск из Константинополя прибыл турецкий пароход «Решид-паша», па борту которого находились 3600 бывших военнослужащих армии Врангеля. Всего в 1921 году в Россию возвратилось около 120 тысяч человек.
Однако главнокомандующий Русской армией генерал Врангель противился возвращению беженцев. Он вынашивал планы крестового похода против большевиков и считал, что имевшихся у белой эмиграции сил—около 100 тысяч человек—для этого недостаточно. Разведывательные структуры Врангеля, а также Англии,