Однако натиск врага, численно намного превосходившего повстанцев, был слишком силен, и 10 апреля они оставили Кустанай. Повстанцы по тракту отходили на Тургай, освобожденный партизанами-казахами. Тем временем казахские буржуазные националисты-алашордынцы совершили в Тургае контрреволюционный переворот. Прибывший в Тургай передовой отряд кустанайцев был вероломно обезоружен и перебит алашордынцами. 13 мая алашордынцы произвели в Тургае массовые расстрелы коммунистов и преданных революции беспартийных трудящихся. Зверски был убит казахский народный герой, коммунист Амангельды Иманов, беззаветно боровшийся за Советы.
В середине мая к Тургаю подошли основные силы кустанайских повстанцев. Они разгромили алашордынцев и двинулись на соединение с советскими войсками, находившимися в районе Актюбинска. Сформированный на этом участке фронта из партизан-кустанайцев Коммунистический полк сражался с врагами революции до конца гражданской войны.
В апреле началось восстание против колчаковцев в Атбасарском уезде Акмолинской области. Восстание охватило многие селения уезда. Центром повстанческого движения было село Марииновка, где сосредоточилось до трех тысяч повстанцев. Только после длительных и кровопролитных боев колчаковцам удалось выбить повстанцев из Марииновки. Восстания в Кустанайском и Атбасарском уездах были жестоко подавлены. Участников восстания расстреливали, избивали прикладами, засекали насмерть нагайками. Многие тысячи борцов за Советскую власть пали от рук колчаковских палачей.
Пламенем партизанской войны был охвачен и Дальний Восток: Забайкалье, Амурская область, Приамурье и Приморье.
В Забайкальской области партизанское движение сначала развернулось восточнее и южнее Читы, позднее очаг партизанской борьбы возник и в Западном Забайкалье (Прибайкалье), к югу от Верхнеудинска. Развитию партизанского движения в Забайкалье способствовало наличие там довольно значительной прослойки рабочих, занятых на рудниках, приисках и железной дороге, а также ссыльно-поселенцев.
Организаторами и руководителями партизанского движения в Забайкалье, как и в других местах, были коммунисты. Они создали первые повстанческие организации из бывших красногвардейцев, рабочих, революционно настроенных казаков и крестьян.
Одной из таких организаций была Алтагачанская «лесная коммуна», образовавшаяся осенью 1918 года с районе Александровского завода (150 километров к юго-востоку от Нерчинска). Члены коммуны, возглавляемые М. И. Бородиным, С. С. Киргизовым, С. П. Зарубиным, И. Я. Семенихиным, установили тесную связь с Читинской подпольной партийной организацией, от которой получали боевые задания.
Алтагачанская коммуна вела агитацию среди населения окрестных сел и казачьих станиц, мобилизуя его на борьбу с белогвардейцами и интервентами. В марте 1919 года Алтагачанская коммуна была реорганизована в отряд, а в апреле из этого отряда и других мелких партизанских формирований образовалось четыре кавалерийских полка. Во главе партизанских полков стал военно-революционный штаб. При нем существовал агитационный отдел, издававший газету «Красноармеец». Вся деятельность партизан направлялась Читинским комитетом партии.
Другим центром по руководству партизанским движением был Верхнеудинск (Прибайкалье), где в начале 1919 года во главе подпольного комитета стоял старый большевик, бывший член второй Государственной думы А. П. Вагжанов («Петрович»). Он был одновременно членом Сибирского областного партийного комитета.
А. П. Вагжанов вскоре погиб. Во время поездки во Владивосток в апреле 1919 года он был арестован и замучен в семеновских застенках. В Прибайкальский комитет входили также А. А. Кузнецов, Н. Е. Изаксон, Г. Т. Петров — Трофимов — все трое участники революционных боев 1905 года, N. V. Кузнецов (Воронов), Е. К. Лебедев — командующий всеми партизанскими отрядами Прибайкалья и другие.
С весны 1919 года партизаны Восточного Забайкалья начали активные боевые действия. В боях прославился мужественный и талантливый руководитель забайкальских партизан крестьянин-фронтовик, бывший офицер П. И. Журавлев. Еще в 1918 году он командовал на Забайкальском фронте полком, созданным им в районе Александровского завода. В апреле 1919 года П. Н. Журавлев был избран командующим партизанскими полками. А вскоре он возглавил целую партизанскую армию, полки которой состояли из рабочих, крестьянской и казачьей бедноты и середняков. Умелыми командирами партизанских отрядов были Я. Н. Коротаев, Ф. А. Погодаев, М. М. Якимов, П. И. Косякович, Н. Е. Гусевский. В конце апреля 1919 года забайкальские партизаны развернули наступление главными силами на Нерчинский завод, где находились большие запасы Оружия и боеприпасов. Один полк направился по западному берегу Аргуни, чтобы поднять восстание в прибрежных селениях.
