Молодого и талантливого магистра богословия приметил бывший в то время генерал-прокурором князь А. Б. Куракин и взял его своим секретарем. В 1797 году Сперанский по прошению был уволен из духовного звания и определен на службу в канцелярию генерал-прокурора с чином коллежского асессора. В январе 1798 года он стал уже надворным советником и получил должность экспедитора канцелярии генерал-прокурора. В этом же году он становится герольдом ордена Святого Андрея Первозванного. Обладавший поразительной работоспособностью чиновник, быстро продвигался по службе и в чинах.
Когда в 1799 году вступил в должность новый генерал-прокурор А. А. Беклешов, Сперанский не только сохранил свои должности, но получил еще и дополнительную — правителя канцелярии Комиссии о снабжении резиденции припасами. Но вскоре тучи сгустились над головой Михаила Михайловича. В феврале 1800 года генерал-прокурором стал П. X. Обольянинов, который получил строгое предписание от императора Павла I об увольнении всех чиновников сенатской канцелярии, служивших при А. А. Беклешове, но тот, по достоинству оценив Сперанского, на свой страх и риск сумел сохранить такого ценного работника, каким считался Сперанский.
А было это так. Михаил Михайлович от многих сослуживцев был наслышан о «грубом и запальчивом» нраве своего нового начальника. О его «площадных» ругательствах в столице ходили анекдоты. Сперанский, пользовавшийся полным доверием прежних генерал-прокуроров, решил, что его дальнейшая карьера будет зависеть от первой встречи с начальником и что у него второго шанса произвести первое впечатление больше не будет. И он к ней подготовился самым неожиданным образом. В назначенный день и час Сперанский явился в приемную Обольянинова. О нем доложили, и генерал-прокурор принял его. Обольянинов сидел за письменным столом, спиной к двери. Когда он обернулся, то остолбенел от неожиданности: вместо раболепно согнувшегося чиновника генерал-прокурор увидел молодого человека очень приятной наружности, стоявшего в почтительной, но достаточно независимой позе. Еще более поразила грозного начальника одежда молодого чиновника — свободный французский кафтан, чулки и башмаки, жабо и манжеты. Генерал-прокурор тотчас предложил Сперанскому сесть и вообще обошелся с ним так вежливо, как только умел.
Несмотря на свой грубый нрав, Обольянинов ценил и всячески награждал талантливых сотрудников. Когда же он разглядел в Сперанском не только изыскано одетого чиновника, но и очень способного к делам, он стал всячески поддерживать и отстаивать его. Яркое солнце опять засияло над головой Михаила Михайловича.
Но однажды Сперанский опять чуть не попал в опалу. Обольянинов по каким-то делам поехал в Гатчину вместе со Сперанским. Император Павел I, увидев их, сразу же набросился на генерал- прокурора. «Это что у тебя школьник Сперанский — куракинский, беклешовский? — кричал государь. — Вон его сейчас!»
Нужно отдать должное Обольянинову. В этой ситуации он проявил характер. Сперанский не был освобожден от должности и продолжал трудиться под началом Обольянинова.
Тем не менее, и от Обольянинова доставалось Сперанскому, когда он попадал тому под горячую руку. Однажды Михаил Михайлович жаловался своему товарищу: «Что такое? Помилуйте, хоть сейчас броситься в пруд. Работаю день и ночь, а от Петра Хрисанфовича слышу одни ругательства: сейчас еще, Бог знает за что, разбранил меня в пух и обещал запрятать в казематы на семь сажен под землею. Этого вынести нельзя!»
Но топиться Сперанскому не пришлось. Гнев начальника прошел быстро, и он все так же пользовался его благосклонностью. Более того, генерал-прокурор выхлопотал ему награду — орден Святого Иоанна Иерусалимского, 2000 душ крепостных, отобранных за допущенные провинности у помещиков в Саратовской губернии, и чин статского советника.
Сам Сперанский так отзывался о своей службе в канцелярии генерал-прокурора: «При всех четырех генерал-прокурорах, различных в характерах, нравах, способностях, был я, если не по имени, то по самой вещи, правителем их канцелярии. Одному надобно было угождать так, другому иначе; для одного достаточно было исправности в делах, для другого более того требовалось: быть в пудре, в мундире, при шпаге, и я был всяческая во всем».
В ноябре 1798 года Михаил Михайлович женился на дочери английского подданного Елизавете Андреевне. От этого брака в сентябре 1799 года родилась дочь, Елизавета. Вскоре после родов его жена умерла.
После убийства Павла I и отставки генерал-прокурора П. X. Обольянинова Сперанский вынужден был покинуть прокуратуру и уйти в тень. Он стал служить при тайном советнике Д. П. Трощинском в звании статс-секретаря. Но уже 23 апреля 1801 года Сперанский возглавил третью экспедицию Непременного совета, занимавшуюся гражданскими и духовными делами, и вскоре получил высокий чин — действительного статского советника. В последующие несколько лет Михаил Михайлович состоял при Министерстве внутренних дел в качестве директора департамента, затем начальника второй экспедиции. Ему приходилось иногда даже замещать министра В. П. Кочубея на докладах у императора. Сперанский составил несколько записок на имя монарха об устройстве судебных и правительственных учреждений в России (1803 год).
