Сараевско-Романийский корпус генерала Милошевича насчитывал примерно 18 тыс. бойцов и сильно уступал противостоящему ему 1‑му корпусу АРБиХ. К тому же последним помогали силы быстрого реагирования ООН, ставшие прямыми участниками конфликта. Расположенные на горе Игман артиллерийские батареи британских и французских миротворцев, так же как и артиллерия бошняков, обстреливали сербские позиции. Кроме того, в составе АРБиХ воевали мусульманские моджахеды — выходцы из Северной Африки, Ближнего и Среднего Востока, отличавшиеся особой жестокостью.
21 июня 1995 года мусульмане захватили в плен и вскоре обезглавили двух бойцов ВРС. Другие пленные, захваченные в тот же день, были переведены в лагерь Каменица, где заключенные подвергались различным видам пыток. Ещё один сербский военнослужащий по имени Гойко Вуичич был обезглавлен 24 июля. Около 60 сербских солдат вместе с тремя женщинами были взяты в плен, а затем 11 сентября перемещены в лагерь Каменица. Больше их никто не видел. Этот список можно продолжать бесконечно долго.
Однако в преступлениях против человечности Гаагский трибунал обвинил сражавшихся за свою независимость сербов. Одним из «самых ужасных зверств и преступлений сербской армии» был назван мнимый обстрел сербами рынка Маркале (искажённое нем. Markthalle — крытый рынок) 28 августа 1995 года. Расследования не проводилось, хотя Ратко Младич настаивал на создании совместной с мусульманами комиссии. Эта провокация послужила поводом для нанесения уже на следующий день силами НАТО массированных ракетно-бомбовых ударов по сербским позициям по всей линии фронта в рамках воздушной операции Deliberate Force («Обдуманная сила»), которая сыграла главную роль в остановке сербского наступления и изменении стратегической ситуации в пользу мусульманско-хорватских сил. Именно в ходе этих бомбардировок самолёты люфтваффе Германии совершили первые боевые вылеты с 1945 года.
Между войсками НАТО и бошняцкими силами существовала прямая координация действий. Директор Института славяноведения РАН, доктор исторических наук Константин Владимирович Никифоров указывает, что «во время бомбардировок действовала оперативная связь между командующим мусульманскими войсками Р. Деличем и натовскими военными. Именно Делич определял сербские цели, по которым затем наносился ракетно-бомбовый удар».
В результате натовских бомбардировок были уничтожены радарные установки, склады, командные пункты, средства ПВО, мосты, телекоммуникационные центры, линии электропередач, резервуары с водой и другие жизненно важные объекты инфраструктуры Республики Сербской. Под прикрытием натовских самолётов, используя фактор уничтожения военного потенциала сербов, мусульманские и хорватские войска заняли 400 км² сербских территорий, изгнав оттуда более 50 тыс. сербов, совершая массовые военные преступления и этнические чистки в отношении сербского населения.
Командующий АРБиХ Расим Делич (Rasim Delić) всё же предстал перед Гаагским трибуналом. Однако он был осуждён всего на три года с зачислением в этот срок 448 дней, уже проведённых в местах предварительного заключения. Напротив, сербский генерал Драгомир Милошевич, который добровольно предстал перед трибуналом 3 декабря 2004 года, получил фактически пожизненный срок, хотя не признал себя виновным ни по одному пункту обвинения. 12 декабря 2007 года Гаагский трибунал, проигнорировав все доводы защиты, приговорил его к 33 годам тюремного заключения. В своём заключительном слове Драгомир Милошевич сказал: «Я и мои люди защищали сербов от резни со стороны мусульман. Всё остальное пусть будет на совести Запада».
Генерал Милошевич, Бессмертный серб, чрезвычайно популярный в сербском народе, был доставлен в тюрьму эстонского города Тарту на основании соглашения между Гаагским трибуналом и Эстонией от 2008 года «об исполнении приговоров», где находится и по сей день. 2 февраля 2008 года прокуратура Гаагского трибунала направила жалобу с требованием увеличить Милошевичу срок заключения до пожизненного. Однако 12 ноября 2009 года срок генералу ВРС Драгомиру Милошевичу был сокращён с 33 до 29 лет.
В марте 1993 года Ратко Младич возглавил подразделения, наступавшие на анклав Сребреницу (Сребреница), откуда формирования боснийских мусульман нападали на сербские сёла. Ими было уничтожено более 40 примыкавших к Сребренице сёл и убито около 3500 этнических сербов. В сентябре 1992 люди Насера Орича (Naser Orić), бывшего телохранителя Слободана Милошевича, назначенного 20 мая 1992 года командиром отряда территориальной обороны общины Сребреница, захватили и вырезали сербское село Подраванье. Рано утром 14 декабря 1992 года боевики Орича захватили сербское село Бьеловац. Затем последовали казни мирных жителей, многие из которых во время атаки еще спали и не успели бежать. В селе Бьеловац было убито 68 человек, большая часть из которых была мирными жителями. Еще 41 серб погиб в Сикиричах и Лозничка-Риеке. Несколько женщин и детей, попавших в плен, были отведены в лагерь в Сребренице, где были подвергнуты пыткам. После резни село было сожжено. Всего было уничтожено 350 жилых домов и других строений. По некоторым источникам, в результате действий Орича погибло более 3000 граждан сербской национальности. 10 апреля 2003 года Орич был арестован и экстрадирован в Гаагу, где был оправдан по большинству пунктов обвинения и приговорён к двум годам тюремного заключения. 3 июля 2008 года после повторного рассмотрения дела Насер Орич был полностью оправдан. В Республике Сербской ежегодно проходит панихида в память о погибших в районах около Сребреницы 3267 сербских мирных жителях и солдатах.
