В ночь на 5 апреля японские войска одновременно совершили вооруженные нападения на местные органы народной власти и русские гарнизоны во Владивостоке, Никольск-Уссурийском, Хабаровске, Шкотове, Раздольном, Спасске и в ряде других пунктов. Казармы советских войск расстреливались из орудий и пулеметов. В городе Никольск-Уссурийский был разогнан собравшийся там областной съезд трудящихся Приморского края. Были захвачены и обезоружены все таможенные посты. Такой «переворот» привел к гибели множества мирных жителей.
Нападения в ночь на 5 апреля совершались японскими войсками под предлогом ликвидации угрозы нападения на них со стороны русских. Японское «осведомительное» (то есть информационное) бюро во Владивостоке объясняло эту акцию тем, что неизвестные русские солдаты стреляли по гаражу базы снабжения интервентов.
Во Владивостоке в первую очередь были захвачены правительственные здания — областной земской управы, Военного совета, штаб правительственных войск, морской штаб, флотские казармы, железнодорожный вокзал. Потом были захвачены железнодорожные станции — Первая и Вторая Речка. Приморская столица подверглась артиллерийскому обстрелу с кораблей японской эскадры, стоявшей в бухте Золотой Рог. На захваченных зданиях незамедлительно вывешивались государственные флаги Страны восходящего солнца. Японские военные в дни переворота подвергли жестокой расправе приморских корейцев. Современники тех событий писали:
«Особенно зверски японцы расправились с корейцами. Нечеловеческая ненависть японцев к корейцам в те дни была продемонстрирована в неподдающихся описанию видах. Корейская Слободка — окраина Владивостока, где проживали корейцы, пережила потрясающие разбои и насилия. Озверелые банды японских солдат гнали несчастных корейцев из Слободки, избивая их прикладами. Пленные, оглашая стонами и воплями улицы Владивостока, избитые до полусмерти, путаясь в своих длинных белых халатах, разодранных и залитых кровью, шли, еле поспевая за японскими конвоирами. Подвалы, погреба, тюрьмы были заполнены арестованными…»
Заведующий таможенным постом в Барабаше Кишкин сообщал таможенному инспектору о том, как был разоружен и «ликвидирован» его пост на государственной границе России с Маньчжурией:
«5 апреля около 2 часов дня к посту подошел японский отряд и потребовал сдать все оружие вверенного мне поста.
Я заявил, что мы, служащие таможенного учреждения, не являемся военной силой, охраняем границу русского государства от вторжения контрабандных товаров и что без оружия вести борьбу с контрабандистами мы не можем. При этом я сослался на случай насильственного освобождения контрабандистов, задержанных со спиртом. Японцы на это сказали, что японскими войсками занят весь Южноуссурийский край и что японский спирт не является уже контрабандным. При этом они заявили, что «теперь вообще от русских отходит инициатива пограничной охраны».
В Хабаровске командование местного японского гарнизона опубликовало в городской газете объявление о том, что в 9 часов утра 5 апреля их войска будут проводить «практическую орудийную стрельбу». По такому поводу хабаровчан просили не беспокоиться. А незадолго перед этим начальник хабаровского гарнизона японцев генерал Сиродзу опубликовал на страницах местной газеты свою статью, в которой, среди прочего, писал:
«В стране водворился долгожданный порядок и мир, за сохранение и поддержание которого японцы боролись… Жалко покидать население Дальнего Востока, с которым мы познакомились так близко, так кровно, питая к нему самую теплую дружбу. Желаем полного успеха в строительстве и сохранения мира и порядка».
О последующих событиях, или мерах генерала Сиродзу по «сохранению мира и порядка», в городе на берегах Амура дальневосточная газета «Красное знамя» писала:
«Улицы Хабаровска 6 апреля представляли собой нечто ужасное: всюду валялись убитые и раненые. Подбирать убитых и оказывать помощь стонавшим и истекавшим кровью сотням раненых, валявшихся на мостовых, тротуарах и среди развалин расстрелянных и сожженных зданий, в первое время было совершенно некому. Никто не решался идти на улицу, где японские пули косили всех без разбора — военных, штатских, старых и малых».
Однако полностью разгромить гарнизоны советских войск японцам не удалось. Большая часть их сил смогла вырваться с боем из вражеского кольца и отступить в тайгу. В Хабаровске интервенты встретили упорное сопротивление расквартированных в городе отрядов амурских партизан и 1-го Советского полка под командованием бывшего штабс-капитана царской армии Мельникова, погибшего в бою с атакующими японцами. Огнем их артиллерии были разрушены и сожжены многие городские здания. С большими потерями советские отряды смогли отойти из Хабаровска на левый берег Амура, где не было японских войск.
Войска гарнизона Никольск-Уссурийского смогли с боем прорваться к Спасску, японский гарнизон которого не смог разгромить стоявшие в городе русские войска. Японцы из Никольск-Уссурийского последовали туда и вынудили преследуемых отступить еще дальше на север, в сторону Хабаровска. Высланные оттуда войска интервентов не смогли перехватить никольск-уссурийский и спасский русские гарнизоны, и те благополучно укрылись в горных таежных районах на отдаленных партизанских базах.