В середине мая главная группировка в составе трех полков достигла Нерчинского завода и завязала бой. Однако двукратная попытка овладеть Нерчинским заводом не увенчалась успехом. Тогда 1-й Революционный партизанский полк под командованием Журавлева произвел внезапный налет на Газимурский завод, разгромил вражеский гарнизон и перерезал сообщение Арчинского завода со Сретенском. Партизаны захватили склады с оружием, боеприпасами, обмундированием и продовольствием, уничтожили 12 офицеров, взяли в плен роту семеновской пехоты. Эти действия партизан вынудили семеновское командование направить сюда крупные силы.
В конце мая произошли бои в районе Большого Зерентуя, продолжавшиеся двое суток. Белым удалось расчленить партизанские войска на три группы и оттеснить их. Однако после больших переходов и тяжелых боев все полки сосредоточились в районе Усть-Урова на Аргуни.
Весенние бои и отход на север были первым серьезным испытанием для партизан. В этих боях закалялась и оттачивалась воля к борьбе. Отсей вались все колеблющиеся и неустойчивые, выдвигались наиболее способные и смелые командиры. Несмотря на то, что состав полков уменьшился, внутренняя сплоченность, дисциплина и боевые качества партизан повысились. Это дало возможность после небольшого перерыва снова начать активные действия.
В июне и июле 1919 года партизаны провели несколько удачных боев. 1-й Революционный кавалерийский полк предпринял экспедицию на Газимурский завод и наголову разбил там два семеновских казачьих полка. 4-й Революционный кавалерийский полк, действуя по-прежнему вдоль западного берега Аргуни, занял станицу Аргунскую, вынудив белоказачью дружину бежать на китайскую территорию.
2-й Революционный кавалерийский полк после боев овладел станицей Богдать и развил успешное наступление в направлении Нерчинского завода с севера. Белые несколько раз пытались отбросить партизан от Богдати, ставшей партизанской «столицей», но каждый раз терпели поражение. При одной из таких попыток семеновская конница подверглась стремительным ударам с флангов и тыла и была окружена партизанами. Противник с трудом вырвался из кольца, понеся большие потери и оставив на поле боя много вооружения. Под влиянием разгрома у Богдати, а также вследствие революционной пропаганды 15 июля восстал 1-й Забайкальский белоказачий полк и в полном составе, за исключением офицеров, перешел к партизанам. Получив название 5-го Революционного кавалерийского полка, восставшие казаки приняли участие в последующих боях против семеновцев и интервентов.
Это восстание, а также угроза, нависшая над Нерчинским заводом, заставили белогвардейцев взорвать там склады боеприпасов и отступить на юг. В конце июля и в начале августа 1-й, 2-й, 4-й и 5-й партизанские полки, очистив от семеновцев почти всю территорию между реками Аргунь и Газимур, вели бои уже значительно южнее Газимурского и Нерчинского заводов.
В то же время 3-й Революционный кавалерийский полк, направленный к реке Шилке с задачей поднять восстание в прибрежных селениях, развернул успешные действия на этой важной водной коммуникации врага. В августе и первой половине сентября партизаны совершенно дезорганизовали речное сообщение интервентов с Амурской областью. Все транспорты, направлявшиеся из Сретенска к Амуру, подвергались обстрелу и либо поворачивали назад, либо попадали в руки партизан.
Нарушение речного судоходства на Шилке приобрело особо важное значение потому, что как раз в это время восставшие рабочие железнодорожных мастерских станции Зилово Амурской железной дороги организовали летучий партизанский отряд в 250 человек и парализовали сообщение на участке Зилово — Урюм.
В первых числах сентября Шилкинский и железнодорожный районы партизанского движения значительно расширились и составляли уже один общий район активных действий партизанских отрядов, объединенных под командованием Ф. А. Погодаева, ставшего заместителем П. Н. Журавлева на сретенском направлении.
Самоотверженно боролись против интервентов и белогвардейцев коммунисты-подпольщики и трудящиеся Амурской области. Осенью 1918 года здесь сосредоточились отступившие под натиском превосходящих сил врага остатки красногвардейских отрядов, партийные и советские организации Забайкалья, Приморья и Приамурья. Дальнейшая фронтовая борьба ввиду явного превосходства врага, отрезавшего к тому времени Дальний Восток от Советской республики, стала невозможной. Было принято решение уйти в подполье, в тайгу и начинать повстанческую и партизанскую войну.
В начале октября 1918 года был избран подпольный областной комитет РКП(б), который возглавил член партии с 1904 года, один из виднейших организаторов борьбы трудящихся на Амуре Ф. Н. Мухин. Амурская партийная организация так же, как другие большевистские организации Дальнего Востока и Сибири, получала помощь от Центрального Комитета партии. В Благовещенск приезжал связной Центрального Комитета Д. Д. Киселев.
Большинство членов Амурского обкома выехало в область. В конце 1918 — начале 1919 года были проведены совещания в Ильиновке, Жарикове, Бочкарево, Гондатти, Свободном, Сохатино, Завитой и других населенных пунктах, где обсуждались директивы областного комитета партии о развертывании вооруженной борьбы против интервентов и белогвардейцев.