24 марта 1994 года при невыясненных обстоятельствах погибает Анна Младич, 23‑летняя дочь Ратко Младича, студентка медицинского института, которая якобы застрелилась из наградного пистолета отца. Её тело было найдено в парке или лесу около кладбища Топчидер. По мнению Ратко Младича, дочь никогда бы не стала брать его оружие и была убита. Как вспоминали его сын Дарко и жена Боса, в ту ночь они не слышали ничего подозрительного, в том числе и выстрела из пистолета. По их мнению, Анна была убита. Те, кто хорошо знал Ратко Младиче, считают, что смерть дочери разделила его жизнь на две части, и от этого удара он так и не смог оправиться.
Сребреница является небольшим шахтёрским городком, который получил своё название благодаря серебряным рудникам, находившимся в его окрестностях. В апреле 1993 года Совет Безопасности ООН объявил Сребреницу «зоной безопасности», свободной от всякого рода военных действий, и разместил в ней голландских миротворцев в количестве 600 человек, вооружённых стрелковым оружием. 6 июля 1995 года к Сребренице подошли подразделения Дринского корпуса ВРС. 11 июля анклав, который за несколько дней до этого покинул командир 28‑й дивизии АРБиХ Насер Орич, был занят. Вместе с ним из города сбежала часть подчинявшихся ему боевиков. Вскоре возник миф о том, что ВРС уничтожила около 8 тыс. гражданских лиц мусульманской национальности. Это и стало одним из главных обвинений, на основе которого в последующем МТБЮ вынес генералу Младичу пожизненный приговор.
Исходя из соображений безопасности, Ратко Младич, произведенный к этому времени в генерал-полковники, организовал эвакуацию населения Сребреницы. Из мужчин боеспособного возраста (старше 15 лет) сформировали колонну численностью от 10 до 15 тыс. человек, включая около 5 тыс. военнослужащих, отправив её в Тузлу, находившуюся под контролем мусульман. Более того, им даже разрешили взять с собой оружие. Стариков, женщин и детей (более 22 500 человек) посадили в автобусы, которые тоже уехали в Тузлу. Ратко Младич лично гарантировал безопасность мирных жителей. Более того, пресс-секретарь Верховного комиссариата ООН по делам беженцев в Женеве обвинил 15 июля боснийские власти в Сараеве в том, что они мешают оказанию помощи беженцам. Всемирная организация здравоохранения зарегистрировала 35 632 беженца из Сребреницы.
События, произошедшие с колонной мусульманских мужчин после того, как она покинула Сребреницу, до сих пор остаются загадкой. Вечером 12 июля эта колонна попала под артиллерийский обстрел, в результате чего гражданские беженцы разбежались. В конечном итоге до Тузлы добрались от 5 до 10 тыс. человек. В любом случае, никаких приказов о расправе над ними никто не отдавал. Есть указания на то, что имел место расстрел ста военнопленных мусульман сербскими военными, потерявшими свои семьи из-за карательных акций боевиков АРБиХ. Кроме того, из воспоминаний самих мусульман известно, что перестрелки происходили и внутри колонны. Но целенаправленного уничтожения мирного населения безусловно не было, поэтому ни о каком «геноциде» говорить не приходится.
Работавшая с 17 мая по 15 октября 2004 года Комиссия Республики Сербской по расследованию событий в Сребренице установила, что всего в захоронениях, разбросанных по всему муниципалитету, находятся около двух тысяч тел мусульман, причем все они найдены в местах боевых действий. Дело в том, что в Сребренице находилась 28‑я дивизия АрБиГ, которая в ночь с 11 на 12 июля в сопровождении мужчин призывного возраста покинула анклав и организовала прорыв в Тузлу, потеряв до двух тысяч человек убитыми, тела которых и были затем представлены как свидетельство «геноцида».
Кроме того, Комиссия выяснила, что в период с 10 по 19 июля 1995 года неизвестными лицами было ликвидировано около тысячи мусульман. Палачи, национальность и имена которых в докладе не обозначаются, предприняли меры для сокрытия следов преступления.
Однако уже 3 ноября прокурор МТБЮ Карла дель Понте в обращении к Совету НАТО со ссылкой на результаты Комиссии озвучила данные о 7–8 тыс. убитых мусульман. Фактически к найденным в захоронениях 2 тыс. тел она приплюсовала ещё около 5 тыс. лиц, пропавших без вести. Многие из них впоследствии нашлись живыми или были убиты совсем в другое время (в большинстве случаев в 1992–1994 годах) и в другом месте. Кроме того, все найденные в Сребренице тела признаны трибуналом телами гражданских лиц, что не соответствует действительности.