В городе Спасске японское командование после боя заявило городскому самоуправлению: «Проявление большевизма-коммунизма спасским временным городским самоуправлением японскими войсками ни в коем случае допущено не будет. Остальные политические убеждения преследоваться не будут».
Главный удар наносился интервентами по руководящим организациям Приморского края (где преобладающее влияние было у большевиков), которые осуществляли власть на местах. Были захвачены члены Военного совета Временного правительства Приморья — его председатель С.Г. Лазо (он же начальник оперативного штаба военно-революционных организаций), В.М. Сибирцев и А.Н. Луцкий. Японцы передали арестованных в белогвардейский отряд Бочкарева. Белые вывезли красных командиров на железнодорожную станцию Муравьево-Амурская (ныне станция Лазо) и сожгли их в топке паровоза.
Несмотря на огромное превосходство в силах (70 тысяч японских войск и эскадра боевых кораблей с ее десантными отрядами моряков против 19 тысяч революционных войск), интервентам не удалось одержать полную военную победу. Более того, они не смогли разгромить местные партизанские отряды, отошедшие из городов и сел в Уссурийскую тайгу и укрепившиеся там.
Достигнув таким образом некоего военного преимущества, командование японского экспедиционного корпуса «пошло» на мирные переговоры с Приморской областной земской управой (Временное правительство Дальнего Востока, в котором преобладающее влияние имели большевики). Согласно заключенным условиям Русско-японского соглашения 1920 года интервенты сохраняли за собой Южное Приморье и в то же время захватывали Северный Сахалин и низовье Амура. То есть таким образом на какое-то время узаконивалась оккупация Японией всего российского побережья Тихого океана.
По заключенному Русско-японскому договору прекращались боевые действия между интервенционистскими войсками и русскими отрядами. Русским вооруженным силам, «к каким бы политическим партиям и группам они ни принадлежали», запрещалось находиться в пределах районов, «ограниченных линиею, проходящей в 30 км от конечного пункта, занимаемого японскими войсками по Уссурийской железной дороге, и к востоку и северу от названной железной дороги, с одной стороны, и линиею русско-китайско-корейской границы с запада и юга — с другой», а также в «полосе вдоль Сучанской железной дороги до Сучана и от конца ее — на расстоянии 30 км в каждую сторону». Эти районы составляли так называемую нейтральную зону.
В течение трех дней русские отряды отводились отсюда за демаркационную линию. Японское командование обязывалось не чинить препятствий снабжению их в новых местах базирования продовольствием, фуражом и одеждой. Русские отряды могли перемещаться за демаркационной линией, но без права перемещения в Забайкалье и на Северный Сахалин. Передвигаться в «нейтральной зоне» и пользоваться Уссурийской железной дорогой русские войска могли только с согласия японского командования.
Для исполнения милицейских обязанностей в «нейтральной зоне» и по линиям железных дорог допускалось нахождение формирований русской военизированной милиции. Но ее состав, численность и вооружение в каждом отдельном случае определялись японской стороной. То же самое касалось русских конвойных и караульных воинских частей, находившихся во Владивостоке. Охрана железных дорог велась на основании «постановлений, выработанных Союзным военным комитетом».
У японцев оставались захваченные в «нейтральной зоне» в ночь на 5—6 апреля оружие, патроны и снаряды, изготовляющие их заводы, воинские склады. Русской стороне возвращалось только то стрелковое и холодное оружие, которое было необходимо для несения милиционной, караульной и конвойной службы, а также Дальневосточный механический и судостроительный завод (современный Дальзавод) во Владивостоке, но «с условием не приготовлять на нем военных материалов». Японцы оставляли за собой даже склады с материалами военного обихода, «не имеющие непосредственного отношения к военным действиям». За интервентами оставались захваченные ими казармы русских войск и флотские казармы.
Соглашение не затрагивало вопроса о судьбе захваченных японцами в ночь 5—6 апреля русских военных судов во внутренней гавани Владивостока и на реке Амур, в Хабаровске. Это были дивизион судов Сибирской военной флотилии (в том числе подводные лодки), 18 канонерских лодок и 10 разведывательных судов Амурской речной флотилии, 6 канонерских лодок и 8 пароходов (4 из них принадлежали частным владельцам) различных партизанских отрядов.
Лишь 3 августа 1920 года японское командование согласилось подписать «Протокол о русских военных судах на Дальнем Востоке», дополнявший Русско-японское соглашение. Приморским властям передавались все «задержанные во время апрельских событий японской эскадрой русские военные суда», но без вооружения и боевых припасов, судьба которых «подлежала решению в будущем». Местные суда, уходившие в плавание на срок более суток, обязывались ставить об этом в известность японское морское командование во Владивостоке с указанием цели плавания и маршрута. Морские силы интервентов полностью контролировали судоходство вдоль берегов Южного Приморья.