В январе 1803 года труды его были оценены и в награду ему была «пожалована» бриллиантовая табакерка с вензелем Его Императорского Величества. В ноябре следующего года он получил аренду (на 12 лет) мызы Аагоф в Венденском уезде Лифляндской губернии с доходом 12 тысяч рублей в год. В ноябре 1807 года Сперанский был назначен членом Комитета об усовершенствовании духовных училищ. Тогда же он сопровождал императора Александра I в Витебск для осмотра первой армии, а в 1808 году — участвовал в свидании государя с Наполеоном. За эти годы добавились награды: ордена Святого Владимира 3-й степени и Святой Анны 1-й степени.
И все же подлинный взлет Михаила Михайловича Сперанского начался только в августе 1808 года — он произведен в чин тайного советника, назначен членом Комиссии составления законов, а в декабре того же года — товарищем министра юстиции, который тогда одновременно был и генерал-прокурором Российской Империи. В связи с этим назначением император дал следующий рескрипт на имя министра юстиции князя П. В. Лопухина от 16 декабря 1808 года: «Желая сколь можно ускорить совершением возложенных на Комиссию составления законов трудов, Я поручаю вам, особенно и исключительно от всех прочих дел, к производству Правительствующего Сената и Департамента Министерства Юстиции принадлежащих, употребить по сей части Действительного Статского Советника Сперанского. По делам сей комиссии, усмотрению Моему подлежащему, имеет он Мне докладывать». Таким образом, Сперанский получил, фактически, все права председателя Комиссии составления законов. Только он мог входить к государю с докладами о ходе подготовке законов, о работе Комиссии и т. д. К этим обязанностям вскоре добавились новые — канцлера Абовского университета и члена Главного правления училищ.
В Комиссии началась интенсивная подготовка фундаментальных законов по преобразованию государственных учреждений России. К осени 1809 года было составлено так называемое «Введение к Уложению государственных законов», готовившееся под руководством Михаила Михайловича. Сперанский предлагал создать двухпалатный парламент с высшей палатой — Государственным советом, и низшей — выборной Государственной Думой. Политические права по проекту получали только два сословия: дворянство и «люди среднего состояния», то есть купцы, мещане, государственные крестьяне. Именно они должны были избирать Государственную Думу и местные органы власти. Предполагалось также дать определенные гражданские права и третьему сословию — «народу рабочему» и «крепостному люду», с постепенной отменой крепостного права. В области судебной планировалось ввести элементарные принципы законности, суды присяжных, реорганизовать судебную систему и т. п. Предусматривалось покровительство «науке, коммерции, промышленности», выборность части чиновников и их ответственность перед вышестоящими органами.
И хотя император согласился лишь с учреждением Государственного совета (начал работу в 1810 году), Сперанского он сделал первым государственным секретарем, при этом, оставив его директором Комиссии составления законов.
В 1811 году по предложению М. М. Сперанского были принято «Общее учреждение министерств», которое упорядочило их структуру и функции. Он сумел провести также два закона о чиновниках, в частности, «О придворных званиях» и «Об экзаменах на чин». Согласно им для занятия государственных должностей был необходим диплом о высшем образовании или сдача экзаменов на соответствие требованиям того или иного ведомства. Придворные же звания не должны были являться основанием для получения гражданских чинов.
Это было время, когда Сперанскому благоволил сам император Александр I. В 1810–1811 годах Михаил Михайлович сопровождал государя на открытие финляндского сейма в Борго, председательствовал в Комиссии финляндских дел в Петербурге. В январе 1812 года ему был вручен орден Святого Александра Невского. Но это была последняя милость императора…
Многие вельможи, имевшие влияние на государя, считали Сперанского «выскочкой», называли «поповичем», говорили, что он «возжигает бунты» и т. п. Преобразования, которые предлагал проводить Михаил Михайлович в области внутренней и внешней политики, не устраивали их. Оппонентом Сперанского стал даже знаменитый историк Н. М. Карамзин, который считал, что император не имеет права ограничивать свою власть, врученную ему предками. В такой обстановке отставка Сперанского не заставила себя ждать. 17 марта 1812 года он освобождается от занимаемой должности и его ссылают в Нижний Новгород, а в сентябре того же года — в Пермь. Ему устанавливают содержание в шесть тысяч рублей в год. В 1814 году Сперанскому было Высочайше разрешено жить в собственном имении, в деревне Великополье, недалеко от Нижнего Новгорода. Здесь он занялся сельским хозяйством, совершенствовал свои знания в английском языке, изучал еврейский и, конечно же, мечтал вернуться на государеву службу. И только 30 августа 1816 года, благодаря протекции графа А. А. Аракчеева, бывшего тогда всесильным временщиком, начинается процесс реабилитации Сперанского